核酸提取及常见问题.ppt

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1、关于核酸提取及关于核酸提取及常见问题常见问题现在学习的是第1页，共42页基因组基因组DNACTAB法法qCTAB法原理法原理（植物（植物DNA提取经典方法）提取经典方法）CTAB（hexadecyltrimethylammoniumbromide，十六烷基三甲基溴化铵），十六烷基三甲基溴化铵），是一种阳离子去污剂，可溶解细胞膜，并与核酸形成复合物。是一种阳离子去污剂，可溶解细胞膜，并与核酸形成复合物。该复合物在高盐溶液中（该复合物在高盐溶液中（0.7mol/LNaCl）是可溶的，通过有机溶剂抽提，去）是可溶的，通过有机溶剂抽提，去除蛋白、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。除蛋白

2、、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。注：注：CTAB溶液在低于溶液在低于15时会形成沉淀析出，因此在将其加入冰冷的时会形成沉淀析出，因此在将其加入冰冷的植物材料之前必须预热，且离心时温度不要低于植物材料之前必须预热，且离心时温度不要低于15。现在学习的是第2页，共42页qCTAB提取缓冲液的经典配方提取缓冲液的经典配方 组份 Tris-HCl （pH8.0）EDTA（pH8.0）NaCl CTAB-巯基乙醇 终浓度 100 mM 20 mM 1.4M2%(W/V)0.1%（V/V）使用前加入Tris-HCl（pH8.0）提供一个缓冲环境，防止核酸被破坏；提供一个缓冲环境，防止核

3、酸被破坏；EDTA螯合螯合Mg2+或或Mn2+离子，抑制离子，抑制DNase活性；活性；NaCl提供一个高盐环境，使提供一个高盐环境，使DNP充分溶解，存在于液相中；充分溶解，存在于液相中；CTAB溶解细胞膜，并结合核酸，使核酸便于分离；溶解细胞膜，并结合核酸，使核酸便于分离；-巯基乙醇是抗氧化剂，有效地防止酚氧化成醌，避免褐变，使酚容易去除巯基乙醇是抗氧化剂，有效地防止酚氧化成醌，避免褐变，使酚容易去除基因组基因组DNACTAB法法现在学习的是第3页，共42页qCTAB提取缓冲液的改进配方提取缓冲液的改进配方 组份 Tris-HCl（pH8.0）EDTA（pH8.0）NaCl CTAB PV

4、P40-巯基乙醇 终浓度 100 mM 20 mM1.4M3%(W/V)5%(W/V)2%（V/V）使用前加入vPVP（聚乙烯吡咯烷酮）是酚的络合物，能与多酚形成一种不溶的络合物质，有（聚乙烯吡咯烷酮）是酚的络合物，能与多酚形成一种不溶的络合物质，有效去除多酚，减少效去除多酚，减少DNA中酚的污染；同时它也能和多糖结合，有效去除多中酚的污染；同时它也能和多糖结合，有效去除多糖。糖。基因组基因组DNACTAB法法现在学习的是第4页，共42页q SDS法原理法原理基因组基因组DNASDS法法SDS是是一一种种阴阴离离子子去去垢垢剂剂，在在高高温温（5565）条条件件下下能能裂裂解解细细胞胞，使使染

5、色体离析，蛋白变性，释放出核酸；染色体离析，蛋白变性，释放出核酸；提提高高盐盐(KAc或或NH4Ac)浓浓度度并并降降低低温温度度（冰冰浴浴），使使蛋蛋白白质质及及多多糖糖杂杂质质沉沉淀淀，离离心后除去沉淀；心后除去沉淀；上清液中的上清液中的DNA用酚用酚/氯仿抽提，反复抽提后用乙醇沉淀水相中的氯仿抽提，反复抽提后用乙醇沉淀水相中的DNA。组份Tris-HCl（pH8.0）EDTA（pH 8.0）NaCl SDS终浓度 10 mM 20 mM 0.4M 2%q SDS法法DNA提取缓冲液提取缓冲液现在学习的是第5页，共42页基因组基因组DNA其它方法其它方法物理方式物理方式：玻璃珠法、：玻璃珠

