生物化学第十一章蛋白质的生物合成.ppt
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1、生物化学第十一章蛋生物化学第十一章蛋白质的生物合成白质的生物合成现在学习的是第1页,共67页第一节第一节蛋白质合成体系蛋白质合成体系Protein Biosynthesis System Protein Biosynthesis System n n2020种氨基酸种氨基酸种氨基酸种氨基酸(AA)(AA)作为原料作为原料作为原料作为原料n n酶及众多蛋白因子,如酶及众多蛋白因子,如酶及众多蛋白因子,如酶及众多蛋白因子,如IFIF、eIF eIF n nATPATP、GTPGTP、无机离子、无机离子、无机离子、无机离子n n 三种三种三种三种RNARNAn nmRNAmRNA(messenger
2、 RNA,messenger RNA,信使信使信使信使RNARNA)n nrRNArRNA(ribosomal RNA,ribosomal RNA,核蛋白体核蛋白体核蛋白体核蛋白体RNARNA)n ntRNAtRNA(transfer RNA,transfer RNA,转移转移转移转移RNARNA)是目前已知的最复杂的合成过程,涉及是目前已知的最复杂的合成过程,涉及是目前已知的最复杂的合成过程,涉及是目前已知的最复杂的合成过程,涉及300300300300多种分子多种分子多种分子多种分子现在学习的是第2页,共67页一、翻译模板一、翻译模板mRNAmRNA及遗传密码及遗传密码二、核蛋白体是多肽链
3、合成的装置二、核蛋白体是多肽链合成的装置三、三、tRNAtRNA与氨基酸的活化与氨基酸的活化第一节第一节 蛋白质合成体系蛋白质合成体系现在学习的是第3页,共67页一、翻译模板一、翻译模板mRNAmRNA及遗传密码及遗传密码(一)(一)mRNAmRNA是遗传信息的携带者是遗传信息的携带者1.1.顺顺顺顺反反反反子子子子(cistron):(cistron):将将将将编编编编码码码码一一一一个个个个多多多多肽肽肽肽的的的的遗遗遗遗传传传传单单单单位位位位称称称称为为为为顺顺顺顺反反反反子。子。子。子。2.2.开放阅读框架开放阅读框架(open reading frame,ORF):(open re
4、ading frame,ORF):从从从从mRNA 5mRNA 5 端起始密码子端起始密码子AUG到到到到3 端终止密码子之间的核苷酸序端终止密码子之间的核苷酸序列。列。P602P602P602P602现在学习的是第4页,共67页原核生物的多顺反子原核生物的多顺反子原核生物的多顺反子原核生物的多顺反子非编码序列非编码序列非编码序列非编码序列核蛋白体结合位点核蛋白体结合位点核蛋白体结合位点核蛋白体结合位点起始密码子起始密码子起始密码子起始密码子终止密码子终止密码子终止密码子终止密码子编码序列编码序列编码序列编码序列PPPPPP5 5 3 3 蛋白质蛋白质真核生物的单顺反子真核生物的单顺反子真核生
5、物的单顺反子真核生物的单顺反子PPPPPPmmG-G-5 5 3 3 蛋白质蛋白质目目目目 录录录录mRNA 的结构的结构ORFORFORFORFORFORF现在学习的是第5页,共67页(二)遗传密码(二)遗传密码密密密密码码码码子子子子:mRNAmRNAmRNAmRNA分分分分子子子子上上上上从从从从5 5 5 5 至至至至3 3 3 3 方方方方向向向向,由由由由AUGAUGAUGAUG开开开开始始始始,每每每每3 3 3 3个个个个核核核核苷苷苷苷酸酸酸酸为为为为一一一一组组组组,决决决决定定定定肽肽肽肽链链链链上上上上某某某某一一一一个个个个氨氨氨氨基基基基酸酸酸酸或或或或蛋蛋蛋蛋白白
6、白白质质质质合合合合成成成成的的的的起起起起始始始始、终止信号,称为三联体密码终止信号,称为三联体密码终止信号,称为三联体密码终止信号,称为三联体密码(triplet coden)(triplet coden)(triplet coden)(triplet coden)。遗传密码(遗传密码(遗传密码(遗传密码(genetic code)-genetic code)-共共共共6464个遗传密码子个遗传密码子个遗传密码子个遗传密码子遗传密码:遗传密码:遗传密码:遗传密码:指核苷酸序列与氨基酸种类的对应关系指核苷酸序列与氨基酸种类的对应关系指核苷酸序列与氨基酸种类的对应关系指核苷酸序列与氨基酸种类的
