蛋白质结构化学课件.ppt

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1、关于蛋白质结构化学现在学习的是第1页，共53页蛋白质是由许多不同的-氨基酸按一定的序列通过酰胺键（肽键）缩合而成的，具有较稳定的构象并具有一定生物功能的大分子。现在学习的是第2页，共53页一、蛋白质的生物学意义1.生物体的组成成分2.酶3.运输4.运动5.抗体6.干扰素7.遗传信息的控制8.细胞膜的通透性9.高等动物的记忆、识别机构现在学习的是第3页，共53页二、蛋白质的元素组成二、蛋白质的元素组成C（5055%）、H（68%）、O（2023%）、N（1518%）、S（04%）、N的含量平均为16%凯氏（Kjadehl）定氮法的理论基础现在学习的是第4页，共53页三、蛋白质的氨基酸组成三、蛋白

2、质的氨基酸组成氨基酸氨基酸是蛋白质的基本组成单位。从细菌到人类，所有蛋白质都由20种标准氨基酸（20standardaminoacids)组成。（一）氨基酸的结构通式：19种氨基酸具有一级氨基（-NH3+）和羧基（-COOH）结合到碳原子（C），同时结合到（C）上的是H原子和各种侧链（R）；Pro具有二级氨基（-亚氨基酸）现在学习的是第5页，共53页不带电形式H2NCHCOOHR+H3NCHCOO-R两性离子形式C如是不对称C（除Gly），则：1.具有两种立体异构体D-型和L-型2.2.具有旋光性左旋（-）或右旋（+）现在学习的是第6页，共53页（二）氨基酸的分类1.根据根据R的化学结构的化学

3、结构2.（1）脂肪族氨基酸：1）疏水性：Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Met、Cys；2）极性：Arg、Lys、Asp、Glu、Asn、Gln、Ser、Thr3.（2）芳香族氨基酸：Phe、Tyr4.（3）杂环氨基酸：Trp、His5.（4）杂环亚氨基酸：Pro2.根据根据R的极性的极性3.（1）极性氨基酸：1）不带电：Ser、Thr、Asn、Gln、Tyr、Cys；2）带正电：His、Lys、Arg；3）带负电：Asp、Glu4.（2）非极性氨基酸：Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Phe、Met、Pro、Trp现在学习的是第7页，共53页（三）氨基酸的重要理化性质1.一般物

4、理性质2.无色晶体，熔点极高（200以上），不同味道；水中溶解度差别较大（极性和非极性），不溶于有机溶剂。2.两性解离和等电点3.氨基酸在水溶液中或在晶体状态时都以离子形式存在，在同一个氨基酸分子上带有能放出质子的NH3+正离子和能接受质子的COO-负离子，为两性电解质。3.化学性质（1）与茚三酮的反应：Pro产生黄色物质，其它为蓝紫色。在570nm（蓝紫色）或440nm（黄色）定量测定（几g）。现在学习的是第8页，共53页调节氨基酸溶液的pH，使氨基酸分子上的+NH3基和COO-基的解离程度完全相等时，即所带净电荷为零，此时氨基酸所处溶液的pH值称为该氨基酸的等电点（pI）。H3NCHCOO

5、HR+在酸性溶液中的氨基酸（pHpI）H3NCHCOO-R+在晶体状态或水溶液中的氨基酸（pH=pI）H2NCHCOO-R在碱性溶液中的氨基酸（pHpI）（当氨基酸相互连接成蛋白质时，只有其侧链基团和末端的-氨基，-羧基是可以离子化的。现在学习的是第9页，共53页氨基酸等电点的确定：1）酸碱滴定（滴定曲线）2）根据pK值（该基团在此pH一半解离）计算：等电点等于两性离子两侧pK值的算术平均数。pI=pK1+pK22or（pI=）pK2+pK32现在学习的是第10页，共53页（2）与甲醛的反应：氨基酸的甲醛滴定法RCHCOO-NH3+RCHCOO-NH2+H+OH-中和滴定HCHORCHCOO-

