最新：BRCA12数据解读中国专家共识（最全版）.docx

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1、最新：BRCA1/2数据解读中国专家共识(最全版)摘要乳腺癌易感基因(breast cancer susceptibility gene , BRCA )包括 BRCA1和BRCA2 ,是重要的抑癌基因,其编码产物参与DNA损伤同源 性重组修复。BRCA1/2基因检测在卵巢癌、乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌 等相关肿瘤的遗传风险评估、治疗选择、预后判断等方面具有重要意义。变异解读是BRCA1/2基因检测中一个关键的环节。BRCA1/2基因变异解 读需要依据各类信息(包括来自群体数据库、疾病数据库、文献和家系情 况等)进行综合评判。为结合临床实践并补充相关领域更新，编写组在2017版BRCA数据 解读

2、中国专家共识基础上，增加了对肿瘤BRCA1/2基因变异解读的阐 述，并对BRCA1/2基因检测报告等内容进行了一些细节上的更新，以进一步指导与规范我国BRCA1/2基因检测数据的解读和临床应用。乳腺癌易感基因(breast cancer susceptibility gene , BRCA )包括 BRCA1和BRCA2 ,是重要的抑癌基因，其编码产物参与DNA损伤同源 性重组修复(homologous recombination repair) o BRCA1/2 基因突 变会导致同源重组缺陷(homologous recombination deficiency , HRD),使得基因组不

3、稳定性显著增加。BRCA1/2基因突变分为胚系突 变和体细胞突变：BRCA1/2基因胚系突变起源于生殖细胞，显著增加乳 腺癌、卵巢癌以及其他相关肿瘤的发病风险；BRCA1/2基因的体细胞突将肿瘤BRCA1/2变异根据临床意义分为4个层级。I级：临床意义明确的变异，来自国内外权威机构批准或临床诊疗指南共识推荐可作为治疗、诊断或预后的生物标志物，如乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌中的致病性/可能致病性BRCA1/2变异；口级：具有潜在临床意义的变异如其他癌种中的致病性/可能致病性BRCA1/2变异4级:临床意义未明的BRCA1/2变异；IV级：良性或可能良性的BRCA1/2变异。需要注意的是，随着

4、肿瘤生物学的快速进展，BRCA1/2变异对于治疗、诊断、预后的临床意义也在不断的更新，这必然会影响到肿瘤BRCA1/2变异的临床意义评级。另外，与表皮生长因子受体（EGFR ）、BRAF等癌基因变异相比拟，BRCA1/2基因不存在突变热点，BRCA1/2基因特定区域/位点/类型的变异与用药关联的证据需要更多数据的积累。附件2胚系BRCAI/BRCA2基因检测报告检测编号： 收样日期:联系方式：送检球位：科室：门诊号/住院号：样本类2：肉液样本部位:家族史：临床渗斯：送检员师:检消结果MM HRCA总体讨价cDNA改变蛋白改变变讣解读BRCA1 胚系变异.致病c554l Ap.Cyl847Trr

5、杂令致痫性（|NithogA（p.C、*l847T”）该愚谷的外冏 H门细胞D、A样本和每与序列间的D、A序列比对分析未见M他差异（的多态性位点除外），多用连接依棘性探$1增（MLPA）分析结果M示未发现BKCA1或BRCA2外M f缺失或4以BRCAIT55410A（p.Cy*l47T.r）变讣为无义突变.可明配正义介导的mR、A降修.蛋白衣达缺失；该变异在外。子组使合数据作.T人 卬耳组计次外显组海序项“6500等人群数据昨中未见记求；在Clin、ar等数据库中该变好被多名提交视为致病性变异 因此该变异被 认为足致病性变异建议对设受检者的血亲迸行遗传内询以及该变异位点的检测本报告中胚系HH