7、对应关系P501P501P501P50119541954年物理学家伽莫夫(大爆炸理论)提出了三联体密码子假说年物理学家伽莫夫(大爆炸理论)提出了三联体密码子假说年物理学家伽莫夫(大爆炸理论)提出了三联体密码子假说年物理学家伽莫夫(大爆炸理论)提出了三联体密码子假说现在学习的是第6页,共67页Established Established the chemicalthe chemicalstructure ofstructure oftRNAtRNAEstablished the Established the in in vitrovitro system for system for rev
8、ealing the revealing the genetic codesgenetic codesDevised Devised methods methods to synthesize to synthesize RNAs RNAs with definedwith definedsequencessequences遗传密码的破译具有里程碑式的意义遗传密码的破译具有里程碑式的意义遗传密码的破译具有里程碑式的意义遗传密码的破译具有里程碑式的意义P501P501P501P501现在学习的是第7页,共67页P501P501P501P5012.Nirenberg2.Nirenberg等,两种或
9、三种核苷酸的共聚物,重复上述实验,根据加入等,两种或三种核苷酸的共聚物,重复上述实验,根据加入等,两种或三种核苷酸的共聚物,重复上述实验,根据加入等,两种或三种核苷酸的共聚物,重复上述实验,根据加入核苷酸的比例计算各种密码出现的概率,与翻译产物中氨基酸的掺入比例核苷酸的比例计算各种密码出现的概率,与翻译产物中氨基酸的掺入比例核苷酸的比例计算各种密码出现的概率,与翻译产物中氨基酸的掺入比例核苷酸的比例计算各种密码出现的概率,与翻译产物中氨基酸的掺入比例一致。一致。一致。一致。1.Nirenberg等等,均聚核苷酸,经无细胞蛋白质合成系统翻译均聚核苷酸,经无细胞蛋白质合成系统翻译 polyU,产物
10、只有多聚,产物只有多聚Phe 3.Nirenberg3.Nirenberg等,核糖体结合技术(三核苷酸与对应的氨酰等,核糖体结合技术(三核苷酸与对应的氨酰等,核糖体结合技术(三核苷酸与对应的氨酰等,核糖体结合技术(三核苷酸与对应的氨酰tRNAtRNA结合在核糖体上)结合在核糖体上)结合在核糖体上)结合在核糖体上)4.Khorana4.Khorana等,合成有重复序列的多聚核苷酸。等,合成有重复序列的多聚核苷酸。等,合成有重复序列的多聚核苷酸。等,合成有重复序列的多聚核苷酸。如如如如 poly(UG)UGU poly(UG)UGU 或或或或GUG GUG 产物中只有产物中只有产物中只有产物中只有
11、 CysCys和和和和ValVal。现在学习的是第8页,共67页遗遗传传密密码码表表目目目目 录录录录现在学习的是第9页,共67页1.1.1.1.连续性连续性连续性连续性(commaless)(commaless)(或无标点)(或无标点)(或无标点)(或无标点)(三)遗传密码的特点(三)遗传密码的特点 连续阅读连续阅读连续阅读连续阅读从从mRNAmRNA55 3 3 肽链合成肽链合成肽链合成肽链合成N端端端端 C C端端现在学习的是第10页,共67页重叠密码重叠密码重叠密码重叠密码非重叠非重叠连续的连续的连续的连续的密码密码密码密码不连续的密码不连续的密码不连续的密码不连续的密码少数病毒少数病
12、毒少数病毒少数病毒现在学习的是第11页,共67页n n基因损伤引起基因损伤引起基因损伤引起基因损伤引起mRNAmRNA阅读框架内的碱基发生阅读框架内的碱基发生阅读框架内的碱基发生阅读框架内的碱基发生插入或缺失插入或缺失插入或缺失插入或缺失,可能导,可能导,可能导,可能导致框移突变致框移突变致框移突变致框移突变(frameshift mutation)(frameshift mutation),蛋白功能丧失。,蛋白功能丧失。,蛋白功能丧失。,蛋白功能丧失。mRNAmRNA编辑编辑编辑编辑现在学习的是第12页,共67页2.2.简并性简并性(degeneracy)(degeneracy)与兼职与兼职