6、NHCH2OHHCHORCHCOO-N(CH2OH)2现在学习的是第11页，共53页（3）与2,4-二硝基氟苯(DNFB)的反应NO2FO2N+HNCHCOOHRNO2O2NHNCHCOOHR+HF弱碱性DNP-氨基酸现在学习的是第12页，共53页H2NCHCOOH+RNCH3CH3O=S=OCl5-二甲氨基萘磺酰氯（DNS-Cl）pH9.740NCH3CH3O=S=OHNCHCOOHRDNS-氨基酸取代DNFB测定蛋白质N端氨基酸，灵敏度高现在学习的是第13页，共53页（4）与异硫氰酸苯酯（PITC）的反应N=C=S+NCHCOOHHHRPITCNCNCHCOOHHHRSPTC-氨基酸NCH

7、RSNCCOPTH-氨基酸pH8.3无水HF重复测定多肽链N端氨基酸排列顺序，设计出“多肽顺序自动分析仪”现在学习的是第14页，共53页（5）与荧光胺反应：）与荧光胺反应：根据荧光强度测定氨基酸含量（ng级）。激发波长x=390nm，发射波长m=475nm。（6）与）与5,5-双硫基双硫基-双（双（2-硝基苯甲酸）反应硝基苯甲酸）反应：现在学习的是第15页，共53页H2NCHCH2SSHNO2HOOCSNO2COOHCOOH+SSNO2NO2HOOCCOOHH2NCHCOOH+CH2SHpH8.0硫代硝基苯甲酸硫代硝基苯甲酸测定测定Cys含量（含量（pH8.0412nm的摩尔消光系数的摩尔消光

8、系数=13600）现在学习的是第16页，共53页四、肽四、肽一个氨基酸的-羧基和另一个氨基酸的-氨基脱水缩合而成的化合物。氨基酸之间脱水后形成的键称肽键（酰胺键）。当两个氨基酸通过肽键相互连接形成二肽，在一端仍然有游离的氨基和另一端有游离的羧基，每一端连接更多的氨基酸。氨基酸能以肽键相互连接形成长的、不带支链的寡肽（25个氨基酸残基以下）和多肽（多于25个氨基酸残基）。多肽仍然有游离的-氨基和-羧基。肽链写法肽链写法：游离-氨基在左，游离-羧基在右，氨基酸之间用“-”表示肽键。H2N-丝氨酸-亮氨酸-苯丙氨酸-COOHSer-Leu-Phe（S-L-F）现在学习的是第17页，共53页（一）谷光

9、甘肽（一）谷光甘肽（GSH）H2N-CHCH2CH2COCOOH-GluNHCHCOCH2SHCysNHCH2COOHGly2GSHGSSG（二）催产素和升压素（二）催产素和升压素均为9肽，第3位和第9位氨基酸不同。催产素使子宫和乳腺平滑肌收缩，具有催产和促使乳腺排乳作用。升压素促进血管平滑肌收缩，升高血压，减少排尿。现在学习的是第18页，共53页（三）促肾上腺皮质激素（三）促肾上腺皮质激素（ACTH）39肽，活性部位为第410位的7肽片段：Met-Glu-His-Phe-Arg-Trp-Gly。（四）脑肽（四）脑肽脑啡肽具有强烈的镇痛作用（强于吗啡），不上瘾。Met-脑啡肽Tyr-Gly-G

10、ly-Phe-MetLeu-脑啡肽Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu-内啡肽（31肽）具有较强的吗啡样活性与镇痛作用。现在学习的是第19页，共53页（五）胆囊收缩素（五）胆囊收缩素（六）胰高血糖素（六）胰高血糖素由胰岛-细胞分泌（-细胞分泌胰岛素），29肽。胰高血糖素调节维持血糖浓度。现在学习的是第20页，共53页五、五、蛋白质的结构蛋白质的结构蛋白质是氨基酸以肽键相互连接的线性序列。在蛋白质中，多肽链折叠形成特殊的形状（构象）（conformation）。在结构中，这种构象是原子的三维排列，由氨基酸序列决定。蛋白质有四种结构层次：一级结构（primary），二级结构（secondary）