6、CAI/2变计致病性分类M美国医学遗传学与联因组学学会和美国分子病理学会序列变异解读标净和指出 （2OI5IK备注：I.BHCAI和BRCA2加内的整个编码序列（包括剪接供体和受体位点）经长片段PCR犷堆后通过xx测序卡什进行二代测序整个编码区及其 邻近20帅区域的最低滞序深度为lOOx.经由门定义的大物信息分析方法进行变异和变/浜别2 .采川POO2-C2（ HKCAI）和I35-B3（ HKCA2）MHC-H”Hand探针混介物用MLPA方法检浦BRCAI 24个编码外M f Ffl BRCA2 27个编叼外显 子的拷贝数，3 .报告的变异遵从变异命幺的 HCVS指南（1川|.并根据 Ce

7、HuiA b id、M_OO7294.3（ HHCAI ）或、I_OOOO59.3（ HRC 12） 命名4 .本报告中变计的加读中丁当前对HRCAI/2变计的认识,随柠数据H忙箕是中国人肝数据的完善及文献等资料的更新.对变异的斛读在可 能发生变更,实总操作：报告分析：报告 （签7/款与有效）本结论只用本次样本.如同另议.请及时与我联系报告日期：地址： ； ：附件2胚系BRCA1/BRCA2基因检测报告六.胚系与肿瘤BRCA1/2变异解读的临床应用 胚系检测一般使用血液、唾液、口腔拭子等样本，目前以血液（白细胞） 样本为主，检测到的BRCA1/2变异为胚系变异。肿瘤检测一般使用手术 或穿刺获得

8、的肿瘤组织样本，肿瘤样本中检测到的BRCA1/2变异既可能 是胚系变异，也可能为体细胞变异。在临床实践中，如果仅送检肿瘤组织 样本，推荐按照肿瘤BRCA1/2变异解读原那么进行解读；如果仅送检血液 样本，推荐按照胚系BRCA1/2变异解读原那么进行解读；如果送检的是肿 瘤和血液配对样本，那么需要首先明确检测到的变异是胚系变异还是体细 胞变异，对于确认为胚系变异的，按照胚系BRCA1/2变异解读原那么进行 解读，对于确认为体细胞变异的，按照肿瘤BRCA1/2变异解读原那么进行 解读。需要特别指出的是,在临床实践中，胚系与肿瘤BRCA1/2变异分 类/分级并不是相互独立的，需要联合应用。卵巢癌等肿

9、瘤患者中检出的致 病性/可能致病性胚系BRCA1/2变异对于肿瘤的治疗与预后有非常重要的 临床意义，在按照胚系BRCA1/2变异解读原那么进行分类后，对于致病性/ 可能致病性变异也可进一步解读其在所罹患肿瘤中的临床意义；而肿瘤中 检出的体细胞BRCA1/2变异,在根据肿瘤BRCA1/2变异解读规那么进行 临床意义分级之前，需要参考胚系BRCA1/2变异致病性分类，只有致病 性/可能致病性变异才能被归为I级（乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌） 或口级（其他癌种）。七、BRCA1/2基因检测报告一份完整的BRCA1/2基因检测报告要能够被肿瘤科医师或其他非分子病理学专业的医师理解，报告内容应至少包

10、括以下局部：样本信息、检测结果、基因变异分类的详细解释、检测方法和覆盖区域、签名和联系信息。样本信息局部应包括受检者/患者基本信息、样本类型、临床诊断、家族史。假设送检的是肿瘤组织，样本信息局部还应该包括病理诊断、肿瘤细胞含量、 取材时间、样本处理方式等信息。对于胚系BRCA1/2变异，检测结果部 分应列出在该受检者中发现的所有35类基因变异，并列出总体BRCA1/2状态；对于肿瘤组织BRCA1/2变异，检测结果局部应列出在该患者中发现的所有Im级变异。基因变异分类的详细解释局部应提供基因变异分类/分级证据的简要说明，并指明所依据的变异解读指南或标准 名称。检出胚系致病性/可能致病性变异时，应

