晶体结构的表达.ppt

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1、晶体结构的表达现在学习的是第1页，共62页单晶结构分析电子教案OHHHHHHOOHOHHOHO第六章晶体结构的表达现在学习的是第2页，共62页第六章第六章 晶体结构的表达晶体结构的表达一、晶胞参数和分子式 晶胞参数是晶体的最基本的信息，这是首先得到的结构信息 晶胞中分子或化合物计量式的数量Z、相对分子质量、晶体密度也是晶体的最基本信息之一存在下面的关系式：dc=(MrZ)/(VNA)式中：dc 为晶体密度Mr 为相对分子质量V 为晶胞体积NA 为阿伏伽德罗常数单晶结构分析为化学工作者提供了大量有意义的信息现在学习的是第3页，共62页二、分子几何 有了原子坐标就可计算出键长和键角，这些都是程序自

2、动完成的。公式如下：1.键长与键角 结构分析中获得的最主要参数是晶胞中原子的坐标。晶体学中的原子坐标通常用分数坐标(fractional coordinates)来表示。即x、y、z 分别以a、b、c为单位 式中：22212()()()2cosdx ay bz cx yab 1/22cos2cosx zacy zbc 21xxx 21yyy 21zzz 现在学习的是第4页，共62页 以上的公式是对称性最低的三斜晶系的，对称性更高的晶系，可进一步简化 晶体结构中最重要的偏差是键长的估计标准偏差（estimated standard deviations)，简称标准偏差 标准偏差的计算更为复杂，好

3、在这些计算程序都能自动完成。对于非键原子间的距离和有关夹角的计算也可通过在ins文件中添加“BIND A1 A2”指令，令程序完成222cos2ABACBCBACABACddddd现在学习的是第5页，共62页 这样的判断常常产生一些问题，这就需要人工判断，把不该成的键断开（FREE A1 A2），把该成的键连起来（BIND A3 A4），计算分子或原子间的弱作用也是用此法2.键长与原子半径 键合(bonding)或是分子间作用(intermolecular interactions)，均与原子间的距离有关 原子间是否键合，是程序根据原子半径和设定的宽容度（50pm）自动判断的 如果作用发生在独

4、立单元中原子和非独立单元中原子之间，则要首先查出对称操作码，然后用如下指令进行计算：EQIV$1 对称制作码BIND B1 B2-$1现在学习的是第6页，共62页一些常见有机基团中的键 长键 型类 型键 长键 型键 长 C-C1.53C-Br1.871.96CC(=C)1.51C-Cl1.721.85CC(C)1.47C-F1.321.43C=C1.32C-I2.13共轭/芳环1.38C-P1.80CC1.181.20C-S1.82C-N1.471.50(C-)NO21.211.22C=N共轭1.341.38P-O1.561.68CO(H)1.411.44S-O1.58COCO(-C)1.42

5、1.46Cl-O1.40(C=)C-O1.301.39C-B1.59C=O1.191.23B-O1.48羧酸根1.211.23P-F1.58现在学习的是第7页，共62页3.最佳平面、扭转角与二面角 在晶体结构中，分子或分子中的某些原子是否共面（coplanar)，是比较重要的结构信息 研究n个原子之间的共面性，是用最小二乘的方法，计算出所有n个原子偏离值（deviation)(i)和最小的一个平面，称为最佳平面(best plane)，也叫最小二乘平面（least-squares plane)。原子离开该平面的平均标准偏差(mean standard deviation)为：23ipii它的值

6、越小，共平面 性越好现在学习的是第8页，共62页 二面角也称面间角(interplanar angle，它表示两个平面法线之间的夹角（图中，都为正值）在描述分子构象（conformation)时，常用到两种角度参数：二面角（dihedral angle)和扭转角(torsion angle)扭转角是指依次排列的1、2、3、4四个原子，顺着2-3键投影（Newman），原子1顺时针转动得与原子4重合时，所转动的角度（图中，逆时针为负值）1412341234可见，=180-ll现在学习的是第9页，共62页扭转角的计算方法：在ins文件中加CONF 指令，精修后可计算出所有的扭转角在ins文件中加C

