2022年如何找基因全序列 .pdf

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1、利用 Pubmed Map viewer查找基因序列、 mRNA 序列、启动子（ Promoter）遗传分子统计2010-03-24 16:11:24 阅读759 评论 0字号： 大中小下面以大鼠（ rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F ）为例讲述一下具体的操作步骤1打开 Map viewer 页面，网址http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：2点击 “ GO ” 出现如下页面：名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - -

2、 - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 1 页，共 5 页 - - - - - - - - - 3在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter, 下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下： 1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理

3、 - - - - - - - 第 2 页，共 5 页 - - - - - - - - - 管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。4点击上述三条序列第一条序列（即 reference ）对应的 Genes seq ，出现新的页面，页面下方为：5点击上图出现的“ Download/View Sequence/Evidence ” ，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是

4、一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。我推荐大家选择GenBnak 格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。6在 Sequence Format 后选择 GenBank ，然后点击下面的Display ，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 3 页，共 5 页 - - - - - - - - - 在上述打开的网

5、页中，你可以看到基因长度，基因序列， 以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。你会看到 : mRNA complement(join(2338.3702, 4082.4293, 4424.4675, 4861.5083, 5171.5454)这代表了从基因的2338 位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA 片断，由于内含子的存在，所以mRNA 在 DNA 序列上分成了几段。CDS complement (join(3406.3702,4082.4293,4424.4675,4861.5083,5171. 5230) CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从3406 开始的（ ATG） ，由于

6、剪接作用所以CDS 区也是不连续的。说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句： 转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000 到0 这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 4 页，共 5 页 - - - - - - - - - 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 5 页，共 5 页 - - - - - - - - -