11、，三级结构（tertiary）和四级结构（quaternary）（不总是有）。（一）蛋白质的一级结构（化学结构）（一）蛋白质的一级结构（化学结构）一级结构就是蛋白质分子中氨基酸残基的排列顺序，即氨基酸的线性序列。在基因编码的蛋白质中，这种序列是由mRNA中的核苷酸序列决定的。一级结构中包含的共价键（covalentbonds）主要指肽键（peptidebond）和二硫键（disulfidebond）现在学习的是第21页，共53页HPhe-Val-Asn-Gln-His-Leu-Cys-Gly-Ser-His-Leu-Val-Glu-Ala-Leu-TyrLeu-Val-Cys-GlyGlu-A

12、rg-Gly-Phe-Phe-Tyr-Thr-Pro-Lys-AlaOHB链157101519 20212530HGly-Ile-Val-Glu-Gln-Cys-Cys-Ala-Ser-Val-Cys-Ser-Leu-Tyr-Gln-Leu-Glu-Asn-Tyr-Cys-AsnOH15102015A链711621SSSS牛胰岛素的化学结构SS现在学习的是第22页，共53页一级结构确定的原则：将大化小，逐段分析，制成两套肽片段，找出重叠位点，排出肽的前后位置，最后确定蛋白质的完整序列。目前往往采用从待测蛋白质的基因序列反推出蛋白质的一级结构。（二）蛋白质的空间结构（构象、高级结构）（二）蛋白质

13、的空间结构（构象、高级结构）蛋白质分子中所有原子在三维空间的排列分布和肽链的走向。现在学习的是第23页，共53页由于羰基碳-氧双键的靠拢，允许存在共振结构（resonancestructure），碳与氮之间的肽键有部分双键性质，由CO-NH构成的肽单元呈现相对的刚性和平面化，肽键中的4个原子和它相邻的两个-碳原子多处于同一个平面上。CCNCOHCNO-H+CC氨基的H与羰基的O几乎总是呈反式（trans）而不是顺式（cis）。蛋白质构象稳定的原因：蛋白质构象稳定的原因：1）酰胺平面；2）R的影响。现在学习的是第24页，共53页1.蛋白质的二级结构蛋白质的二级结构指蛋白质多肽链本身的折叠和盘绕方

14、式（1）-螺旋（螺旋（-helix）Pauling和Corey于1965年提出。结构要点：1）螺旋的每圈有3.6个氨基酸，螺旋间距离为0.54nm，每个残基沿轴旋转100。2）每个肽键的羰基氧与远在第四个氨基酸氨基上的氢形成氢键（hydrogenbond），氢键的走向平行于螺旋轴，所有肽键都能参与链内氢键的形成。C(NHCCO)3NOHHR3.613(ns)现在学习的是第25页，共53页3)R侧链基团伸向螺旋的外侧。RRRRRRRRR螺旋的横截面4）Pro的N上缺少H，不能形成氢键，经常出现在-螺旋的端头，它改变多肽链的方向并终止螺旋。现在学习的是第26页，共53页（2）-折叠结构（折叠结构（

15、-pleated sheet）是一种肽链相当伸展的结构。肽链按层排列，依靠相邻肽链上的羰基和氨基形成的氢键维持结构的稳定性。肽键的平面性使多肽折叠成片，氨基酸侧链伸展在折叠片的上面和下面。CCCCCCRRRRRRNNCNNCCC平行反平行-折叠片中，相邻多肽链平行平行或反平行反平行（较稳定）。现在学习的是第27页，共53页（3）-转角（转角（-turn）为了紧紧折叠成紧密的球蛋白，多肽链常常反转方向，成发夹形状。一个氨基酸的羰基氧以氢键结合到相距的第四个氨基酸的氨基氢上。N1CHCC2CHNHO=C3CHNC4CHNRRHOHRROHO-转角经常出现在连接反平行-折叠片的端头。现在学习的是第2