7、ONF A1 A2 A3 A3 指令，精修后可计算出依次排列四个原子中间键上的扭转角计算的结果可写入LST、CIF、TEX等文件平面和二面角的计算方法：在ins文件中加MPLA n A1 An+m 指令，精修后可计算出前n个原子的平面、所有（n+m个）输入原子偏离该平面的距离及与前一平面的二面角计算的结果可写入LST文件现在学习的是第10页，共62页三、分子间的作用 包括氢键（hydrogen bond）、-堆积作用（stacking interaction)与范德华作用1.氢键氢原子与一个电负性较大的原子较近时，就能形成 有几种类型：由N、O作为给体和受体的氢键键长（R）为300pm或更短些

8、，远了作用弱；CH键有时也能与N、O、F等形成氢键，键长较长，为320400pm；有时还能形成三中心键 DHARr1r2CAHA1A2HDA=N O F现在学习的是第11页，共62页 晶体学中，考察氢键最重要的数据应该是D和A间的距离，这是由于用单晶X-射线衍射法研究氢键 时具有如下问题：由于H的电子云密度很低，故不能精确确定其位置 由于DH键的电子密度明显偏向于D，所以X射线法确定的DH的键长与真实值有一定偏差，较短 还有，大多情况下，H被强制性地限定在特定位置上，故其位置在很大程度上是主观的氢键的计算方法：先在ins文件中加HTAB 2 指令，精修一次再从lst文件中查出计算出的氢键及受体

9、原子的对称操作码现在学习的是第12页，共62页2.-堆积作用 主要是芳环间的，强度在150kJmol-1的范围内，且多数在10 kJmol-1左右或以下。分错位面对面（offset face-toface)和边对面edge-toface)堆积两种，距离均在330370pm的范围 对于C-H键形成的H键需用ENVI.查找EQIV$1 对称制作码HTAB B1 B2-$1HTAB A1 A2 计算的结果写入lst文件中，如果计算了扭转角（CONF指令），则同时写入cif和tex文件然后，再在ins文件中用加如下指令，并精修现在学习的是第13页，共62页-1/2-1/2-1/2-1/2吸 引+-1/

10、2-1/2-1/2-1/2吸 引+-1/2-1/2-1/2-1/2排 斥+错位面对面边对面正位面对面H 对于面对面的，计算两苯环中心的连线与环所在的平面的夹角值有助于说明-作用的强度现在学习的是第14页，共62页*-堆积作用的计算要在XP程序中完成四、结构图 除了晶体结构数据外，单晶结构分析还提供了另一强有力的表达方式，即各式各样的结构图 常用的有：分子结构图（椭球图）、晶胞图、堆积图及表明特性作用或结构的图 Shelxtl中的XP程序具有强大的图形功能，可以通过多个指令的灵活配合，画出各种不同的图现在学习的是第15页，共62页XP的常用指令(字母大小写通用)指 令含 义ARAD 0.30 1

11、.52 A1指定原子半径CELL显示晶胞参数CENT/x Atomnames计算并显示指定原子的中心DRAW filename打印结构图或转换图形文件ENVI n A1显示指定原子的环境EXAM显示该通道中所有的文件EXIT 退出XPFILE filenames存储XP中产生的文件FMOL/n读入数据FUSE删除所有对称操作产生的原子GROW长出完整的分子填充球半径成键半径原子名(或$A)指定显示的范围加/x同时给中心点X1A现在学习的是第16页，共62页指 令含 义INFO (A1)显示一个或所有原子的结构信息ISOT Atomnames将指定原子转换成各向同性JOIN n Atom pai