13、除除除除TrpTrp、MetMet(还有硒代半胱氨酸、吡咯赖氨酸)仅有一个密码子外,(还有硒代半胱氨酸、吡咯赖氨酸)仅有一个密码子外,(还有硒代半胱氨酸、吡咯赖氨酸)仅有一个密码子外,(还有硒代半胱氨酸、吡咯赖氨酸)仅有一个密码子外,简并性简并性简并性简并性:多个密码子编码:多个密码子编码:多个密码子编码:多个密码子编码同一氨基酸的现象。可降同一氨基酸的现象。可降同一氨基酸的现象。可降同一氨基酸的现象。可降低突变伤害低突变伤害低突变伤害低突变伤害同义密码子同义密码子同义密码子同义密码子起始密码起始密码起始密码起始密码(initiation coden):(initiation coden):A
14、UG GUG UUGAUG GUG UUG终止密码终止密码终止密码终止密码(termination coden):(termination coden):现在学习的是第13页,共67页3.3.通用性通用性(universal)(universal)和变异性和变异性蛋白质生物合成的整套密码,从原核生物到人类都通用。蛋白质生物合成的整套密码,从原核生物到人类都通用。蛋白质生物合成的整套密码,从原核生物到人类都通用。蛋白质生物合成的整套密码,从原核生物到人类都通用。密码的通用性进一步证明各种生物进化自同一祖先。密码的通用性进一步证明各种生物进化自同一祖先。密码的通用性进一步证明各种生物进化自同一祖先
15、。密码的通用性进一步证明各种生物进化自同一祖先。但已发现少数例外,如但已发现少数例外,如但已发现少数例外,如但已发现少数例外,如动物细胞的线粒体、植物细胞的叶绿体。动物细胞的线粒体、植物细胞的叶绿体。动物细胞的线粒体、植物细胞的叶绿体。动物细胞的线粒体、植物细胞的叶绿体。现在学习的是第14页,共67页ArgArgIleIleP506P506P506P506现在学习的是第15页,共67页4.4.摆动性摆动性(wobble)(wobble)或变偶性或变偶性61616161个编码氨基酸的密码子需要多少个个编码氨基酸的密码子需要多少个个编码氨基酸的密码子需要多少个个编码氨基酸的密码子需要多少个tRNA
16、tRNAtRNAtRNA来与其相互识别?来与其相互识别?来与其相互识别?来与其相互识别?aa现在学习的是第16页,共67页密码子密码子密码子密码子 mRNAmRNA55333355反密码子反密码子反密码子反密码子 tRNAtRNAGCUCGICA1 12 23 31 12 23 3摆动配对:摆动配对:摆动配对:摆动配对:tRNAtRNAtRNAtRNA的反密码子通过碱基互补与的反密码子通过碱基互补与的反密码子通过碱基互补与的反密码子通过碱基互补与mRNAmRNAmRNAmRNA上的密码子反向配上的密码子反向配上的密码子反向配上的密码子反向配对结合,但反密码与密码子间不严格遵守常见的碱基配对规律
17、,称为摆对结合,但反密码与密码子间不严格遵守常见的碱基配对规律,称为摆对结合,但反密码与密码子间不严格遵守常见的碱基配对规律,称为摆对结合,但反密码与密码子间不严格遵守常见的碱基配对规律,称为摆动配对。动配对。动配对。动配对。现在学习的是第17页,共67页摆动配对规则摆动配对规则摆动配对规则摆动配对规则tRNAtRNA反密码子反密码子反密码子反密码子第第第第1 1位碱基位碱基位碱基位碱基I IU UGGA AC CmRNAmRNA密码子密码子密码子密码子第第第第3 3位碱基位碱基位碱基位碱基U,C,AU,C,AA,GA,GU,CU,CU UGG摆动的大小由摆动的大小由摆动的大小由摆动的大小由t
18、RNAtRNAtRNAtRNA反密码子第反密码子第反密码子第反密码子第1 1 1 1位碱基的种类决定。位碱基的种类决定。位碱基的种类决定。位碱基的种类决定。由于摆动配对识别由于摆动配对识别由于摆动配对识别由于摆动配对识别64646464个密码子只需要个密码子只需要个密码子只需要个密码子只需要32323232种种种种摆动配对规则不适用于摆动配对规则不适用于摆动配对规则不适用于摆动配对规则不适用于线粒体翻译系统线粒体翻译系统线粒体翻译系统线粒体翻译系统,因为只有,因为只有,因为只有,因为只有2121种种种种tRNAtRNA却要识却要识却要识却要识别别别别6060多种密码子,因此遵守规则更为宽松的多
19、种密码子,因此遵守规则更为宽松的多种密码子,因此遵守规则更为宽松的多种密码子,因此遵守规则更为宽松的超摆动规则超摆动规则超摆动规则超摆动规则。现在学习的是第18页,共67页5.5.5.5.不重叠不重叠不重叠不重叠同一个开放性阅读框架中,前后两个密码子不共用核苷同一个开放性阅读框架中,前后两个密码子不共用核苷同一个开放性阅读框架中,前后两个密码子不共用核苷同一个开放性阅读框架中,前后两个密码子不共用核苷酸。酸。酸。酸。6.6.6.6.同义密码子使用频率不同同义密码子使用频率不同同义密码子使用频率不同同义密码子使用频率不同大肠杆菌编码大肠杆菌编码大肠杆菌编码大肠杆菌编码ThrThrThrThr的密
