第二章生物反应动力学优秀课件.ppt
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1、第二章 生物反应动力学第1页,本讲稿共23页第一节第一节 均相酶催化反应动力学均相酶催化反应动力学 酶催化反应过程分为:酶催化反应过程分为:均相酶催化反应过程均相酶催化反应过程和和非均相酶催化反应过程非均相酶催化反应过程。均相酶催化反应均相酶催化反应定义定义:指酶和反应物系处于同一相指酶和反应物系处于同一相(液相液相)中的酶催化反应中的酶催化反应.特点特点:不存在相间的物质传递不存在相间的物质传递.所描述的反应速率与反应物系的基本关系反映所描述的反应速率与反应物系的基本关系反映 了该反应过程的本征动力学关系了该反应过程的本征动力学关系,是分子水平上的反应是分子水平上的反应.本征动力学可以本征动
2、力学可以 说明反应机理说明反应机理,即阐明各基元反应如何进行即阐明各基元反应如何进行,也就是反应历程也就是反应历程.研究均相酶催化反应的目的研究均相酶催化反应的目的:阐明反应机理及设计反应器及其操作阐明反应机理及设计反应器及其操作.非均相酶催化反应非均相酶催化反应 指酶和反应物系不处于同一相指酶和反应物系不处于同一相(液相液相)中的酶催化反应,同时还存在固相中的酶催化反应,同时还存在固相或另一个液相,因而存在相间的物质传递。这些情况主要有固定化酶反应、或另一个液相,因而存在相间的物质传递。这些情况主要有固定化酶反应、双水相酶反应及有机相酶催化反应等。双水相酶反应及有机相酶催化反应等。这部分内容
3、将在第三章生物反应器中的传质与传热中讨论。这部分内容将在第三章生物反应器中的传质与传热中讨论。第2页,本讲稿共23页1 1 简单的酶催化反应动力学简单的酶催化反应动力学 指由一种反应物指由一种反应物(底物底物)参与的不可逆反应,例如酶催化的水解反应和参与的不可逆反应,例如酶催化的水解反应和异构化反应。可以写为:异构化反应。可以写为:其反应机理可以认为是:首先是底物其反应机理可以认为是:首先是底物S和酶和酶E相结合形成中间复合物相结合形成中间复合物ES,然后该复合物分解成产物,然后该复合物分解成产物P,并释放出酶,并释放出酶E。即有:。即有:上述反应的速率可表示为上述反应的速率可表示为:底物的消
4、耗速率底物的消耗速率,mol/(L.S)产物的生成速率产物的生成速率,mol/(L.S)上式中:上式中:V-反应体系的体积反应体系的体积,L.-为底物为底物S和产物和产物P的量的量,mol.t为时间为时间,S.第3页,本讲稿共23页 根据质量作用定律根据质量作用定律,P的生成速率可以表示为的生成速率可以表示为:由于中间复合物由于中间复合物ES的浓度的浓度为一难测定的未知量为一难测定的未知量,因此不能用它来表示最因此不能用它来表示最终的速率方程终的速率方程.为此为此,需用反应体系中的可测量来代替该未知量需用反应体系中的可测量来代替该未知量.这样得到的反应这样得到的反应速速率方程可以用来描述反应的
5、进行率方程可以用来描述反应的进行,知道随着反应的进行各组分浓度的变化情况知道随着反应的进行各组分浓度的变化情况,据据此可以设计相关的反应器此可以设计相关的反应器.下面我们来推导下面我们来推导.对于上述反应对于上述反应,我们假设我们假设:1.在反应过程中在反应过程中,酶浓度保持恒定酶浓度保持恒定,即即2.与底物与底物S的浓度相比的浓度相比,酶的浓度很小酶的浓度很小,因此可以不计由于生成中间复合物因此可以不计由于生成中间复合物ES所消耗的底物所消耗的底物.3.产物的抑制作用不计产物的抑制作用不计.有两种推导反应速率方程的方法有两种推导反应速率方程的方法:平衡假设法和拟稳态假设法平衡假设法和拟稳态假
6、设法.第4页,本讲稿共23页平衡假设法平衡假设法Michaelis-MentenMichaelis-Menten方程方程平衡假设:平衡假设:认为酶催化反应历程中,生成产物一步的反应速率要慢于底物认为酶催化反应历程中,生成产物一步的反应速率要慢于底物S和酶和酶形成中间复合物的可逆反应速率,因此生成产物一步的反应速率决定整个酶催化形成中间复合物的可逆反应速率,因此生成产物一步的反应速率决定整个酶催化反应的速率,生成复合物的可逆反应则达到平衡状态。反应的速率,生成复合物的可逆反应则达到平衡状态。根据假设有:根据假设有:根据生成复合物的可逆反应有:根据生成复合物的可逆反应有:最后一式即为最后一式即为M
