蛋白质折叠精选PPT.ppt
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1、关于蛋白质折叠关于蛋白质折叠第1页,讲稿共144张,创作于星期三蛋白质合成的基本步骤蛋白质合成的基本步骤第2页,讲稿共144张,创作于星期三n蛋白质折叠前后蛋白质折叠前后第3页,讲稿共144张,创作于星期三蛋白质折叠蛋白质折叠定义定义蛋白质折叠蛋白质折叠:狭义是蛋白质特定三维空间结构形成狭义是蛋白质特定三维空间结构形成的规律、稳定性和与其生物活性的关系。的规律、稳定性和与其生物活性的关系。蛋白质折叠是物理过程。多肽折叠成特定功能的三蛋白质折叠是物理过程。多肽折叠成特定功能的三维结构,维结构,“分子伴侣分子伴侣”的发现和鉴定改变了蛋白质折叠研的发现和鉴定改变了蛋白质折叠研究的经典概念究的经典概念
2、第4页,讲稿共144张,创作于星期三1961年年Anfinsen表现核糖核酸酶表现核糖核酸酶可变性后重折叠,可变性后重折叠,同时保持酶活性,从而表明蛋白折叠所有要求的同时保持酶活性,从而表明蛋白折叠所有要求的信息在其一级结构内。信息在其一级结构内。在折叠时,在环境条件(温度,溶剂和组成等)在折叠时,在环境条件(温度,溶剂和组成等)一定一定,天然结构是一个独特的,天然结构是一个独特的、稳定的和动力学自稳定的和动力学自由能最低的。由能最低的。Anfinsen原理:原理:Anfinsensdogma,自组装(,自组装(self-assembly)学说,)学说,“自组装热力学假说自组装热力学假说”,是
3、分子生物学,是分子生物学的一个假设的一个假设:顺序决定构象。顺序决定构象。Anfinsen因此而获得因此而获得1972年诺贝尔化学奖年诺贝尔化学奖。蛋白质折叠的蛋白质折叠的发现发现第5页,讲稿共144张,创作于星期三Anfinsensdogma按照自组装学说按照自组装学说,一级结构决定空间结构的密码一级结构决定空间结构的密码叫作叫作“第二遗传密码第二遗传密码”。按照自组装学说按照自组装学说,每个蛋白多肽翻译从基因序列开每个蛋白多肽翻译从基因序列开始生成线性的氨基酸链,这种多肽没有三维结构。始生成线性的氨基酸链,这种多肽没有三维结构。然而链中氨基酸具有总的化学特征:疏水的,亲然而链中氨基酸具有总
4、的化学特征:疏水的,亲水性,或带电,可被认为蛋白质折叠机制水性,或带电,可被认为蛋白质折叠机制按照自组装学说按照自组装学说,每一步折叠都是正确的,充分每一步折叠都是正确的,充分的,必要的。实际上折叠过程是一个正确和错误的,必要的。实际上折叠过程是一个正确和错误途径相互竞争过程。边合成边折叠同时进行的协途径相互竞争过程。边合成边折叠同时进行的协调的动态过程。调的动态过程。第6页,讲稿共144张,创作于星期三蛋白质折叠的问题蛋白质折叠的问题蛋白质折叠:热力学和动力学问题蛋白质折叠:热力学和动力学问题在生理条件下多肽链折叠是热力学上有利的过程在生理条件下多肽链折叠是热力学上有利的过程多肽链折叠是一个
5、动力学的问题多肽链折叠是一个动力学的问题一一个个在在热热力力学学上上可可以以成成立立的的反反应应由由于于动动力力学学能能障障在实际上未必可以完成。在实际上未必可以完成。蛋白质在体外折叠和在细胞内折叠的问题蛋白质在体外折叠和在细胞内折叠的问题理论研究和实验研究的问题理论研究和实验研究的问题第7页,讲稿共144张,创作于星期三蛋白质折叠的蛋白质折叠的原理原理nAnfinsen学说:自组装(学说:自组装(self-assembly)nEllis1987年提出了蛋白质年提出了蛋白质“辅助性组装学说辅助性组装学说”。体内蛋白质。体内蛋白质折叠往往需要其他辅助因子参与,并伴有折叠往往需要其他辅助因子参与,