6、法、超声波法、研磨法、冻融法超声波法、研磨法、冻融法化学方式化学方式：异硫氰酸胍法、碱裂解法：异硫氰酸胍法、碱裂解法生物方式生物方式：酶法：酶法q根据细胞裂解方式的不同有：根据细胞裂解方式的不同有：现在学习的是第6页，共42页基因组基因组DNA其它方法其它方法吸附材料结合法：吸附材料结合法：q根据核酸分离纯化方式的不同有：根据核酸分离纯化方式的不同有：硅质材料硅质材料阴离子交换树脂阴离子交换树脂磁珠磁珠高盐低高盐低pHpH值结合核酸，低盐高值结合核酸，低盐高pHpH值洗脱。值洗脱。快捷高效。快捷高效。低盐高低盐高pHpH值结合核酸，高盐低值结合核酸，高盐低pHpH值洗脱。值洗脱。适用于纯度要求

7、高的实验。适用于纯度要求高的实验。磁性微粒挂上不同基团可吸附不同的目的物，磁性微粒挂上不同基团可吸附不同的目的物，从而达到分离目的。从而达到分离目的。现在学习的是第7页，共42页基因组基因组DNA其它方法其它方法浓盐法浓盐法：有机溶剂抽提法：有机溶剂抽提法：密度梯度离心法：密度梯度离心法：利用利用RNP和和DNP在盐溶液中溶解度不同，将二者分离在盐溶液中溶解度不同，将二者分离有机溶剂作为蛋白变性剂，同时抑制核酸酶的降解作用有机溶剂作为蛋白变性剂，同时抑制核酸酶的降解作用利用不同内容物密度不同的原理分离各种内容物利用不同内容物密度不同的原理分离各种内容物现在学习的是第8页，共42页质粒质粒DNA

8、碱裂解法碱裂解法q碱裂解法原理碱裂解法原理染色体染色体DNADNA比质粒比质粒DNADNA分子大得多，且染色体分子大得多，且染色体DNADNA为为线状分子，而质线状分子，而质粒粒DNADNA为共价闭合环状分子；为共价闭合环状分子；当用碱处理当用碱处理DNADNA溶液时，线状染色体溶液时，线状染色体DNADNA容易发生变性，共价闭容易发生变性，共价闭环的质粒环的质粒DNADNA在回到中性在回到中性pHpH时即恢复其天然构象；时即恢复其天然构象；变性染色体变性染色体DNADNA片段与变性蛋白质和细胞碎片结合形成沉淀，而片段与变性蛋白质和细胞碎片结合形成沉淀，而复性的超螺旋质粒复性的超螺旋质粒DNA

9、DNA分子则以溶解状态存在液相中，从而可通过分子则以溶解状态存在液相中，从而可通过离心将两者分开。离心将两者分开。现在学习的是第9页，共42页质粒质粒DNA碱裂解法碱裂解法q碱裂解法流程图碱裂解法流程图对数期菌体对数期菌体溶液溶液III中和中和溶液溶液I充分重悬充分重悬溶液溶液II裂解裂解上清液上清液抽提抽提离心洗涤离心洗涤酒精沉淀酒精沉淀干燥溶解干燥溶解沉淀沉淀质粒质粒DNA溶液溶液现在学习的是第10页，共42页质粒质粒DNA煮沸法煮沸法q煮沸法原理煮沸法原理染色体染色体DNADNA比质粒比质粒DNADNA分子大得多，且染色体分子大得多，且染色体DNADNA为为线状分子，线状分子，而质粒而质

10、粒DNADNA为共价闭合环状分子；为共价闭合环状分子；当加热处理当加热处理DNADNA溶液时，线状染色体溶液时，线状染色体DNADNA容易发生变性，共价闭容易发生变性，共价闭环的质粒环的质粒DNADNA在冷却时即恢复其天然构象；在冷却时即恢复其天然构象；变性染色体变性染色体DNADNA片段与变性蛋白质和细胞碎片结合形成沉淀，而复性片段与变性蛋白质和细胞碎片结合形成沉淀，而复性的超螺旋质粒的超螺旋质粒DNADNA分子则以溶解状态存在液相中，从而可通过离分子则以溶解状态存在液相中，从而可通过离心将两者分开。心将两者分开。现在学习的是第11页，共42页细胞器细胞器DNA差速离心法差速离心法q差速离心

