双向电泳技术精品文稿.ppt

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1、双向电泳技术1第1页，本讲稿共67页*1809年俄国物理学家Pece首次发现电泳现象。*1909年Michaelis首次将胶体离子在电场中的移动称为电泳。他用不同pH的溶液在U形管中测定了转化酶和过氧化氢酶的电泳移动和等电点。*1937年瑞典Uppsala大学的Tiselius对电泳仪器作了改进，创造了Tiselius电泳仪，建立了研究蛋白质的移动界面电泳方法，并首次证明了血清是由白蛋白及、球蛋白组成的，由于Tiselius在电泳技术方面作出的开拓性贡献而获得了1948年的诺贝尔化学奖。*1948年Wieland和Fischer重新发展了以滤纸作为支持介质的电泳方法，对氨基酸的分离进行过研究。

2、*从上世纪50年代起，特别是1950年Durrum用纸电泳进行了各种蛋白质的分离以后，开创了利用各种固体物质（如各种滤纸、醋酸纤维素薄膜、琼脂凝胶、淀粉凝胶等）作为支持介质的区带电泳方法。*1959年Raymond和Weintraub利用人工合成的凝胶作为支持介质，创建了聚丙烯酰胺凝胶电泳，极大地提高了电泳技术的分辨率，开创了近代电泳的新时代。*由80年代发展起来的新的毛细管电泳技术，是化学和生化分析鉴定技术的重要新发展，己受到人们的充分重视。*双向电泳由OFarrells于1975年首次建立并成功地分离约1000个E.coli蛋白。2第2页，本讲稿共67页一、电泳的基本原理一、电泳的基本原理

3、1、在电场作用下，带电颗粒向着与其电性相反的方向移动的现象称为电泳（electrophoresis)。由F=Eq，f=6r 可得=Eq/(6r)2、带电颗粒的泳动速度同电场强度和分子本身所带的净电荷量成正比，与颗粒半径和介质黏度成反比。蛋白质是一种两性电解质。其泳动速度取决于蛋白质分子所带电荷的性质、数量以及颗粒的大小和形状。第一节第一节 蛋白质电泳的基本原理蛋白质电泳的基本原理3第3页，本讲稿共67页在一定pH条件下，每一种分子都具有特定的电荷(种类和数量)、大小和形状，在一定时间内它们在相同电场中泳动速度不同，各自集中到特定的位置上而形成紧密的泳动带。这就是带电粒子可以用电泳技术进行分离、

4、分析和鉴定的基本原理。4第4页，本讲稿共67页二、影响电泳速度的因素二、影响电泳速度的因素 1、电场强度；2、缓冲溶液的pH；3、缓冲溶液的离子强度；4、电渗；5、焦耳热三、电泳的分类三、电泳的分类 按原理分类：自由界面电泳：又称移动界面电泳，是指在没有支持介质的溶液中进行的电泳。其装置复杂，价格昂贵，费时费力，不便于推广应用。稳态电泳（或称置换电泳）：分子颗粒的电泳迁移在一定时间达到一个稳态后，带的宽度不随时间而变化。区带电泳：是指有支持介质的电泳，待分离物质在支持介质上分离成若干区带。支持介质的作用主要是防止电泳过程中的对流和扩散，以使被分离的成分得到最大分辨率的分离。区带电泳由于采用的介

5、质不同以及技术上的差异，又可分为不同的类型。5第5页，本讲稿共67页6第6页，本讲稿共67页按支持介质种类的不同，区带电泳可分为纸电泳：用滤纸作为支持介质，多用于核苷酸的定性定量分析。醋酸纤维素薄膜电泳：医学上，常用于分析血清蛋白、胎盘球蛋白，其优点是简便迅速，便于保存照相，比纸电泳分辨率高。以上二种类型的电泳，由于介质的孔径度大，没有分子筛效应，主要靠被分离物的电荷多少进行分离。7第7页，本讲稿共67页淀粉凝胶电泳：多用于同工酶分析，凝胶铺厚些，可一层一层剥层分析（一板多测）。天然淀粉经加工处理即可使用，但孔径度可调性差，并且由于其批号之间的质量相差很大，很难得到重复的电泳结果，加之电泳时间