20、码子的密码子ACU 36ACU 36ACU 36ACU 36次,次,次,次,ACC 26ACC 26ACC 26ACC 26次,次,ACA 3ACA 3次次次次 ,ACG 0ACG 0ACG 0ACG 0次次次次现在学习的是第19页,共67页二、二、tRNAtRNA与氨基酸的活化与氨基酸的活化反密码子环反密码子环反密码子环反密码子环氨基酸臂氨基酸臂氨基酸臂氨基酸臂(一)(一)tRNA1.1.接头分子接头分子接头分子接头分子2.2.同工受体同工受体同工受体同工受体tRNAtRNA:携带同一氨基酸的不携带同一氨基酸的不携带同一氨基酸的不携带同一氨基酸的不同同同同tRNAtRNA分子分子分子分子P6
21、00P600P600P600现在学习的是第20页,共67页氨基酸氨基酸+tRNA氨基酰氨基酰-tRNAATP AMPPPi氨基酰氨基酰-tRNA合成酶合成酶(二)氨基酸的活化(二)氨基酸的活化氨基酰氨基酰氨基酰氨基酰-tRNA-tRNA合成酶合成酶合成酶合成酶(aminoacyl-tRNA synthetase(aminoacyl-tRNA synthetase,AARS)AARS):具有具有具有具有高度特异性高度特异性高度特异性高度特异性,只催化一种,只催化一种,只催化一种,只催化一种AAAA的的的的所有同工受体所有同工受体所有同工受体所有同工受体与与与与AAAA结合,并具有结合,并具有结合
22、,并具有结合,并具有校正活性。这也决定了翻译的忠实性。如何识别?校正活性。这也决定了翻译的忠实性。如何识别?校正活性。这也决定了翻译的忠实性。如何识别?校正活性。这也决定了翻译的忠实性。如何识别?大肠杆菌大肠杆菌大肠杆菌大肠杆菌2121种种种种AARSAARS(LysLys有有有有2 2种)种)种)种)现在学习的是第21页,共67页 tRNA tRNA与酶结与酶结与酶结与酶结合的模型合的模型合的模型合的模型tRNAtRNA氨基酰氨基酰氨基酰氨基酰-tRNAtRNA合成酶合成酶合成酶合成酶ATPATP现在学习的是第22页,共67页1.1.起始起始tRNA 真核生物真核生物:tRNAtRNAi i
23、MetMet原核生物原核生物原核生物原核生物:tRNAtRNAf fMetMet2.tmRNA2.tmRNA(兼有(兼有mRNAmRNA功能)功能)功能)功能)3.3.校正校正校正校正tRNAtRNA(保持忠实性)(保持忠实性)(保持忠实性)(保持忠实性)(三)(三)特殊的特殊的tRNAtRNA真核生物延伸过程中真核生物延伸过程中真核生物延伸过程中真核生物延伸过程中:tRNAtRNAe eMetMet现在学习的是第23页,共67页三、核蛋白体是多三、核蛋白体是多肽链合成的装置肽链合成的装置P597P597P597P597现在学习的是第24页,共67页原核生物原核生物原核生物原核生物真核生物真核
24、生物真核生物真核生物核蛋核蛋核蛋核蛋白体白体白体白体小亚基小亚基小亚基小亚基大亚基大亚基大亚基大亚基核蛋核蛋核蛋核蛋白体白体白体白体小亚基小亚基小亚基小亚基大亚基大亚基大亚基大亚基70S70S30S30S50S50S80S80S40S40S60S60SrRNArRNA16S-16S-rRNArRNA5S-rRNA5S-rRNA23S-rRNA23S-rRNA18S-18S-rRNArRNA28S-rRNA28S-rRNA5S-rRNA5S-rRNA5.8S-5.8S-rRNArRNAPrPrrpS 21rpS 21种种种种rpL 34rpL 34种种种种rpS 34rpS 34种种种种rpL
25、50rpL 50种种种种 (一)不同生物细胞核蛋白体的组成(一)不同生物细胞核蛋白体的组成 现在学习的是第25页,共67页(二)原核生物翻译过程中核蛋白体(二)原核生物翻译过程中核蛋白体功能部位功能部位(P599P599)2.A2.A位:氨酰基部位位:氨酰基部位位:氨酰基部位位:氨酰基部位(aminoacyl site)(aminoacyl site)1.P1.P位:肽酰基部位位:肽酰基部位位:肽酰基部位位:肽酰基部位(peptidyl site)(peptidyl site)3.E3.E位:排出位位:排出位位:排出位位:排出位(exit site)(exit site)目目目目 录录录录4.
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