7、-M方程。方程。该方程中引入了两个参数:该方程中引入了两个参数:-P的最大生成速率的最大生成速率,mol/(L.S).M-M方程是一个两参数方程。方程是一个两参数方程。当从中间复合物生成产物当从中间复合物生成产物P的速率与其分解成酶和底物的速率相当时,的速率与其分解成酶和底物的速率相当时,M-M方方程不适用。程不适用。第5页,本讲稿共23页拟稳态假设法拟稳态假设法Briggs-HaldaneBriggs-Haldane方程方程拟稳态假设:拟稳态假设:认为由于反应体系中底物浓度要比酶的浓度高得多,中间复合物分认为由于反应体系中底物浓度要比酶的浓度高得多,中间复合物分解时所得到的酶又立即与底物相结
8、合,使得反应体系中复合物的浓度维持不变,解时所得到的酶又立即与底物相结合,使得反应体系中复合物的浓度维持不变,即中间复合物的浓度不随时间变化,即:即中间复合物的浓度不随时间变化,即:根据反应机理和拟稳态假设,有下述方程式:根据反应机理和拟稳态假设,有下述方程式:最后一式即为最后一式即为B-H方程。方程。该方程中引入了两个参数:该方程中引入了两个参数:M-M方程和方程和B-H方程的比较见书方程的比较见书P19表表2-3。第6页,本讲稿共23页几种特殊情况的讨论:几种特殊情况的讨论:定义:催化活性中心速率常数定义:催化活性中心速率常数 对于对于M-M和和B-H方程,方程,存在多个中间复合物存在多个
9、中间复合物存在多个产物中间复合物存在多个产物中间复合物例题:例题:P24 例例2.1,例例2.2。思考题:试推导上面两个思考题:试推导上面两个 。第7页,本讲稿共23页动力学特征和参数求取动力学特征和参数求取 M-M方程所表示的动力学关系为反应速率与方程所表示的动力学关系为反应速率与底物浓度之间的关系,即底物浓度之间的关系,即 关系。其图如右关系。其图如右所示。所示。该曲线表示了三个不同动力学特点的区域:该曲线表示了三个不同动力学特点的区域:当当 时,即底物浓度比值小得多时,该曲时,即底物浓度比值小得多时,该曲线近似为一直线。这表示反应速率与底物浓度线近似为一直线。这表示反应速率与底物浓度近似
10、成正比关系,此时的酶反应可以看为一级近似成正比关系,此时的酶反应可以看为一级反应。此时,大部分酶为游离酶,与底物结合反应。此时,大部分酶为游离酶,与底物结合的酶很少,要提高反应速率,只有增加底物的的酶很少,要提高反应速率,只有增加底物的浓度,才能增加中间复合物的浓度,反应速率浓度,才能增加中间复合物的浓度,反应速率主要取决于底物浓度。主要取决于底物浓度。当当 时,该曲线近似为一水平线,表示当底物浓度继续增加时反应速率并时,该曲线近似为一水平线,表示当底物浓度继续增加时反应速率并不增加,此时的酶反应可看为零级反应。此时绝大多数酶呈复合物状态,反应不增加,此时的酶反应可看为零级反应。此时绝大多数酶
11、呈复合物状态,反应体系内的游离酶很少,即使是提高底物浓度也不能提高酶反应速率。体系内的游离酶很少,即使是提高底物浓度也不能提高酶反应速率。当当 的数量关系处于上述两者之间的范围时,则符合的数量关系处于上述两者之间的范围时,则符合M-M关系。关系。图:图:C CS S一定时,一定时,r rS S与与C CS S的关系曲线的关系曲线第8页,本讲稿共23页 由上讨论可见,要计算出不同时间的底物浓度,必须知道由上讨论可见,要计算出不同时间的底物浓度,必须知道M-M方程中的两个方程中的两个参数。由于参数。由于M-M方程为一非线性方程,无法直接通过作图法求取。为此要对方方程为一非线性方程,无法直接通过作图
12、法求取。为此要对方程进行线性化处理。不同的线性化处理方法,就是不同的参数求取方法。使用时程进行线性化处理。不同的线性化处理方法,就是不同的参数求取方法。使用时主要依据所得数据。下面介绍几种常用的方法。主要依据所得数据。下面介绍几种常用的方法。L-B法:法:H-W法法E-H法:法:积分法积分法:(a)(b)(c)(d)有了动力学方程形式和参数,就可以根据动力学方程计算反应一定时间后底有了动力学方程形式和参数,就可以根据动力学方程计算反应一定时间后底物的浓度、产物的浓度等,就可以把握反应进程,预测在某一反应器中进行某物的浓度、产物的浓度等,就可以把握反应进程,预测在某一反应器中进行某一反应的结果。
13、一反应的结果。第9页,本讲稿共23页2 2 有抑制和复杂的酶催化反应动力学有抑制和复杂的酶催化反应动力学 实际情况:实际情况:底物浓度过高反使反应速率下降;底物浓度过高反使反应速率下降;由于外源化合物的存在,使得反应速率下降;由于外源化合物的存在,使得反应速率下降;有些反应,当产物浓度达到一定值后会使反应速率下降。有些反应,当产物浓度达到一定值后会使反应速率下降。这些情况就是所谓的抑制作用。这些情况就是所谓的抑制作用。抑制作用分为可逆抑制和不可逆抑制两大类。抑制作用分为可逆抑制和不可逆抑制两大类。可逆抑制:如果某种抑制作用可用诸如渗透等物理方法把抑制剂去掉而恢复酶可逆抑制:如果某种抑制作用可用
