2022年分子生物学复习资料 .pdf
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1、读书之法 ,在循序而渐进 ,熟读而精思分子生物学复习资料第二章基因: 是 DNA 或 RNA中具有遗传效应的一段核苷酸序列,是遗传的基本单位和突变单位以及控制性状的功能单位;简单来说,基因是具有遗传效应的DNA 片段,是控制生物性状的基本遗传单位。DNA 的一级结构 :是指四种脱氧核苷酸的排列顺序,又称为核苷酸序列或碱基顺序。DNA的一级结构决定着基因的功能。DNA 双螺旋的结构特点:(1)双螺旋中存在大沟和小沟;(2)碱基顶部基团裸露在DNA 大沟内 ;(3)蛋白质因子与DNA 的特异结合依赖于氨基酸与DNA 间的氢键的形成;(4) 蛋白质因子沿大沟与DNA 形成专一性结合的机率与多样性高于
2、沿小沟的结合;(5)大沟的空间更有利于与蛋白质的结合;(6)每一条单链具有53 极性;两条单链间以氢键连接;两条单链极性相反,反向平行;以中心为轴,向右盘旋(B-DNA)。DNA 分子变性: 天然存在的双链DNA 具有规则的双螺旋结构,当 DNA 被加热或在某些试剂的作用下,配对碱基之间氢键和相邻碱基之间的堆集力就会受到破坏,逐步变为近似于无规则的线团构型的单链变性DNA。 这种由双螺旋结构状态转变成单链无规线团状态的过程叫作DNA 变性,也称熔解。变性过程的表现: 单链 DNA 粘度降低 单链 DNA 沉降速度加快 单链 DNA 分子的 A 260 nm UV 吸收值上升(碱基序列被打乱)
3、影响 DNA 复性过程的因素:(1)阳离子浓度(2)复性反应的温度Tm - 25 (60-65) (3)单链 DNA 分子的长度(4)单链 DNA 的初始浓度C0 (5)DNA 分子中核苷酸的排列状况(随机排列,重复排列)精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 1 页,共 15 页读书之法 ,在循序而渐进 ,熟读而精思经典的基因概念:(1)基因是染色体上的实体;(2)基因象链珠一样,孤立地呈线状地排列在染色体上;(3)基因是功能、突变、交换、“三位一体”的最小的不可分割的基本的遗传单位;顺式作用因子:存在于基因序列旁侧能影响基因表达的序列。
4、包括启动子、增强子、 调控序列和可诱导元件等,作用是参与基因表达的调控。顺式作用元件本身不编码任何蛋白质,仅提供一个作用位点,要与反式作用因子相互作用而起作用。通过核苷酸自身的特异二级结构控制与它紧密连锁的结构基因的表达反式作用元件: 是能直接或间接地识别或结合在顺式作用因子核心序列上参与调控靶基因转录效率的蛋白质。有时也称转录因子。大多数真核转录调节因子由某一基因表达后, 可通过另一基因的特异的顺式作用因子相互作用,从而激活另一基因的转录。通过扩散自身表达产物(酶,调节蛋白)控制其他基因的表达。可转录,可翻译调节蛋白的DNA 功能区。可通过互补测验体系确定其功能区域。重复基因概念:重复基因指
5、染色体上存在多数拷贝基因,重复基因往往是生命活动最基本,最重要的功能相关的基因。重叠基因的概念:两个或两个以上的基因共有一段DNA 序列,或者是指一段DNA 序列成为两个以上基因的组成部分。重叠基因有多种重叠方式。极性突变的基本概念:在一个操纵子中,与操纵基因毗连的结构基因发生终止突变后,它除了影响该基因本身产物的翻译外,还影响其后结构基因多肽的翻译,并且具有极性梯度的特征。断裂基因(真核生物所特有的):真核生物中基因具有不连续性,即一个基因的编码序列往往被一些非编码序列分隔开。基因中能够转录并进一步编码多肽链合成的部分称为外显子,而在转录后会被剪除的部分则称为内含子。原核生物复制方向:单起点