6、长，操作麻烦，分辨率低，实验室中已很少使用。琼脂糖凝胶电泳：一般用于核酸的分离分析。琼脂糖凝胶孔径度较大，对大部分蛋白质只有很小的分子筛效应。聚丙烯酰胺凝胶电泳：可用于核酸和蛋白质的分离、纯化及检测。其分辨率较高。o聚丙烯酰胺和琼脂糖是目前实验室最常用的支持介质。8第8页，本讲稿共67页 另外根据支持介质形状不同，区带电泳可分为：薄层电泳、板电泳、柱电泳。根据用途不同，可分为：分析电泳、制备电泳、定量电泳、免疫电泳。按pH的连续性不同，可分为：连续pH电泳，不连续pH电泳。9第9页，本讲稿共67页四、聚丙烯酰胺凝胶电泳四、聚丙烯酰胺凝胶电泳聚丙烯酰胺凝胶电泳（polyacrylamidegel

7、 polyacrylamidegel electrophoresiselectrophoresis，简称PAGEPAGE）是以聚丙烯酰胺凝胶作为支持介质的电泳方法。PAGEPAGE应用广泛，可用于蛋白质、酶、核酸等生物分子的分离、定性、定量及少量的制备，还可测定分子量、等电点等。10第10页，本讲稿共67页1、丙烯酰胺凝胶有以下优点：几乎无电渗作用。化学性能稳定，与被分离物不起化学反应。对pHpH和温度变化较稳定。在一定浓度范围内凝胶无色透明，有弹性，机械性能好，易观察。凝胶孔径可调。分辨率高，尤其在不连续凝胶电泳中，集浓缩、分子筛和电荷效应为一体，因而有更高的分辨率。11第11页，本讲稿共6

8、7页2、聚丙烯酰胺凝胶的聚合12第12页，本讲稿共67页催化剂和加速剂的种类AP-TEMEDAP-TEMED：化学聚合作用。加速剂四甲基乙二胺(TEMED)的碱基可使催化剂过硫酸铵(简称AP)AP)的水溶液产生出游离氧原子，然后激活AcrAcr单体，形成单体长链，在交联剂BisBis作用下聚合成网状的凝胶。核黄素-TEMED-TEMED：光聚合作用。光聚合作用通常需痕量氧原子存在才能发生，因为核黄素在TEMEDTEMED及光照条件下，还原成无色核黄素，后者被氧再氧化形成自由基，从而引发聚合作用。13第13页，本讲稿共67页14第14页，本讲稿共67页丙烯酰胺会产生如下几个化学反应：高浓度酸和碱

9、会促进其水解形成丙烯酸和NH3NH3。与一些羟基化合物如酚或酯族醇反应，生成-芳氧基或烷氧基丙酰胺。在2020能NH3NH3反应，生成、-氮川三丙酰胺。与一些硫醇反应，生成-烷基丙酰胺。也会由于超声、-射线和自然光线引起聚合作用。如果烃键靠近在高度聚合的位置，酰胺基也会受到分子间的缩聚作用而成亚胺桥。15第15页，本讲稿共67页凝胶的孔径可调性及其他性质每100100亳升凝胶溶液中含有单体和交联剂的总克数称凝胶浓度，用T%T%表示；T%=(a+b)/m T%=(a+b)/ma a：丙烯酰胺克数；b b：N,N-N,N-甲叉双丙烯酰胺克数；m m：缓冲液体积(毫升)。3、聚丙烯酰胺凝胶的有效孔径

10、：16第16页，本讲稿共67页17第17页，本讲稿共67页浓缩效应浓缩效应18第18页，本讲稿共67页聚丙烯酰胺凝胶电泳的异常现象及解决办法1.1.凝胶未聚合2.2.未加水层时凝胶聚合3.3.电泳后未能检测出样品4.4.样品分离区带宽或拖尾5.5.只显一条区带6.6.分离区带呈条纹状19第19页，本讲稿共67页第二节第二节 蛋白质等电聚焦电泳蛋白质等电聚焦电泳 1966年，瑞典科学家Rible和Vesterberg建立。等电聚焦：isoelectric focusing,IEF。1.1.电泳系统中加进两性电解质载体，当通直流电时，两性电解质载体即形成一个由阳极到阴极连续增高的pHpH梯度。蛋白