11、法原理差速离心法原理是利用物质比重的不同分离混合物的一种方法。是利用物质比重的不同分离混合物的一种方法。将待分离物质置于均匀介质（蔗糖）中，以一定的转速进行离将待分离物质置于均匀介质（蔗糖）中，以一定的转速进行离心，比重大的物质优先沉降，比重小的却处于上层，从而得以心，比重大的物质优先沉降，比重小的却处于上层，从而得以分离。分离。线粒体和叶绿体是生物体内半自主性细胞器，自身可编码蛋白，它们线粒体和叶绿体是生物体内半自主性细胞器，自身可编码蛋白，它们的的比重和大小一定，因而在同一离心场内的沉降速度也一定，根据这一比重和大小一定，因而在同一离心场内的沉降速度也一定，根据这一原理，常用不同转速的离心

12、法，将细胞内各种组分分级分离出来。原理，常用不同转速的离心法，将细胞内各种组分分级分离出来。现在学习的是第12页，共42页第一部分：第一部分：DNA提取方法简介提取方法简介第二部分：第二部分：DNA提取常见问题、提取常见问题、原因分析及其对策原因分析及其对策内容内容第三部分：第三部分：RNA提取方法简介提取方法简介第四部分：第四部分：RNA提取及其提取及其RT-PCR常见常见问题、原因分析及其对策问题、原因分析及其对策第二部分：第二部分：DNA提取常见问题、提取常见问题、原因分析及其对策原因分析及其对策现在学习的是第13页，共42页DNA提取的基本步骤提取的基本步骤I.I.材料准备材料准备II

13、.II.破碎细胞或包膜内容物释放破碎细胞或包膜内容物释放III.III.核酸分离、纯化核酸分离、纯化IV.IV.沉淀或吸附核酸，并去除杂质沉淀或吸附核酸，并去除杂质V.V.核酸溶解在适量缓冲液或水中核酸溶解在适量缓冲液或水中现在学习的是第14页，共42页材料准备材料准备最好使用新鲜材料，最好使用新鲜材料，低温保存的低温保存的样品材料不要反复冻融样品材料不要反复冻融提取血液基因组提取血液基因组DNA时，要选时，要选择有核细胞（白细胞）择有核细胞（白细胞）组培细胞培养时间不能过长，否组培细胞培养时间不能过长，否则会造成则会造成DNA降解降解含病毒的液体材料含病毒的液体材料DNADNA含量较少，含量

14、较少，提取前先富集提取前先富集基因组基因组DNADNA的提取的提取质粒质粒DNADNA的提取的提取使用处于对数期的新鲜菌体（老化使用处于对数期的新鲜菌体（老化菌体导致开环质粒增加）菌体导致开环质粒增加）培养时应加入筛选压力，否则菌体易培养时应加入筛选压力，否则菌体易污染，质粒易丢失污染，质粒易丢失尽量选择高拷贝的质粒，如为低拷贝尽量选择高拷贝的质粒，如为低拷贝或大质粒，则应加大菌体用量或大质粒，则应加大菌体用量菌株不要频繁转接（质粒丢失）菌株不要频繁转接（质粒丢失）现在学习的是第15页，共42页细胞裂解细胞裂解材料应适量，过多会影响裂解，导材料应适量，过多会影响裂解，导致致DNA量少，纯度低量

15、少，纯度低针对不同材料，选择适当的裂解预针对不同材料，选择适当的裂解预处理方式：处理方式：植物材料液氮研磨植物材料液氮研磨动物组织匀浆或液氮研磨动物组织匀浆或液氮研磨组培细胞蛋白酶组培细胞蛋白酶K细菌溶菌酶破壁细菌溶菌酶破壁酵母破壁酶或玻璃珠酵母破壁酶或玻璃珠高温温浴时，定时轻柔振荡高温温浴时，定时轻柔振荡基因组基因组DNADNA的提取的提取质粒质粒DNADNA的提取的提取菌体量适当菌体量适当培养基去除干净，同时保证菌体培养基去除干净，同时保证菌体在悬浮液中充分悬浮在悬浮液中充分悬浮变性的时间不要过长（变性的时间不要过长（5分钟），否分钟），否则质粒易被打断则质粒易被打断复性时间也不宜过长，否