6、,双方向;真核生物复制方向:多起点,双方向;DNA 双螺旋有A、 B、Z型,天然状态下的DNA的分子构象主要以B-DNA为主;钠离子浓度大的时候主要以Z-DNA 、 A-DNA为主。第三章DNA 复制 :亲代双链DNA 分子在 DNA 聚合酶的作用下,分别以每单链DNA 分子为模板,聚合与自身碱基可以互补配对的游离的dNTP , 合成出两条与亲代DNA 分子完全相同的子代DNA 分子的过程。复制子: 一个 DNA 起点所控制的DNA 序列为复制子,即复制起点,原核生物的复制子通常为一个,而真核生物的复制子则为多个。精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - -
7、- - -第 2 页,共 15 页读书之法 ,在循序而渐进 ,熟读而精思复制体: 是在复制叉组装的蛋白质复合体,负责DNA 的合成。包括DNA 聚合酶、引发体、SSB 、解旋体等。DNA 复制的五个特点: (1)有一定的复制起始点(2)半保留复制(3)需要引物(4)双向复制(5)半不连续复制DNA 的呼吸现象:DNA 复制原点处氢键迅速断裂与再生,导致两条DNA 链不断解裂与聚合,形成瞬间的单泡状结构的过程(在富含 AT区域尤为明显) 。DNA 复制的“呼吸现象”常温下,活体内双链DNA 分子中富含AT的变性核心区( 启动子、 终止子区) 常表现氢键的断裂与形成的“DNA 呼吸现象”。 这对于
8、某些特殊的蛋白质与DNA 结合并阅读链内信息具有重要作用。请简述真核生物DNA 复制时是如何避免5 末端短缩的。 (20 分)端粒酶( TTGGGG )与染色体DNA 末端的 3 单链区域结合(5 末端短缩后,留下3 游离的单链末端) , 端粒酶中的RNA 与 DNA 配对,并以 CCCCAA 序列为模板, 以 DNA 的 3 -OH为引物,完成( GGGGTT )一个重复单位的延伸后,端粒酶沿着DNA 链想 3 末端移动,再次启动下一个重复单位的复制,如此循环复始,当一条数十次重复的cDNA端粒末端合成后,3 单链自行回折,并在G-G 之间以 Hoogsteen 键配对方式连接,最后与5 末
9、端结合,不仅解决了 5 末端短缩问题,而且所形成的封闭式DNA 末端保证了染色体结构的稳定。拓扑异构酶: 对单链的亲和力要比对双链高的多,它仅催化单链的瞬时断裂和再连接,且不需要等提供能量。大肠杆菌的拓扑异构酶只能松弛负超螺旋,不能松弛复制叉前方因复制而引入正超螺旋真;核生物和古细菌的拓扑异构酶即可松弛负超螺旋也可松弛正超螺旋。拓扑异构酶:可催化两条链同时断裂和再连接,它通常需要功能。第四章突变: 是遗传物质发生了可遗传的改变,而这种改变可发生在染色体水平和基因水平上。突变类型:分为点突变 和插入 与缺失 突变。插入或缺失不等于3 的倍数的核苷酸,引起读码框架的改变。叫移码突变。基因突变的种类
10、:按核苷酸取代类型:转换(嘌呤中间或嘧啶间的互换)颠换(嘌呤与嘧啶间的互换)按突变对密码子的改变类型:错义突变: DNA 突变引起 mRNA密码子变为另一个氨基酸密码。无义突变:DNA 突变引起mRNA密码子变为一种终止密码。同义突变:DNA 突变虽引起mRNA密码子变为另一种密码,但由于密码子的简并性, 未使编码的氨基酸发生改变。精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 3 页,共 15 页读书之法 ,在循序而渐进 ,熟读而精思自发突变: 特指在 DNA 复制过程中, 由于细胞内碱基异构体替代正常结构的碱基掺入到DNA分子中,引起的复制的错