11、进入时，不同的蛋白移动到与其等电点相当的pHpH位置上，从而使不同等电点的蛋白得以分离。2.2.优点：分辨率高，区带清晰、窄，加样部位自由，重现性好，可测定蛋白或多肽的等电点。3.3.缺点：需无盐溶液，不适用于在等电点不溶解或发生变性的蛋白。20第20页，本讲稿共67页 利用蛋白质分子或其他两性分子等电点的不同，在一个稳定的、连续的、线性的（或非线性）pH梯度中进行蛋白质的分离和分析。分析对象只限于蛋白质和其他两性分子。根据建立pH梯度原理不同，可分为载体两性电解质pH梯度（carrier ampholyte pH gradient)和固相pH梯度(immobilized pH gradien

12、t,IPG)。21第21页，本讲稿共67页一、基本原理一、基本原理1、蛋白质的等电点：取决于其氨基酸的组成。组成每一种蛋白质或多肽的氨基酸的数目和比例是不同的，故蛋白质的等电点范围很宽，这使得可以利用它来分离和分析蛋白质。22第22页，本讲稿共67页2、聚焦效应3、等电聚焦的分辨率23第23页，本讲稿共67页二、载体两性电解质pH梯度等电聚焦电泳1、载体两性电解质应具备的条件在等电点处有足够的缓冲能力，以便能控制pH梯度，而不致被样品的缓冲能力而改变pH梯度。在等电点处有足够高的电导，以便使一定的电流通过，具备不同pH的载体有相同的电导系数，是整个体系中的电导均匀。分子质量小，便于与被分离的高

13、分子物质分离。化学组成不同于被分离物质，不干扰测定。应不与分离物质反应或使之变性。由多乙烯多胺与丙烯酸加成制备(有不同pHpH范围的商品两性电解质载体)24第24页，本讲稿共67页2、载体两性电解质pH梯度的形成有两种方法产生pH梯度：用两种不同的pH的缓冲液互相扩散，在混合区形成pH梯度。这种方法形成的pH梯度很不稳定，重复性差，现已不使用。人工pH梯度。利用载体两性电解质在电场作用下自然形成pH梯度，常用该方法。天然pH梯度。25第25页，本讲稿共67页3、载体两性电解质分离原理等电聚焦样品可放于任何位置。4、载体两性电解质的缺点载体两性电解质合成过程复杂，影响蛋白质点的位置，从而影响了重

14、复性；负极漂移现象，使pH梯度不稳定；负极漂移现象使碱性蛋白质无法聚焦；凝胶灌制重复性差，凝胶机械稳定性差，影响重复性。5、等电聚焦中应注意的事项pH梯度的选择；添加中性载体两性电解质；电流降到最小切恒定时尽快结束IEF;pH梯度测定：电泳结束后，用微电机检测凝胶表面pH;蛋白质在pI处形成沉淀。添加表面活性剂。26第26页，本讲稿共67页三、固相pH梯度等电聚焦电泳技术 固相pH梯度等电聚焦是80年代建立起来的一种等电聚焦技术。固相pH梯度等电聚焦比传统等电聚焦具有更高的分辨率，更大的上样量，其分辨率可达到0.001pH，是目前分辨率最高的电泳方法之一。27第27页，本讲稿共67页1、固相p

15、H梯度的介质 其所用的介质是一些具有弱酸或弱碱性质的丙烯酰胺衍生物，它们与丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺有相似的聚合行为。28第28页，本讲稿共67页2、固相pH梯度的建立 固相pH梯度等电聚焦技术的突破要归功于Immobilines试剂（Amersham Pharmacia Biotech,APB）的基础上开发的固相pH梯度（IPG）技术。Immobilines（固相试剂）是一系列性质稳定的具有弱酸弱碱性质的丙烯酰胺衍生物，与丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺有类的聚合行为。每个分子都有一个单一的酸性或碱性缓冲基团与丙烯酰胺单连，其结构式为：其中R代表羧基或第三氨基。分子一端的双键可以在聚合过程中共价键合镶

