实验一数据库的使用及序列比对幻灯片.ppt

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1、实验一数据库的使用及序列比对第1页，共18页，编辑于2022年，星期五实验目的实验目的1、掌握目前常用的数据库及相关网站、掌握目前常用的数据库及相关网站2、掌握序列比对工具、掌握序列比对工具BLAST、FASTA的使用的使用方法。方法。第2页，共18页，编辑于2022年，星期五内容内容1.进入生物信息学中常用的一级数据库和二级进入生物信息学中常用的一级数据库和二级数据库网站，了解网站提供的服务信息。数据库网站，了解网站提供的服务信息。2.根据给出的序列，利用根据给出的序列，利用BLAST、FASTA程序程序在数据库中进行学列比对。在数据库中进行学列比对。第3页，共18页，编辑于2022年，星期

2、五序列一(NCBIblast网址：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）lesson.seq.screen.Contig34 TTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGCCAGTTTTTTTTTTTATTTGTAAAGCTCTGCCATAAACTTCTAGCGTGTGCCAATGGTCACCTGCCACACTCGCACCAGGTTGTCCGTGTAGCCAGCAAACAGAGTCTGGCCATCAGCAGACCAGGCCAGGGAGGTGCACTGGGGTGGTTCTGCCTTGCTGCTGGTAC

3、TGATAACTTCTTGCTTCAGTTCATCTACAATGATCTTTCCCTCTAAATCCCAGATCTTGATGCTGGGGCCTGTGGAGCACACAGCCAGTAGCGGTTAGGGCTGAAGCACAGGGCGTTGATGATGTCCCCACCATCTAGCGTGTAAAGGTGTTTGCCTTCGTTGAGATCCCATAACATGGCCTGGCCATCCTTGCCTCCAGAAGCACAGAGGGATCCATCTGGAGAGACAGTCACCGTGTTCAGATAGCCTGTGTGGCCAATGTGGTTGGTCTTCAGCTTGCAGTTAGCCAGGTTCCATAC

4、CTTGACCAGCTTGTCCCAGCCACAGGAGACGATGATAGGGTTGCTGCTGTTGGGCGAGAAGCGGACACAAGACACCCACTCTGAGTGGCTCTCATCCTGGACAGTGTATTTGCACACACCCAGGGTATTCCATAGCTTGATGGTTTTATCTCGAGATCCAGAGACAATCTGCCGGTTGTCAGAGGAGAAGGCCACACTCAGCACATCCTTGGTATGGCCCACAAATCGCCTCGTGGTGGTGCCCGTTGTGAGATCCCAGAAGGCGCAGGGTTCCATCCCAGGAGCCTGAGAGGGCAAACT

5、GGCCATCTGAGGAGATAACCACATCACTAACAAAGTGGGAGTGACCCCGCAGAGCACGCTGTGGAATTCCATAGTTGGTCTCATCCCTGGTCAGTTTCCACATGATGATGGTCTTATCTCGAGAGGCGGAGAGGATCATGTCCGGGAACTGCGGGGTAGTAGCGATCTGGGTTACCCAGCCGTTGTGGCCCTTGAGGGTGCCACGAAGGGTCATCTGCTCAGTCATGGCGGCGGCGAGAGCGTGTTCGCTGCAGCGACGAGGATGGCACTGGATGGCTTAGAGAAACTAGCACCACAGTC

6、GACC第4页，共18页，编辑于2022年，星期五序列二query_seq MSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWFTALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSPRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMASGGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQK

7、RTATKQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADST QA第5页，共18页，编辑于2022年，星期五具体步骤1.登陆blast主页 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/2.根据数据类型，选择合适的程序3.填写表单信息4.提交任务5.查看和分析结果第6页，共18页，编辑于2022年，星期五作业将序列一和序列

8、二在数据库中查询的结果分值最高的前十个序列信息整理到word文档中，发到邮箱在文件名中写清楚班级、学号、姓名第7页，共18页，编辑于2022年，星期五选择物种选择物种选择选择blast程序程序第8页，共18页，编辑于2022年，星期五选择数据库选择数据库序列或目标序列的序列或目标序列的GI号号以文件格式上传以文件格式上传第9页，共18页，编辑于2022年，星期五与核酸相关的数据库与核酸相关的数据库与蛋白质相关的数据库与蛋白质相关的数据库第10页，共18页，编辑于2022年，星期五这里一般都是默认值这里一般都是默认值点击这里有更详细的参数设置点击这里有更详细的参数设置第11页，共18页，编辑于2

9、022年，星期五显示的最大结果数显示的最大结果数E值值配对与错配配对与错配空位罚分空位罚分第12页，共18页，编辑于2022年，星期五进行比对的数据库进行比对的数据库图形化结果图形化结果第13页，共18页，编辑于2022年，星期五第14页，共18页，编辑于2022年，星期五blast结果的描述区域。注意分值与结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，值。分值越大越靠前了，E值越值越小也是这样小也是这样最大序列相最大序列相似度似度序列覆盖序列覆盖度度最大评分最大评分随机匹配的随机匹配的可能性可能性第15页，共18页，编辑于2022年，星期五Blast程序评价序列相似性的两个数据Score

10、：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、一般来说，匹配片段越长、相似性越高则相似性越高则Score值值越大。越大。E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值值的概率的大小。的概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该值越小表示随机情况下得到该Score值的可能性越低。值的可能性越低。第16页，共18页，编辑于2022年，星期五第17页，共18页，编辑于2022年，星期五E E值（值（Expect)Expect)：表示随机匹配的可能性，表示随机匹配的可能性，E E值越大，随机匹配的可能性也越大。值越大，随机匹配的可能性也越大。E E值接值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。近零或为零时，具本上就是完全匹配了。一致性一致性(Identities)(Identities)：或相似性。匹配上的或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数。碱基数占总序列长的百分数。缺失或插入（缺失或插入（GapsGaps）：）：插入或缺失。用插入或缺失。用 来表示。来表示。第18页，共18页，编辑于2022年，星期五