11、建议对受检者的血亲进行遗 传咨询以及该变异的检测在肿瘤组织中检出致病性/可能致病性变异但不 能区分胚系或体细胞来源时，应建议进行该变异的胚系检测验证。检测方 法和覆盖区域局部应明确描述使用的是何种BRCA检测方法以及该方法覆 盖的指定序列区域。签名和联系信息局部应列出实验操作、数据分析与报 告撰写、报告复核的人员姓名及便于进一步问询的联系信息。数据分析人 员应具有临床医学、分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学分析培 训。最终报告审核人员的资质要求可参考临床分子病理实验室二代基因 测序检测专家共识。变仅存在于肿瘤细胞中。BRCA1/2基因变异状态在相关肿瘤（卵巢癌、 乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌

12、等）的遗传风险评估、治疗选择、预后判断等 方面都具有重要意义。BRCA1/2基因变异状态与聚二磷酸腺甘核糖聚合 酶（poly ADP-ribose polymerase , PARP ）抑制剂疗效密切相关。近年 来,美国食品药品管理局（FDA ）及中国国家药品监督管理局（NMPA ） 已陆续批准多种PARP抑制剂用于相关肿瘤的治疗，这使得临床医师对BRCA1/2基因变异精准检测与解读的需求和重视到达了新的高度。BRCA1/2基因序列较长，变异形式多样，变异位点分散遍布于2个基因的全长，并不是所有的BRCA1/2基因变异都会损伤蛋白质功能，因而, 变异解读是BRCA1/2检测中一个关键的环节。B

13、RCA1/2基因变异解读需 要依据各类信息（包括来自群体数据库、疾病数据库、文献和家系情况等） 进行综合评判。近年来，国外多个权威机构先后发布了 BRCA1/2基因变异数据解读的标准或指南，我国也于2017年发布了BRCA数据解读中 国专家共识。为结合临床实践并补充相关领域更新，编写组在2017年版基础上，增加了对肿瘤BRCA1/2变异解读及其临床应用的阐述，并对BRCA1/2检测报告等内容进行了一些细节上的更新，以进一步指导与规范我国BRCA1/2基因检测数据的解读和临床应甩一、BRCA1/2基因变异类型、检测区域及检测方法BRCA1/2基因变异类型主要包括点突变、小片段插入/缺失和大片段重

14、排（large genomic rearrangement）等。除 BRCA1/2 基因编码区的变异 外，内含子发生的一些变异亦可能会通过干扰RNA剪接等方式影响蛋白质功能，因此,BRCAl/2基因检测必须同时覆盖编码区和相邻边界区(以20 bp 为佳)。目前,BRCA1/2基因检测一般采用二代测序(next generation sequencing )技术。除应用于点突变和小片段插入/缺失的检测外，在测序策略和生物信息学工具方面有着特殊设计的二代测序也可用于大片段 重排的检测。Sanger测序是检测BRCA1/2基因点突变和小片段插入/缺失的传统技术，现在一般用于二代测序检测结果的验证。多

15、重连接依赖性 探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification assay ,MLPA )常用于BRCA1/2基因大片段重排的检测。二、BRCA1/2基因变异命名规那么 推荐使用人类基因组变异协会(Human Genome Variation Society ,HGVS )命名法对基因序列变异进行规范化命名。必须标明参考序列，以确保基因变异命名准确无误。HGVS命名法的首选DNA编码参考序列是 基因座参考基因组序歹I(locus reference genomic sequence , LRG , : / )，但LRG尚未被广泛应用在相

16、关数 据库和文献里。因此，目前推荐使用BRCA1/2基因最常用的转录本序列， 分别为 NM_007294.3 ( BRCA1)和 NM_000059.3 ( BRCA2 ),相对应 的蛋白质参考序列分别为NP_009225.1 ( BRCA1 )和NP_000050.2 (BRCA2 ) 0推荐使用命名工具( : /mutalyzer.nl)对基因变异的 HGVS命名进行校验。三、胚系BRCA1/2变异分类 根据国际癌症研究机构（International Agency for Research on Cancer, I ARC ）、美国医学遗传学与基因组学学会（American Colleg