16、则会有基复性时间也不宜过长，否则会有基因组因组DNA的污染的污染G菌、酵母质粒的提取，应先用酶法菌、酵母质粒的提取，应先用酶法或机械法处理，以破壁或机械法处理，以破壁现在学习的是第16页，共42页核酸分离、纯化核酸分离、纯化采用吸附材料吸附的方式分离采用吸附材料吸附的方式分离DNA时，应提供相应的缓冲时，应提供相应的缓冲体系体系采用有机（酚采用有机（酚/氯仿）抽提时应充分混匀，但动作要轻柔氯仿）抽提时应充分混匀，但动作要轻柔离心分离两相时，应保证一定的转速和时间离心分离两相时，应保证一定的转速和时间针对不同材料的特点，在提取过程中辅以相应的去杂针对不同材料的特点，在提取过程中辅以相应的去杂质的

17、方法质的方法基因组基因组DNADNA的提取的提取质粒质粒DNADNA的提取的提取现在学习的是第17页，共42页核酸分离、纯化核酸分离、纯化q蛋白质的去除：蛋白质的去除：酚酚/氯仿抽提氯仿抽提使用变性剂变性（使用变性剂变性（SDSSDS、异硫氰酸胍等）、异硫氰酸胍等）高盐洗涤高盐洗涤蛋白酶处理蛋白酶处理现在学习的是第18页，共42页q多糖的去除：多糖的去除：高盐法：用乙醇沉淀时，在待沉淀溶液中加入高盐法：用乙醇沉淀时，在待沉淀溶液中加入1/21/2体积的体积的5M NaCl5M NaCl，高盐可溶解多糖。，高盐可溶解多糖。用多糖水解酶将多糖降解。用多糖水解酶将多糖降解。在提取缓冲液中加一定量的氯

18、苯在提取缓冲液中加一定量的氯苯(1/2(1/2体积体积)，氯苯可以与多，氯苯可以与多糖的羟基作用，从而去除多糖糖的羟基作用，从而去除多糖 。用用PEGPEG80008000代替乙醇沉淀代替乙醇沉淀DNADNA：在：在500L DNA500L DNA液中加入液中加入200l 200l 20%PEG20%PEG8000 8000(含含1.2 M NaCl)1.2 M NaCl)，冰浴，冰浴20min20min。核酸分离、纯化核酸分离、纯化现在学习的是第19页，共42页q多酚的去除：多酚的去除：在抽提液中加入防止酚类氧化的试剂：在抽提液中加入防止酚类氧化的试剂：-巯基乙醇、抗坏巯基乙醇、抗坏血酸、半

19、胱氨酸、二硫苏糖醇等血酸、半胱氨酸、二硫苏糖醇等加入易与酚类结合的试剂：如加入易与酚类结合的试剂：如PVPPVP、PEG(PEG(聚乙二醇聚乙二醇)，它们与酚，它们与酚类有较强的亲和力，可防止酚类与类有较强的亲和力，可防止酚类与DNADNA的结合的结合核酸分离、纯化核酸分离、纯化q盐离子的去除：盐离子的去除：7070的乙醇洗涤的乙醇洗涤现在学习的是第20页，共42页核酸沉淀、溶解核酸沉淀、溶解当沉淀时间有限时，用预冷的乙醇或异丙醇沉淀，沉淀会更充分当沉淀时间有限时，用预冷的乙醇或异丙醇沉淀，沉淀会更充分沉淀时加入沉淀时加入1/10体积的体积的NaAc（pH5.2，3M），有利于充分沉），有利于

