生物化学考试辅导资料2.doc
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1、RNA聚合酶转录生成hnRNA和mRNA,是真核生物中最活跃的RNA聚合酶。RNA聚合酶转录的产物都是小分子量的RNA,tRNA的,5SrRNA的和snRNA。RNA聚合酶转录产物是45SrRNA,生成除5SrRNA外的各种rRNA。下面小结真核生物的RNA聚合酶,见表。(三)启动子及终止信号1启动子启动子或启动部位是指在转录开始进行时,RNA聚合酶与模板DNA分子结合的特定部位。这特定部位在转录作用的调节中是有作用的。每一个基因均有自己特有的启动子。(1)原核生物的启动子。 原核生物的启动子大约有55个碱基对长,其中包含有转录的起始点和两个区结合部位及识别部位。起始点是DNA模板链上开始进行
2、转录作用的位点,标以+1,转录是从起始点开始向模板键的5末端方向即编码链3末端方向进行。在DNA模板上,从起始点开始顺转录方向的区域称为下游;从起始点逆转录方向的区域称为上游。结合部位是指在DNA分子上与RNA聚合酶核心酶紧密结合的序列。结合部位的长度大约是7个碱基对,其中心位于起始点上游的-10bp处。因此将此部位称为-10区。多种启动子的-10区具有高度的保守性和一致性;它们有一个共有序列或共同序列,为5TATAAT3。又称为Pribnow盒。由于在Pribnow盒中碱基组成全是AT配对,缺少GC配对;而前者的亲和力只相当于后者的十分之一,所以Tm值较低。因此此区域的DNA双链容易解开,利
3、于RNA聚合酶的进入而促使转录作用的起始。在DNA分子上还有一段识别部位,是RNA聚合酶的因子识别DNA分子的部位。识别部位约有6个碱基对,其中心位于上游-35bp处。所以称为-35区,其共有序列5-TTGACA-3。其示意图见图。(2)真核生物的启动子。一个真核基因按功能可分为两部分,即调节区和结构基因。结构基因的DNA序列指导RNA转录;如果该DNA序列转录产物为mRNA,则最终翻译为蛋白质。调节区由两类元件组成,一类元件决定基因的基础表达,又称为启动子;另一类元件决定组织特异性表达或对外环境及刺激应答;两者共同调节表达。RNA聚合酶识别的启动子与原核生物的启动子相似,也具有两个高度保守的
4、共有序列。其一是在25附近的一段AT富集序列,其共有序列是TATAA,称为TATA盒。TATA盒与原核的Pribonow盒相似,是转录因子与DNA分子结合的部位。其二是在多数启动子中,-70附近共有序列CAAT区,称为CAAT盒。除以上两个区域外,有些启动子上游中含有GC盒,此GC盒与CAAT盒多位于-40110之间,它们可影响转录起始的频率。另外,有少量基因缺乏TATA盒,而由起始序列(Inr)与RNA聚合酶直接作用启动基础转录的开始。启动子决定了被转录基因的启动频率与精确性,同时启动子在DNA序列中的位置和方向是严格固定的,是由5到3方向。其示意图见图。增强子:增强子是长约100200bp
5、的序列,它们与启动子不同,可以位于转录起始位点的上游,也可位于其下游。有些增强子和静息子在DNA序列中的方向是严格由5到3方向排列,而另外一些则是自3向5方向排列。增强子和静息于与其他调节元件的DNA序列是互相重叠的。增强子具有增加启动子的作用,与启动子都可视为基因表达调控中的顺式作用元件,可与转录因子和RNA聚合酶结合,启动并调节基因转录。RNA聚合酶催化转录作用生成的18S、58S及 28SrRNA前体,它所识别的启动子与RNA聚合酶所识的启动子相比,有较大的差异。RNA聚合酶催化高度保守的 tRNA、5S rRNA及一些小核RNA。它识别的启动子比较特殊,启动子不位于编码基因的上游,而在
6、编码基因的转录区内。2终止信号DNA分子中停止转录作用的部位,称为终止信号。终止部位在结构上有些特点,终止部位中有一段GC富集区,随之又有一段AT富集区。在GC区内有一段是反向重复序列,以致转录作用生成的mRNA在其相应序列中有互补形成的发卡式结构。对于DNA分子的AT富集区,转录生成的mRNA的3末端中相应的有一连串U序列。还有一种蛋白质因子,它对于RNA聚合酶识别终止信号有辅助作用,又称为终止蛋白。(四)转录过程转录作用过程可以分为三个阶段:起始、延长及终止。1起始RNA聚合酶的因子识别DNA启动子的识别部位,RNA聚合酶核心酶则结合在启动子的结合部位。在与RNA聚合核心酶结合的Pribo