16、嵌到聚丙烯酰胺介质中。所以它是固相的，即使是在电场中也不会漂移。分子另一端的R基团为弱酸或弱碱性的缓冲基团，利用缓冲体系滴定终点附近一段pH范围就可形成近似线性的分布在pH310范围的缓冲体系。所以固相pH梯度与载体两性电解质pH梯度的区别在于前者的分子不是两性分子，在凝胶聚合时候便形成pH梯度，不随环境电场条件的改变而改变，后者是两性分子，在电场中迁移到自己的等电点后才形成pH梯度。29第29页，本讲稿共67页固相固相pHpH梯度聚丙烯酰胺凝胶基质结合缓冲基团梯度聚丙烯酰胺凝胶基质结合缓冲基团 30第30页，本讲稿共67页4、固相pH梯度的优点和注意事项3、固相pH梯度等电聚焦原理 蛋白质分

17、子按照自己的pI位置在固相pH梯度中迁移，知道达到自己的等电点，停止迁移。固相pH梯度可窄至pH0.1的范围，因此分辨率极高，可达0.001pH；pH梯度稳定，不漂移；灵活性大，可随意选择pH梯度和斜率；重复性好；加样容量大；样品中盐的干扰小；对碱性蛋白质也能很好的分离，无边缘效应，故可用很窄的胶条（如5mm宽）聚焦，特别适合于双向电泳的第一相，但固相 pH梯度灌胶技术复杂，只能使用聚丙烯酰胺凝胶，电泳时候需要高电压，电泳时间长，窄范围pH测定困难，只能计算。注意事项注意事项：温度：20-30；电压：梯度上升。31第31页，本讲稿共67页加样方式 32第32页，本讲稿共67页等等电电聚聚焦焦电

18、电泳泳进进行行过过程程中中等等电电聚聚焦焦电电泳泳结结束束后后（）（）（）（）高高pH高高pH低低pH低低pH33第33页，本讲稿共67页第三节 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳一、常规聚丙烯酰胺凝胶电泳1、基本原理:天然状态生物大分子聚丙烯酰胺凝胶电泳（native PAGE）,在恒定的、非解离的缓冲系统中分离蛋白质。可得到天然蛋白质的分子量。34第34页，本讲稿共67页连续电泳不连续电泳浓缩效应凝胶层缓冲液离子成分pH电位梯度浓缩效应电荷效应分子筛效应35第35页，本讲稿共67页2、影响凝胶聚合的因素形成凝胶试剂的纯度凝胶浓度温度和氧气的影响：23-253、聚丙烯酰胺凝胶电泳的优点36第36页，

19、本讲稿共67页二、SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳1、基本原理聚丙烯酰胺凝胶系统中加入十二烷基硫酸钠(sodium(sodium dodecylsulphate)SDSdodecylsulphate)SDS，蛋白电泳迁移率取决于其分子量，而与形状及所带电荷无关。加入SDSSDS和巯基乙醇后，巯基乙醇使蛋白的二硫键还原，SDSSDS使氢键、疏水键打开，并结合到P P分子上，形成蛋白-SDS-SDS，带上相同密度负电荷，形状为长椭圆形，短轴一定，长轴长度正比于蛋白分子量。分离测定：测分子量(与标准蛋白比较)鉴定样品纯度(条带数目)测定样品蛋白含量：扫描定量(比色)37第37页，本讲稿共67页2、SDS-

20、聚丙烯酰胺凝胶电泳的分类3、SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳的影响因素溶液中SDS单体的浓度二硫键是否完全还原缓冲系统的选择凝胶浓度的选择38第38页，本讲稿共67页凝胶电泳的操作要点1.1.凝胶制备2.2.电极缓冲液3.3.样品处理及加样4.4.电泳5.5.染色与固定6.6.脱色7.7.分析39第39页，本讲稿共67页？pH值不对=40第40页，本讲稿共67页第四节 双向电泳一、基本原理 IEF-SDS-PAGE41第41页，本讲稿共67页o非变性2D-PAGE：两向均在非变性条件下进行，这样分离的蛋白质点的等电点和表观分子量同生理条件下获得的这些蛋白的值是一样的；o非变性/SDS-2D-PAGE