14、诸如渗透等物理方法把抑制剂去掉而恢复酶的活性。此时,酶与抑制剂的结合存在解离平衡关系。的活性。此时,酶与抑制剂的结合存在解离平衡关系。不可逆抑制:抑制剂与酶的基团成共价结合,不能用物理方法去掉抑制剂。此不可逆抑制:抑制剂与酶的基团成共价结合,不能用物理方法去掉抑制剂。此类的抑制使酶永久性地失活。类的抑制使酶永久性地失活。可逆抑制又有:竞争性抑制、非竞争性抑制、反竞争性抑制和混合型抑制。可逆抑制又有:竞争性抑制、非竞争性抑制、反竞争性抑制和混合型抑制。复杂酶催化反应动力学(自学)。复杂酶催化反应动力学(自学)。第10页,本讲稿共23页类类 型型特特 点点机机 理理动力学方程动力学方程竞争性竞争性
15、抑制抑制抑制剂与底物竞争地与酶的活性抑制剂与底物竞争地与酶的活性部位结合。部位结合。非竞争性非竞争性抑制抑制抑制剂可在酶的活性部位以外与抑制剂可在酶的活性部位以外与酶结合,这种结合与底物的结合酶结合,这种结合与底物的结合没有竞争。没有竞争。反竞争性反竞争性抑制抑制抑制剂不能直接与酶结合,抑制剂不能直接与酶结合,只能与复合物只能与复合物ES结合形成结合形成ESI。线性混合线性混合型抑制型抑制基本上与非竞争性抑制相同,不基本上与非竞争性抑制相同,不同的是当同的是当EI与与S结合形成结合形成EIS时,由于抑制剂的存在影响了时,由于抑制剂的存在影响了EI与与S的结合,其解离常数需的结合,其解离常数需乘
16、一系数。乘一系数。底物底物抑制抑制产物产物抑制抑制第11页,本讲稿共23页3 3 影响酶催化反应速率的因素影响酶催化反应速率的因素 影响酶催化反应速率的因素:内部因素和外部因素。影响酶催化反应速率的因素:内部因素和外部因素。内部因素:内部因素:酶和底物的结构特性。酶和底物的结构特性。外部因素:外部因素:各底物的浓度和操作条件(温度、压力、离子强度及各底物的浓度和操作条件(温度、压力、离子强度及pH值等)。值等)。各底物浓度对反应速率的影响在动力学方程中已可明显看出。本部分只讨论温各底物浓度对反应速率的影响在动力学方程中已可明显看出。本部分只讨论温度和度和pH值对反应速率的影响。值对反应速率的影
17、响。pH值的影响值的影响 酶分子上有许多酸性和碱性的氨基酸侧链基团。如果要其表现出活性,则这些酶分子上有许多酸性和碱性的氨基酸侧链基团。如果要其表现出活性,则这些基团必须有一定的解离形式。随着基团必须有一定的解离形式。随着pH值的变化,这些基团可以处在不同的解离值的变化,这些基团可以处在不同的解离状态,具有催化活性的离子基团仅是其中的一种特定的解离形式。因此,随着状态,具有催化活性的离子基团仅是其中的一种特定的解离形式。因此,随着pH值的变化,具有催化活性的离子基团在总酶量中所占的比例就会不同,因此值的变化,具有催化活性的离子基团在总酶量中所占的比例就会不同,因此其所具有的催化能力也不同。其所
18、具有的催化能力也不同。温度的影响温度的影响 对于酶反应,只有在较低的温度范围内,其反应速率才会随温度的提高而加快,对于酶反应,只有在较低的温度范围内,其反应速率才会随温度的提高而加快,超过某一温度,即酶被加热到生理许可温度以上,酶就会失活,反应速率反而随超过某一温度,即酶被加热到生理许可温度以上,酶就会失活,反应速率反而随温度的提高而下降。温度的提高而下降。酶的热稳定性和酶的操作稳定性。酶的热稳定性和酶的操作稳定性。第12页,本讲稿共23页第二节第二节 细胞反应过程动力学细胞反应过程动力学1 1 细胞反应过程计量学细胞反应过程计量学 反应计量学是对反应物的组成和反应转化程度的数量化研究。通过计
19、量学,反应计量学是对反应物的组成和反应转化程度的数量化研究。通过计量学,可知道反应过程中有关组分的组成变化规律以及各反应之间的数量关系。知道了可知道反应过程中有关组分的组成变化规律以及各反应之间的数量关系。知道了这些数量关系,就可以由一个物质的消耗或生成速率来推知其他物质的消耗或生这些数量关系,就可以由一个物质的消耗或生成速率来推知其他物质的消耗或生成速率。成速率。由于细胞反应过程由众多组分参与,且代谢途径错综复杂,在细胞生长和繁殖由于细胞反应过程由众多组分参与,且代谢途径错综复杂,在细胞生长和繁殖的同时还伴随着代谢产物的生成,因此其过程很难象化学反应一样用正确的系数的同时还伴随着代谢产物的生
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