7、now盒附近,双链暂时打开约17个碱基对长度,展示出DNA模板链,有利于RNA聚合酶进入转录泡,催化RNA聚合作用。转录作用开始时,根据DNA模板链上的核苷酸的序列,NTP根据碱基互补原则依次进入反应体系。在RNA聚合酶的催化下,起始点处相邻的前两个NTP以3、5一磷酸二酯键相连接。随后,因子从模板及RNA聚合酶上脱落下来,于是RNA聚合酶的核心酶沿着模板向下游移动,转录作用进入延长阶段。脱落下的因子可以再次与核心酶结合而循环使用。2延长在RNA聚合酶的催化下,核苷酸之间以3、5一磷酸二酯键相连接进行着RNA的合成反应,合成方向为53。在延长过程中,局部打开的DNA双链、RNA聚合酶及新生成转
8、录本RNA局部形成转录泡。随RNA聚合酶的移动,转录泡也行进,贯穿于延长始终。3终止在RNA延长进程中,当RNA聚合酶行进到DNA模板的终止信号时,RNA聚合酶就不再继续前进,聚合作用也因此停止。由于终止信号中有由GC富集区组成的反向重复序列,在转录生成的mRNA中有相应的发卡结构。此发卡结构可阻碍RNA聚合酶的行进,由此而停止了RNA聚合作用。在终止信号中还有AT富集区,其转录生成的mRNA3末端有多个U残基。二、转录后的加工过程转录作用产生出的mRNA、tRNA及rRNA的初级转录本全是前体RNA,而不是成熟的RNA,它们没有生物学活性,还要在酶的作用下,进行加工才能变为成熟的,有活性的R
9、NA。RNA的加工过程主要是在细胞核内进行,也有少数反应是在胞质中进行。RNA加工的类型有:剪切及剪接:剪切就是剪去部分序列;剪接是指剪切后又将某些片段连接起来。末端添加核苷酸:例如tRNA的3-末端添加-CCA。修饰:在碱基及核糖分子进行化学修饰。RNA编辑:某些RNA,特别是mRNA自DNA模板上所获得的遗传信息,在转录作用后又发生了变化。(一)mRNA前体的加工1mRNA生成的特点(1)原核生物mRNA的生成。原核生物转录作用生成的mRNA属于多顺反子。即几个结构基因,利用共同的启动子及共同的终止信号,经转录作用生成mRNA分子,所以此mRNA分子可编码几种不同的蛋白质。原核生物中,细胞
10、内没有核膜,染色质存在于胞质中,所以转录与翻译进行的场所没有明显的屏障。在转录尚未完成时,翻译就已开始了。而且,mRNA的寿命十分短暂。(2)真核生物mRNA生成。真核生物转录作用生成的mRNA为单顺反子,即一个mRNA分子只编码一种蛋白质。真核生物的结构基因中包含有具有表达活性的编码蛋白质序列,称为外显子;还含有无表达活性的序列,称为内含子。由于内含于是插在外显子之间,所以又称为插入序列。转录生成的mRNA前体中有来自外显子部分的,也有来自内含子部分的。在加工时,前体要进行剪接作用。2mRNA前体的加工原核生物转录生成的初级转录本mRNA不需经过复杂的加工就表现有活性。唯一的加工作用是多顺反
11、子mRNA在RNase的催化下,裂解为单独的顺反子。真核生物转录生成的mRNA要经过较复杂的加工过程。包括5末端加帽3端加尾剪接去除内含子并连接外显子核苷酸编辑甲基化修饰。(1)5末端帽子的生成。步骤mRNA5末端pppNp在磷酸酶作用下脱Pi,形成ppNp-。在鸟苷酸转移酶作用下,与Gppp反应形成GpppNp-。在甲基转移酶作用下,由腺苷蛋氨酸(SAM)提供甲基,在鸟嘌呤的N-7上甲基化,然后在连接于鸟苷酸的第一个(或第二个)核苷酸2OH上又进行甲基化,最后成为m7GpppNmp,这就是帽子生成。(2)3末端多聚A尾的生成。多聚A尾的生成是多聚A聚合酶的催化下,由ATP聚合而成。但多聚A尾
