基因与基因组的结构与功能课件.ppt
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1、关于基因与基因组的结构与功能现在学习的是第1页,共61页3.1 基因的概念v包括包括:编码基因与非编码区编码基因与非编码区v从生化学上来说从生化学上来说指的是一段指的是一段DNA或或RNA顺序,该顺序可以产生或影响某种表型,顺序,该顺序可以产生或影响某种表型,可以由于突变生成等位基因变异体。可以由于突变生成等位基因变异体。v从遗传学上来说从遗传学上来说代表一个遗传的代表一个遗传的功能单位功能单位,同时也是一个同时也是一个交换单位交换单位和和突变单位。突变单位。现在学习的是第2页,共61页v基因概念的发展大致上分以下几个阶段基因概念的发展大致上分以下几个阶段:v孟德尔所阐明的基因观孟德尔所阐明的
2、基因观“基因是生物体基因是生物体传递遗传信息和表达遗传信息的基本物质单传递遗传信息和表达遗传信息的基本物质单位位”。1.1865年,奥地利神父孟德尔从7个豌豆性状的实验提出了“遗传因子假说”(每个性状由定位在染色体上的遗传因子控制,并提出了遗传因子的分离与自由组合的两大遗传规律性)。现在学习的是第3页,共61页第二阶段v摩尔根时代赋予基因以物质的内涵。摩尔根时代赋予基因以物质的内涵。v 随后摩根通过对果蝇的研究提出了基因的连锁遗传规律,并定义了经典的基因概念。(经典基因概念:基因是孤立地、排列在染色体上的实体,具有特定功能,能独立发生突变的遗传交换的、“三位一体”的、最小的遗传单位。呈线性排列
3、在染色体上的遗传实体。)现在学习的是第4页,共61页3、顺反子阶段:顺反子就是一段核苷酸序列,、顺反子阶段:顺反子就是一段核苷酸序列,能编码一条完整的多肽。能编码一条完整的多肽。4、现代基因阶段:、现代基因阶段:编码基因的主要编码产物编码基因的主要编码产物是多肽链,另外还包括许多编码是多肽链,另外还包括许多编码RNA的基的基因。因。现代基因概念:操纵子、转座子、断裂基因、现代基因概念:操纵子、转座子、断裂基因、重叠基因、假基因重叠基因、假基因现在学习的是第5页,共61页5.AGCCGACTATGTCGAAGCTT.GCTTGACTATAAGACA35.AGCCGACTATGTCGAAGCTT.
4、GCTTGACTATAAGACA33.TCGGCTGATACAGCTTCTAA.CGAACTGATATTCTGT53.TCGGCTGATACAGCTTCTAA.CGAACTGATATTCTGT5转录调控区转录调控区 贮存贮存RNARNA或蛋白质结构信息区或蛋白质结构信息区 转录终止区转录终止区基因的基本结构基因结构基因结构现在学习的是第6页,共61页v3.2 基因的命名法基因的命名法v基因原则:简明、独特、能够表达基因的特基因原则:简明、独特、能够表达基因的特征或功能征或功能v基因符号:独特、简短、仅含拉丁字母和阿基因符号:独特、简短、仅含拉丁字母和阿拉伯数字,不应有标点符号。拉伯数字,不应有
5、标点符号。现在学习的是第7页,共61页3.33.3基因组基因组基因组(基因组(genome)genome):细胞或生物体内一套完整单体的遗细胞或生物体内一套完整单体的遗传物质的总和;或所含有的全部基因。传物质的总和;或所含有的全部基因。如人:如人:2222常常+X+X,Y Y,+线粒体基因组线粒体基因组v基因组的功能是贮存和表达遗传信息。基因组的功能是贮存和表达遗传信息。v主要由两种基因组组成主要由两种基因组组成核基因组核基因组核外基因组核外基因组:质粒基因组、线粒体基因组、叶:质粒基因组、线粒体基因组、叶绿体基因组等绿体基因组等v重要的遗传信息存在于核基因组内重要的遗传信息存在于核基因组内现