11、误,或由于重复序列间的不对称交换形成的突变。基因的诱发突变:物理诱变:(1)电离辐射,如、 、射线(2)非电离辐射,如紫外线化学诱变:(1)抑制碱基合成的诱变剂,如6-巯基嘌呤(2)碱基类似物,如5-溴尿嘧啶(3)修饰碱基结构的诱变剂,如亚硝酸(4)插入诱变剂,如吖啶橙DNA 损伤修复方式:(1)直接修复:光修复、转甲基作用和直接连接作用(均属于无差错修复);(2)取代修复: 切除修复、 重组修复、 SOS修复(后二者属于有差错倾向修复);紫外线照射引起的DNA 损伤: 当 DNA 受到紫外线照射时,其碱基发生电子跃迁而处于激发状态,由于水合作用使相邻的两个嘧啶碱基形成环丁烷嘧啶二聚体。 最常
12、见的胸腺嘧啶二聚体通常发生在同一DNA 链上两个相邻的胸腺嘧啶之间,也可以发生在两个单链之间,这种形式的二聚体结构很稳定。二聚体通常会引起DNA双螺旋发生局部的弯曲和扭结,直接影响DNA 复制和转录过程光修复: 光修复只作用于紫外线引起的嘧啶二聚体。光修复过程中, 光复活酶发挥了重要作用。在可见光存在时,光复活酶将嘧啶二聚体裂解,恢复到正常状态。光复活酶沿着 DNA 链滑动来识别嘧啶二聚体并与其结合,但要解开二聚体结构,还需要可见光激活(蓝光) 。切除修复: 这种修复机制可适用于多种DNA 损伤修复。该修复机制可以分别由两种不同的酶来发动,一种是核酸内切酶,另一种是DNA 糖苷酶。(1) 特异
13、性的核酸内切酶或DNA 糖苷酶识别DNA损伤部位, 并在该部位的5 端作一切口;(2)由核酸外切酶从5 3端逐一切除损伤的单链;(3)在 DNA 聚合酶的催化下,以互补链为模板,合成新的单链片段以填补缺口;(4)由 DNA 连接酶催化连接片段,封闭缺口;重组修复:(1)DNA 复制时,损伤部位导致子链DNA 合成障碍,形成空缺;(2)此空缺诱导产生重组酶(重组蛋白RecA) ,该酶与空缺区结合,并催化子链空缺与对侧亲链进行重组交换;(3)对侧亲链产生的空缺以互补的子链为模板,在 DNA 聚合酶和连接酶的催化下,重新修复切口;(4)亲链上的损伤部位继续保留或以切除修复方式加以修复;SOS修复:
14、这是一种在DNA分子受到较大范围损伤并且使复制受到抑制时出现的修复机制,以 SOS借喻细胞处于危机状态。精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 4 页,共 15 页读书之法 ,在循序而渐进 ,熟读而精思简述错配修复的机制:错配修复机制是建立在DNA 出现的甲基化的基础上,原核细胞内存在 dam 甲基化酶,能使位于5GATC序列中腺苷酸的N6 位甲基化,在复制过程中含有所需甲基化的碱基的亲代链充分甲基化,由于DNA 甲基化滞后于DNA 的合成, 新的子代DNA 链在合成大部分时期里保持着非甲基化, 错配修复系统具有既能识别非甲基化序列又能识别
15、新合成的子代链中的错配碱基对的能力,一旦发现错配碱基即将未甲基化链切除, 一段包含错误碱基的序列,并以甲基化的链为模板进行修复。第五章DNA 重组: DNA 分子内或分子间发生片段间重新组合,通过DNA 分子的断裂和连接所导致的遗传信息重组称为DNA 重组,也称遗传重组或基因重排。同源重组的酶学机制:( 1)两条同源双链DNA 分子排列在一起;( 2)核酸酶和RecBCD蛋白质复合体在DNA 特定序列chi(GCTGGTGG )上产生缺口;( 3)3 -端切口被RecA蛋白包裹形成RecA- 单链 DNA 细丝, 这些细丝相互交换并寻找相对的DNA 双螺旋上的相应序列,形成Holliday 结
