序列分析软件的使用方法.ppt
( 4.5 )《序列分析软件的使用方法.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《序列分析软件的使用方法.ppt（53页珍藏版）》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。
1、序列分析软件的使用方法现在学习的是第1页，共53页nDNAMAN 是一种常用的核酸序列分析是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。序列分析工具。现在学习的是第2页，共53页打开打开DNAMAN，可以看到如下界面：，可以看到如下界面：n第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，菜单，n第二栏为工具栏：第二栏为工具栏：n第三栏为浏览器栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，在浏览器栏下方的工作区左侧，可见可见Channel
2、工具条，工具条，DNAMAN 提供提供20 个个Channel，点击，点击Channel 工具条上相应的数字，工具条上相应的数字，即可击活相应的即可击活相应的Channel。n每个每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序可以装入一个序列。将要分析的序列（列（DNA 序列或氨基酸序列）放入序列或氨基酸序列）放入Channel 中可中可以节约存取序列时间，加快分析速度。以节约存取序列时间，加快分析速度。现在学习的是第3页，共53页现在学习的是第4页，共53页如何使用如何使用DNAMAN 分析序列分析序列 n1将待分析序列装入将待分析序列装入Channel n通过通过File Open 命
3、令打开待分析序列文件，则打命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认开的序列自动装入默认Channel。n通过通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入文件或将选定的部分序列装入Channel。n通过通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。的片段等参数。现在学习的是第5页，共53页2 以不同形式显
4、示序列以不同形式显示序列 n通过通过Sequence/Display Sequence 命令打开对话框，命令打开对话框，n根据不同的需要，可以选择显示不同的根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。序列转换形式。n对话框选项说明如下：对话框选项说明如下：nSequence&Composition 显示序列和显示序列和成分成分 现在学习的是第6页，共53页2 以不同形式显示序列以不同形式显示序列nReverse Complement Sequence 显示待分析序显示待分析序列的反向互补序列列的反向互补序列 nReverse Sequence 显示待分析序列的反向序列显示待分析序列的反向序
5、列 nComplement Sequence 显示待分析序列的互补序显示待分析序列的互补序列列 nDouble Stranded Sequence 显示待分析序列的显示待分析序列的双链序列双链序列 nRNA Sequence 显示待分析序列的对应显示待分析序列的对应RNA 序列序列现在学习的是第7页，共53页3DNA 序列的限制性酶切位点分析序列的限制性酶切位点分析n将待分析的序列装入将待分析的序列装入Channel，点击要分析的，点击要分析的Channel，然，然后通过后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，命令打开对话框，n参数说明如下：参数说明如下：nResult
6、s 分析结果显示分析结果显示n其中包括：其中包括：nShow summary（显示概要）（显示概要）nShow sites on sequence（在结果中显示酶切位点）（在结果中显示酶切位点）nDraw restriction map（显示限制性酶切图）（显示限制性酶切图）nDraw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）（显示限制性酶切模式图）现在学习的是第8页，共53页3DNA 序列的限制性酶切位点分析序列的限制性酶切位点分析nIgnore enzymes with more than（忽略大于某设定值的（忽略大于某设定值的酶切位点）酶切位点）nIgnore en
7、zymes with less than（忽略小于某设定值的（忽略小于某设定值的酶切位点）酶切位点）nTarget DNA（目标（目标DNA 特性）特性）nCircular（环型（环型DNA），），ndam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）甲基化）nall DNA in Sequence Channel（选择此项，在（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的，那么当所有的channel 中共有两条中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，
8、如果共有三个以上时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。）时，则只能用一个酶分析。）现在学习的是第9页，共53页n选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：话框：n参数说明如下：参数说明如下：nEnzymen代表（代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，两个默认选项，restrict.enz 和和dnamane.enz，n如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。n其中
9、其中restrict.enz 数据文件包含数据文件包含180 种限制酶，种限制酶，dnamane.enz 数据文件包含数据文件包含2524 种限制酶。种限制酶。n选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。在右边空白框中列出。现在学习的是第10页，共53页n要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cl
10、oning sites），），n然后点击按钮出现下列对话框：然后点击按钮出现下列对话框：n输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。方便分析特定的酶切位点。nCutter 酶切识别序列长度；酶切识别序列长度；nEnd 酶切产生的末端，其中包括，酶切产生的末端，其中包括，nBlunt（平头末端），（平头末端），n5Overhang（5突出粘性末端）突出粘性末端）,n3Overhang(3突出粘性末端突出粘性末端)，n系统根据系统根据cutter 和和end 的设定情况的设定情况,在左边酶列表中显示符