6、在学习的是第8页,共61页v基因组的结构主要指不同的基因功基因组的结构主要指不同的基因功能区域在核酸分列中的分布和排布情能区域在核酸分列中的分布和排布情况。况。现在学习的是第9页,共61页基因及基因组的大小与基因及基因组的大小与C值矛盾值矛盾 vC值(值(C-value):单倍体基因组中的全部):单倍体基因组中的全部DNA量量。vC值悖论:基因组的大小和值悖论:基因组的大小和DNA含量随着生物进化复杂含量随着生物进化复杂程度的增加而逐步上升,但也有另外。变形虫的程度的增加而逐步上升,但也有另外。变形虫的C值是值是人的人的200倍倍 现在学习的是第10页,共61页3.4 病毒及其基因组病毒及其基
7、因组3.4.1病毒基因组的一般特点及病毒的核酸病毒基因组的一般特点及病毒的核酸v病毒基因组的特点病毒基因组的特点v1基因组大小相差很大:基因组大小相差很大:v2核酸结构多样性:核酸结构多样性:v3编码序列编码序列90%(基因组基因组)HBVHBV:3.2kb 3.2kb 痘病毒:痘病毒:300 kb300 kbDNADNA或或RNA RNA 单链或双链单链或双链 合环状分子或线性分子合环状分子或线性分子现在学习的是第11页,共61页v4.多为单拷贝多为单拷贝,即每个基因只出现一次即每个基因只出现一次v5.基因有连续的和基因有连续的和间断的间断的(有内含子有内含子)v6.相关基因丛集相关基因丛集
8、:功能上相关的基因排列在一功能上相关的基因排列在一起起v7.有重叠基因有重叠基因v8.含有不规则结构基因含有不规则结构基因现在学习的是第12页,共61页病毒基因组核酸的主要类型病毒基因组核酸的主要类型双链双链RNARNA单链负股单链负股RNARNA 单链正股单链正股RNARNA分类分类DNADNARNARNA 双链双链DNADNA:HBVHBV 单链单链DNADNA:M13M13噬菌体噬菌体正股正股(+):序列与:序列与mRNA相同的链相同的链 负股负股(-):序列与:序列与mRNA互补的链互补的链现在学习的是第13页,共61页典型病毒基因组介绍典型病毒基因组介绍vSV40病毒基因组病毒基因组
9、现在学习的是第14页,共61页v.双链环状双链环状DNADNA:5243bp5243bp早期转录区:一个基因(早期转录区:一个基因(2 2个蛋白质个蛋白质 t t,T T)调控区(调控区(400bp400bp):复制起始点,启动子,增强子):复制起始点,启动子,增强子晚期转录区:先转录出一个晚期转录区:先转录出一个多顺反子多顺反子mRNAmRNAVP1 mRNAVP2 mRNAVP3 mRNAVP3VP3比比VP2NVP2N端少端少1/31/3AUG 位于位于VP2和和 VP3内内现在学习的是第15页,共61页v.UAA内含子1内含子内含子2前体前体mRNA剪接方式剪接方式1:去除内含子去除内
10、含子1剪接方式剪接方式2:去除内含子去除内含子2T-mRNAt-mRNAT-抗原抗原t-抗原抗原分布于核内:分布于核内:100 KD分布于胞浆内:分布于胞浆内:18 KDT-抗原和抗原和t-抗原抗原mRNA前体的不同剪接方式前体的不同剪接方式UAA现在学习的是第16页,共61页v.2 2、逆转录病毒、逆转录病毒(retroviruses(retroviruses,HIV)HIV)(1 1)一般特征)一般特征 病毒病毒(+)(+)股股RNARNA为为2 2个拷贝个拷贝,基本结构为基本结构为:帽帽RU5PBDLS gagpolenv(onc)CPBU3Rpoly(A)n病毒颗粒中有两条相同的正股病
