2022年Mega的使用以及进化树的绘制 .pdf

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1、MEGA 构建系统 进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并 到同一个 fasta 格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5 - 3)。如图：2. 打开 MEGA 软件，选择 Alignment - Alignment Explorer/CLUSTAL ，在对话框中选择 Retrieve sequences from a file, 然后点 OK ，找到准备好的序列文件并打开，如图：。3. 在打开的窗口中选择” Alignment ”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间， 对齐完成后，最好将序列两端切齐， 选择两端不齐的部分，单击右键，

2、选择 delete 即可，如图：。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 1 页，共 4 页 - - - - - - - - - 4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title ，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择 Yes 或 No。最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。5.

3、 回到 MEGA 主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”- “Bootstrap Test of Phylogeny” - “Neighbor - joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA 说明书，不会设置就暂且使用默认值，名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 2 页，共 4 页 - - - - - - - - - 不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择” Phylogen

4、y”- “Bootstrap Test of Phylogeny” “Minimun-evolution”, 如图：在菜单栏中选择” Phylogeny”- “Bootstrap Test of Phylogeny” “Maximun-parsimony”, 如图：在菜单栏中选择” Phylogeny”- “Bootstrap Test of Phylogeny” “UPGMA”，名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 3 页，共 4 页 - - - - - - - - - 如图：6. 最后，使用 TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 4 页，共 4 页 - - - - - - - - -