6、并伴有ATP的水解。的水解。因此,蛋白质折叠是一个热力学过程,也受动力学控制。因此,蛋白质折叠是一个热力学过程,也受动力学控制。n有的学者基于有些相似氨基酸序列的蛋白质具有不同的折有的学者基于有些相似氨基酸序列的蛋白质具有不同的折叠结构,而一些不同氨基酸序列的蛋白质在结构上却相似叠结构,而一些不同氨基酸序列的蛋白质在结构上却相似的现象,提出了的现象,提出了mRNA二级结构可能作为一种遗传密码从二级结构可能作为一种遗传密码从而影响蛋白质结构的假说。而影响蛋白质结构的假说。n目前为止,对蛋白质折叠机制的认识仍是不完整的,甚至有目前为止,对蛋白质折叠机制的认识仍是不完整的,甚至有些方面还存在着错误的
7、观点。些方面还存在着错误的观点。第8页,讲稿共144张,创作于星期三蛋白质折叠蛋白质折叠与生物信息流与生物信息流n在生物体内,生物信息流动可分为两个部分:在生物体内,生物信息流动可分为两个部分:n第一部分是存储于第一部分是存储于DNADNA序列中的遗传信息通过转录序列中的遗传信息通过转录和翻译传入蛋白质的一级序列中,这是一维信息之和翻译传入蛋白质的一级序列中,这是一维信息之间的传递,三联子密码介导了这一传递过程间的传递,三联子密码介导了这一传递过程n第二部分是肽链经过疏水塌缩、空间盘曲、侧第二部分是肽链经过疏水塌缩、空间盘曲、侧链聚集等折叠过程形成蛋白质的天然构象,同链聚集等折叠过程形成蛋白质
8、的天然构象,同时获得生物活性,从而将生命信息表达出来时获得生物活性,从而将生命信息表达出来n蛋白质折叠是蛋白质折叠是一维信息向三维信息的转化过程一维信息向三维信息的转化过程第9页,讲稿共144张,创作于星期三细胞内的蛋白质折叠细胞内的蛋白质折叠体内折叠过程往往与翻译共启始,因此,体内折叠过程往往与翻译共启始,因此,N-末端末端蛋白开始折叠,而蛋白开始折叠,而C-末端部分仍在合成。末端部分仍在合成。氨基酸序列与折叠密切相关氨基酸序列与折叠密切相关化学修饰往往与肽链的折叠密切相关化学修饰往往与肽链的折叠密切相关折叠是有序的、由疏水力推动的协同过程。折叠是有序的、由疏水力推动的协同过程。最近的理论提
9、出了蛋白质折叠氢键的贡献最近的理论提出了蛋白质折叠氢键的贡献伴侣分子在折叠中起着辅助性的作用伴侣分子在折叠中起着辅助性的作用折叠在越折叠在越膜转运过程中:解开折叠后才能越膜转运过程中:解开折叠后才能越膜。第10页,讲稿共144张,创作于星期三蛋白质折叠的途径蛋白质折叠的途径第11页,讲稿共144张,创作于星期三蛋白质折叠的途径蛋白质折叠的途径n 独立折叠独立折叠n 热休克蛋白热休克蛋白7070辅助蛋白质折叠辅助蛋白质折叠n HSP70HSP70和伴侣协助配合下折叠和伴侣协助配合下折叠第12页,讲稿共144张,创作于星期三蛋白质折叠的理论模型蛋白质折叠的理论模型n框架模型(框架模型(Framew
10、ork ModelFramework Model)n疏水塌缩模型(疏水塌缩模型(Hydrophobic Collapse Hydrophobic Collapse ModelModel)n扩散扩散-碰撞碰撞-粘合机制粘合机制 (Diffusion-Diffusion-Collision-Adhesion ModelCollision-Adhesion Model)n成核成核-凝聚凝聚-生长模型(生长模型(Nuclear-Condensation-Nuclear-Condensation-Growth ModelGrowth Model)n拼版模型(拼版模型(Jig-Saw Puzzle Mod