11、合条件的在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。酶。最后，点击按钮执行操作。现在学习的是第11页，共53页4DNA 序列比对分析序列比对分析（Dot Matrix Comparision）n要比较两个序列，可以使用要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision（点矩阵比较）通过（点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面，命令打开比对界面，n点击对比界面左上角的按钮，出现下列点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框：对话框：现在学习的是第12页，共53页
12、参数说明如下：nSequence type 序列类型序列类型 nSequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如下：n如果要比对的序列在如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选择相中，点击下拉箭头，选择相应的应的Channel，则被选中的，则被选中的Channel 中的序列作为参加比对的中的序列作为参加比对的第一序列；第一序列；n也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择框上点击选择框上点击即可。通过即可。通过Length 选择参加比对的序列片段。选择参加比对的序列片段。nS
13、equence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上参加比对的第二序列选择框；选项说明同上 nShow Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；示同源性；现在学习的是第13页，共53页nAnnotations 是否显示注释是否显示注释 nComparision 比对参数，比对参数，n其中其中Window 代表代表Window size（单位比对长度），（单位比对长度），nMismatch 代表代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为值）要快速比对，需将此项设为
14、0。nBoth stran 代表代表Both strand（双链比对）选择此项，是（双链比对）选择此项，是指用指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。比较。nSequence 2 正链与正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。负链比对结果用红色点表示。现在学习的是第14页，共53页nPlot box 点阵图表显示参数，点阵图表显示参数，nPosition（起点坐标）（起点坐标）nWidth（宽度值）（宽度值）nHeight（高度值）（高度值）nFra
15、me size（边框线粗度值）（边框线粗度值）nDot size（点粗度值）（点粗度值）nGridline（虚线框数）。（虚线框数）。n参数设定好后，点击按钮执行操作。参数设定好后，点击按钮执行操作。现在学习的是第15页，共53页5序列同源性分析序列同源性分析n（1）两序列同源性分析）两序列同源性分析n通过通过Sequence/Two Sequence Alignment 命令打开对话框，命令打开对话框，如下所示：如下所示：n参数说明如下：参数说明如下：nAlignment method 比对方法，比对方法，n通常可选通常可选Quick(快速比对快速比对)或或Smith&Waterman(最佳
16、比对最佳比对)，n当选择快速比对时，设置较小的当选择快速比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精值，可以提高精确度，确度，n当序列较长时，一般要设置较大的当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。值。k-tuple 值可选范围值可选范围26；n蛋白质序列：蛋白质序列：k-tuple 值可选范围值可选范围13。现在学习的是第16页，共53页（2）多序列同源性分析）多序列同源性分析n通过打开通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment 命令命令打开对话框，打开对话框，n参数说明如下：参数说明如下：nFile 从文件中选择参加比对的序列从文件中选择
17、参加比对的序列nFolder 从文件夹中选择参加比对的序列从文件夹中选择参加比对的序列nChannel 从从channel 中选择参加比对的序列中选择参加比对的序列 nDbase 从数据库中选择参加比对的序列从数据库中选择参加比对的序列 nRemove 清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）名选择）nClear 清除全部序列清除全部序列 现在学习的是第17页，共53页n点击按钮，出现方法选择对话框：点击按钮，出现方法选择对话框：n选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框：选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框：n如果在前一对话框选择的
18、是如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择则在此对话框中选择Quick alignment,否则选择否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。n点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击按点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击按钮下的按钮，出现下列选择项：钮下的按钮，出现下列选择项：可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree/homol
19、ogy tree 命令）。命令）。n显示蛋白质二级结构（显示蛋白质二级结构（Protein Secondary Structure 命令），命令），n绘制限制性酶切图（绘制限制性酶切图（Restriction Analysis 命令）等。命令）等。现在学习的是第18页，共53页6.PCR 引物设计引物设计n首先，将目标首先，将目标DNA 片段装入片段装入Channel,并激活并激活Channel。n点击主菜单栏中的点击主菜单栏中的Primer 主菜单，出现下拉菜单，主菜单，出现下拉菜单，n点击点击Design PCR Primers for DNA 命令，出现下列对话框：命令，出现下列对话框：
- 配套讲稿：
如PPT文件的首页显示word图标，表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制：
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片，仅作为作品整体效果示例展示，禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词：
- 序列 分析 软件 使用方法
淘文阁 - 分享文档赚钱的网站所有资源均是用户自行上传分享，仅供网友学习交流，未经上传用户书面授权，请勿作他用。
限制150内