序列分析软件的使用方法讲稿.ppt
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1、序列分析软件的使用方法第一页，讲稿共五十三页哦nDNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。序列分析工具。第二页，讲稿共五十三页哦打开打开DNAMAN，可以看到如下界面：，可以看到如下界面：n第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，常用主菜单，n第二栏为工具栏：第二栏为工具栏：n第三栏为浏览器栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，在浏览器栏下方的工作区左侧，可见可见Channel 工具条，
2、工具条，DNAMAN 提供提供20 个个Channel，点击，点击Channel 工具条上相应的数字，工具条上相应的数字，即可击活相应的即可击活相应的Channel。n每个每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序可以装入一个序列。将要分析的序列（列（DNA 序列或氨基酸序列）放入序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以中可以节约存取序列时间，加快分析速度。节约存取序列时间，加快分析速度。第三页，讲稿共五十三页哦第四页，讲稿共五十三页哦如何使用如何使用DNAMAN 分析序列分析序列 n1将待分析序列装入将待分析序列装入Channel n通过通过File Open 命令打开待分析序列
3、文件，则打开的命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认序列自动装入默认Channel。n通过通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入开文件或将选定的部分序列装入Channel。n通过通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。分析的片段等参数。第五页，讲稿共五十三页哦2 以不同形式显示序列以不同形式显示
4、序列 n通过通过Sequence/Display Sequence 命令打开对话框，命令打开对话框，n根据不同的需要，可以选择显示不同的根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。序列转换形式。n对话框选项说明如下：对话框选项说明如下：nSequence&Composition 显示序列和显示序列和成分成分 第六页，讲稿共五十三页哦2 以不同形式显示序列以不同形式显示序列nReverse Complement Sequence 显示待分析显示待分析序列的反向互补序列序列的反向互补序列 nReverse Sequence 显示待分析序列的反向序列显示待分析序列的反向序列 nComplemen
5、t Sequence 显示待分析序列的互显示待分析序列的互补序列补序列 nDouble Stranded Sequence 显示待分析序列显示待分析序列的双链序列的双链序列 nRNA Sequence 显示待分析序列的对应显示待分析序列的对应RNA 序列序列第七页，讲稿共五十三页哦3DNA 序列的限制性酶切位点分析序列的限制性酶切位点分析n将待分析的序列装入将待分析的序列装入Channel，点击要分析的，点击要分析的Channel，然后通过，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，命令打开对话框，n参数说明如下：参数说明如下：nResults 分析结果显示分析结果显示
6、n其中包括：其中包括：nShow summary（显示概要）（显示概要）nShow sites on sequence（在结果中显示酶切位点）（在结果中显示酶切位点）nDraw restriction map（显示限制性酶切图）（显示限制性酶切图）nDraw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）（显示限制性酶切模式图）第八页，讲稿共五十三页哦3DNA 序列的限制性酶切位点分析序列的限制性酶切位点分析nIgnore enzymes with more than（忽略大于某设定值（忽略大于某设定值的酶切位点）的酶切位点）nIgnore enzymes with less
7、than（忽略小于某设定值的酶（忽略小于某设定值的酶切位点）切位点）nTarget DNA（目标（目标DNA 特性）特性）nCircular（环型（环型DNA），），ndam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）甲基化）nall DNA in Sequence Channel（选择此项，在（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的，那么当所有的channel 中共有两条中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上时，则只能选择两
8、个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，时，则只能用一个酶分析。）则只能用一个酶分析。）第九页，讲稿共五十三页哦n选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：n参数说明如下：参数说明如下：nEnzymen代表（代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，两个默认选项，restrict.enz 和和dnamane.enz，n如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。n其中其中restrict.enz 数据文
9、件包含数据文件包含180 种限制酶，种限制酶，dnamane.enz 数据文件包含数据文件包含2524 种限制酶。种限制酶。n选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。边空白框中列出。第十页，讲稿共五十三页哦n要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），），n然后点击按
10、钮出现下列对话框：然后点击按钮出现下列对话框：n输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。的酶切位点。nCutter 酶切识别序列长度；酶切识别序列长度；nEnd 酶切产生的末端，其中包括，酶切产生的末端，其中包括，nBlunt（平头末端），（平头末端），n5Overhang（5突出粘性末端）突出粘性末端）,n3Overhang(3突出粘性末端突出粘性末端)，n系统根据系统根据cutter 和和end 的设定情况的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，在左边酶列表中显示符合条