11、毒颗粒中有两条相同的正股RNA+RNA+两条来自宿主细胞的两条来自宿主细胞的tRNAtRNA现在学习的是第17页,共61页A A:编码区:编码区:所有逆转录病毒均含有所有逆转录病毒均含有3 3个基本结构基因个基本结构基因gag:gag:病毒衣壳蛋白病毒衣壳蛋白pol:pol:肽链内切酶肽链内切酶,一个逆转录酶一个逆转录酶,一个与前病毒整一个与前病毒整 合相关的酶合相关的酶env:env:包膜蛋白包膜蛋白B B:非编码区:非编码区:与基因组复制和基因表达有关与基因组复制和基因表达有关A:RA:R区区:两端的重复序列两端的重复序列,与与cDNAcDNA合成有关合成有关B:B:引物结合区引物结合区(
12、primer binding site,PB)(primer binding site,PB)C:UC:U区区:U3:U3 含强启动子含强启动子,起始转录起始转录RNA.RNA.U5 U5 与转录终止和加与转录终止和加polyApolyA有关有关D:DLS-D:DLS-C-C区区:DLS:DLS:两条病毒两条病毒(+)RNA(+)RNA链结合位点链结合位点 :包装信号包装信号:RNA:RNA装入病毒颗粒装入病毒颗粒 C:C:调控区调控区.现在学习的是第18页,共61页(2 2)前病毒基因组的转录和翻译)前病毒基因组的转录和翻译A A:逆转录病毒基因组的复制和转录都需要经过:逆转录病毒基因组的复
13、制和转录都需要经过DNADNA中间体才中间体才能完成能完成.RNARNA病毒病毒DNADNA前病毒前病毒RNARNA病毒病毒(cDNA)(cDNA)末端形成新的重复序列末端形成新的重复序列(U3-R-U5U3-R-U5)称长末端重复序列称长末端重复序列(LTR)long terminal repeatB B:翻译:翻译多顺反子多顺反子mRNAmRNA gag-pol(gag-pol(无起始密码子无起始密码子)现在学习的是第19页,共61页v90%形成形成gag蛋白蛋白v 10%形成形成gag-pol 蛋白蛋白v 剪接后形成剪接后形成env mRNA现在学习的是第20页,共61页3.4.2 噬菌
14、体基因组噬菌体基因组重叠基因重叠基因 :不同基因的核苷酸序列有时是可以共用的。也就是说,它不同基因的核苷酸序列有时是可以共用的。也就是说,它们的们的核苷酸序列是彼此重叠的,这样的核苷酸序列是彼此重叠的,这样的2个基因被称为重叠基因个基因被称为重叠基因。两个或两个以上的基因共有一段两个或两个以上的基因共有一段DNA序列或者是指一段序列或者是指一段DNA序序列为两个或两个以上基因的组成部分。列为两个或两个以上基因的组成部分。重叠方式有大基因内包含小基因,前后两个基因首尾重叠等。重叠方式有大基因内包含小基因,前后两个基因首尾重叠等。现在学习的是第21页,共61页现在学习的是第22页,共61页RNA噬
15、菌体MS2,R17,f2和Q的重叠现在学习的是第23页,共61页3.5 细菌基因组细菌基因组v原核基因组原核基因组Prokaryotic genome,以细菌为代表讲述,以细菌为代表讲述,又称又称Bacteria genome。v原核生物的染色体基因组是指其环状或线状的双链原核生物的染色体基因组是指其环状或线状的双链DNA分子所含有的全部基因,有的原核生物还含有染色体外分子所含有的全部基因,有的原核生物还含有染色体外的质粒基因组。的质粒基因组。现在学习的是第24页,共61页v以细菌为代表进行研究,有许多优势:以细菌为代表进行研究,有许多优势:1.构造相对简单,基因结构也不复杂,取材便利,易于培
16、养,构造相对简单,基因结构也不复杂,取材便利,易于培养,可选择突可选择突变株进行研究,实验结果容易重复。变株进行研究,实验结果容易重复。2.与人类有共同的主要生物学规律,与人类有共同的主要生物学规律,如:遗传物质都是如:遗传物质都是DNA;主要的功能分子都是蛋白质;主要的功能分子都是蛋白质;基因密码是通用的,等等。基因密码是通用的,等等。3.尤其是尤其是E.coli,是分子克隆是,是分子克隆是“明星明星“,基因工程最主要的工程,基因工程最主要的工程菌,菌,因为基因工程的主要工作是克隆真核基因在原核系统中表达。因为基因工程的主要工作是克隆真核基因在原核系统中表达。现在学习的是第25页,共61页原
