基因组的结构和功能课件.ppt
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1、关于基因组的结构和功能现在学习的是第1页,共86页 某一机体可以观察到的特征称为表型(phenotype),与表型相应的基因组成称为基因型(genotype)。如细菌能否合成亮氨酸记为Leu+和Leu-,相应的基因型为Leu+和Leu-。(1)二倍体细胞有2套基因,一套来自父本,另一套来自母本,每个细胞的全部基因均由2套基因组成,每一对基因称做等位基因。(2)由于突变作用引起DNA结构变异,所以某一基因可具有若干种不同的形式,这种同一基因不同的形式互称等信基因(allele)。现在学习的是第2页,共86页5、AGCCGACTATGTCGAAGCTT、GCTTGACTATAAGACA、33、TC
2、GGCTGATACAGCTTCTAA、CGAACTGATATTCTGT、5转录调控区 贮存RNA或蛋白质结构信息区 转录终止区现在学习的是第3页,共86页基因组的结构主要指不同的基因功能区域在核酸分列中的分布和排布情况,基因组的功能是贮存和表达遗传信息。人类基因组包含多染色体和XY两条性染色体上的全部遗传物质(核基因组)以及胞线粒体上的遗传物质(线粒体基因组)现在学习的是第4页,共86页第一节 原核基因组Prokaryotic genome 以细菌为代表讲述,有称bacteria genome。细菌对医学分子生物学有重要贡献,是基因工程研究的主要材料之一。因为:,可选择突变株进行研究,实验结果
3、容易重复。(如选择DDDPI缺乏的Ecoli突变株,Ecoli仍可合成DNA,说明酸I对EcoliDNA合成不起作用。)(1)遗传物质都是DNA;(2)主要的功能分子都是蛋白质;(3)基因密码是通用的,等等。现在学习的是第5页,共86页1.基因组通常仅由其DNA是与蛋白质结合,但并不形成染色体结构,只是习惯上将之称为染色体。细菌染色体DNA在胞内形成一个致密区域,即类核(nucleoid),类核无核膜将之与胞浆分开。2.基因组中。3.操纵子(operon)是指数个功能相关的结构基因串联在一起,构成信息区,连同其上游的调控区(包括启动和操纵区)及其下游的转录终止信号构成的基因表达单位。(见第六章
4、)4.基因组中任何一段DNA不会用于编码2种蛋白质。5.现在学习的是第6页,共86页6.(主要是调控序列)5%,95%)7.基因组中的重复序列很少。编码蛋白质结构基因多为单拷贝,但编码rRNA的基因往往是多拷贝的,这有利于核糖体的快速组装。(15AA/秒,2AA/秒)8.这是一类结构不完全相同,而功能相同的基因。如E.coli含有2个编码乙酸乳酸合成酶的基因和2个编码分支酸变位酶同工酶的基因。10.启动子(promoter)、操纵基因(operator)、调控序列、结构基因(structure gene)、终止子(terminator)。(见第六章)现在学习的是第7页,共86页(一)概念 是独
5、立于许多细菌及某些真核细胞染色体外共价闭合环状的DNA分子(covalant closed circnlar,cccDNA),能独立复制的最小遗传单位。(P35-6)现在学习的是第8页,共86页 除酵母的杀伤质粒(killer plasmid)是RNA外,其余质粒是染色体外的cccDNA分子。质粒是与宿主染色体有别的复制子(真核细胞分裂过程中,DNA纤维分成许多复制单位,该单位称为复制子)。在细胞分裂时能恒定传递给交代细胞的独立遗传因子或能在胞内寄生和复制的复制子。现在学习的是第9页,共86页3.质粒与宿主细胞的关系(1)质粒对宿主的生存不是必需的,只是“友好”的“借居”宿主细胞中,既不杀伤细
6、胞,对宿主的代谢活动也无影响,宿主离开质粒照样的生存下去。(酶和蛋白质)帮助,才能完成自身的复制(扩增)、转录。,作为对宿主细胞的补偿(“交房租”)。使宿主获得生存优势,与我们基因工程实验紧密相关的,如抗生素抗性基因:Ampr 酶,水解-内酰胺环,解除氨关毒性,使细菌抗氨关。Tetr 膜蛋白,可阻止四环素进入细胞,使细菌抗四环素。现在学习的是第10页,共86页4.质粒发现和研究意义 质粒能够复制、传递和表达遗传信息,从分子遗传学观点来看是一种有机体,是比病毒更原始的生命形式,基因工程的重要任务之一就是严格改造质粒的同时,控制质粒不传递,若一个致癌质粒可以传递就会传到外都是。现在学习的是第11页
