2022年烟草核酸数据库管理系统操作手册 .pdf

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1、烟草核酸数据库管理系统用户手册Version 1.0 云南省烟草科学研究所2006-12-18 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 1 页，共 11 页 - - - - - - - - - 1 一 安装指南点击安装程序中的setup.exe ，如果提示安装.NET Framework，则先安装 .NET Framework后再点击 setup.exe进行安装。运行过程中出现错误时选择“忽略”。点击下一步，可以选择安装目录，比如程序安装在C: Program FilesPr

2、oject1目录，点击确定自动完成安装，重新启动计算机后便可以使用该软件。二 系统环境操作系统： Windows 2000系列配 置： CPU：主频 1G 以上；内存： 256M 以上；硬盘： 40G 以上。三 系统功能及操作3.1 主界面名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 2 页，共 11 页 - - - - - - - - - 2 双击烟草核酸数据库管理系统的快捷方式，进入本系统。如果是第一次运行本系统，根据提示，设置核酸数据库的保存目录如图1。如果该目录已存在数据库

3、文件，并且需要保留则在“保留原有数据” 。设置完毕后进入主界面。图 1 主界面包含各个功能模块的导航菜单，选择相应的模块进入相应的功能界面，如图 2。图 2 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 3 页，共 11 页 - - - - - - - - - 3 3.2 实验组模块3.2.1实验组查询功能的实现打开实验组的索引窗口，可以显示所有实验组的列表，已经当前列表中指针所指记录的详细信息。通过在模糊窗口中打入需要查询的内容，可以在数据库内进行全文搜索，在列表中显示出符合条件

4、的记录。当指针选到某一条记录的时候，下面窗口的区域会自动显示出该条记录的详细信息。同时在通过左边的菜单可以实现相应的操作，包括对该实验组内的序列进行查询，为该实验组添加新的序列和删除相应的序列。如图 3 图 3 3.3.2实验组的添加、编辑功能对于实验组的内容是进行手工添加的，打开手工添加窗口后按照表单内容进行填写，点击确定按钮便可将内容保存到数据当中。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 4 页，共 11 页 - - - - - - - - - 4 在实验组的列表中选择好

5、记录，点击左边的命令菜单的删除按钮可以将该条实验组的内容删除。点击编辑命令或者直接双击所要选择的记录，打开编辑窗口，直接对实验组的内容进行编辑。如图4 图 4 3.3 序列管理模块的实现与实验组管理模块一样，主要是实现对于DNA 序列的查询和编辑功能。3.3.1序列的查询功能的实现打开序列的查询窗口，可以显示所有数据库内保存的序列列表，而窗口的下面部分则是序列的详细内容， 包括：序列的名称编号， 原始序列， 修改后的序列、 ABI图像以及保存的 blast结果。通过左边的命令条的查询命令可以按不同的条件查询相应的序列。包括模糊查询、按组查询、按照序列的长度查询等。可以单独或者批量选择序列。并且

6、对选择的序列进行相应的操作。如图5：名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 5 页，共 11 页 - - - - - - - - - 5 图 5 3.3.2编辑模块的实现：在序列列表中选定相应的序列后，可进行相应的操作。包括删除，编辑。点击编辑菜单或者双击之后，可进行相应的编辑。关于序列的添加主要可以实现手工的逐条添加，或者从批量选定的测序报告中进行读取添加，并自动把测序文件的文件名作为序列编号，对序列进行识别。如果设定了前后引物，在进行添加的过程，本系统能够自动剪切获得引物

7、间的序列。导入的文件有两种格式，一种是纯文本的序列文件或者是ABI 测序报告文件。如图6 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 6 页，共 11 页 - - - - - - - - - 6 图 6 添加序列可以批量选择序列文件进行添加。按照图7 所示，填写序列有关的信息，进行序列导入。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 7 页，共 11 页 - - -

8、 - - - - - - 7 图 7 3.4 辅助编辑模块的实现辅助编辑模块，主要包括核酸序列编辑器和ABI 文件分析器两个功能的实现。3.4.1核酸序列编辑器的功能核酸编辑器有两个文本编辑器，上面的文本编辑主要保存和现实最初的原始序列，而修改后的序列则显示和保存在下面的编辑框里。在核算序列编辑器中可以很方便的对 DNA 序列进行各种分析操作。主要包括几个方面的功能：（1）从虚列文件中导入序列， 在设定好引物的情况下， 对原始序列进行剪切，并在下面的编辑框内现实剪切后的序列，每个序列框都能显示序列的长度。（2） 序列本身可以进行定位查找的分析， 也可以按照一定格式显示序列的内容。（3）可以随时

9、查看任一文本框中序列的互补序列，并且将该序列保存到文件当中。3.4.2 ABI文件分析器的功能实现如图 8 所示，打开 ABI 测序文件后，测序文件的图像在右上部分。右下则是从测序文件中读出来序列。 左边主要是图像上面指针运动的参数可查找序列的对话框，主要功能包括：名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 8 页，共 11 页 - - - - - - - - - 8 （1）可以查找某一段序列， 并且进行定位， 在设定好开始和末尾的位置可以从中间切下一段序列。（2）根据设定的引物

10、进行剪切，并且可以在图像上对引物进行定位。（3）可以导出序列文本和图像文件，存储为位图格式。（4）可以打开和读取其他的ABI 测序文件。图 8 3.5 辅助分析模块本系统的辅助分析模块主要可以将选定的序列提交到远程的NCBI 进行 blast，blast的结果可以按照文本或者html 格式文件进行保存。在分析blast结果的过程中可以根据 GENBANK 的某条基因序列的ID 号直接查询到关于该条基因的详细信息。本系统的可以自动批量对若干序列进行比对，也可以单独为所选的序列进行比对，如图 9。其他的分析功能就是实现对序列的条件查询。包括全文的模糊检索，按照序列的长度进行检索能功能。并且可以将所

11、选的序列导出，生成相应的文本文件。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 9 页，共 11 页 - - - - - - - - - 9 图 9 3.6 系统维护模块主要是包括数据库文件的设定，备份和重置。如图10。图 10 四 相关说明实现技术： VB.NET（VB for .NET Framework ）名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 10 页，共 11 页 - - - - - - - - - 10 系统文件说明：Seq.bd ：包含数据库路径、密码等信息。Seq.dll：数据库文件。SEQtools ：系统文件的各种参数其他文件均为系统文件。系统文件存放初始文件夹为软件的安装文件夹的文件夹“seqtool”中，软件运行后，可以选择指定存放位置。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 11 页，共 11 页 - - - - - - - - -