16、构;( 4)Holliday 的中间体以两种方式中的一种拆分为两个DNA 双螺旋。与 DNA重组有关的酶名称编码基因主要功能Rec A(重组蛋白A)rec A1. 诱发 SOS反应、促进单链DNA 与同源 DNA 发生链交换;2. 具有多种酶促活性,包括具有蛋白水解酶的活性。Rec Erec E外切核酸酶活性,参与DNA 重组Rec Frec F与双链 DNA 和单链 DNA 结合Rec Orec O促进互补的单链DNA 的复性RecRrec R参与 DNA 的修复与重组Rec BCD(重组酶 BCD)recB, rec C, rec D1. 依赖于 ATP的外切酶的活性;2. 可被 ATP增
17、强的内切酶的活性;3. ATP依赖的解旋酶的活性。Ruv A (DNA 重组与修复蛋白)ruv ADNA 解旋酶。特异的作用于Holliday 衔接点,并与RuvB相互作用,促进 Ruv A 及 RuvB沿着 DNA 链移动及双链DNA的解旋。RuvBruv B一种 ATP酶,具解旋酶的活性。RuvCruv C以低速度剪切Holliday衔接点。细菌的基因转移有四种机制:1. 接合 2. 转化3. 转导4. 细胞融合精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 5 页,共 15 页读书之法 ,在循序而渐进 ,熟读而精思转座子: 基因组中可以移动的
18、一段DNA 序列。转座子的转座特征:1.转座不依赖RecA;2.转座后靶序列重复;3.转座子有插入选择性;4.转座具有排他性;5.转座具有极性效应;6.活化临近的沉默基因;7.区域性优先。第六章原核生物 中的转录单位多为操纵子的 多顺反子真核生物 中的转录单位多为单顺反子 , 没有操纵子多顺反子: 几种不同mRNA 连在一起,相互之间由一段短的不编码蛋白质的间隔序列所隔开, 这种 mRNA 叫做多顺反子mRNA。 这样的一条mRNA 链能够编码几种蛋白质。单顺反子: 即一条mRNA 模板只含有一个翻译起始点和一个终止点,因而一个基因编码一条多肽链或RNA链。核心启动子包括:Sextama Bo
19、x : -35 site RNApol. 松弛结合位点(R siteRNApol. recognition site (R site) TTGAC (Sextama Box 6-10bp) Pribnow Box: -10 site RNApol. 紧密结合位点(B site TATAAT (pribnow Box 6-8bp) 转录起始位点:+1 RNA transcriptional startpoint (I site) A/G AGGTCCACC Sextama Box 与 Pribnow Box 间距 17bp, 全酶 =核心酶 +聚合酶全酶与启动子松弛结合而形成的复合体称为闭合启动
20、子复合体, 这时分子仍然保持闭合的双链形式。当到达启动子位置后,全酶在 亚基的参与下, 能在启动子处使得一小段区域发生融解而形成开放启动子复合体。 聚合酶与分子发生紧密结合后,这时分子是解旋开放的。亚基的作用 是能识别与聚合酶紧密结合的启动子,使与启动子相邻的基因被转录。操纵子: 在原核生物中, 若干结构基因课串联在一起,其表达受到同一调控系统的调控,这种基因的组织形式称为操纵子。典型的操纵子可分为控制区和信息区两部分。信息区由一个或数个结构基因串联在一起组成;控制区通常由调节基因(阻抑蛋白编码基因 I) 、启动基因( CAP和 RNA聚合酶结合区P)和操纵基因(阻抑蛋白结合位点O)构成。精选
