2022年LAMMPS最新稳定版单机并行安装成功教程 .pdf

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1、LAMMPS最新稳定版单机并行安装成功教程制作者： zhjs 注：本安装教程采用 lammps-10Aug15这个版本，目前这是官方放出的最新的稳定版本，fftw 采用fftw-3.3.4 这个版本，最新版的， mpich 采用最新版 mpich-3.2，在 CentOS 7.0系统下安装， 貌似上面三个最新包有的需要c+11标准的编译器编译，所以请确保你的机器上已经安装了所需的编译器，一般用的 gnu 编译器版本在 4.8.1 及以后的版本都支持c+11标准，想要查看自己的版本，在终端输入：g+ -version 回车，即可看到版本号。由于安装过程需要root 权限，所以为了方便，请在roo

2、t 用户下安装。上述三个安装包可以从CSDN里下载，搜索：“最新稳定版 lammps+最新 fftw+最新 mpich”或者自行百度下载。1. 首先，在 /home 文件夹下建立两个文件夹，一个放安装文件（如software） ，另一个作为安装文件夹（如vm） ，将安装包lammps， mpich，fftw 放到 software 文件夹下，全部解压。注意：确保文件夹的名称中没有中文字符，不然很可能会出错1.1 安装 fftw：进入解压好的 fftw 目录下，在终端执行：./configure -prefix=/home/vm/fftw3 -enable-float 回车（ =号后面是安装路径

3、，这个软件将会安装到/home/vm/fftw3 这个文件夹下）执行完成后，再在终端输入：make make install 没有出错的话，就安装完成了。 。 。 。 。 。 。 。 。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 1 页，共 8 页 - - - - - - - - - 1.2 安装 mpich ：进入 mpich 文件夹下，在终端执行：./configure -prefix=/home/vm/mpich3 -enable-float make make insta

4、ll 1.3 设置环境变量：进入终端，执行：cd vi .bashrc 在打开的文档的最下面添加fftw 和 mpich 的 lib 路径和 bin 路径：export PATH=/home/vm/mpich3/bin:/home/vm/fftw3/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/vm/mpich3/lib:/home/vm/fftw3/lib:$LD_LIBRARY_PATH 保存后（ vi 不会使用的自行百度哇） ，在终端执行：source .bashrc echo $PATH 查看刚才的路径有没有添加上。1.4 mpich特殊设置：在终端，执

5、行：ifconfig -a 将会出现计算机的ip 找到以 lo: 开头的那段，下面的inet 后面有一串 ip，记下来（我的是inet 127.0.0.1）名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 2 页，共 8 页 - - - - - - - - - 在终端中执行：vi /etc/hosts 在打开的文档最下面添加：xxx.xxx.xxx zhjs-pc zhjs-pc xxx.xxx.xxx是刚才记录下来的ip，zhjs-pc是你的计算机的名称保存。 。 。 。 。 。进入

6、 /etc 文件夹下面，在里面创建一个名称为mpd.conf 的空文件，在里面填写上：MPD_SECRETWORD=mr45-j9z（等号后面的字符串随便写）保存，然后在终端中给这个文件加上权限：cd /etc chmod 600 mpd.conf 完成。 。 。 。 。 。测试一下，假如你的系统里有gedit 这个文本编辑软件，进入终端输入：mpirun np 2 gedit 如果顺利打开了两个新建文件，则说明配置成功。 。 。 。 。你也可以用其他软件尝试名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - -

7、- - - - - 第 3 页，共 8 页 - - - - - - - - - 1.5 安装 lammps ：进入已经解压的 lammps 文件夹下，进入 src目录下，然后进入其中的MAKE文件夹下，里面有个 Makefile.mpi 文件，用文本编辑器打开，修改里面的一些东西：（用颜色显示的表示要修改的）# mpi = default MPI compiler, default MPI SHELL = /bin/sh # - # compiler/linker settings # specify flags and libraries needed for your compiler C

8、C = g+ #mpicxx CCFLAGS = -g -O3 SHFLAGS = -fPIC DEPFLAGS = -M LINK = g+ #mpicxx LINKFLAGS = -g -O LIB = SIZE = size ARCHIVE = ar ARFLAGS = -rc SHLIBFLAGS = -shared # - # LAMMPS-specific settings, all OPTIONAL # specify settings for LAMMPS features you will use # if you change any -D setting, do full

9、 re-compile after make clean # LAMMPS ifdef settings # see possible settings in Section 2.2 (step 4) of manual LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP # MPI library # see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual # MPI wrapper compiler/linker can provide this info # can point to dummy MPI library in src/STUBS as

10、 in Makefile.serial # use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C+ lib conflicts # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings # PATH = path for MPI library 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 4 页，共 8 页 - - - - - - - - - # LIB = name of MPI library MP

11、I_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/home/vm/mpich3/include MPI_PATH = -L/home/vm/mpich3/lib MPI_LIB = -lmpich -lmpl -lpthread # FFT library # see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual # can be left blank to use provided KISS FFT library # INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings

12、 # PATH = path for FFT library # LIB = name of FFT library FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -DFFT_SINGLE -I/home/vm/fftw3/include FFT_PATH = -L/home/vm/fftw3/lib FFT_LIB = -lfftw3f 注意：上面的 FFT_INC = 中，FFTW有个 3，FFTW3 # JPEG and/or PNG library # see discussion in Section 2.2 (step 7) of manual # only needed if -D

13、LAMMPS_JPEG or -DLAMMPS_PNG listed with LMP_INC # INC = path(s) for jpeglib.h and/or png.h # PATH = path(s) for JPEG library and/or PNG library # LIB = name(s) of JPEG library and/or PNG library JPG_INC = JPG_PATH = JPG_LIB = # - # build rules and dependencies # do not edit this section include Make

14、file.package.settings include Makefile.package EXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC) $(JPG_INC) $(PKG_SYSINC) EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(JPG_PATH) $(PKG_SYSPATH) EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(JPG_LIB) $(PKG_SYSLIB) EXTRA_CPP_DEPENDS = $(PKG_

15、CPP_DEPENDS) EXTRA_LINK_DEPENDS = $(PKG_LINK_DEPENDS) # Path to src files vpath %.cpp . vpath %.h . # Link target 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 5 页，共 8 页 - - - - - - - - - $(EXE): $(OBJ) $(EXTRA_LINK_DEPENDS) $(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ)

16、 $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE) $(SIZE) $(EXE) # Library targets lib: $(OBJ) $(EXTRA_LINK_DEPENDS) $(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ) shlib: $(OBJ) $(EXTRA_LINK_DEPENDS) $(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(SHLIBFLAGS) $(EXTRA_PATH) -o $(EXE) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) # Compilation rules %.o:%.cpp $(EXTRA

17、_CPP_DEPENDS) $(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $ %.d:%.cpp $(EXTRA_CPP_DEPENDS) $(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $ $ %.o:%.cu $(EXTRA_CPP_DEPENDS) $(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $ # Individual dependencies DEPENDS = $(OBJ:.o=.d) sinclude $(DEPENDS) 修改完成后，保存，接下来就是选择性编

18、译了，由于lammps 加入了很多用户自己编写的势函数或者功能，所以在src目录下有很多文件夹，事实上你只需要编译自己需要的就可以了，假如你需要 coreshell模型，会发现里面有个CORESHELL文件夹（当然很多势函数都是lammps 原生支持的，可能就没有相应的文件夹了，这种情况不需要处理，直接编译就行），然后进入 CORESHELL文件夹，发现里面有个Install.sh文件在此文件夹下进入终端，在终端中运行此文件：sh Install.sh 1 即可，这样在编译的时候就能够把coreshell模型给加上了假如我还想安装body 这个模型， src文件夹下有一个 BODY文件夹，和上

19、面一样进入这个文件夹运行 Install.sh 文件，但是居然发现里面没有Install.sh这个文件，此时退出这个文件夹，退到 src文件夹下，把 src文件夹下的 Install.sh文件复制到 BODY文件夹下，然后在名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 6 页，共 8 页 - - - - - - - - - BODY文件夹里面进入终端运行此文件：sh Install.sh 1 这样，就把 body 这个模型加上了也就是，如果那个文件夹下有Install.sh这个文件

20、，则直接执行，如果没有，则把外面的src文件夹下的 Install.sh复制进去，然后执行之。 （下面有注意事项 ）需要的模型配置好后，在src目录下进入终端执行：make mpi 这样就在编译了，如果想使用多个cpu 核心一起编译（能显著加快编译速度） ，可以这样：make mpi j5 其中 5 表示使用 4 个核并行编译编译过程如果没有出错，会在src目录下生成一个 lmp_mpi 可执行文件，这就是我们想要的。注意：由于某些原因，并不是所有功能都能够编译，至少我的机子是如此（我的貌似那些USR- 开头的文件夹都不能够编译） ，我也不想探索了，如果加入的话，你在make mpi时候会出错

21、，得不到最终文件。假如你用上面的方式把USER-ATC 文件夹下的功能加入进去了，编译可能会出错，最后中断（我的是这样），此时如果你不需要这个功能，你可以把这个功能去掉，去掉的方式是进入这个文件夹，然后进入终端执行这个文件夹下的Install.sh文件：sh Install.sh 0这样就可以把这个功能去掉了（当然如果你一开始没有加入这个功能的话，就不需要这样了）注意，去掉功能之后，你要在src目录下进入终端执行：make clean-all 清除一下，然在再重新编译：make mpi (或并行编译 ) 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 7 页，共 8 页 - - - - - - - - - 所以大家在编译前想要加入一些lammps 本身没有的功能，而lammps 又提供了的功能，最好只加入你需要的那些功能，不需要的就不要加入了。祝大家安装成功！ ！名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 8 页，共 8 页 - - - - - - - - -