12、形成并不是简单地加入A,而是先要在mRNA前体的3末端1130核苷酸处有一段AAUAA保守序列,在U7snRNP的协助下识别,由一种特异的核酸内切酶催化切除多余的核苷酸。随后,在多聚A聚合酶催化下,发生聚合反应形成了3末端多聚A尾。(3)剪接作用。在转录时,外显子及内含子均转录到hnRNA中。在细胞核中,hnRNA进行剪接作用,首先在核酸内切酶作用下剪切掉内含子;然后在连接酶作用下,将外显子各部分连接起来,成为成熟的mRNA,这就是剪接作用。一个相同的初级转录本,在不同的组织中由于剪接作用的差异可以产生具有不同编码的mRNA,导致翻译生成不同的蛋白质产物。在剪接作用过程中有如下一些共同的特点:
13、1)mRNA前体的剪切部位是在内含子末端的特定序列。内含子的序列中起始为GU;而终止于AG。在内含子3末端剪接点的上游2050核苷酸范围内,还有一个在剪接中有重要作用的位点,其序列中含有A,称为分支部位。内含子如果其中发生部分丢失,不一定会对剪接产生影响。3末端或分支部位发生变异,则会导致错误的剪接。2)套索的形成及剪除。mRNA前体剪接过程中,先剪切下内含子,然后连接外显子。剪接的过程分两步反应进行:内含子序列中分支部位中腺苷酸残基(A)的2OH攻击内含子5末端与外显子1连接的磷酸二酯键,剪下了外显子1,而腺苷酸原来已有以3、5-磷酸二酯键相连的两个相邻的核苷酸残基,加上此2、5-磷酸二酯键
14、的连接后,形成了“套索”中间产物。已被剪切下的外显子1的3末端-OH攻击内含子3,末端与外显子2之间的3、5磷酸二酯键,链断裂,内含子以套索形式被剪切下来,同时外显子1与外显子2连接起来。 剪接体的生成。 在mRNA前体剪接过程去除内含子时,还有多种成分的RNA-蛋白质复合体的参与,其大小为60S,是由几种非特异的小核核糖核蛋白(UsnRNP)与mRNA前体结合而成,称为剪接体。(UsnRNA)是一族snRNA,参与剪接作用的有多种UsnRNPs。U1snRNP识别外显子的5末端剪接序列,并与其互补而结合。 U5snRNP,识别并结合于内含于3末端剪接点。U2snRNP识别并结合于A序列的分支
15、点。还有U4及U6snRNP也参加到剪接体中,起配合作用。(4)RNA编辑在转录产物中插入、删除或取代一些核苷酸残基,生成具有正确翻译功能的模板,此即所谓RNA的编辑作用。 编辑过程由一个或多个小分子的“指导RNA”提供mRNA的编辑信息,并作为模板指导其进行编辑,在编辑体的帮助下进行编辑。(5)甲基化修饰原核生物mRNA分子中不含有稀有碱基,但真核生物的mRNA中则含有甲基化核苷酸,除了在hnRNA的5端帽子结构中含有23个甲基化核苷外;在分子内部还会有l2个m6A存在于非编码区。在序列中,m6A总是位于胞苷之后,形成了NCm6AN序列。m6A的生成是在hnRNA的剪接作用之前发生的。(二)
16、tRNA前体的加工在核酸内切酶RNaseP作用下,从5末端切除多余的核苷酸。在核酸外切酶RNaseD作用下,从3末端切除多余的核苷酸。核苷酸转移酶催化,3末端加CCA-OH,为tRNA加I特有反应。核酸内切酶催化进行剪切反应,剪掉内含子,由连接酶连接外显子部分。 化学修饰作用,如甲基化、脱氨基、还原反应。(三)rRNA前体的加工原核生物有 16S、23S及 5S三种 rRNA,这三种rRNA均存在于30S的rRNA前体中。转录作用完成后,在RNase催化下,将rRNA前体切开产生16S、25S及 5S rRNA的中间前体。进一步在核酸酶的作用下,切去部分间隔序列,产生成熟的 16S、23S及5
17、S rRNA,还有成熟的 tRNA。并对16S rRNA进行甲基化修饰,生成稀有碱基。与4S rRNA加I变化不大。真核生物的核蛋白体中有18S、58S及5S rRNA。 5SrRNA自己独立成体系,在成熟过程中加工甚少,不进行修饰和剪切。 45S rRNA前体中包含有 18S、58S及 28SrRNA。在加工过程中,分子广泛地进行甲基化修饰,主要是在28S及18S中。甲基化作用多发生于核糖上,较少在碱基上。随后45 S rRNA前体经核酸酶顺序剪切下生成18S、5.8S、28S rRNA。三、核酶对于具有催化活性的RNA现称为“核酶”。核酶作用方式较简单,归纳起来主要有以下几种类型:剪切型,