21、学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 6 页,共 15 页读书之法 ,在循序而渐进 ,熟读而精思原核生物乳糖操纵子:原核生物乳糖操纵子的控制区包括调节基因I,启动基因P(其 CAP 结合位点位于RNA聚合酶结合位点上游)和操纵基因O;其信息区由 -半乳糖苷酶基因(lacZ) :催化乳糖水解成为葡糖糖及半乳糖; -半乳糖苷透性酶(lacY) :是一种在细胞膜上的转运蛋白质,促进乳糖进入细胞中; -半乳糖苷乙酰基转移酶(lacA) :是一种催化将乙酰基从乙酰辅酶A 转移至 -半乳糖苷的酶;串联在一起构成。当培养基中乳糖浓度升高而葡萄糖浓度降低时,
22、乳糖作为诱导剂与阻抑蛋白结合,促使阻抑蛋白与操纵基因分离;另一方面,细胞中cAMP 浓度升高, cAMP 与 CAP结合并使之激活, CAP与启动基因结合并促使RNA 聚合酶与启动基因结合,基因转录激活。乳糖操纵子的正负调控机制分别是:负调控:是指操纵子本身处于打开状态,但在某种物质的作用下使其关闭(1)没有乳糖存在时:I 基因编码的阻遏蛋白结合于操纵基因O 位置,使操纵子处于关闭或抑制状态而不能被转录。(阻遏蛋白的负调控)(2)有乳糖存在时: 乳糖作为诱导物可以作用于O 位点上阻遏蛋白使其变构,脱离 O 位;也可以作用于游离的阻遏蛋白使其变构,失去结合于O 位的能力。 乳糖操纵子开放,RNA
23、聚合酶可通读下游的结构基因,从而诱导乳糖操纵子的表达。(该模型为乳糖操纵子的负调控诱导模型)正调控:(cAMP:环磷酸腺苷)I 基因编码的无活性的激活蛋白+诱导物 =有活性的激活蛋白,结合在P位点前( CAP) ,操纵子关闭。无葡萄糖、 cAMP 浓度高时, cAMP 与 CAP (环腺苷酸结合蛋白)结合,使cAMP 结构发生改变结合于CAP结合位点,激活RNA 聚合酶,与启动基因结合,基因转录激活,转录乳糖操纵子中的结构基因。协调调节* 当阻遏蛋白封闭转录时,CAP对该系统不能发挥作用;* 如无 CAP存在,即使没有阻遏蛋白与操纵序列结合,操纵子仍无转录活性。单纯乳糖存在时,细菌利用乳糖作碳
24、源;若有葡萄糖或葡萄糖/乳糖共同存在时,细菌首先利用葡萄糖。葡萄糖对乳糖操纵子的阻遏作用称分解代谢阻遏。原核生物色氨酸操纵子:色氨酸操纵子属于阻遏型操纵子,主要调控一系列用于色氨酸合成代谢的酶蛋白的转录合成。 色氨酸操纵子通常处于开放状态,其辅阻遏蛋白不能与操纵基因结合而阻遏转录。而当色氨酸合成过多时,色氨酸作为辅阻遏物与辅阻遏蛋白结合而形成阻遏蛋白,后者与操纵基因结合而使基因转录关闭。色氨酸操纵子的调控还涉及转录衰减机制。即在色氨酸操纵子第一个结构基因与启动基因之间存在有一衰减区域,当细胞内色氨酸浓度很高的时候,通过与转录相偶联的翻译过程,形成一个衰减子结构,使RNA聚合酶从DNA 上脱落,
25、导致转录终止。依赖型终止机制:结构: 含回文序列的RNA中 G/C 很少,但可形成松弛颈环结构DNA 回文序列后没有多聚A/T 转录终止需要因子负 调 控 解 除 机 制精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 7 页,共 15 页读书之法 ,在循序而渐进 ,熟读而精思功能: RNA聚合酶遇到NusA 蛋白会暂停,给因子追上的机会,转录终止机制:每个亚基都有ATP酶活性, 与 RNA结合后其亚基的ATP酶被激活, 水解 ATP供能,推动 因子沿着RNA5 -3方向移动,追赶RNA 聚合酶,这种情况一直持续到RNA聚合酶在终止子处停顿,此时转录
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