7、,共86页 A.都能独立自主的复制;B.都能便利的加以检测(抗生素抗性);C.都能容易引进宿主细胞中去,也易从宿主细胞中分离纯化(提质粒)。质粒符合上述3个条件。基因工程中主要使用人工构建的质粒。现在学习的是第12页,共86页(二)质粒的分类 (1)拷贝数少,一般105 2.中度重复序列 在基因组中的重复次数为 101-105 3.单拷贝序列 在整个基因组中出现1次或少数几次(100-101)。现在学习的是第44页,共86页(七)端粒(telommere)(形式上膨大成粒状而得名)。1.是染色体末端DNA和蛋白质构成复合体。仅在真核细胞染色体末端存在。2.其DNA序列相当保守,一般由多个串联在
8、一起的短寡核苷酸(5-86p)序列构成。3.碱基成分因种属而异,重复次数在不同生物中变化较大,如小鼠的端粒DNA达150kb,人类的端粒DNA约515kb。1.保护线性DNA的完整复制 2.保护染色体末端及决定细胞的寿命等。现在学习的是第45页,共86页二.人类基因组中的重复顺序(一)反向重复顺序(inverted repeats,IR)ATTAGC GCTAAT ATTAGC GGAT GCTAATTAATCG CGATTA TAATCG CCTA CGATTA1.连续的反向重复顺序,这种结构又称,是指一段DNA顺序,在两条链上,正读与反读意义相同。2.不连续的反向重复顺序之间含有间隔顺序。
9、1.2占人类基因组5%,可能与复制、转录调控有关。现在学习的是第46页,共86页(二)串联重复顺序(tandem repeats)如组蛋白基因、5srRNA基因等。其意义在于快速大量合成相应基因的mRNA.*和内含子内,是组成卫得DNA*的基础。卫星DNA可分为三类,大卫星DNA、小卫星DNA和微卫星DNA。现在学习的是第47页,共86页*间隔DNA(spacer DNA)真核基因组中,在基因之间也有一些非编码顺序将它们隔开,一般DNA,是和内含子性质不同的插入顺序。*卫星DNA(satellite DNA )又称随体DNA。这部分DNA是在用cscl密度梯度离心时发现的。现在学习的是第48页
10、,共86页 大肠杆菌DNA剪切成若干片段后离心只得到1个峰,而蟹DNA在主峰旁边还有1个小峰,其中所含DAN称sat-DNA.Sat-DNA的A+T/G+C比值不同于主峰DNA的比值,因而其密度也不同于主峰DNA。比值改变原因是它们含有大量的重复顺序而使某段DNA分子(A+T)或(G+C)偏低或偏高。(下图因比值远远大于主峰DNA,导致密度较低所致)。现在学习的是第49页,共86页(三)散在重复顺序(intersprersed repeats)散在重复顺序根据重复序列的长度可将该家族分为,短散在核元件和长散在核元件。(shat interspersed nuclear elements)lon
11、g interspersed nuclear elements)代表 (1)序列中含Alu限制酶位点 (1)序列中含Kpn限制酶位点(2)基因组中重复数3-5105 (2)全长6-7kb(3)Alu顺序之间间隔:3-5kb (3)Knp 消化后可见4条带(4)相对集中在染色体R带 (4)集中分布在染色体G或Q带 逆转来转座子 RNA介导转座,合成cDNA基因组现在学习的是第50页,共86页三.人类基因组DNA多态性 某一机体可以观察到的特征,与表型相应的基因组成称为人类个体之间所以表现为千差万别,其物质基础在于基因组DNA的差异.DNA序列的多态性就是这些差异中十分重要的1种,DNA序列多态性
12、可分为位点的多态性和串联重复顺序多态性,前者又可造成限制性长段长度多态性.现在学习的是第51页,共86页(一)DNA位点多态性(DNA site polymorphism)是由于等位基因间在特定位点上DNA序列存在差异造成的.在各种DNA位点多态性系统中,就其表型而言,从理论上来说,已远远超过了现有地球人口,人类为远交群体,因此要在无血缘关系人群找到HLA表型完全相同的个体几乎是不可能的.(见分子免疫学).现在学习的是第52页,共86页(二)限制性中段长度多态性(restiction fragment length polymorplism,RFLP)是DNA多态性的一种特别有用的形式,当DN