11、elJig-Saw Puzzle Model)第13页,讲稿共144张,创作于星期三框架模型框架模型(FrameworkModel)n 假设蛋白质局部构象依赖于局部的氨基酸序列假设蛋白质局部构象依赖于局部的氨基酸序列n 在多折叠的起始阶段在多折叠的起始阶段,先迅速形成不稳定的二级先迅速形成不稳定的二级结构单元,称为结构单元,称为“flickeringcluster”n 随后二级结构靠近随后二级结构靠近,形成稳定的二级结构框架形成稳定的二级结构框架n 最后二级结构框架相互拼接,渐紧缩,形成三级结构。最后二级结构框架相互拼接,渐紧缩,形成三级结构。n 这个模型认为即使是一个小分子的蛋白也可以这个模
12、型认为即使是一个小分子的蛋白也可以一部分一部分的进行折叠一部分一部分的进行折叠,其间形成的亚结构域其间形成的亚结构域是折叠中间体的重要结构。是折叠中间体的重要结构。第14页,讲稿共144张,创作于星期三疏水塌缩模型疏水塌缩模型(HydrophobicCollapseModel)n在疏水塌缩模型在疏水塌缩模型 中,疏水作用力被认为是在中,疏水作用力被认为是在蛋白质折叠过程中起决定性作用的力的因素。蛋白质折叠过程中起决定性作用的力的因素。n在形成任何二级结构和三级结构之前首先发在形成任何二级结构和三级结构之前首先发生很快的非特异性的疏水塌缩。生很快的非特异性的疏水塌缩。第15页,讲稿共144张,创
13、作于星期三扩散扩散-碰撞碰撞-粘合机制粘合机制Diffusion-Collision-AdhesionModel)n蛋白质的折叠起始于伸展肽链上的几个位点,在这些位点上蛋白质的折叠起始于伸展肽链上的几个位点,在这些位点上生成不稳定的二级结构单元或疏水簇,主要依靠局部序列生成不稳定的二级结构单元或疏水簇,主要依靠局部序列(3-43-4个残基)相互作用来维系。个残基)相互作用来维系。n疏水簇以非特异性布朗运动方式扩散、碰撞、相互黏附,导致大疏水簇以非特异性布朗运动方式扩散、碰撞、相互黏附,导致大的结构生成并增加稳定性。的结构生成并增加稳定性。n进一步碰撞形成具有疏水核心和二级结构的类熔球态中间体。
14、进一步碰撞形成具有疏水核心和二级结构的类熔球态中间体。n球形中间体调整为致密的、无活性的类似天然结构的高度有序球形中间体调整为致密的、无活性的类似天然结构的高度有序熔球态结构。熔球态结构。n最后无活性高度有序熔球态转变为完整有活力的天然态。最后无活性高度有序熔球态转变为完整有活力的天然态。第16页,讲稿共144张,创作于星期三成核成核-凝聚凝聚-生长模型生长模型(Nuclear-Condensation-GrowthModel)n肽链中的某一区域可以形成肽链中的某一区域可以形成“折叠晶核折叠晶核”,以它,以它们为核心,整个肽链继续折叠进而获得天然构象。们为核心,整个肽链继续折叠进而获得天然构象
15、。n所谓所谓“晶核晶核”实际上是由一些特殊的氨基酸残实际上是由一些特殊的氨基酸残基形成的类似于天然态相互作用的网络结构,基形成的类似于天然态相互作用的网络结构,这些残基间不是以非特异的疏水作用维系的,这些残基间不是以非特异的疏水作用维系的,而是由特异的相互作用使这些残基形成了紧密而是由特异的相互作用使这些残基形成了紧密堆积。晶核的形成是折叠起始阶段限速步骤。堆积。晶核的形成是折叠起始阶段限速步骤。第17页,讲稿共144张,创作于星期三拼版模型拼版模型(Jig-SawPuzzleModel)n 中心思想是多肽链可以沿多条不同的途径进行中心思想是多肽链可以沿多条不同的途径进行折叠折叠,在沿每条途径
