实验13-琼脂糖凝胶电泳的原理和方法ppt课件.ppt
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1、“雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。琼脂糖凝胶电泳的琼脂糖凝胶电泳的原理和方法原理和方法 1 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。一、电泳方法的分类一、电泳方法的分类 按支持物的物理性状不同,区带电泳可为:按支持物的物理性状不同,区带电泳可为:滤纸及其他纤维(如醋酸纤维、玻璃纤维、滤纸及其他纤维(如醋酸纤维、玻璃纤维、聚氯乙烯纤维)聚氯乙
2、烯纤维)薄膜薄膜电位;电位;粉末粉末电泳,如纤维素粉、淀粉、玻璃粉电电泳,如纤维素粉、淀粉、玻璃粉电泳;泳;凝胶凝胶电泳,如琼脂、电泳,如琼脂、琼脂糖琼脂糖、硅胶、淀粉、硅胶、淀粉胶、聚丙烯酰胺凝胶等;胶、聚丙烯酰胺凝胶等;丝线丝线电泳,如尼龙丝、人造丝电泳。电泳,如尼龙丝、人造丝电泳。2 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。按支持物的装置形式不同,区带电泳可为:按支持物的装置形式不同,区带电泳可为:平板式平板式电泳,支持物水平放置,是最常用电泳,支持物水平放置,是
3、最常用的电泳方式的电泳方式;垂直板式垂直板式电泳,聚丙烯酰胺凝胶常做成垂电泳,聚丙烯酰胺凝胶常做成垂直板式电泳直板式电泳;垂直柱式垂直柱式电泳,聚丙烯酰胺凝胶盘状电泳电泳,聚丙烯酰胺凝胶盘状电泳即属于此类即属于此类;连续液动连续液动电泳,首先应用于纸电泳,将滤电泳,首先应用于纸电泳,将滤纸垂直竖立,两边各放一电极,溶液自顶端纸垂直竖立,两边各放一电极,溶液自顶端向下流,与电泳方向垂直向下流,与电泳方向垂直。3 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。概念:概念:以以琼脂
4、糖凝胶琼脂糖凝胶作支持体的电泳方式。作支持体的电泳方式。二、琼脂糖凝胶电泳二、琼脂糖凝胶电泳天然琼脂(天然琼脂(agaragar): :又名琼胶、菜燕、冻粉,从石花菜及又名琼胶、菜燕、冻粉,从石花菜及其它红藻类植物提取出来的一种线状高聚物。其它红藻类植物提取出来的一种线状高聚物。琼脂糖(琼脂糖(agaroseagarose)琼脂胶(琼脂胶(agaropectinagaropectin) 4 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。 天然琼脂天然琼脂(agar)(agar
5、)是一种多聚糖,主要由是一种多聚糖,主要由琼脂糖琼脂糖( (约占约占80%)80%)及及琼脂胶琼脂胶组成。琼脂糖是组成。琼脂糖是由半乳糖及其衍生物构成的由半乳糖及其衍生物构成的中性物质中性物质,不带,不带电荷。而琼脂胶是一种含硫酸根和羧基的电荷。而琼脂胶是一种含硫酸根和羧基的强强酸性多糖酸性多糖,由于这些基团带有电荷,在电场,由于这些基团带有电荷,在电场作用下能产生较强的作用下能产生较强的电渗电渗现象,加之硫酸根现象,加之硫酸根可与某些蛋白质作用而影响电泳速度及分离可与某些蛋白质作用而影响电泳速度及分离效果。效果。5 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信
6、息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。 琼脂糖链依分子内和分子间氢键及其它力的作琼脂糖链依分子内和分子间氢键及其它力的作用使其互相盘绕形成绳状琼脂糖束,构成大网孔型用使其互相盘绕形成绳状琼脂糖束,构成大网孔型凝胶。凝胶。6 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。7 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安