21、：第一向采用非变性IEF，之后在2%SDS溶液中平衡；第二向也在SDS存在的条件下进行。适于分析非共价键连接的蛋白蛋白间的相互作用。o非变性/还原/SDS-2D-PAGE：非变性条件下IEF聚焦，之后用8M尿素5%-ME2%SDS进行平衡，再进行第二向SDS-PAG电泳。此时分离的蛋白质点可进行点的切取、蛋白酶消化、MALDI-TOF-MS分析鉴定，提供关于断裂二硫键连接的多肽的信息。o变性2D-PAGE：样品先用2%SDS5%-ME95变性5min，IEF在8M尿素1%NP-40条件下进行，之后胶条用2%SDS5%-ME平衡，然后进行SDS-PAGE。该技术适于DNA序列和多肽结构的分析，或

22、分析被碳氢键连接和其它翻译后修饰所引起的多肽结构微异质性，但此方式显示的大于100Kd的蛋白质点少于第三种方式双向电泳的分类双向电泳的分类42第42页，本讲稿共67页二、流程（一）样品制备（二）第一向：等电聚焦 1、加样 2、运行（三）胶条的平衡（四）第二向：SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（五）胶上蛋白的检测 1、考马斯亮蓝染色 2、银染 3、负染 4、荧光染色43第43页，本讲稿共67页（六）双向电泳凝胶的检测 1、目测 2、自动化检测 3、双向电泳的数据库（七）双向凝胶电泳技术当前面临的挑战：1、低拷贝蛋白的检测受限；2、极酸或极碱蛋白的分离较难；3、分子质量极大或极小蛋白的分离较难；4、难溶

23、蛋白的检测较困难；5、得到高质量的双向凝胶电泳需要精湛的技术44第44页，本讲稿共67页一维固相一维固相pH梯度等电聚焦（梯度等电聚焦（IEF with IPG）：）：oIPG胶的材料是Immobilines，为拥有CH2=CH-CO-NH-R结构的8种丙烯酰胺衍生物系列，其中R包含羧基或叔氨基团，它们构成了分布在pH310不同值的缓冲体系。根据公布的配方计算后，将适宜的IPG试剂添加至混合物中用于凝胶聚合，在聚合中缓冲基团通过乙烯键共价聚合至聚丙烯酰胺骨架中而形成pH梯度。通过这种方式生成的IPG不会发生电渗透作用，因而可以进行特别稳定的IEF分离达到真正的平衡状态。45第45页，本讲稿共6

24、7页IPG胶条的重泡胀胶条的重泡胀o泡胀的实质：是让样品能完全以可溶性的形式进入IPG内，从而能进行接下来的IEF。o不同的加样方法和加样量会导致最终结果的差异：oProtean IEF cell、IPGphor等集成设备的使用：o 20mmol/L DTT 垫片的使用：o温度的选择：46第46页，本讲稿共67页蛋白载样量蛋白载样量影响影响IPG胶条对蛋白载样量的因素包括：胶条对蛋白载样量的因素包括：o待分析的蛋白点的量应满足随后的质谱分析。o电泳的目的：如果只是得到一张好的图片，则无需考虑太多其它因素。o待研究蛋白的丰度：o样品的复杂度：复杂度较高的样品，为了尽可能的了解所包含的每种蛋白，需

25、要反复实验才能完成。如果将待检样品被富集以后则更易分析。oIPG胶条的pH范围：47第47页，本讲稿共67页IPG胶条的蛋白质大约载样量胶条的蛋白质大约载样量IPG Strip lengthAnalytical Load(silver staining)Preparative Load(Coom staining)7cm10100 g/125 l200500ug/125 l11cm50200 g/185 l2501000ug/185 l17cm100300 g/300 l13mg/300 l48第48页，本讲稿共67页IPG IEF 中中pH梯度的选择梯度的选择 o常用方法：先宽后窄，先线性后

26、非线性，先短后长，预试验确定。49第49页，本讲稿共67页预分步预分步收集收集细胞浆细胞浆细胞核细胞核细胞膜细胞膜核糖体及其他核糖体及其他特定细胞成份特定细胞成份细胞分泌细胞分泌成份成份pH4-12pH3-10pH4-7pH5-8pH7-10pH6-11pH3-6pH3-4pH4-5pH5-6pH6-7pH7-8pH8-9pH9-10pH10-11pH11-12第一步第一步第二步第二步第三第三步步用窄用窄pH范围阵列分离低丰范围阵列分离低丰度或交叉覆盖蛋白度或交叉覆盖蛋白阵列那些亚细胞定位位阵列那些亚细胞定位位置的功能蛋白质置的功能蛋白质3倍3倍亚蛋白质组阵列策略的框架图亚蛋白质组阵列策略的框