16、折叠的过程中都是天然结构在沿每条途径折叠的过程中都是天然结构越来越多越来越多,最终形成天然构象最终形成天然构象n每条途径的折叠速度都较快每条途径的折叠速度都较快,与单一途径折叠方式相与单一途径折叠方式相比比,多肽链速度较快多肽链速度较快,另一方面另一方面,外界生理生化环境外界生理生化环境的微小变化或突变等因素可能会给单一折叠途径造成的微小变化或突变等因素可能会给单一折叠途径造成较大的影响较大的影响 这些变化可能给某条折叠途径带来影响这些变化可能给某条折叠途径带来影响,但不影响另外的折叠途径但不影响另外的折叠途径,因而不会从总体上干扰多因而不会从总体上干扰多肽链的折叠肽链的折叠第18页,讲稿共1
17、44张,创作于星期三分子伴侣(分子伴侣(chaperonchaperon)n概念:伴随蛋白质构象正确形成的一类蛋白质。概念:伴随蛋白质构象正确形成的一类蛋白质。n类别:类别:n分子伴侣蛋白分子伴侣蛋白n折叠酶折叠酶nDNADNA分子伴侣分子伴侣n功能:功能:结合疏水基团结合疏水基团 校正校正 指导二硫键正确配对等指导二硫键正确配对等第19页,讲稿共144张,创作于星期三分子伴侣提出分子伴侣提出n1987,Lasky首先将细胞核内能与组蛋白结合并能首先将细胞核内能与组蛋白结合并能介导核小体有序组装的核质素(介导核小体有序组装的核质素(nucleoplasmin)称)称为分子伴侣。为分子伴侣。n1
18、987Ellis的定义,一类在序列上没有相关性但有的定义,一类在序列上没有相关性但有共同功能的蛋白质,在细胞内帮助其他多肽完成正共同功能的蛋白质,在细胞内帮助其他多肽完成正确组装,而在组装完后与之分离确组装,而在组装完后与之分离n1987年,年,Ikemura发现枯草杆菌素的折叠需要前发现枯草杆菌素的折叠需要前肽(肽(propeptide)的帮助。)的帮助。Shinde和和Inouye将这类将这类前肽称为前肽称为分子内伴侣分子内伴侣(intramolecularchaperones)。)。第20页,讲稿共144张,创作于星期三分子伴侣的特征分子伴侣的特征n分子伴侣对靶蛋白没有高度专一性,同一分
19、子伴分子伴侣对靶蛋白没有高度专一性,同一分子伴侣可以促进多种氨基酸序列完全不同的多肽链折侣可以促进多种氨基酸序列完全不同的多肽链折叠成为空间结构。蛋白质性质和功能都不相关。叠成为空间结构。蛋白质性质和功能都不相关。n催化效率很低。需要水解催化效率很低。需要水解ATP,构象改变,释放,构象改变,释放底物,进行再循环。底物,进行再循环。n它是阻止错误折叠,而不是促进正确折叠。它是阻止错误折叠,而不是促进正确折叠。n多能性(胁迫保护,防止交联聚沉,转运,调多能性(胁迫保护,防止交联聚沉,转运,调节转录和复制,组装细胞骨架)节转录和复制,组装细胞骨架)n进化保守性进化保守性 第21页,讲稿共144张,
20、创作于星期三分子伴侣的作用机制分子伴侣的作用机制n分子伴侣的功能是识别新生肽段折叠过程中暂分子伴侣的功能是识别新生肽段折叠过程中暂时暴露的错误结构并与之结合生成复和物,从时暴露的错误结构并与之结合生成复和物,从而防止这些表面间过早的相互作用,阻止不正而防止这些表面间过早的相互作用,阻止不正确的非功能折叠途径,抑制不可逆聚合物产生,确的非功能折叠途径,抑制不可逆聚合物产生,促进折叠向正确方向进行。促进折叠向正确方向进行。n分子伴侣的作用机制实际上就是它如何与靶蛋分子伴侣的作用机制实际上就是它如何与靶蛋白识别,结合,又解离的机制。白识别,结合,又解离的机制。第22页,讲稿共144张,创作于星期三分