18、这类核酸能催化自身RNA或异体RNA分子剪掉一段核苷酸片段,其催化功能相当于内切核酸酶的作用。剪接型,这类核酶催化自身RNA进行化学反应,首先切去自身RNA内一个核苷酸片段,再将剩余的两个片断连接起来;相当于内切核酸酶及连接酶的联合作用。其他类型,如核苷酸转移,脱磷酸作用。核酶的酶活性种类:核苷酸转移作用。磷酸二酯键水解作用。磷酸转移反应催化作用。脱磷酸作用。限制性内切酶作用。核酶的意义:RNA可作为生物催化剂。打破了只有蛋白质才能有酶催化作用。为进化先有核酸、先有RNA提供证据。可用于制药和临床治疗。四、RNA的复制病毒RNA进入宿主细胞后,还可进行复制,即在RNA指导的RNA聚合酶催化进行
19、RNA合成反应。RNA复制酶催化的合成反应是以RNA为模板,由5向3方向进行RNA链的合成。RNA复制酶缺乏校对功能的内切酶活性,因此RNA复制的错误率较高,RNA复制酶只是特异地对病毒的RNA起作用,而宿主细胞的RNA一般并不进行复制。病毒RNA复制的几种方式(1)含正链RNA(+)的病毒(例如,噬菌体Q):(+)RNA充当mRNA,合成蛋白(+)RNA为模板,复制,合成(-)RNA,再以(-)RNA为模板合成(+)RNA组装成病毒颗粒。(2)含负链RNA(-)的病毒(例如狂犬病):由(-)RNA合成(+)RNA,再由(+)RNA合成蛋白质、(-)RNA,组装成病毒。(3)含双链RNA的病毒
20、(例如呼肠孤病毒):以(-)RNA为模板合成(+)RNA,以(+)RNA为模板合成(-)RNA和蛋白,组装病毒颗粒。(4)逆转录病毒(例如白血病毒):由RNA反转录为DNA,以DNA为模板合成RNA,翻译蛋白质。mRNA生成后,遗传信息由mRNA传递给新合成的蛋白质,此时mRNA分子中的遗传信息被翻译成为蛋白质的氨基酸排列顺序,因此蛋白质的合成过程也被称为翻译。一、蛋白质合成体系参与蛋白质合成的物质,除作为原料的氨基酸外,还有mRNA、tRNA、核蛋白体、有关的酶(氨基酰tRNA合成酶),以及ATP、CTP等供能物质与必要的无机离子等。(1)mRNA的作用原理mRNA中每3个核苷酸组成1个密码
21、子,体现一个氨基酸的信息。在mRNA中,每3个相互邻接的核苷酸,其特定排列顺序,在蛋白质生物合成中可被体现为某种氨基酸或合成的终止信号者称为密码子,统称遗传密码。遗传密码具有简并性、通用性、方向性、不间断性和不重叠性。UAA、UAG、UGA为肽链的终止信号,不代表任何氨基酸。密码子AUG不仅代表一定氨基酸,而且位于mRNA启始部分,AUG又是肽链合成的启始信号。mRNA上的启动信号到终止信号的排列是有一定方向性的。启动信号总是位于mRNA的5末端的一边,而终止信号总是在mRNA的3末端一边。(2)tRNA的作用原理不同的氨基酸有其特定的tRNA,同一种氨基酸常有数种tRNA。在ATP和酶存在的
22、条件下,tRNA与对应氨基酸结合成为氨基酰tRNA。tRNA上有由3个核苷酸组成的反密码子,与mRNA上的密码子按碱基互补配对原则结合,氨基酰tRNA才能准确的在mRNA上对号入座。但tRNA的反密码子中的核苷酸与mRNA的第三个核苷酸配对时,并不严格遵循碱基互补配对原则,此种配对称不稳定配对。(3)核蛋白体的作用原理核蛋白体相当于装配体,由大亚基(原核为50S,真核为60S)和小亚基(原核为30S,真核为40S)组成。大亚基具有转肽酶的活性,可使核蛋白体上的肽链转移到新进入核蛋白体的tRNA所携带的氨基酸上,使其缩合成肽。所以,当核蛋白体在mRNA上每向前移动一个密码子的位置,肽链上即增加一
23、个新的氨基酸,直至终止信号。二、蛋白质合成的过程蛋白质生物合成的具体步骤包括:氨基酸的活化;活化氨基酸的转运;活化氨基酸在核蛋白体上的缩合。(一)氨基酸的活化转运氨基酸的活化过程及其活化后与相应tRNA的结合过程,都是由氨基酰tRNA合成酶来催化的,反应方程(见原书),以氨基酰tRNA形式存在的活化氨基酸,即可投入氨基酸缩合成肽的过程。氨基酰tRNA合成酶存在于胞液中,具有高度特异性。它们既能识别特异的氨基酸,又能辨认携带该种氨基酸的特异tRNA分子。在体内,每种氨基酰tRNA合成酶都能从多种氨基酸中选出与其对应的一种,并选出与此氨基酸相应的特异tRNA。这是保证遗传信息准确翻译的要点之一。(
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