7、防控工程”。8 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。 琼脂糖为电泳支持物进行平板电泳,其琼脂糖为电泳支持物进行平板电泳,其优点优点如下:如下: (1) (1)琼脂糖凝胶电泳操作简单,电泳速度快,样品琼脂糖凝胶电泳操作简单,电泳速度快,样品不需事先处理就可进行电泳。不需事先处理就可进行电泳。 (2)(2)琼脂糖凝胶结构均匀,含水量大琼脂糖凝胶结构均匀,含水量大( (约占约占98-99%)98-99%),近似自由电泳,样品扩散度较自由电泳近似自由电泳,样品扩散度较自由电
8、泳 小,对样品吸小,对样品吸附极微,因此电泳图谱清晰,分辨率高,重复性好。附极微,因此电泳图谱清晰,分辨率高,重复性好。 (3)(3)琼脂糖透明无紫外吸收,电泳过程和结果可直琼脂糖透明无紫外吸收,电泳过程和结果可直接用紫外光灯监测及定量测定。接用紫外光灯监测及定量测定。 (4)(4)电泳后区带易染色,样品易洗脱,便于定量测电泳后区带易染色,样品易洗脱,便于定量测定。制成干膜可长期保存。定。制成干膜可长期保存。 9 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。琼脂糖凝胶电泳的
9、琼脂糖凝胶电泳的缺点缺点:(1) (1) 机械强度差,易破碎,浓度不能太低。机械强度差,易破碎,浓度不能太低。(2) (2) 易被细菌污染,不易保存,临用前配制。易被细菌污染,不易保存,临用前配制。(3) (3) 琼脂糖支持层上的区带易于扩散,电泳后必琼脂糖支持层上的区带易于扩散,电泳后必须立即固定染色。须立即固定染色。(4) (4) 与与PAGEPAGE相比,分子筛作用小,区带少。相比,分子筛作用小,区带少。10 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。 目前,琼脂糖
10、凝胶电泳常用于分离、鉴定核目前,琼脂糖凝胶电泳常用于分离、鉴定核酸,如酸,如DNADNA鉴定,鉴定,DNADNA限制性内切酶图谱制作等。限制性内切酶图谱制作等。由于这种方法操作方便,设备简单,需样品量少,由于这种方法操作方便,设备简单,需样品量少,分辨能力高,已成为基因工程研究中常用实验方分辨能力高,已成为基因工程研究中常用实验方法之一。法之一。 琼脂糖也可用作为电泳支持物,分离蛋白质琼脂糖也可用作为电泳支持物,分离蛋白质和同工酶。将琼脂糖电泳与免疫化学相结合,发和同工酶。将琼脂糖电泳与免疫化学相结合,发展成免疫电泳技术,能鉴别其他方法不能鉴别的展成免疫电泳技术,能鉴别其他方法不能鉴别的复杂体
11、系,由于建立了超微量技术,复杂体系,由于建立了超微量技术,0.1g0.1g蛋白蛋白质就可检出。质就可检出。 11 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。 琼脂糖凝胶电泳对核酸的分离作用主要琼脂糖凝胶电泳对核酸的分离作用主要依据它们的相对分子质量及分子构型,同依据它们的相对分子质量及分子构型,同时与凝胶的浓度也有密切关系。时与凝胶的浓度也有密切关系。 三、三、DNADNA的琼脂糖凝胶电泳的琼脂糖凝胶电泳12 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥
12、平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。1.1.核酸分子大小及琼脂糖的浓度的关系核酸分子大小及琼脂糖的浓度的关系(1)DNA(1)DNA分子的大小:分子的大小: DNA DNA分子在琼脂糖凝胶中泳动时有电荷效应分子在琼脂糖凝胶中泳动时有电荷效应和分子筛效应。和分子筛效应。DNADNA分子在高于等电点的分子在高于等电点的pHpH溶液溶液中带负电荷,在电场中向正极移动。在一定的中带负电荷,在电场中向正极移动。在一定的电场强度下,电场强度下,DNADNA分子的迁移速度取决于分子筛分子的迁移速度取决于分子筛效应,即效应,即DNADNA分子
13、本身的大小和构型。分子本身的大小和构型。13 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。14 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。 在凝胶中,在凝胶中,DNADNA片段迁移距离片段迁移距离( (迁移率迁移率) )与碱与碱基对的对数成反比,因此通过已知大小的标准基对的对数成反比,因此通过已知大小的标准物移动的距离与未知片段的移动距离进行比较,物移
