2022年DNAssist软件使用教程 .pdf

《2022年DNAssist软件使用教程 .pdf》由会员分享，可在线阅读，更多相关《2022年DNAssist软件使用教程 .pdf（15页珍藏版）》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。

1、DNAssist 可不仅仅是对测序结果的。它处理我们平常需要的一些关于DNA，RNA 和蛋白质的基本数据，对表达非常有帮助。这里用一个例子来说明它的功能。主要演示对测序报告（序列比对） ； DNA 的物化性质、限制性酶切位点图谱分析；分析蛋白质的物化性质、抗原性、疏水性。1. 安装好 DNAssist1.0后，从开始 /程序中打开这个软件。2.打开后的界面如图。3. 现在我们来进行一个序列比对（Align ） 。我常这样对比测序报告；或看某个基因在融合蛋白基因的哪个位置等。这里说对测序结果。建立一个新的DNA 序列，即file/new/DNA。然后把预期的 DNA 序列（如AB-CTB）拷进去

2、。注意！ ！只能是纯粹的ATGC，而不能有空格和其他字母！否则不能拷贝进去！这个问题我们实验室来来去去的人不知道问过我多少遍：（名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 1 页，共 15 页 - - - - - - - - - 4.再同样新建一个DNA 序列，把测序结果拷贝进去（自动编为sequence 0 ） 。也要注意同上！ ！因为测序结果里面有N，必须把这些N 去掉，一个不剩，否则拷不过去！如果觉得好长的结果里面才有一个N 而舍不得把序列都删掉的话，就把它换成ATGC 中

3、的一个就可拷贝了，不过要自己记住呀： ）名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 2 页，共 15 页 - - - - - - - - - 5.序列比对。用工具栏Analyze/Align.命令，出现Align sequences 窗口。将这两个序列的名称都点一下，选中，然后单击Align 。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 3 页，共 15 页 - -

4、 - - - - - - - 6. 哇！ 怎么这样啊！ 这么多没有对上？！ 再去看测序结果和原来从NCBI 上找到的序列对不对.原来是用的反向测序，我们需要用反向互补序列来对结果：）名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 4 页，共 15 页 - - - - - - - - - 7.不怕！将测序结果（sequence 0）全部选中，用Convert/Reverse-complement（反向互补）命令把它换过来。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - -

5、 - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 5 页，共 15 页 - - - - - - - - - 8. 然后再进行Analyze/Align.。紫红色部分都是序列相同的。前面是几个是先头几个测序不太准的，不管它。中间有一个C 变成了 A，是我做的突变。怎么样！感觉不错吧：）名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 6 页，共 15 页 - - - - - - - - - 9. 再说 DNAssist 其他功能。一个是找开放

6、阅读框（ORF） 。用 Analyze/Find ORF . 命令可以找到阅读框。它从第一个ATG 开始找，到遇见一个终止密码子为止。点Find next可以挨个找，点几下就什么都明白了： ）名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 7 页，共 15 页 - - - - - - - - - 10.分析 DNA 物化性质。 用 Analyze/Properties/Physicochemical命令， 出现如下窗口。 我们可以知道序列长度为441bp ，ATGC 各有几个， GC

7、 含量 37% ，单、双链时的分子量，退火温度等。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 8 页，共 15 页 - - - - - - - - - 11. 酶切位点分析。这可是个十分重要的功能。用Analyze/Restriction mapping命令，出现Restriction enzymes 窗口。这里列举了他们知道的所有酶切位点：）你可以选择其中你知道的所有酶（尤其是可能用到的酶，还是要多些），以免以后的结果中显示了太多的酶切位点而令人目眩。确定。名师资料总结 - -

8、 -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 9 页，共 15 页 - - - - - - - - - 12. 这里将结果用两种方法显示。一种是简捷的Graphic Map 。一种是详细的Restriction map。后者不但列出酶切位点在双链DNA 的哪个位置，还能够列出相邻酶的酶切片段的长度和起止位置，以及出现和没有出现的酶切位点。都可以打印下来。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - -

9、 - 第 10 页，共 15 页 - - - - - - - - - 13. DNAssist还有个很绝的功能。 分析质粒序列时可用Convert/Circularize命令将它环化后分析，就不会漏掉酶切位点了：）名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 11 页，共 15 页 - - - - - - - - - 14. 还可以做简单的蛋白质分析。我们把刚才的那个AB-CTB 序列用 Convert/DNAprotein命令转化为蛋白质序列。名师资料总结 - - -精品资料欢迎

10、下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 12 页，共 15 页 - - - - - - - - - 15.用 Analyze/Properties/Physicochemical命令分析可以知道分子量16kD 、氨基酸组成、等电点等物化性质。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 13 页，共 15 页 - - - - - - - - - 16.还可以用Analyze/Properties/Antigenicity 和 Analyze/Properties/Hydrophobicity分析蛋白质的抗原性和疏水性。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 14 页，共 15 页 - - - - - - - - - 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 15 页，共 15 页 - - - - - - - - -