12、rs改变原子间的键连方式KILL Atomnames删除指定的原子（或Q）LABL code size定义如何标注原子和标签的大小LINE Atom pair计算两原子间的连线LINK n Atom pair改变原子间的键连方式MATR n指定所显示图形的取向MPLN Atomnames 计算指定原子的平面和二面角NAME X1 A1重新命名原子NEXT读出SAVE指令保存的文件PACK产生晶体堆积图指定键的类型，n=1：立体实线；2：空地实线；3：立体虚线；4：空地虚线；5：实线；6：虚线；缺省值为1指定标签的类型，0：不标；1：没括号不标H；2：带括号不标H；3：没括号标H；4：带括号标H

13、指定标签的大小，缺省值600，常用值300-500将前者改为后者，也可用通用符，如?A?表示观看或投影图形的取向，1：沿a 轴；2：沿b 轴；3：沿c 轴如果计算了多个平面，则还给出了此平面与前几个平面的二面角；如果改用MPLN/n，则可计算出重叠较少，较清楚的图形取向现在学习的是第17页，共62页指 令含 义PBOX w d xc yc zc定义格子宽度、深度和中心坐标 PROJ cell显示旋转目标图形PUSH dx dy dz sign移动原子坐标SAVE filename保存文件SGEN s Atomnames根据对称操作码产生新原子SYMM显示该结构的所有对称操作码TELP s p

14、b d keywords画、保存图形文件（plt文件）UNDO Atom pair删除指定原子间的键连UNIQ Atomnames独立出指定原子所在的单元VIEW filename显示TELP指令保存的文件通常为缺省值0.5、0.5、0.5宽度，通常上下为左右的0.75以cm为单位的点距，缺省值为50观察晶胞或堆积图加之坐标变量标识码，必须为+1或-1 也类似于MOVE，在XP中代替INVI对称操作码，由ENVI指令得到用度表示的立体视角，常用0：为一维图画热椭球的probability,负值为热椭球键线的宽度，缺省值为0.05深度特定关键词cell，可在图上加上单元晶胞，画晶胞和堆积图时前几

15、项可省略注：Atomnames等可用通用符“？”来表示一个字符；或用Cm to Cn来表示连续排列的Cm到Cn；或用$C、$Q、$H等表示同一类原子现在学习的是第18页，共62页XP的使用：XP程序的进入：点XP菜单FMOL/n ent加/n省略原子表画分子图：KILL$Q$H A1 A?B A21 to A28 ent GROW entJOIN A1 A3 entLINK A2 A3 entUNDO A1 A2 entUNIQ A1 entINFO A1 entARAD 0.25 2.07 A1entUNIQ entENVI A1 2entSGEN 1564 atomname ent现在学习

16、的是第19页，共62页DRAW MO ent MPLN/n ent PROJ ent LABL 1 400 ent TELP 0 -30 0.04 ent 调为原子重叠最少、最清楚的取向按程序要求输入图形文件名（如：MO），标记要标记的原子SAVE MO ent 连续三个ent，便打印图形，也可转换成其它的文件，例如:a-ent-文件名-ent entPS文件画晶胞或堆积图或其它图形：NEXT MO ent FUSE ent KILL$H（Ai）ent UNIQ A1 ent ENVI A1 ent SGEN 3465 A1 A2.ent 现在学习的是第20页，共62页CELL ent MAT

17、R 1 ent PBOX 15 9 ent PACK ent TELP CELL ent DRAW CE ent 显示晶胞参数，如:11.23 15.76 17.38 90.0 95.2 90.0堆积图，可不参阅晶胞参数，一般采用数值为20至30按程序要求输入图形文件名（如：CE、PA），一般只标记要标记晶胞原点和轴计算直线和直线间的夹角：LINE C1 C2 ent LINE C5 O8 ent LINE C1 C12 ent 显示直线的单位矢量和线间夹角 画晶胞图时常需删去一些分子，空格键为保留，输入键为删除PROJ CELL ent JOIN(LINK UNDO)A1 A2 ent 现在

