2022年POPGENE下载及SSR共显性数据分析相关教程 .pdf

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1、POPGENE32 下载及 SSR 共显性数据分析相关教程生物专题2010-05-31 11:13:19 阅读 673 评论 4 字号：大中小订阅有关共显性标记数据判读问题，现在这再做个解释：在中有一个双倍体SSR 数据的计算实例：/* Test Data Set II: Diploid Data */ Number of populations = 4 Number of loci = 21 Locus name : AAT-1 AAT-2 AAT-3 ACO ADH DIA-1 DIA-3 EST-2 GDH G6P HA IDH MDH-1 MDH-2 MDH-3 MDH-4 PEP-1

2、 PEP-2 PGI-2 PGM SPG-2 AA AA AA AA BB AB AA AB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB BB AC AA AB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA BC AC AA AB AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB CC AA BB A

3、B AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AC AA AA AA AB AA AA AA AA AB AB AC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AB AA AA AA BC AC AA AB AB AA AA AA AA AB AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AA AA AA AA AA A

4、A AA BC AA AB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AB BC BC AA BB AB AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AC AA AA AA AA AB AC AB AA BB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA BC AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC A

5、A AA AA AA AA AB AA AC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AB AB AC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AB AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AA AA AA AA AA AA AA BB AA AB AA AA AA AA AA AA A

6、A AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB BC AA AA AB AC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AC AA BB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB BB BC AA BB AA AC AA AA AA AA AA AA AA AA AC AD AA AA AA AA AA AB BC AA AB AB A

7、A AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB BC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AC AA AA AA AA AA AA BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA BC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA BD BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AE AA AA AA AA AB C

8、C BB AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 1 页，共 3 页 - - - - - - - - - AA AA AA AA BC BB AA AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB CC BB AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA BB B

9、C AA AB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB BC AA AA BB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AB AC AB AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AB BC BB AA BB BB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AB AB AB AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA A

10、A AA AA AB CC AB AA AA AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AC AA AA AA AA AA AB AB AB AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC BC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB A

11、A AA AA AC AA AA AA AA AA BB AC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA AB AA BE BB AA BB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB BC AA AB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA BB AA CC AA AB AB AA AA AA AA AA AA BC AA AA AA AA AA AA AA AA AB AC BC AA BB BB AA AA A

12、A AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA BB AA AC AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AB BB AC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AC AA AA AB AA AA AA AB AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA BC BC A

13、A BB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AC AA AA AB AA AA AB CC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA BC AA AB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AB AA AA AA AA AA AA AA AA BC AA AA AA AA AA AA AA AA AA BC BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA A

14、A AA AA AA AC AA AA BB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AB AB BB AA AB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AC AA AA AA AA AA AB BC AB AA AB AB AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AB AA AA AA AA AB BC AB AA AB AB AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AB AA AA AA AA AA BB AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA BB AA A

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16、A AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA BB AA CC AA AB AB AA AA AA AA AA AA BC AA AA AA AA AA AA AA AA AB AC BC AA BB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AB AB AA BB AA AC AB AA AB AA AA AC AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AB BB AC AA BB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AC AA A

17、A AB AA AA AA AB AA AA AB AA AA AA AA AA AC AA AA AA AA AB AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 2 页，共 3 页 - - - - - - - - - AA AA AA AA BC BC AA BB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AC AA AA AB AA AA AB CC AA BB A

18、A AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA BC AA AB BB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AB AA AA AA AA AA AA AA AA BC AA AA AA AA AA AA AA AA AA BC BC AA AB AB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AC AA AA BB AA AA AA AA AA AA AB AA AA AA AA AA AA AA AA A

19、B AB BB AA AB AA AA AA AA AA AA AA AB AA AA AC AA AA AA AA AA AB BC AB AA AB AB AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AB AA AA AA AA AB BC AB AA AB AB AA AA AA AA AA AA BB AA AA AA AB AA 其中我们能看出这里分析了某个物种4 个群体的遗传多样性，标记的个数为21，locus name下的为 21 对SSR，我们来看引物AAT-1 ，群体型数据中左侧第一纵列为该引物的扩增情况，依次类推，我们再看引物ACO，可观察到有3 种等位基因 ： AA/BB/CC/; 我们看前 4 个个体的扩增情况应该为0100 （BB ） 、1000(AA) 、0100(BB) 、0110(BC) （其中 0 为空白， 1 为有带扩出），依次类推，我们就能将扩增情况与等位基因一一对应起来。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 3 页，共 3 页 - - - - - - - - -