16、8页，共53页（4）自由回转）自由回转没有一定规律的松散肽链结构。酶的活性部位。2.超二级结构和结构域超二级结构和结构域超二级结构超二级结构是指若干相邻的二级结构中的构象单元彼此相互作用，形成有规则的，在空间上能辨认的二级结构组合体。是蛋白质二级结构至三级结构层次的一种过渡态构象层次。结构域结构域是球状蛋白质的折叠单位。多肽链在超二级结构的基础上进一步绕曲折叠成紧密的近似球行的结构，具有部分生物功能。对于较大的蛋白质分子或亚基，多肽链往往由两个以上结构域缔合而成三级结构。现在学习的是第29页，共53页3.蛋白质的三级结构蛋白质的三级结构指多肽链上的所有原子（包括主链和侧链）在三维空间的分布。肌

17、红蛋白4.蛋白质的四级结构蛋白质的四级结构多肽亚基（subunit）的空间排布和相互作用。亚基间以非共价键连接。血红蛋白现在学习的是第30页，共53页共价键次级键化学键化学键肽键一级结构氢键二硫键二、三、四级结构疏水键盐键范德华力三、四级结构（三）蛋白质分子中的共价键与次级键（三）蛋白质分子中的共价键与次级键现在学习的是第31页，共53页肌红蛋白是1957年由JohnKendrew用X射线晶体分析法测定的有三维结构的第一个蛋白质。它是典型的球形蛋白质，高度折叠成紧密结构，疏水氨基酸残基大部分埋藏在分子内部，极性残基在表面。肌红蛋白中有8条-螺旋。由多肽的折叠形成的疏水空隙内是血红素辅基，通过肽

18、链上的His残基与肌红蛋白分子内部相连，它对肌红蛋白的生物活性是必需的（与O2结合）。现在学习的是第32页，共53页六、蛋白质分子结构与功能的关系六、蛋白质分子结构与功能的关系蛋白质分子具有多样的生物学功能，需要一定的化学结构，还需要一定的空间构象。（一）蛋白质一级结构与功能的关系（一）蛋白质一级结构与功能的关系1.种属差异种属差异蛋白质一级结构的种属差异十分明显，但相同部分氨基酸对蛋白质的功能起决定作用。根据蛋白质结构上的差异，可以断定它们在亲缘关系上的远近。2.分子病分子病蛋白质分子一级结构的氨基酸排列顺序与正常有所不同的遗传病。现在学习的是第33页，共53页镰状细胞贫血（镰状细胞贫血（s

19、ick-cell anemia）从患者红细胞中鉴定出特异的镰刀型或月牙型细胞。-链1234567Hb-AVal-His-Leu-Thr-Pro-Glu-LysHb-SVal-His-Leu-Thr-Pro-Val-LysVal取代Glu含氧-HbAO2O2粘性疏水斑点含氧HbS脱氧HbS疏水位点血红蛋白分子凝集现在学习的是第34页，共53页（二）蛋白质构象与功能的关系（二）蛋白质构象与功能的关系别（变）构作用：含亚基的蛋白质由于一个亚基的构象改变而引起其余亚基和整个分子构象、性质和功能发生改变的作用。因别构而产生的效应称别构效应。血红蛋白是别构蛋白，O2结合到一个亚基上以后，影响与其它亚基的相