18、学习的是第21页，共62页计算平面和二面角：MPLN C1 C2 O4 N3 N4ent MPLN C5 TO O8 ent MPLN C1 TO C12 ent 显示平面方程、原子到平面的距离、二面角、直线和平面间的夹角等 信息 计算-堆积作用：CENT/X C1 TO C6 ent ENVI X1A 2 ent SGEN 2564 C1 TO C6 ent CENT/X C1A TO C6A ent LINE X1A X1B ent MPLN C1 TO C6 ent MPLN C1A TO C6A ent 产生苯环（C1-C6）的中心X1A显示X1A周围为 2 距离内的原子及其操作码 产

19、生新的原子C1A-C6A可获得苯环的平面方程、中心到平面的距离、环上C到另一环平面的距离、二面角、中心连线与平面的夹角中心间的距离等ENVI X1A 2 ent 现在学习的是第22页，共62页画-堆积作用图：CENT/X C1 TO C6 ent ENVI X1A 2 ent SGEN 2564 C1 TO C6 ent CENT/X C1A TO C6A ent LINK X1A X1B ent TELP ent DRAW Pai ent KILL 无关的原子ent(或用uniq、fuse等指令）Pai.pltX1AX1BC1AC6A现在学习的是第23页，共62页无心转换为有心（p1 p-1

20、）：FMOL/n ent KILL$Q ent CENT A1 A2 ent PUSH -xi yi -zi ent SYMM -X -Y -Z ent FUSE ent FILE filename ent EXIT ent xi、yi、zi 为CENT指令产生的原子A1和 A2 中心的坐标 退出XP后，先修改ins文件：首行中p1 p-1；LATT -1 1，再用XL精修，然后按常规精修即可 现在学习的是第24页，共62页五、结果数据表-*.tex文件和*.cif文件 包括重要的晶体学参数、原子坐标表、温度因子表、分子几何数据表（及这些数据相应的标准偏差）等 有关键长和键角的数据，必须注意几

21、个问题：等效的不重复列出 涉及到独立单元以外的原子，必须注明对称操作码 重要的弱键或弱作用也可在此表中列出 所有的数据要注明标准偏差数据 常用的结构数据表主要有*.tex文件和*.cif文件 现在学习的是第25页，共62页1.TEX文件 基本结构：Table 1.Crystal data and structure refinement for 020908a.Identification code 020908a Empirical formula C18 H14 Co N3 O7 Formula weight 443.25 Temperature 298(2)K Wavelength 0.

22、71073 A Crystal system,space group Monoclinic,c2/c Unit cell dimensions a=29.654(18)A alpha=90 deg.b=8.530(5)A beta=95.829(10)deg.c=13.801(8)A gamma=90 deg.Volume 3473(4)A3 Z,Calculated density 8,1.696 Mg/m3 Absorption coefficient 1.039 mm-1 F(000)1808 晶体数据和结构精修结果现在学习的是第26页，共62页 Crystal size 0.28 x

23、0.25 x 0.18 mm Theta range for data collection 1.38 to 26.47 deg.Limiting indices -25=h=37,-10=k=10,-14=l2sigma(I)R1=0.0500,wR2=0.0596 R indices(all data)R1=0.0966,wR2=0.0655 Largest diff.peak and hole 0.758 and-0.488 e.A-3 Absolute structure parameter -0.03(7)现在学习的是第27页，共62页 Table 2.Atomic coordina

24、tes(x 104)and equivalent isotropic displacement parameters(A2 x 103)for 020908a.U(eq)is defined as one third of the trace of the orthogonalized Uij tensor._ x y z U(eq)_ Co(1)3875(1)2187(1)8733(1)35(1)N(1)3836(1)2424(3)10104(2)31(1)N(2)3346(1)898(3)8503(2)33(1)N(3)4435(1)3284(3)8801(2)34(1)O(1)3497(

25、1)3952(3)8609(2)39(1)O(2)3026(1)5311(3)9447(2)61(1).C(16)5290(2)4446(6)8730(3)49(1)C(17)4930(2)5447(6)8752(3)47(1)C(18)4504(2)4825(5)8784(3)44(1)_ 原子坐标和等效各向同性位移参数 为了节省篇幅，不少刊物用“等效各向同性位移参数”（equivalent isotropic displacement parameters)Ueq来报道原子的位移参数Ueq=(U11+U22+U33)/3现在学习的是第28页，共62页 Table 3.Bond length