20、充分沉淀淀沉淀后应用沉淀后应用70的乙醇洗涤，以除去盐离子等的乙醇洗涤，以除去盐离子等晾干晾干DNA，让乙醇充分挥发（不要过分干燥），让乙醇充分挥发（不要过分干燥）若长期储存建议使用若长期储存建议使用TE缓冲液溶解缓冲液溶解TE中的中的EDTA能螯和能螯和Mg2+或或Mn2+离子，抑制离子，抑制DNasepH值为值为8.0，可防止，可防止DNA发生酸解发生酸解 基因组基因组DNADNA的提取的提取质粒质粒DNADNA的提取的提取现在学习的是第21页，共42页1.1.DNADNA中含有蛋白、多糖、中含有蛋白、多糖、多酚类杂质多酚类杂质2.2.DNADNA在溶解前，有酒在溶解前，有酒精残留，酒精抑

21、制后精残留，酒精抑制后续酶解反应续酶解反应3.3.DNADNA中残留有金属离中残留有金属离子子1.1.重新纯化重新纯化DNADNA，去除蛋白、，去除蛋白、多糖、多酚等杂质（具多糖、多酚等杂质（具体方法见前）体方法见前）2.2.重新沉淀重新沉淀DNADNA，让酒精充，让酒精充分挥发分挥发3.3.增加增加7070乙醇洗涤的次乙醇洗涤的次数（数（2-32-3次）次）DNA提取常见问题提取常见问题q问题一：问题一：DNADNA样品不纯，抑制后续酶解和样品不纯，抑制后续酶解和PCRPCR反应。反应。原因原因对策现在学习的是第22页，共42页1.1.材料不新鲜或反复冻融材料不新鲜或反复冻融2.2.未很好抑

22、制内源核酸未很好抑制内源核酸酶的活性酶的活性3.3.提取过程操作过于剧烈，提取过程操作过于剧烈，DNADNA被机械打断被机械打断4.4.外源核酸酶污染外源核酸酶污染5.5.反复冻融反复冻融1.1.尽量取新鲜材料，低温保存材料避免反复冻尽量取新鲜材料，低温保存材料避免反复冻融融2.2.液氮研磨或匀浆组织后，应在解冻前液氮研磨或匀浆组织后，应在解冻前加入裂解缓冲液加入裂解缓冲液3.3.在提取内源核酸酶含量丰富的材料的在提取内源核酸酶含量丰富的材料的DNADNA时，时，可增加裂解液中螯合剂的含量可增加裂解液中螯合剂的含量4.4.细胞裂解后的后续操作应尽量轻柔细胞裂解后的后续操作应尽量轻柔5.5.所有

23、试剂用无菌水配制，耗材经高温灭所有试剂用无菌水配制，耗材经高温灭菌菌6.6.将将DNADNA分装保存于缓冲液中，避免反复冻融分装保存于缓冲液中，避免反复冻融DNA提取常见问题提取常见问题q问题二：问题二：DNADNA降解。降解。对策 原因原因现在学习的是第23页，共42页1.1.实验材料不佳或量少实验材料不佳或量少2.2.破壁或裂解不充分破壁或裂解不充分3.3.沉淀不完全沉淀不完全4.4.洗涤时洗涤时DNADNA丢失丢失1.1.尽量选用新鲜（幼嫩）的材料尽量选用新鲜（幼嫩）的材料2.2.动植物要匀浆研磨充分；动植物要匀浆研磨充分；G G菌、酵母裂解前先用生物酶或菌、酵母裂解前先用生物酶或机械方

24、式破壁机械方式破壁3.3.高温裂解时，时间适当延长（对高温裂解时，时间适当延长（对于动物细胞、细菌可增加于动物细胞、细菌可增加PKPK的用的用量）量）4.4.低温沉淀，延长沉淀时间低温沉淀，延长沉淀时间5.5.加辅助物，促进沉淀加辅助物，促进沉淀6.6.洗涤时，最好用枪头将洗涤液吸洗涤时，最好用枪头将洗涤液吸出，勿倾倒出，勿倾倒DNA提取常见问题提取常见问题q问题三：问题三：DNADNA提取量少。提取量少。对策 原因原因现在学习的是第24页，共42页第一部分：第一部分：DNA提取方法简介提取方法简介第二部分：第二部分：DNA提取常见问题、提取常见问题、原因分析及其对策原因分析及其对策内容内容第