20、互作用。肌红蛋白血红蛋白在肺部O2的压力在毛细血管中O2的压力饱和度00.5120406080100120O2压力现在学习的是第35页，共53页24681012140.51.01.52.0OH-加入的当量pHpK1pIpK2（3）（2）（1）Gly的滴定曲线的滴定曲线OH-OH-+H3NCCOOHHH（1）+H3NCCOO-HH（2）H2NCCOO-HH（3）Gly解离作用解离作用现在学习的是第36页，共53页七、蛋白质的性质七、蛋白质的性质（一）蛋白质的相对分子量（一）蛋白质的相对分子量蛋白质相对分子量在100001000000之间。测定分子量的主要方法有渗透压法、超离心法超离心法、凝胶过滤

21、法、聚丙烯酰胺凝胶电泳等。最准确可靠的方法是超离心法超离心法（Svedberg于1940年设计）：蛋白质颗粒在2550*104g离心力作用下从溶液中沉降下来。沉降系数（s）：单位（cm）离心场里的沉降速度。s=v2x v=沉降速度（dx/dt）=离心机转子角速度（弧度/s）x=蛋白质界面中点与转子中心的距离（cm）沉降系数的单位常用S，1S=110-13（s）现在学习的是第37页，共53页蛋白质分子量（M）与沉降系数（s）的关系M=RTsD（1V）R气体常数（8.314107ergsmol-1度-1）T绝对温度D扩散常数（蛋白质分子量很大，离心机转速很快，则忽略不计）V蛋白质的微分比容（m3g

22、-1）溶剂密度（20，gml-1）s沉降系数现在学习的是第38页，共53页（二）蛋白质的两性电离及等电点（二）蛋白质的两性电离及等电点蛋白质在其等电点偏酸溶液中带正电荷，在偏碱溶液中带负电荷，在等电点pH时为两性离子。电泳：带电颗粒在电场中移动的现象。分子大小不同的蛋白质所带净电荷密度不同，迁移率即异，在电泳时可以分开。1.自由界面电泳：蛋白质溶于缓冲液中进行电泳。2.区带电泳：将蛋白质溶液点在浸了缓冲液的支持物上进行电泳，不同组分形成带状区域。（1）纸上电泳：用滤纸作支持物。现在学习的是第39页，共53页（2）凝胶电泳：用凝胶（淀粉、琼脂糖、聚丙烯酰胺）作支持物。1）圆盘电泳：玻璃管中进行的

23、凝胶电泳。+2）平板电泳：铺有凝胶的玻板上进行的电泳。-+现在学习的是第40页，共53页等电聚焦电泳：当蛋白质在其等电点时，净电荷为零，在电场中不再移动。+5.06.07.0稳定pH梯度5.06.07.0稳定pH梯度通电+现在学习的是第41页，共53页（三）蛋白质的胶体性质（三）蛋白质的胶体性质布郎运动、丁道尔现象、电泳现象，不能透过半透膜，具有吸附能力蛋白质溶液稳定的原因：1）表面形成水膜（水化层）；2）带相同电荷。+现在学习的是第42页，共53页（四）蛋白质的沉淀反应（四）蛋白质的沉淀反应1.加高浓度盐类（盐析）：加盐使蛋白质沉淀析出。分段盐析：调节盐浓度，可使混合蛋白质溶液中的几种蛋白质

24、分段析出。血清球蛋白（50%(NH4)2SO4饱和度），清蛋白（饱和(NH4)2SO4)。2.加有机溶剂3.加重金属盐4.加生物碱试剂单宁酸、苦味酸、钼酸、钨酸、三氯乙酸能沉淀生物碱，称生物碱试剂。现在学习的是第43页，共53页（五）蛋白质的变性（五）蛋白质的变性天然蛋白质受物理或化学因素的影响，其共价键不变，但分子内部原有的高度规律性的空间排列发生变化，致使其原有性质发生部分或全部丧失，称为蛋白质的变性变性。变性蛋白质主要标志是生物学功能的丧失。溶解度降低，易形成沉淀析出，结晶能力丧失，分子形状改变，肽链松散，反应基团增加，易被酶消化。变性蛋白质分子互相凝集为固体的现象称凝固凝固。有些蛋白质