13、A就会得到不同限制性片段类型,这样的位点称为多态性位点。现在学习的是第53页,共86页(三)重复顺序长度多态性1.小卫星DNA多态性很复杂,个体之间的差异极高。2.微卫星DNA多态性,功能不太清楚.现在学习的是第54页,共86页 本节概要地介绍了对人类基因组研究和认识,但显然还有大量的未知,比如仅弄清楚了极有限的功能基因,一小部分基因序列,距离彻底了解人类自身遗传背景还很遥远。正是存在这种科学内在的驱动力,人类在20世纪末开始了的探索自身为主要目的的伟大科学计划人类基因组计划,其重要意义完全可以与原子弹计划和阿波罗登月计划相比。现在学习的是第55页,共86页第三节 病毒基因组 基因组(geno
14、me)1个配(精子或卵子),1个单倍体细胞或1个病毒所包含的全套基因。病毒核酸或为DNA或为RNA,可以统称为病毒染色体。完整的病毒颗粒具有蛋白质外壳,以保护病毒核酸不受核酸酶的破坏,并能识别和侵袭特定的宿主。类病毒例外,它是一类植物病毒,为很小的单链闭环RNA(250-400碱基)。现在学习的是第56页,共86页 病毒核酸与所有的原、真核生物的核酸组比较,或DNA或RNA,两者不共存于1种病毒颗粒中,据此,病毒可以分成两组,即DNA病毒和RNA病毒。病毒核酸分子量大小:RNA病毒小106-107D,DNA病毒大;107-108D 基因数:3-几百个现在学习的是第57页,共86页1)吸附;(2
15、)核酸进入细胞;(3)转录、翻译和复制;(4)病毒颗粒成熟;(5)释放病毒颗粒。典型的生活周期为6-48小时,噬菌体为20-60分钟。病毒对细胞功能的干予,当其入菌后,立即接管了细菌的各种主要功能,细菌自身的DNA复制RNA转录,蛋白质合成,能量代谢等都停顿下来转。有些动物病毒也有类似的情况,但非普通规律。相对而言,动物病毒和宿主细胞可以共存一段时间至病毒生活周期的后期才造成宿主细胞的严重损害,(1)抑制宿主RNA和DNA的合成。(2)核糖体合成受损。(3)蛋白质合成受抑制是普遍现象。它包括8个这些病毒基因组结构和功能已基本清楚(见分子病毒学HIV、没办法)。现在学习的是第58页,共86页 (
16、二)病毒有(十)链RNA和(一)链RNA之分。极性和mRNA极性相同,与mRNA极性相反或与(十)RNA 碱基顺序也相同。互补的RNA。1.作为模板(与mRNA一样)必须依赖 翻译出病毒多肽或蛋白质。RNA的RNA 2.作为模板,合成(一)RNA,pol合成(十)可以以(一)RNA为模板 RNA(mRNA)合成子代病毒RNA。才能翻译出 3.作为模板合成cDNA.病毒 (即以mRNA为模板反转录合成DNA)。蛋白质。现在学习的是第59页,共86页,分子结构有发夹、环状、线型、节段型。以SSDNA,dsRNA最为突出。这种现象在其它生物细胞仅见于线粒体和质体DNA.所以是病毒核酸较为独特结构能使
17、小小病毒携带较多的遗传信息,原因是病毒基因阅读框可以错位(SV40)。现在学习的是第60页,共86页(三)原核病毒(如噬菌体)基因是连续的,没有内含子;真核病毒(如多瘤病毒)基因是不连续的,有内含子。有意思的是,有些真核病毒的内含子或其中的一部分对某一基因来说是内含子,对另一基因却是外显子。如SV40和多瘤病毒的早期区域就是这样的。除了(+)RNA病毒外,真核病毒基因都是先转成mRNA前体,再经过剪接等步骤能成为成熟的mRNA.现在学习的是第61页,共86页 大部分病毒核酸都是由一条双链或单链构成,少数病毒核酸由数个片段构成。这类病毒一般度RNA病毒。如flu-v由6-7个片段构成,各段在天然
18、状态下不连接,而且可以转录成6-7个片段相应的 mRNA。单独的片段没有感染性,感染要一起感染才发挥作用。即每个基因在某个病毒颗粒中只出现一次,即只有1套基因。病毒核酸大多数顺序都用来编码蛋白质。现在学习的是第62页,共86页没有间隔序列或间隔序列很小。功能相关蛋白质基因在基因组的1个或几个特定部位,丛集成簇被转录成多顺反子,然后加工成各种蛋白质的mRNA模板。如腺病毒晚期基因。1.几个结构基因的编码区不规则,因此有些结构基因无翻译起始序列。2.有的mRNA(=gene)没有5帽子,但有翻译增强子。现在学习的是第63页,共86页(一)SV40病毒基因组 SV40(simian sarcom a
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