25、三部分：第三部分：RNA提取方法简介提取方法简介第四部分：第四部分：RNA提取及其提取及其RT-PCR常见常见问题、原因分析及其对策问题、原因分析及其对策第三部分：第三部分：RNA提取方法简介提取方法简介现在学习的是第25页，共42页RNA提取的通用方法提取的通用方法q异硫氰酸胍异硫氰酸胍/苯酚法苯酚法 原理：原理：细胞在变性剂异硫氰酸胍的作用下被裂解，同时核蛋白体上的蛋白变性，细胞在变性剂异硫氰酸胍的作用下被裂解，同时核蛋白体上的蛋白变性，核酸释放；核酸释放；释放出来的释放出来的DNADNA和和RNARNA由于在特定由于在特定pHpH下溶解度的不同而分别位于整个体系中的下溶解度的不同而分别位

26、于整个体系中的中间相和水相，从而得以分离；中间相和水相，从而得以分离；有机溶剂抽提，沉淀，得到纯净有机溶剂抽提，沉淀，得到纯净RNARNA。RNA提取的通用方法提取的通用方法现在学习的是第26页，共42页q异硫氰酸胍异硫氰酸胍/苯酚法苯酚法 步骤步骤:材料准备：材料准备：尽量新鲜。尽量新鲜。裂解变性裂解变性：异硫氰酸胍异硫氰酸胍（亚硫氢胍，巯基乙醇，亚硫氢胍，巯基乙醇，N-N-月桂肌氨酸等）。月桂肌氨酸等）。使细胞及核蛋白复合物变性，释放使细胞及核蛋白复合物变性，释放RNARNA，有效抑制核酸酶。，有效抑制核酸酶。纯化分离：纯化分离：苯酚，氯仿，异戊醇。苯酚苯酚，氯仿，异戊醇。苯酚/氯仿可抽提

27、去除杂物。氯仿可抽提去除杂物。洗涤：洗涤：7070乙醇。乙醇。沉淀：沉淀：异丙醇、无水乙醇。异丙醇、无水乙醇。乙酸钠（乙酸钠（pH4.0pH4.0）：维持变性的细胞裂解液的）：维持变性的细胞裂解液的pHpH值，沉淀值，沉淀RNARNA。此外还常用氯化锂选择沉淀此外还常用氯化锂选择沉淀RNARNA。RNA提取的通用方法提取的通用方法现在学习的是第27页，共42页影响影响RNA提取的因素提取的因素q 材料材料：新鲜，切忌使用反复冻融的材料新鲜，切忌使用反复冻融的材料如若材料来源困难，且实验需要一定的时间间隔。可以先将材料贮存如若材料来源困难，且实验需要一定的时间间隔。可以先将材料贮存在在TRIzo

28、lTRIzol或样品贮存液中，于或样品贮存液中，于7070或或2020保存保存如要多次提取，请分成多份保存如要多次提取，请分成多份保存液氮长期保存，液氮长期保存，7070短期保存短期保存影响影响RNA提取的因素提取的因素现在学习的是第28页，共42页影响影响RNA提取的因素提取的因素q 样品破碎及裂解样品破碎及裂解：根据不同材料选择不同的处理方法：根据不同材料选择不同的处理方法：培养细胞：培养细胞：通常可直接加裂解液裂解通常可直接加裂解液裂解酵母和细菌：酵母和细菌：一般一般TRIzolTRIzol可直接裂解，对于一些特殊的材料可先用酶或者机可直接裂解，对于一些特殊的材料可先用酶或者机械方法破壁

29、械方法破壁动植物组织：动植物组织：先液氮研磨和匀浆，后加裂解液裂解。期间动作快速，样先液氮研磨和匀浆，后加裂解液裂解。期间动作快速，样品保持冷冻品保持冷冻样品量适当，保证充分裂解样品量适当，保证充分裂解为减少为减少DNADNA污染，可适当加大裂解液的用量污染，可适当加大裂解液的用量影响影响RNA提取的因素提取的因素现在学习的是第29页，共42页q 纯化：纯化：在使用氯仿抽提纯化时，一定要充分混匀，且动作快速；在使用氯仿抽提纯化时，一定要充分混匀，且动作快速；经典的纯化方法，如经典的纯化方法，如 LiCl LiCl 沉淀等，虽然经济，但操作时间长，易造成沉淀等，虽然经济，但操作时间长，易造成 R