26、s A and angles deg for 020908a._ Co(1)-O(1)1.873(2)Co(1)-O(5)1.877(2).C(17)-C(18)1.374(5)C(17)-H(11)0.91(3)C(18)-H(12)0.91(3)O(1)-Co(1)-O(5)178.84(11)O(1)-Co(1)-O(3)88.14(10)N(3)-C(18)-H(12)111(2)C(17)-C(18)-H(12)127(2)_ Symmetry transformations used to generate equivalent atoms:键长和键角现在学习的是第29页，共62页

27、Table 4.Anisotropic displacement parameters(A2 x 103)for 020908a.The anisotropic displacement factor exponent takes the form:-2 pi2 h2 a*2 U11+.+2 h k a*b*U12 _ U11 U22 U33 U23 U13 U12 _ Co(1)30(1)42(1)32(1)0(1)3(1)0(1)N(1)23(2)40(2)30(2)3(1)0(1)-2(2)N(2)28(2)42(2)28(2)4(1)4(2)-1(2)N(3)40(2)36(2)25(

28、2)0(1)1(1)-6(2)O(1)36(2)47(2)33(2)2(1)4(1)5(1).C(14)27(2)48(3)29(2)-4(2)1(2)-1(2)C(15)39(3)51(3)44(2)-1(2)5(2)6(3)C(16)36(3)66(4)47(3)-3(2)7(2)-17(3)C(17)53(3)51(3)37(2)0(2)4(2)-15(3)C(18)48(3)48(3)36(2)0(2)3(2)1(2)_各向异性位移参数现在学习的是第30页，共62页 Table 5.Hydrogen coordinates(x 104)and isotropic displacemen

29、t parameters(A2 x 103)for 020908a._ x y z U(eq)_ H(1)3284(10)4670(30)11320(20)33(11)H(2)3611(10)3300(30)12620(20)36(10)H(3)4144(10)1330(30)12310(20)34(10)H(4)4270(10)870(30)10651(19)33(10)H(5)2744(10)-20(30)6620(20)22(10)H(6)2311(11)-1190(40)7620(20)41(11)H(7)2578(12)-1230(40)9380(20)64(12)H(8)3234(

30、10)220(30)9800(20)34(10)H(11)4935(11)6510(30)8730(20)43(12)H(12)4242(12)5360(40)8810(20)65 H(13)3731(10)2380(40)4939(18)65 H(14)4061(11)1690(30)4370(20)65 _ H坐标和等效各向同性位移参数现在学习的是第31页，共62页 Table 6.Torsion angles deg for 020908a._ C(8)-N(2)-N(3)-C(14)-91.7(3)O(5)-Co(1)-N(1)-C(2)-173.3(2)O(1)-Co(1)-O(3)

31、-C(7)-77.9(3)_ Symmetry transformations used to generate equivalent atoms:扭转角现在学习的是第32页，共62页 Table 7.Hydrogen bonds for 020908a A and deg._ D-H.A d(D-H)d(H.A)d(D.A)2sigma(F2)is used only for calculating R-factors(gt)etc.and is not relevant to the choice of reflections for refinement.R-factors based

32、on F2 are statistically about twice as large as those based on F,and R-factors based on ALL data will be even larger.;特殊的格式或符号有特定的书写规定：3和3分别表示3 是上下标%A=A,%=,s=,p=,m=,q=,w=,f=现在学习的是第37页，共62页计算机能把cif文件完全机械化地译成规定的格式，但有细微的错误也会表现出来。因此写好的cif文件，一定要用检查程序做检查。可直接登录下面网站，进行检查。http:/journals.iucr.org/services/cif