21、子伴侣的作用过程分子伴侣的作用过程n分子伴侣作用的第一步是识别。一般的分子伴侣分子伴侣作用的第一步是识别。一般的分子伴侣识别特异性不高,识别非天然构象,而不是天然识别特异性不高,识别非天然构象,而不是天然的构象。的构象。n有的分子伴侣有的分子伴侣-“私有分子伴侣私有分子伴侣”具高度专一性。分具高度专一性。分子伴侣识别所谓熔球体结构(子伴侣识别所谓熔球体结构(moltenglobule),熔),熔球体可能是有疏水表面。球体可能是有疏水表面。n分子伴侣作用的第二步是与靶蛋白形成复合物。分子伴侣作用的第二步是与靶蛋白形成复合物。分子伴侣常以多聚体形式形成中心空洞的结构,分子伴侣常以多聚体形式形成中心
22、空洞的结构,电子显微镜已观察到由二圈圆面包圈形组成的十电子显微镜已观察到由二圈圆面包圈形组成的十四体四体groel分子和一个一层圆面包圈的七体分子和一个一层圆面包圈的七体groes分分子作用形成中空的非对称笼状结构(子作用形成中空的非对称笼状结构(cagemodel),),推测靶蛋白可以在与周围环境隔离的中间空腔内推测靶蛋白可以在与周围环境隔离的中间空腔内不受干扰的进一步折叠。不受干扰的进一步折叠。第23页,讲稿共144张,创作于星期三DNAchaperones,DNA分子伴侣,是与分子伴侣,是与DNA结合并帮助结合并帮助DNA折折叠的蛋白质。叠的蛋白质。DNA分子伴侣中分子伴侣中DNA分子包
23、围在蛋白质分子的表面,既分子包围在蛋白质分子的表面,既高度有序,又一定程度上的结构改变。高度有序,又一定程度上的结构改变。这种相互作用对这种相互作用对DNA的转录,复制及重组十分重要。如的转录,复制及重组十分重要。如在核小体中在核小体中NA的包装。的包装。DNA分子伴侣的作用就是帮助分子伴侣的作用就是帮助DNA进行折叠和扭曲,从而把进行折叠和扭曲,从而把DNA稳定在一个适合于和蛋白结构的特定构型中。这种结合是稳定在一个适合于和蛋白结构的特定构型中。这种结合是协同的,可逆的。协同的,可逆的。分子伴侣与最终阐明中心法则分子伴侣与最终阐明中心法则-当前主要问题有密切关系。当前主要问题有密切关系。DN
24、ADNA分子伴侣分子伴侣第24页,讲稿共144张,创作于星期三帮助蛋白质折叠的酶帮助蛋白质折叠的酶帮助蛋白质折叠的酶目前只有两个:帮助蛋白质折叠的酶目前只有两个:蛋白质二硫键异构酶蛋白质二硫键异构酶(proteindisulfideisomerasePDI);肽基脯氨酸顺反异构酶肽基脯氨酸顺反异构酶(peptidylprolylcis-transisomerase,PPI)。第25页,讲稿共144张,创作于星期三nPDI,内质网管腔内多功能蛋白,除二硫键异构外,内质网管腔内多功能蛋白,除二硫键异构外,还是脯氨酸还是脯氨酸-4-羟化酶的羟化酶的亚基,甘油三酯转移蛋白复亚基,甘油三酯转移蛋白复合物
25、小亚基,糖基化位点结合蛋白等。合物小亚基,糖基化位点结合蛋白等。n按分子伴侣的定义,按分子伴侣的定义,PDI和分子伴侣是两类不同的和分子伴侣是两类不同的帮助蛋白,但蛋白质二硫键异构酶是钙结合蛋白,帮助蛋白,但蛋白质二硫键异构酶是钙结合蛋白,能被磷酸化,具有分子伴侣功能。能被磷酸化,具有分子伴侣功能。n蛋白质二硫键异构酶催化二硫键的形成是一个快过程。蛋白质二硫键异构酶催化二硫键的形成是一个快过程。酶可能首先通过它与伸展的或部分折叠的肽段结合,阻酶可能首先通过它与伸展的或部分折叠的肽段结合,阻止错误的折叠途径,促进正确中间物生成,帮助肽链巯止错误的折叠途径,促进正确中间物生成,帮助肽链巯基正确配对
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