30、NA RNA 降解；降解；柱离心式纯化方法：抽提速度快，能有效去除影响柱离心式纯化方法：抽提速度快，能有效去除影响 RNA RNA 后续酶反应的杂质，后续酶反应的杂质，是目前较为理想的选择。是目前较为理想的选择。影响影响RNA提取的因素提取的因素现在学习的是第30页，共42页第一部分：第一部分：DNA提取方法简介提取方法简介第二部分：第二部分：DNA提取常见问题、提取常见问题、原因分析及其对策原因分析及其对策内容内容第三部分：第三部分：RNA提取方法简介提取方法简介第四部分：第四部分：RNA提取及其提取及其RT-PCR常见常见问题、原因分析及其对策问题、原因分析及其对策第四部分：第四部分：RN

31、A提取及其提取及其RT-PCR常见常见问题、原因分析及其对策问题、原因分析及其对策现在学习的是第31页，共42页RNA提取常见问题提取常见问题q RNA RNA 的降解的降解 q ODOD260260/OD/OD280280 比值偏低比值偏低q 电泳带型异常电泳带型异常q 下游实验效果不佳下游实验效果不佳现在学习的是第32页，共42页RNA降解降解q 新鲜细胞或组织：新鲜细胞或组织：裂解液的质量裂解液的质量外源外源RNaseRNase的污染的污染裂解液的用量不足裂解液的用量不足组织裂解不充分组织裂解不充分另另外外某某些些富富含含内内源源酶酶的的样样品品 (如如脾脾脏脏，胸胸腺腺等等)，很很难难

32、避避免免 RNA RNA 的降解。的降解。建议在液氮条件下将组织碾碎，并且匀浆时使用更多裂解液建议在液氮条件下将组织碾碎，并且匀浆时使用更多裂解液。现在学习的是第33页，共42页RNA降解降解q 冷冻样品：冷冻样品：样样品品取取材材后后应应立立即即置置于于液液氮氮中中速速冻冻，然然后后可可以以移移至至-7070冰箱保存。样品要相对小一点；冰箱保存。样品要相对小一点；先用液氮研磨，再加裂解液匀浆；先用液氮研磨，再加裂解液匀浆；样样品品与与裂裂解解液液充充分分接接触触前前避避免免融融化化，研研磨磨用用具具必必须须预预冷，碾磨过程中及时补充液氮。冷，碾磨过程中及时补充液氮。现在学习的是第34页，共4

33、2页ODOD260260/OD/OD280280 比值偏低比值偏低q 蛋白质污染：蛋白质污染：不不要要吸吸入入中中间间层层及及有有机机相相，加加入入氯氯仿仿后后首首先先混混匀匀，并并且且离离心心分分层层的离心力和时间要足够。的离心力和时间要足够。减少起始样品量，确保裂解完全、彻底减少起始样品量，确保裂解完全、彻底解决办法解决办法:重新抽提一次，再沉淀，溶解。重新抽提一次，再沉淀，溶解。q 苯酚残留：苯酚残留：不不要要吸吸入入中中间间层层及及有有机机相相，加加入入氯氯仿仿后后首首先先混混匀匀，并并且且离离心心分分层层的离心力和时间要足够。的离心力和时间要足够。解决办法解决办法:重新抽提一次，再沉

34、淀，溶解。重新抽提一次，再沉淀，溶解。现在学习的是第35页，共42页ODOD260260/OD/OD280280 比值偏低比值偏低q 抽提试剂残留：抽提试剂残留：确保洗涤时要彻底悬浮确保洗涤时要彻底悬浮 RNARNA，并且彻底去掉，并且彻底去掉 75%75%乙醇。乙醇。解决办法解决办法:再沉淀一次后，溶解。再沉淀一次后，溶解。q 设备限制：设备限制：测测定定OD260 OD260 及及OD280 OD280 数数值值时时，要要使使OD260 OD260 读读数数在在 0.10 0.10-0.50 0.50 之之间间。此此范围线性最好。范围线性最好。q 用水稀释样品：用水稀释样品：测测 OD O