27、架图50第50页，本讲稿共67页聚焦时间的优化聚焦时间的优化 o理论上讲，要获得最好的图谱质量和重复性所需最佳时间是IEF分离达到稳定态所需的时间。o聚焦时间太短，会导致水平和垂直条纹的出现。o过度聚焦虽然不会导致蛋白质向阴极漂移，但会因为活性水转运而导致过多水在IPG胶表面渗出（电渗）而造成蛋白图谱变性，在胶条碱性端产生水平条纹以及蛋白丢失。o最佳时间的确定需要根据不同蛋白样品、上样量、pH范围和胶条长度通过经验来确定。51第51页，本讲稿共67页IEF的基本条件的基本条件Stemp1Stemp2Stemp3totalvoltageTimeVolt-HoursRamp25020minLine

28、ar400040002hr10,000V-hrLinearRapid5hr14,000V-hr7cmStemp1Stemp2Stemp3totaltotalStemp1Stemp2Stemp311cm17cm25025080001000010000800020min20min2.5hr2.5hr20,000V-hr40,000V-hr30,000V-hr50,000V-hr5.3hr7hrLinearLinearLinearLinearRapidRapid52第52页，本讲稿共67页两维间的平衡两维间的平衡 o一维结束后可马上进行二维电泳，也可保存在两片塑料膜间于80保存数月。o但在二维电泳前

29、一定要进行胶条的平衡，以便于被分离的蛋白质与SDS完整结合，从而在SDS-PAGE时电泳能顺利进行。o建议方案是：用含2%(m/v)SDS、1%(m/v)DTT、6mM尿素和30%甘油的50mM Tris（pH8.8）缓冲液先平衡15min，再用5%(m/v)碘乙酰胺取代DTT后的上述缓冲液平衡15min。如果用TBP代替DTT则只需一步平衡。53第53页，本讲稿共67页二维二维SDS-PAGEo同普通SDS-PAGE类似。o但一般在垂直电泳系统中无需浓缩胶，因为在IPG胶条中蛋白质区域已得到浓缩，可以认为非限制性IEF胶（低浓度丙烯酰胺胶）充当了浓缩胶。54第54页，本讲稿共67页聚丙烯酰胺

30、凝胶和转印到膜上的蛋聚丙烯酰胺凝胶和转印到膜上的蛋白质的检测白质的检测理想显色剂的理想显色剂的7So安全（safety）：o灵敏（sensitivity）：o简单（simplicity）：o特异性（specificity）：o快速（speed）：o稳定（stability）：o兼容性（synergy）：55第55页，本讲稿共67页有机染料和银染有机染料和银染o考染灵敏度为30100ng，线性范围是20倍；银染的线性范围是40倍，灵敏度是考染的100倍。o胶体考马斯亮蓝染色技术可实现PAGE的无背景染色，其极限灵敏度为810ng，但这种染液会对蛋白质进行修饰而影响质谱分析的结果。o胺基黑常用于转

31、印至聚偏二氟乙烯（PVDF）和/或硝酸纤维素膜上的蛋白质的染色。o银染的缺点是：对某些种类的蛋白质染色效果差，对其后的蛋白质测序和质谱分析造成影响。o这两种染色技术都可减少胶内蛋白质产量。56第56页，本讲稿共67页负负 染染o能专门提高PAGE胶上蛋白质的回收率，但不能用于膜上染色。o结果表现为胶面着色而蛋白质点透明。o速度快（515min），蛋白质的生物活性能保持：一旦用络合剂如EDTA或Tris/甘氨酸转移缓冲液来络合金属离子就可进行提取来转移蛋白质。o它主要适用于蛋白质显色、完整蛋白质的胶上被动提取以及质谱分析。o该技术主要包括金属盐染料、锌咪唑染料等的使用。57第57页，本讲稿共67