11、件的酶。最后，点击按钮执行操作。点击按钮执行操作。第十一页，讲稿共五十三页哦4DNA 序列比对分析序列比对分析（Dot Matrix Comparision）n要比较两个序列，可以使用要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提提供的序列比对工具供的序列比对工具Dot Matrix Comparision（点矩阵比较）通过（点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面，命令打开比对界面，n点击对比界面左上角的按钮，出现下列点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框：对话框：第十二页，讲稿共五十三页哦参数说明如下：nSequence type 序列类
12、型序列类型 nSequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：n如果要比对的序列在如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选择相应中，点击下拉箭头，选择相应的的Channel，则被选中的，则被选中的Channel 中的序列作为参加比对中的序列作为参加比对的第一序列；的第一序列；n也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择框上点击选择框上点击即可。通过即可。通过Length 选择参加比对的序列片段。选择参加比对的序列片段。nSequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项
13、说明同上参加比对的第二序列选择框；选项说明同上 nShow Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；显示同源性；第十三页，讲稿共五十三页哦nAnnotations 是否显示注释是否显示注释 nComparision 比对参数，比对参数，n其中其中Window 代表代表Window size（单位比对长度），（单位比对长度），nMismatch 代表代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为配值）要快速比对，需将此项设为0。nBoth stran 代表代表Both stra
14、nd（双链比对）选择此项，是（双链比对）选择此项，是指用指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。比较。nSequence 2 正链与正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。负链比对结果用红色点表示。第十四页，讲稿共五十三页哦nPlot box 点阵图表显示参数，点阵图表显示参数，nPosition（起点坐标）（起点坐标）nWidth（宽度值）（宽度值）nHeight（高度值）（高度值）nFrame size（边框线粗度值）（边框线粗度值）nDot s
15、ize（点粗度值）（点粗度值）nGridline（虚线框数）。（虚线框数）。n参数设定好后，点击按钮执行操作。参数设定好后，点击按钮执行操作。第十五页，讲稿共五十三页哦5序列同源性分析序列同源性分析n（1）两序列同源性分析）两序列同源性分析n通过通过Sequence/Two Sequence Alignment 命令打开对话命令打开对话框，如下所示：框，如下所示：n参数说明如下：参数说明如下：nAlignment method 比对方法，比对方法，n通常可选通常可选Quick(快速比对快速比对)或或Smith&Waterman(最佳比最佳比对对)，n当选择快速比对时，设置较小的当选择快速比对时
16、，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确度，值，可以提高精确度，n当序列较长时，一般要设置较大的当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。值。k-tuple 值可值可选范围选范围26；n蛋白质序列：蛋白质序列：k-tuple 值可选范围值可选范围13。第十六页，讲稿共五十三页哦（2）多序列同源性分析）多序列同源性分析n通过打开通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment 命令命令打开对话框，打开对话框，n参数说明如下：参数说明如下：nFile 从文件中选择参加比对的序列从文件中选择参加比对的序列nFolder 从文件夹中选择参加比对的序列从文件夹
17、中选择参加比对的序列nChannel 从从channel 中选择参加比对的序列中选择参加比对的序列 nDbase 从数据库中选择参加比对的序列从数据库中选择参加比对的序列 nRemove 清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）名选择）nClear 清除全部序列清除全部序列 第十七页，讲稿共五十三页哦n点击按钮，出现方法选择对话框：点击按钮，出现方法选择对话框：n选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框：选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框：n如果在前一对话框选择的是如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中
18、选择则在此对话框中选择Quick alignment,否则选择否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。n点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击按点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击按钮下的按钮，出现下列选择项：钮下的按钮，出现下列选择项：可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree/homology tree 命令）。命令）。n显示蛋白质二级结构（显示蛋白质二级
19、结构（Protein Secondary Structure 命令），命令），n绘制限制性酶切图（绘制限制性酶切图（Restriction Analysis 命令）等。命令）等。第十八页，讲稿共五十三页哦6.PCR 引物设计引物设计n首先，将目标首先，将目标DNA 片段装入片段装入Channel,并激活并激活Channel。n点击主菜单栏中的点击主菜单栏中的Primer 主菜单，出现下拉菜单，主菜单，出现下拉菜单，n点击点击Design PCR Primers for DNA 命令，出现下列对话框：命令，出现下列对话框：参数说明如下：参数说明如下：nPrimer locations on ta
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