25、的变性作用是可逆的，其变性如不超过一定限度，经适当处理后，可重新变为天然蛋白质。现在学习的是第44页，共53页反应名称反应名称试试 剂剂颜色颜色反应有关基团反应有关基团有有此此反反应应的的蛋蛋白白质质或或氨氨基酸基酸双缩脲反应NaOH、CuSO2紫色或粉红色二个以上肽键所有蛋白质米伦反应HgNO3、Hg(NO3)2及HNO3混合物红色Tyr黄色反应浓HNO3及NH3黄色、橘色Tyr、Phe乙醛酸反应(Hopking-Cole反应)乙醛酸试剂及浓H2SO4紫色Trp坂口反应(Sakaguchi反应)-萘酚、NaClO红色胍基Arg酚试剂反应(Folin-Cioculteu反应)碱性CuSO4及磷

26、钨酸-钼酸蓝色酚基、吲哚基Tyr茚三酮反应茚三酮蓝色自由氨基及羧基-氨基酸（六）蛋白质的颜色反应（六）蛋白质的颜色反应OHN现在学习的是第45页，共53页六、蛋白质的分类六、蛋白质的分类1.蛋白质形状球状蛋白纤维状蛋白现在学习的是第46页，共53页2.分子组成简单蛋白（按溶解度）结合蛋白（按辅基）清蛋白球蛋白谷蛋白醇溶蛋白精蛋白组蛋白硬蛋白核蛋白糖蛋白与蛋白聚糖脂蛋白色蛋白磷蛋白现在学习的是第47页，共53页（7）成盐反应）成盐反应RCHCOOH+HClNH2RCHCOOHNH2HCl（8）酰基化和烃基化反应）酰基化和烃基化反应RCHCOOH+RXNH2R=酰基或烃基RCHCOOH+HXNHR

27、X=卤素（Cl、F）现在学习的是第48页，共53页（9）成酯反应）成酯反应RCHCOOH+C2H5OHNH2RCHCOOC2H5NH2HCl气当羧基变成乙酯后，羧基的化学性质就被掩蔽了，而氨基的化学性质就突出地显示出来。（10）酰氯化反应）酰氯化反应YNHCRHCOOH+PCl5酰化氨基酸YNHCRHCOCl酰化氨基酰氯使氨基酸的羧基活化，易于另一氨基酸的氨基结合，在合成肽的工作上常用。现在学习的是第49页，共53页（11）成酰胺反应）成酰胺反应H2NCHRCOOC2H5+HNH2体外无水H2NCHRCONH2+C2H5OH氨基酸酰胺有机体内：Asp（Glu）+NH4+Asn（Gln）Asn（

28、Gln）合成酶ATP（12）脱羧反应）脱羧反应H2NCHRCOOH脱羧酶CO2+RCH2NH2胺现在学习的是第50页，共53页（13）迭氮反应）迭氮反应H2N-CHR-COOHYHN-CHR-COOH酰化氨基酸YHN-CHR-COOCH3酰化氨基酸甲酯NH2NH2（-CH3OH）YHNCHRCONHNH2酰化氨基酸的肼衍生物HNO2YHNCHRCON3+2H2O酰化氨基酸迭氮现在学习的是第51页，共53页本章较全面地介绍了蛋白质化学的基本知识，重点阐述了氨基酸和蛋白质的结构、性质和功能间的依存关系。在学习氨基酸的结构时应联系有机化学的羧酸结构，在学习氨基酸的化学性质时应联系氨基酸的结构，再将氨基酸的结构和特性与蛋白质的结构和特性联系起来。认识蛋白质的重要生物学意义。提要提要现在学习的是第52页，共53页感感谢谢大大家家观观看看现在学习的是第53页，共53页