17、e of Medical Genetics and Genomics , ACMG ）和胚系突变等位基因解读实证联盟 （Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Allele , ENIGMA , : /enigmaconsortium.org/ ）的分类 系统，将胚系BRCA1/2变异按照风险程度由高至低分为以下5类：致病 性（5类，致病可能性0.990 ）、可能致病性（4类，致病可能性在 0.9500.990之间）、意义未明（3类致病可能性在0.0500.949之间 可能良性（2类，致病可能性在之间）和

18、良性（1类，致病 可能性0.001）。受试者的总体BRCA1/2状况应为其所有BRCA1/2基 因变异中风险程度最高的类别。四、胚系BRCA1/2变异解读目前，BRCA1/2变异解读最权威的指南或标准包括：ACMG和美国分子 病理学会（Association for Molecular Pathology , AMP ）序列变异解 读标准和指南（2015版），欧洲分子基因诊断质量联盟（EuropeanMolecular Genetics Quality Network , EMQN ）遗传性乳腺癌/卵巢癌分子遗传分析最正确实践指南（2008版）和ENIGMA BRCA1/2基因变异分类标准（2

19、.5版）。ACMG于2000年发布了第1版变异解读总体指南，并于2007年进行了修订,2015年,ACMG和AMP联合发布了该变异解读指南的最新版本。EMQN是一家为全球实验室提供室间质量评估（external quality assessment）服务的非营利性机构，致力于提高临床分子遗传学检测质 量。1999年，EMQN起草了第1版遗传性乳腺癌/卵巢癌分子遗传学分 析最正确实践指南，并于2007年EMQN研讨会讨论后在2008年更新了该 指南。ENIGMA是一个国际研究者联盟，致力于确定BRCA1/2和其他已 知或可疑乳腺癌基因序列变异的临床意义。基于已发表的指南（包括 ACMG 2007

20、版）和各成员制定的分类标准,ENIGMA于2015年发布了 专门针对BRCA1/2变异分类标准，并根据新出现的证据持续进行更新至 2017版。在ENIGMA的分类标准里，根据的对功能域的认知，总结 了 BRCA1/2的功能域以及可能恢复BRCA1/2基因功能的自然存在的框 内 RNA 异构体（naturally occurring in-fra me RNA isoforms，表 1 ）。除此之外，ENIGMA还发表了一些针对临床意义未明变异的研究。这些都 是变异解读非常有用的资源。近期，有专家工作组对2015版ACMG/AMP 标准进行了细化，形成了 Sherloc变异分类方法。Sherlo

21、c变异分类方法 承袭了 ACMG指南的5级分类，同时以更细致的证据赋分代替了证据等 级，对各项证据能否叠加做了更为详尽的规范，以求提高解读结果的一致 性。同一变异依据不同的解读指南或标准所得到的解读结果可能会略有差 异，因而，我们建议在变异解读时具体指明所依据的指南或标准名称。表1考虑为意义未明的BRCA1和BRCA2外显子交界区域变异基因选择性剪切 事件变异位点BRCAIc.442-1, c.442-2A9.I0 ,Jc.548-1, c.548-2, c.593+1, c.593+2,C.594-L c.594.2, c.670 to non-（；.r.670+1. c.670+2A13p

22、 11c.4186-1, c.4186-2 14p 11c.4358-1, c.4358-2BRCA2Al2Mc.6842-1, c.6842-2. c.6937 io n（）n-G, （-.6937+1.（ .6937+2注:除非另有证据,上述位点的变异应考虑为3类（意义未明）. 这些变异可以产生自发框内BRCA1 /2 RNA异构体,后者可能恢复 BRCA1/2基因功能表1考虑为意义未明的BRCA1和BRCA2外显子交界区域变异综合以上指南解读规那么以及BRCA1/2基因的特征，我们总结出以下变异 分类解读规那么：1.致病性（pathogenic ）-5类。包括以下几种情况:（1）编码提前

