NCBI分子数据库介绍.doc

《NCBI分子数据库介绍.doc》由会员分享，可在线阅读，更多相关《NCBI分子数据库介绍.doc（4页珍藏版）》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。

1、-作者xxxx-日期xxxxNCBI分子数据库介绍【精品文档】NCBI分子数据库介绍信息来源：中国生命科学论坛更新时间：2003-10-12 2:33:00 核酸序列(nucleotides) Entrez核酸 - 用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。 RefSeq - NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将

2、来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。 dbEST - 表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。 dbGSS -基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。 dbSTS -序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。 dbSNP - 单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态

3、重复单元，和微卫星变异。 完整的基因组 参见 Genome 和 Maps 部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。 UniGene - 被整理成簇的EST和全长 mRNA 序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以 cluster 形式在 Unigene 网页下载，完整的数据可以从FTP站点 repository/UniGene 目录下下载。 1. 奶牛 UniGene 2. 人类 UniGene 3. 小鼠 UniGene 4. 大鼠 UniGene 5. 斑马鱼 UniGe

4、ne BLAST - 将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似的序列。（更详细的信息见下面 Tools/Sequence 相似搜索部分） 蛋白序列(proteins) Entrez蛋白 -用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。 RefSeq - NCBI数据库的参考序列。Curated, 非冗余集合包括基因组DNA contigs,

5、已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。 FTPGenPept - 下载genpept.fsa.Z文件，这个文件包含了从GenBank/EMBL/DDBJ记录中翻译过来的FASTA格式的氨基酸序列，这些记录都有一到两个CDS特性的描述。 Conserved Domain Database (CDD) - 蛋白质经常包含若干模块或域，每个有不同的进化源及功能。CD-Search 服务可用来标记保存域中的蛋白质序列。完整的基因组 参见 Genome 和

6、Maps 部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。 Entrez基因组 - 提供了一个编码区的概要和各种物种的分类表（TaxTable）。编码区概要列出了在基因组中所有的的蛋白，并提供链接到FASTA文件和BLAST。分类表总结了蛋白BLAST分析的结果，建议他们的可能功能，并用颜色编码的图来显示物种同其它物种之间的关系（参见下面Genomes和Maps,部分Entrez基因组的一般描述） FTP基因组蛋白 - 从ftp站点的genbank/genomes目录下下载各种物种的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。参见r

7、eadme文件。蛋白表也可以在Entrez基因组中看到。 PROW - Web上的蛋白资源，关于大约200种人类的CD细胞表面分子的简短官方向导。互相检索，为每个CD抗原提供大约20中标准信息的分类（生化功能，配体，等等） BLAST - 将你的序列同蛋白库中的的序列比较，检索相似的序列。（更详细的信息见下面 Tools/Sequence 相似搜索部分） 结构(structures) 结构主页 - 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。 MMDB：分子模型数据库 - 一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X

8、-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brookhaven蛋白数据库（PDB）三维结构的一部分，排除了那些理论模型。MMDB重新组织和验证了这些信息，从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。数据的说明书包括生物多聚体的空间结构，这个分子在化学上是如何组织的，以及联系两者的一套指针。利用将化学，序列，和结构信息整合在一起，MMDB计划成为基于结构的同源模型化和蛋白结构预测的资源服务。MMDB的记录以ASN.1格式存储，可以用Cn3D, Rasmol, 或 Kinemage来显示。另外，数据库中类似的结构已经被用VAST确认，新的结构可以用VASTsearch来同数据库进行比较。

9、 Cn3D - See in 3-D， 一个用于NCBI数据库的结构和序列相似显示工具，它允许观察3-D结构和序列-结构或结构-结构同源比较。Cn3D用起来就象你浏览器上的一个帮助工具。 VAST - 矢量同源比较搜索工具-一个在NCBI开发的计算算法，用于确定相似的蛋白三维结构。每一个结构的结构邻居都是预先计算好的，而且可以通过MMDB的结构概要页面的链接访问。这些邻居可以用来确认那些不能被序列比较识别的远的同源性。 VAST 搜索 - 结构-结构相似搜索服务。比较一个新解出的蛋白结构和在MMDB/PDB数据库中的结构的三维坐标。VAST搜索计算一系列可能会被交互浏览的结构邻居，用分子图形来

10、观察重叠和同源相似。 分类学(taxonomy) NCBI的分类数据库主页 - 关于分类计划的一般信息，包括分类资源和同NCBI分类学家合作的外部管理者的列表。 分类浏览器 - 搜索NCBI的分类数据库，包括大于70000个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。可以检索一个特定种或者更高分类（如属，科）的核酸，蛋白，和结构记录。如果有新物种的序列数据被放到数据库中，这个物种就北加到（分类）数据库中。NCBI的分类数据库的目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 分类 BLAST - 详细的信息见下面 Tools/Sequence 相似搜索部分。【精品文档】