33、/checkcif.html*CIF文件实例：data_020910c _audit_creation_method SHELXL-97 _chemical_name_systematic;?;产生cif文件程序名称现在学习的是第38页，共62页_chemical_name_common?_chemical_melting_point?_chemical_formula_moiety?_chemical_formula_sum C14 H41 Cu2 Fe N14 O4.50 _chemical_formula_weight 660.54 loop_ _atom_type_symbol _at

34、om_type_description _atom_type_scat_dispersion_real _atom_type_scat_dispersion_imag _atom_type_scat_source C C 0.0033 0.0016 International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4 H H 0.0000 0.0000._symmetry_cell_setting monoclinic_symmetry_space_group_name_H-M c2/c晶系名称空间群名称散射因子的来源的数据环现在学习的是第39页，共62页

35、loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz x,y,z -x,y,-z+1/2 x+1/2,y+1/2,z -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 -x,-y,-z x,-y,z-1/2 -x+1/2,-y+1/2,-z x+1/2,-y+1/2,z-1/2 用坐标xyz表示的对称操作码的数据环现在学习的是第40页，共62页 _cell_length_a 13.481(7)_cell_length_b 13.497(7)_cell_length_c 31.069(15)_cell_angle_alpha 90.00 _cell_angle_beta 93.547(8)_c

36、ell_angle_gamma 90.00 _cell_volume 5642(5)_cell_formula_units_Z 8 _cell_measurement_temperature 298(2)_cell_measurement_reflns_used 1697 _cell_measurement_theta_min 2.264 _cell_measurement_theta_max 20.187 晶胞参数用于确定晶胞参数的衍射点的数量用于确定晶胞参数的衍射点的最大和最小 值现在学习的是第41页，共62页_exptl_crystal_description?_exptl_crysta

37、l_colour?_exptl_crystal_size_max 0.25 _exptl_crystal_size_mid 0.15 _exptl_crystal_size_min 0.09 _exptl_crystal_density_meas?_exptl_crystal_density_diffrn 1.555 _exptl_crystal_density_method not measured _exptl_crystal_F_000 2744 _exptl_absorpt_coefficient_mu 2.050 _exptl_absorpt_correction_type mult

38、i-scan _exptl_absorpt_correction_T_min 0.6282 _exptl_absorpt_correction_T_max 0.8370 _exptl_absorpt_process_details SADABS(Sheldrick,1996)_exptl_special_details;?;衍射用晶体的形状衍射用晶体的颜色衍射用晶体的尺寸计算密度单胞中电子数线性吸收系数吸收校正方法最小透过率最大 透过率吸收校正的程序现在学习的是第42页，共62页_diffrn_ambient_temperature 298(2)_diffrn_radiation_wavele

39、ngth 0.71073 _diffrn_radiation_type MoKa _diffrn_radiation_source fine-focus sealed tube _diffrn_radiation_monochromator graphite _diffrn_measurement_device_type CCD area detector _diffrn_measurement_method /f()and/w()scans _diffrn_detector_area_resol_mean?_diffrn_standards_number?_diffrn_standards_

40、interval_count?_diffrn_standards_interval_time?_diffrn_standards_decay_%?_diffrn_reflns_number 14631 _diffrn_reflns_av_R_equivalents 0.0744 _diffrn_reflns_av_sigmaI/netI 0.1145 温度波长射线类型光源单色器CCD可以不填衍射点总数等效点平均标准偏差平均背景与平均衍射强度比衍射仪名称扫描方式现在学习的是第43页，共62页_diffrn_reflns_limit_h_min -16 _diffrn_reflns_limit_h

41、_max 16 _diffrn_reflns_limit_k_min -11 _diffrn_reflns_limit_k_max 16 _diffrn_reflns_limit_l_min -32 _diffrn_reflns_limit_l_max 36 _diffrn_reflns_theta_min 1.31 _diffrn_reflns_theta_max 25.03 _reflns_number_total 4993 _reflns_number_gt 2395 _reflns_threshold_expression 2sigma(I)_computing_data_collec