23、终止密码子的序列变异，即BRCA1第1855位氨基酸和BRCA2 第3309位氨基酸前发生的无义突变或移码突变；（2 ）发生在剪接位点即外显子上下游第1或第2个碱基的变异，但是，需除外经预测或已明确的 可产生可能恢复BRCA1/2基因功能的自然存在的框内RNA异构体的变异;（3 ）拷贝数缺失变异，该变异导致BRCA1第1855位氨基酸和BRCA2 第3309位氨基酸前发生移码突变，或者该变异移除1个或多个外显子且 不是经预测或已明确的可产生可能恢复BRCA1/2基因功能的自发框内 RNA异构体的变异；（4 ）任意大小的拷贝数重复变异，该变异导致1个 或多个外显子重复并已被证实会导致BRCA1第

24、1855位氨基酸和BRCA2 第3309位氨基酸前发生移码突变；（5 ）体外或体内功能研究显示对基因 或基因产物有破坏作用且与肿瘤高危相关的其他类型变异。2 .可能致病性（likely pathogenic ） -4类。包括以下几种情况：（1）该变异经mRNA水平的实验证实能够改变剪接,但是不会产生可能恢复基 因功能的自然存在的框内RNA异构体；（2 ）该变异编码的氨基酸改变与之前定义的5类致病性错义突变相同，但发生改变的基础核苜酸不同，而 且既往疾病关联并非由剪接事件所致，并且变异未见于作为对照的外显子组测序工程（Exome Sequencing Project ,ESP ）、千人基因组计划

25、（1000Genome Project）或外显子组整合数据库（Exome AggregationConsortium , ExAC ）,或变异位于已确认的功能区；（3 ）移除密码子 的小片段框内缺失变异，该变异涉及的氨基酸位点已被证实可发生错义突 变替换5类变异，且既往疾病关联并非由于剪接事件所致，并且变异未见 于作为对照的ESP、干人基因组计划或ExAC数据库，或变异位于已确认 的功能区；（4）体外或体内功能性研究显示对基因或基因产物有破坏作 用的其他类型变异，并且变异未见于作为对照的ESP、干人基因组计划或 ExAC数据库，或者变异位于已确认的功能区。3 .意义未明（uncertain s

26、ignificance ） -3类。证据缺乏以将其归类为1、 2、4或5类的变异，或证据与良性和致病性分类相矛盾的变异。4 .可能良性（likely benign ） -2类。包括以下几种情况：（1）该变异编 码的氨基酸改变与已确认的1类良性变异相同，但发生改变的基础核甘酸 不同，且无证据说明该变异会导致剪接事件；（2）个体发生的胚系变异 与致病变异在同一基因上呈反式（in trans ）排列，且该个体除了BRCA1/2相关肿瘤外无明显其他临床表征。5良性（benign ） -1类。（1） ESP、干人基因组计划或ExAC数据库中 等位基因频率5%的变异；（2 ）体外或体内功能研究显示对蛋白质

27、功能 或剪接无破坏作用的变异。变异解读的关键步骤之一是收集证据，并基于这些证据对变异进行分类。数据库是挖掘这些证据的重要资源。附件1列出了一些常用的数据库，依 使用情况分为2类：群体数据库和BRCA1/2相关数据库。群体数据库记 录的是以种群为基础的研究中发现的变异。大群体中的变异频率可从此类 数据库中获取。BRCA1/2变异相关研究已开展多年，有一些专门收集BRCA1/2变异的数据库和积累大量BRCA1/2变异的疾病数据库，可从中找到变异解读和相应的支持证据。附件1 BRCA1/2变异解读常用数据库名称网址dbSNPhlExcrnie Variant ServerhlExome Aggreg