14、动的距离与未知片段的移动距离进行比较,便可测出未知片段的大小。便可测出未知片段的大小。 但是当但是当DNADNA分子大小超过分子大小超过20kb20kb时,普通琼脂时,普通琼脂糖凝胶就很难将它们分开。此时电泳的迁移率糖凝胶就很难将它们分开。此时电泳的迁移率不再依赖于分子大小,因此,应用琼脂糖凝胶不再依赖于分子大小,因此,应用琼脂糖凝胶电泳分离电泳分离DNADNA时,分子大小不宜超过此值。时,分子大小不宜超过此值。15 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。(2)(2)
15、琼脂糖的浓度:琼脂糖的浓度: 不同大小的不同大小的DNADNA需要用不同浓度的琼脂糖凝需要用不同浓度的琼脂糖凝胶进行电泳分离胶进行电泳分离, ,如下表所示如下表所示: : 16 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。2. 2. 核酸构型与琼脂糖凝胶电泳分离的关系核酸构型与琼脂糖凝胶电泳分离的关系 不同构型不同构型DNADNA的移动速度次序为:的移动速度次序为:共价闭环共价闭环DNADNA(covalently closed circular(covalently cl
16、osed circular,简称,简称cccDNA)cccDNA)直直线线DNADNA开环的双链环状开环的双链环状DNADNA。当琼脂糖浓度太高时,环。当琼脂糖浓度太高时,环状状DNA(DNA(一般为球形一般为球形) )不能进入胶中,相对迁移率为不能进入胶中,相对迁移率为0(Rm=O)0(Rm=O),而同等大小的直线双链,而同等大小的直线双链DNA(DNA(刚性棒状刚性棒状) )则可以则可以 长轴方向前进长轴方向前进(Rm(RmO)O),由此可见,这,由此可见,这3 3种构型的相对迁种构型的相对迁移率主要取决于凝胶浓度,但同时,也受到电流强度、移率主要取决于凝胶浓度,但同时,也受到电流强度、缓
17、冲液离子强度等的影响。缓冲液离子强度等的影响。 17 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。 3. 3. 电泳方法电泳方法 (1)(1)凝胶类型凝胶类型 用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型及水平型( (平板型平板型) )。水平型电泳时,凝胶板完全浸。水平型电泳时,凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下泡在电极缓冲液下1-2mm1-2mm,故又称为潜水式。目前,故又称为潜水式。目前更多用的是后者,因为它制胶和加样比较方便,电更
18、多用的是后者,因为它制胶和加样比较方便,电泳槽简单,易于制作,又可以根据需要制备不同规泳槽简单,易于制作,又可以根据需要制备不同规格的凝胶板,节约凝胶,因而受到人们的欢迎。格的凝胶板,节约凝胶,因而受到人们的欢迎。 18 “雪亮工程是以区(县)、乡(镇)、村(社区)三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。(2)(2)缓冲液系统缓冲液系统 缺少离子时,电流太小,缺少离子时,电流太小,DNADNA迁移慢;相反,迁移慢;相反,高离子强度的缓冲液由于电流太大会大量产热高离子强度的缓冲液由于电流太大会大量产热 ,严重时,会
19、造成胶熔化和严重时,会造成胶熔化和DNADNA的变性。的变性。 常用的电泳缓冲液有常用的电泳缓冲液有EDTA(pH8.0)EDTA(pH8.0)和和Tris-Tris-乙乙酸酸(TAE)(TAE),Tris-Tris-硼酸硼酸(TBE)(TBE)或或Tris-Tris-磷酸磷酸(TPE)(TPE)等等 ,浓度约为,浓度约为50mmol/L(pH7.5-7.8)50mmol/L(pH7.5-7.8) 。电泳缓冲液。电泳缓冲液一般都配制成浓的贮备液,临用时稀释到所需倍一般都配制成浓的贮备液,临用时稀释到所需倍数。数。 TAETAE缓冲能力较低,后两者有足够高的缓冲能缓冲能力较低,后两者有足够高的缓
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