42、tion SMART(Siemens,1996)_computing_cell_refinement SMART _computing_data_reduction SAINT(Siemens,1996)_computing_structure_solution SHELXS-97(Sheldrick,1997a)最小与最大衍射指标最小与最大角参加精修的衍射数目强度大于2的衍射数目采用的程序现在学习的是第44页，共62页_computing_structure_refinement SHELXL-97(Sheldrick,1997a)_computing_molecular_graphics

43、SHELXTL(Sheldrick,1997b)_computing_publication_material SHELXTL _refine_special_details;Refinement of F2 against ALL reflections.The weighted R-factor wR and goodness of fit S are based on F2,conventional R-factors R are based on F,with F set to zero for negative F2.The threshold expression of F2 2s

44、igma(F2)is used only for calculating R-factors(gt)etc.and is not relevant to the choice of reflections for refinement.R-factors based on F2 are statistically about twice as large as those based on F,and R-factors based on ALL data will be even larger.;采用的程序精修中需要说明的问题现在学习的是第45页，共62页_refine_ls_structu

45、re_factor_coef Fsqd _refine_ls_matrix_type full _refine_ls_weighting_scheme calc _refine_ls_weighting_details calc w=1/s2(Fo2)+(0.0000P)2+0.0000P where P=(Fo2+2Fc2)/3 _atom_sites_solution_primary direct _atom_sites_solution_secondary difmap _atom_sites_solution_hydrogens geom _refine_ls_hydrogen_tre

46、atment mixed _refine_ls_extinction_method SHELXL _refine_ls_extinction_coef 0.0020(3)_refine_ls_extinction_expression Fc*=kFc1+0.001xFc2l3/sin(2q)-1/4_refine_ls_number_reflns 4993 _refine_ls_number_parameters 348 _refine_ls_number_restraints 15 _refine_ls_R_factor_all 0.1208 基于F2的精修精修的矩阵类型权重方案权重的详细资

47、料解结构的方法进一步解结构 的方法加氢方法精修H的方法精修消光的方法消光校正系数消光校正方案参加精修的衍射点的数目参加精修的参数的数目限制参数的数目对于全部衍射点的R1值现在学习的是第46页，共62页_refine_ls_R_factor_gt 0.0465 _refine_ls_wR_factor_ref 0.0698 _refine_ls_wR_factor_gt 0.0621 _refine_ls_goodness_of_fit_ref 1.001 _refine_ls_restrained_S_all 1.002 _refine_ls_shift/su_max 0.001 _refin

48、e_ls_shift/su_mean 0.000 loop_ _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_U_iso_or_equiv _atom_site_adp_type _atom_site_occupancy _atom_site_symmetry_multiplicity 对于可观测衍射点的R1值对于全部衍射点的wR2值对于可观测衍射点的wR2值对于可观测衍射点的S 值对于全部衍射点的S 值最后精修过程中的最大移动

49、值最后精修过程中的平均移动值 原子坐标、各向同性位移参数、原子占有率等的数据环现在学习的是第47页，共62页_atom_site_calc_flag _atom_site_refinement_flags _atom_site_disorder_assembly _atom_site_disorder_group Cu1 Cu 0.14883(5)0.38885(6)0.37321(2)0.0446(2)Uani 1 1 d.Cu2 Cu 0.63210(5)0.39053(6)0.38794(2)0.0494(2)Uani 1 1 d.Fe1 Fe 0.38981(6)0.64597(6)0

50、.37999(3)0.0328(2)Uani 1 1 d.N1 N 0.1742(3)0.2994(4)0.32332(16)0.0728(17)Uani 1 1 d.H1A H 0.2253 0.2584 0.3305 0.087 Uiso 1 1 calc R.H1B H 0.1200 0.2624 0.3164 0.087 Uiso 1 1 calc R.H8 H 0.387(3)0.173(5)0.4315(12)0.080 Uiso 1 1 d D.H9 H 0.369(4)0.145(5)0.3890(9)0.080 Uiso 1 1 d D.loop_ _atom_site_an