17、核生物基因组结构与功能的特点:1.基因组通常仅由基因组通常仅由一条环状双链一条环状双链DNA分子组成。分子组成。2.基因组中基因组中只有只有1个复制起点个复制起点。3.具有操纵子结构。具有操纵子结构。操纵子(操纵子(operon)是指数个功能相关的结构基因串联在一起,构是指数个功能相关的结构基因串联在一起,构成信息区,连同其上游的调控区(包括启动和操纵区)及其下游的转录成信息区,连同其上游的调控区(包括启动和操纵区)及其下游的转录终止信号构成的基因表达单位。终止信号构成的基因表达单位。4.细菌的结构基因一般无重叠现象。细菌的结构基因一般无重叠现象。5.原核基因的基因序列是连续的,无内含子结构。
18、原核基因的基因序列是连续的,无内含子结构。现在学习的是第26页,共61页6.编码区和非编码区在基因组中约各占编码区和非编码区在基因组中约各占50%。7.基因组中的重复序列很少。基因组中的重复序列很少。8.具有编码同功酶的基因(具有编码同功酶的基因(isogene)这是一类结构不完全相同,而这是一类结构不完全相同,而功能相同的基因。如功能相同的基因。如E.coli含有含有2个编码乙酸乳酸合成酶的基因和个编码乙酸乳酸合成酶的基因和2个编码分支酸变位酶同工酶的基因。个编码分支酸变位酶同工酶的基因。9.细菌基因组中存在可细菌基因组中存在可移动的移动的DNA序列序列,包括插入序列和转座子。,包括插入序列
19、和转座子。10.原核基因的基本结构特点:原核基因的基本结构特点:启动子(启动子(promoter)、操纵基因)、操纵基因(operator)、调控序列、结构基因()、调控序列、结构基因(structure gene)、终)、终止子(止子(terminator)。)。现在学习的是第27页,共61页Bacterial chromosome(大肠杆菌)(大肠杆菌)基因组图基因组图现在学习的是第28页,共61页染色体外的遗传物质质粒v质粒(质粒(plasmid)是独立于许多细菌及某些真核细胞染色体外共是独立于许多细菌及某些真核细胞染色体外共价闭合环状的价闭合环状的DNA分子(分子(covalant c
20、losed circnlar,cccDNA),能),能独立复制的最小遗传单位。独立复制的最小遗传单位。v 质粒是双链的质粒是双链的DNA分子,大小在分子,大小在1200kb之间,和病毒不同,它们之间,和病毒不同,它们没有衣壳蛋白(裸没有衣壳蛋白(裸DNA)。)。v质粒可通过复制、转录、翻译,从而赋予寄主细胞某种性状质粒可通过复制、转录、翻译,从而赋予寄主细胞某种性状,许多,许多性状已作为性状已作为DNA重组技术中的较为成熟的选择标记。重组技术中的较为成熟的选择标记。现在学习的是第29页,共61页质粒的特点1、最大特点最大特点:可独立复制可独立复制2、质粒的遗传控制、质粒的遗传控制现在学习的是第
21、30页,共61页柯斯(柯斯(Cosmid)质粒)质粒cos位点,粘性位点 现在学习的是第31页,共61页(1).复制控制系统复制控制系统:控制质粒的拷贝数控制质粒的拷贝数 复制起始点复制起始点(ori)Rep基因基因:Rep蛋白结合于蛋白结合于ori,促进复制促进复制 过量可抑制复制过量可抑制复制 Cop基因基因:抑制复制抑制复制(2).分配系统分配系统:使质粒在细菌分裂时精确分配到子细胞中使质粒在细菌分裂时精确分配到子细胞中.(3).细胞分裂抑制系统细胞分裂抑制系统:控制细胞分裂控制细胞分裂,使细胞分裂与质粒使细胞分裂与质粒 复制协调复制协调(4).位点特异重组系统位点特异重组系统:多聚体多
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