32、页胶体扩散染料胶体扩散染料o主要用于高灵敏度检出电转印至硝酸纤维素和PVDF膜上的蛋白质，不用于胶内染色。o最好的胶体金染色的灵敏度与PAGE胶内的银染类似。o这种技术主要包括印度墨水染料、胶体金属染料等。58第58页，本讲稿共67页有机荧光团染料有机荧光团染料o包括共价结合和非共价结合的荧光团染料两类。后者最为常用，其典型代表是已经商品化的SYPRO Red、Orange、Ruby等荧光染料。o这三种染料可对SDS-PAGE胶内蛋白质进行一步染色，约3060min完成，灵敏度为210ng。染色后的凝胶用标准的实验室300nm紫外透射仪进行照像保存，其线性范围为3个数量级。o这三种染料的电泳染

33、色结果与在酵母中通过SAGE所获得的基因表达水平的动态范围相匹配。o在Tris/甘氨酸转印缓冲液中染色后，蛋白质可被转印至膜上并进行免疫染色或Edman测序来鉴定蛋白质。59第59页，本讲稿共67页金属螯合染料金属螯合染料o这是一类与现代蛋白质组学研究相兼容的、相对较新的蛋白质显色试剂，其设计专门与常用微量化学表征过程兼容。它们不包含戊二醛、甲醛或Tween-20等，很容易和集成化蛋白质组学平台（包括自动化凝胶染色仪、图像分析工作站、机器人剪切仪器、蛋白质酶解工作站和质谱仪等）相结合。o其中SYPRO Ruby也是一种基于钌的金属发光染料。60第60页，本讲稿共67页第五节 电泳过程中出现的问

34、题及解决办法一、第一向等电聚焦的问题固相pH梯度胶条在靠近电极附近烧焦电压太低，达不到最高电压电流为零或很低脲在胶条表面结晶61第61页，本讲稿共67页二、第二向SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳的问题开始时没有电流，电泳太慢溴酚蓝前沿不规则三、染色的问题水平条纹垂直条纹点纹理62第62页，本讲稿共67页凝胶的图像处理分析和凝胶的图像处理分析和典型流程典型流程o凝胶图像的扫描：o图像加工：o斑点检测和定量：o凝胶配比：o数据分析：o数据呈递和解释：o2-DE数据库的建立：63第63页，本讲稿共67页蛋白质的胶内酶切 包括感兴趣蛋白点的挖取、含蛋白质凝胶的脱色、胶内蛋白质的酶切等过程64第64页，本讲稿

35、共67页质谱技术进行蛋白质鉴定的基本流程质谱技术进行蛋白质鉴定的基本流程 样品制备样品制备 与与IPG胶条水化胶条水化 IPG电泳电泳 与上样缓冲液浸润与上样缓冲液浸润 SDS-PAGE 转转PVDF膜膜 胶内直接染色胶内直接染色 染色染色 取出蛋白点取出蛋白点 胰酶等消化胰酶等消化 浓缩于多孔吸附柱上浓缩于多孔吸附柱上 MALDI-MS肽指纹图肽指纹图 数据库查询数据库查询 蛋白质鉴定蛋白质鉴定 已知已知 反向反向HPLC分离分离 MALDI-MS，PSD片段分析片段分析示知示知 ESI-MS-MS、微测序、微测序 65第65页，本讲稿共67页实验方法实验方法完整蛋白质（如凝胶分离或色谱纯完

36、整蛋白质（如凝胶分离或色谱纯化蛋白质）化蛋白质）肽混合物肽混合物质谱测定肽质量质谱测定肽质量（MALDI-MS,ESI-MS)选择肽段裂解选择肽段裂解PSD-MALDI-MS,ESI-MS/MS)计算方法计算方法蛋白质序列数据库（核酸序列翻译数据库）蛋白质序列数据库（核酸序列翻译数据库）肽质量检索：肽质量检索：片片1.ppt 未解析碎片离子检索：未解析碎片离子检索：片片2.ppt酶切酶切质谱鉴定蛋白质质谱鉴定蛋白质的策略的策略66第66页，本讲稿共67页体外体外 pmol32P蛋白质标记蛋白质标记蛋白质分离蛋白质分离蛋白酶切蛋白酶切2D磷酸化做图磷酸化做图 LC-ESI-MS或或MALDI-MS LC-ESI-MS HPLCIMAC磷酸化氨磷酸化氨基酸分析基酸分析体内体内32P细胞标记细胞标记蛋白酶切蛋白酶切2D磷酸化做图磷酸化做图相关分析相关分析磷酸化位点磷酸化位点分析策略分析策略67第67页，本讲稿共67页