28、ation ConMirtiumhl1(X)0 Genomes ProjcclhlBRCA相关数据库ClinvarhtBrd Cancer Inromiution Cow( BIC)hlBRCA Exchange sr( LOVD)hlFluman Gene Mutation Database ( HGMD)htUtah daubasehthtBRCA sharehl群体数据库 ：/MUH.ii*lii.nlin.nili.g)v/Hiip )：(lu/EV SZ )：/rxar.l)ra(linsliliitf*.org/ ：/l)ruer. IOOOgfnom*s.org/inl：/n*K

29、ear(li.iihgn.nili.gov/li：/lircarxchangt.org/ ： ： ：(lalabase/BKCA/Variants/BRCA I )：(latalaM*/BRCA/Variant4/BRCA2附件1 BRCA1/2变异解读常用数据库BRCA1/2变异的解读是一项十分复杂的工作，由于需要查询大量的数据 库，不同实验室对于解读规那么的理解上也可能存在差异，因此变异的解读 结果可能存在较大的差异。随着临床实践经验的不断累积，新近有一些研 究者通过对ACMG/AMP规那么进行进一步的阐述或修订，有效地提高了解 读的一致性。随着时间的推进和证据的积累，BRCA1/2变异的

30、分类也可 能会发生变化，这可能会影响到患者的遗传风险管理及治疗方案，因而变 异解读数据库的更新和提供极为重要。五、肿瘤BRCA1/2变异解读胚系变异的解读重点关注该变异对于某种遗传疾病的致病性，而肿瘤变异 的解读关注该变异对临床实践的影响，如对某种靶向药物敏感性的预测、 对疾病的诊断或预后判断的价值等。因此相对胚系变异而言，肿瘤变异的 解读更为复杂，尚未形成一个被普遍认可的分类标准。目前国际上有多个 机构推出了以临床意义解读为核心的肿瘤变异解读的指南，如2017年由 临床医师和癌症生物学专家组推出的OncoKB , AMP和美国临床肿瘤学会（ASCO ）、美国病理学家学会（CAP ）联合发布的

31、肿瘤组织变异解读和报告标准与指南等。在2017年AMP/ASCO/CAP联合发布的肿瘤体细 胞变异解读和报告标准与指南里将肿瘤中体细胞变异的证据级别分为A、B、C、D 4个等级。A类证据为美国FDA批准用于某种特定肿瘤治疗靶向药物的生物标志物，或来自临床诊疗指南中对某特定肿瘤作为治疗、诊 断或预后的生物标志物；B类证据为在较大规模的临床研究证实且取得该 领域专家共识的生物标志物；C类证据为在其他癌种中获得FDA或专业机 构批准的生物标志物，已作为临床试验的筛选入组标准，或基于多个小型 研究具有诊断或预后意义；D类证据为临床前研究说明可能有治疗指导意 义，或在小规模研究、未达成共识的多个病例报道

32、中说明该突变具有指导 诊断和预后判断的意义。在此基础上，进一步将肿瘤的变异按照其临床意 义分为4个层级。I级：临床意义明确的变异（A类或B类证据）；II级: 具有潜在临床意义的变异（C类或D类证据）；m级：临床意义未明的变 异；IV级：良性或可能良性的变异。总而言之，现有的肿瘤变异解读指南 大都围绕基因-变异-功能-疾病-用药这一线索，按照其中每一项的证据等 级对变异进行分类，并由此形成知识库，方便从业人员进行检索。不同组 织机构形成的知识库在基因的覆盖、变异的命名、用药推荐以及证据的罗 列方面均有差异，因此在进行肿瘤变异解读时，最好整合多个数据库的检 索结果，对于重要的变异，可考虑追溯原始文献证据，以使解读尽可能精 确，最大限度地支持临床决策。对于肿瘤BRCA1/2基因变异，我们建议在前述BRCA1/2基因变异致病 性分类的基础上，结合目前国内外的批准情况及临床诊疗指南共识推荐,