35、D 时时，对对照照及及样样品品稀稀释释液液请请使使用用 10 10 mM mM TrisTris，pH pH 7.57.5。用用水水作作为为稀稀释释液将导致比值的降低。液将导致比值的降低。现在学习的是第36页，共42页电泳带型异常电泳带型异常q 非变性电泳：非变性电泳：上样量超过上样量超过 3ug，电压超过，电压超过 6V/cm，电泳缓冲液陈旧，均可，电泳缓冲液陈旧，均可能导致能导致 28S 和和 18S 条带分不开。条带分不开。q 变性电泳条带变淡：变性电泳条带变淡：EB 与单链的结合能力要差一些，故同样的上样量，变性与单链的结合能力要差一些，故同样的上样量，变性电泳比非变性电泳要淡一些；电

36、泳比非变性电泳要淡一些；甲醛的质量不高甲醛的质量不高。现在学习的是第37页，共42页下游实验效果不佳下游实验效果不佳q RNA RNA 降解降解 q 抽提试剂的残留抽提试剂的残留 75%75%乙醇洗涤乙醇洗涤 q 样品中杂质的残留样品中杂质的残留 多糖等杂质，再次沉淀多糖等杂质，再次沉淀 q DNA DNA 污染污染 使用使用RNase-Free RNase-Free 的的 DNase I DNase I 消化抽提消化抽提RNA RNA 现在学习的是第38页，共42页RTRT常见问题分析和解决方案常见问题分析和解决方案问题一：问题一：少量或没有少量或没有RT-PCR产物产物RNA降解分离无污染

37、，高质量的RNA；防止RNA降解RNA中含逆转录酶抑制剂70（v/v）乙醇清洗RNA沉淀，除去抑制剂起始RNA量太低增加RNA的量 多糖同RNA共沉淀用氯化锂沉淀RNA以除去多糖合成cDNA第一链合成的引物退火失败确定退火温度适合所用的引物RNA模板存在较多二级结构将RNA和引物在不含盐及缓冲液条件下变性/退火，提高逆转录反应温度反转录成功，PCR失败PCR步骤中使用超过1/5的逆转录反应产物可能原因可能原因解决方案解决方案现在学习的是第39页，共42页RTRT常见问题分析和解决方案常见问题分析和解决方案问题二：问题二：有非特异性带有非特异性带q 引物和模板的非特异性退火引物和模板的非特异性退

38、火 q 基因特异性引物设计较差基因特异性引物设计较差 q RNA中有基因组中有基因组DNA的污染的污染 q 形成引物二聚体形成引物二聚体 q 镁离子浓度太高镁离子浓度太高 提高反应的温度和特异性提高反应的温度和特异性 提高引物的特异性提高引物的特异性 使用扩增级使用扩增级DNaseDNase处理处理RNA RNA 设计在设计在33端没有互补序列的引物端没有互补序列的引物 优化镁离子浓度优化镁离子浓度 可能原因可能原因解决方案解决方案现在学习的是第40页，共42页RTRT常见问题分析和解决方案常见问题分析和解决方案问题三：问题三：产生弥散（产生弥散（smear）条带）条带 q 第一链产物的含量过高第一链产物的含量过高 q PCRPCR反应中引物过多反应中引物过多 q 循环数过多循环数过多 q 退火温度过低退火温度过低 q 寡核苷酸片段产生的非特异性扩增寡核苷酸片段产生的非特异性扩增 常规常规PCR步骤中减少第一链产物的量步骤中减少第一链产物的量减少引物的用量减少引物的用量 减少减少PCRPCR的循环次数的循环次数 提高退火温度提高退火温度 提取高质量提取高质量RNARNA，防止被，防止被DNADNA污染污染 可能原因可能原因解决方案解决方案现在学习的是第41页，共42页感谢大家观看现在学习的是第42页，共42页