第二章分类与命名课件.ppt

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1、第二章分类与命名第1页，此课件共37页哦o为何要进行病毒的分类和命名o俗名法：如西尼罗河病毒，o如何进行病毒的分类第2页，此课件共37页哦1961年以前的病毒分类o19351935年的植物病毒的分类标准年的植物病毒的分类标准o传播方式及昆虫媒介,宿主,体外存活期,致死温度和症状o1937年 Levaditi和Lepine就曾根据病毒对组织的亲和性进行分类 o19441944年引入了生物分类法年引入了生物分类法,出现了目、科、属及种出现了目、科、属及种 病毒目下有细菌、植物及动物病毒亚目o1950-19541950-1954年引入病毒形态、传播方式及晶体结构年引入病毒形态、传播方式及晶体结构 将

2、植物病毒分为可摩擦传播的球形及近球形的可结晶昆虫及摩擦传播的杆状或线条状及近球形颗粒，可形成针状结晶o19561956年又突出了传播方式年又突出了传播方式：如蚜传、叶蝉传、无介传及介传等病毒目第3页，此课件共37页哦o动物病毒分类法o按照胚胎学及组织嗜性分8个群(外胚层（FMD）、中内（canary-pox virus)o侵害部位及病症及媒介分10个群o昆虫病毒分类o包涵体的有无及形状分为4个属o以上结合细胞定位分为4个属o包涵体分类的基础上，结合病毒形态分为2大类群、5个属。第4页，此课件共37页哦病毒分类的机构：病毒分类的机构：oICNV（international committee o

3、n Nomenclature of Virus）国际病毒命名委员会（1966年）oICTV（international committee on Taxonomy of Virus）国际病毒分类委员会（1973年）第5页，此课件共37页哦ICTV发布病毒分类报告的次数及时间发布病毒分类报告的次数及时间时间时间报告顺次报告顺次关关 键键 内内 容容 1966第一次报告明确了属及属名并列出代表种，500种病毒，分为DNA和RNA病毒两大类，分为43个属，并设列了脊椎、无脊椎、植物和噬菌体4个委员会。1976第二次报告将43个属的病毒按宿主分为5大类，出现了科，对属特征进行了描述，还列出了可能成员，

4、采用了密码分类法。1979第三次报告根据核酸类型和包膜的有无，将病毒分为7大类，53个科1982第四次报告1372种病毒。将7大类病毒分为54个科和5个可能的科。提出了 22 条病毒命名的规则和新的病毒分类方案1991第五次报告2430种病毒分为73个科。比第 4 次报告增加了 19 个科提出单分子负链RNA病毒目。1995第六次报告将约 4 000 多种病毒，分为 49 科,11个亚科,164 个属,包括 22 个未定科确定了38条病毒分类和命名准则。1999第七次报告1999 年,病毒分类系统达到了 3 个目,62 个科。亚病毒感染因子 设卫星、类病毒和朊病毒2005第八次报告5450，3

5、个目，73科，11个亚科，289个属，1950多个种，类病毒有2个科，卫星病毒有2个亚组，卫星核酸有3个亚组，朊病毒分为脊椎动物朊毒和真菌朊毒。第6页，此课件共37页哦第七次与第八次病毒分类报告的内容变更第七次与第八次病毒分类报告的内容变更目目(order)科科(family)亚科亚科(subfamily)属属(genus)种种(species)第七次第七次36492334500第八次第八次373112895450第 7 次分类报告已提出了 3 个目,单分子负链病毒目（Mononegavirales）；套式病毒目(Nidovirales)；有尾噬菌体目（caudovirales)。反转录病毒科

6、下设正反转录病毒亚科及泡沫反录病毒亚科第 8 次报告新增了双顺反子病毒科(Dicistroviridae)和 戊 型 肝 炎 病 毒 科Hepaviridae 第7页，此课件共37页哦病毒的分类原则病毒的分类原则 o（1）核酸的类型、结构及相对分子质量；）核酸的类型、结构及相对分子质量；o（2）病毒的形状和大小；）病毒的形状和大小；o（3）病毒体的形态结构；）病毒体的形态结构；o（4）病毒体对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性；）病毒体对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性；o（5）血清学性质和抗原关系；）血清学性质和抗原关系；o（6）病毒在细胞培养上的特性；）病毒在细胞培养上的特性；o（7）除脂溶剂外对其他化

7、学和物理因子的敏感性；）除脂溶剂外对其他化学和物理因子的敏感性；o（8）流行病学特点。）流行病学特点。第8页，此课件共37页哦命名o病毒是通过它们在寄主上引起病害才被认识的o植物病毒：寄主+症状（俗名）；寄主+病害+病毒o动物病毒：寄主症状（麻疹病毒）；感染部位（鼻病毒）；传播方式（呼吸道病毒）；寄主种类（野兔痘病毒）；发现者姓名（劳斯氏肉瘤病毒）；发生或发现地（新疆出血热）；一个病毒多名（乙型肝炎病毒，血清性肝炎，输血后肝炎）o噬菌体命名：代号符号命名法，如噬菌体T2、T4第9页，此课件共37页哦病毒分类命名及书写规则(41条)o（一）一般规则（一）一般规则o（1）病毒分类和命名应该是国际性

8、的，并且普遍适用于所有的病毒。（2）国际病毒分类系统采用目（order）、科(family)、亚科(subfamily)、属(genus)、种(species)、分类阶元。（3）ICTV不负责病毒种以下的分类和命名，病毒种以下的血清型、基因型、毒力株、变异株和分离株的名称由公认的国际专家小组确定。（4）人工产生的病毒和实验室构建的杂种病毒在病毒分类上不予考虑，它们的分类由公认的国际专家小组负责。（5）分类阶元只有在病毒代表种的特性得到了充分了解和在公开出版物上进行过描述，以致于明确了它们的分类地位，并使其分类阶元与其他类似的分类阶元相区别时，才能确定下来。（6）当病毒有明确的科、而分属未确定时

9、，这一病毒种在分类学上称为该科的未确定种（unassigned species）。（7）与规则2各分类阶元相关联，并得到ICTV批准的名称是唯一可以接受的。第10页，此课件共37页哦（二）关于分类单元的命名规则（二）关于分类单元的命名规则o（8）如果分类阶元的建议名称遵守ICTV公布的分类和命名规则，并且适合于已设立的分类阶元，那么这些建议名称是有效名（valid names），在ICTV第六次报告中记录已批准的国际名称或经过ICTV表决批准的分类建议名称是接受名(accepted names)。（9）现有的病毒名称和分类阶元只要是用的，就应该保留。（10）病毒及其分类阶元的命名不遵守优先法则

10、（the rule of priority）。（11）在设计新分类阶元名称时，不能使用人名进行命名。（12）分类阶元的名称应该是易于使用和记忆，以谐音名（euphonious name）最好。（13）上标、下标、连字符、斜线和希腊字母在设计新命名时不能使用。（14）新名称不应该与已批准的名称重复，所选择的新名称也不应该与现在和过去使用的名称相似或相近。（15）缩拼字（sigla）若是由几个研究小组建议，并且这一领域的病毒研究者是有意义的，那么缩拼字可以接受作为分类阶元的名称。第11页，此课件共37页哦o（16）如果所建议的候选名（candidate name）不只一个时，那么相关下属委员会应该

11、首先向ICTV常务委员会作出推荐，然后由ICTV常务委员会决定哪一个候选名是可以接受的。（17）当某一分类阶元建议缺少适当的名称时，这一分类阶元仍然可以被批准，其待定名将保留至有一个建议名称ICTV接受为止。（18）由于所选用的病毒名称完全或部分不隐含分类阶元的任何意义，这样就会出现下列不同的情形：一些病毒因名称或缺少描述特征而从表面上看是排斥在该分类阶元中，但它们却是这一已命名的分类阶元成员；一些迄今尚未描述的病毒似乎是排斥在该分类阶元中，但它们却可能属于这一已命名的分类阶元；一些病毒表面上看来是属于这一分类阶元，但它们却又是其他不同分类阶元的成员。（19）新分类阶元名称的选用应考虑国家或地

12、区敏感性的问题，当一些名称已被病毒学工作者在公开出版物上广为使用时，该名称或其派生名称应该是命名的优先选择，而不应该考虑这一名称源自哪一个国家。（20）名称的改变、新名称以及分类阶元的设立和分类阶元的排列的建议应该正式提交给ICTV常务委员会，在作出决定之前，ICTV下属委员会和研究小组应该进行充分协商。第12页，此课件共37页哦（三）关于种的规则（三）关于种的规则o（21）病毒种是指构成一个复制谱系(replicating lineage)，占据一个特定小生境（ecological niche），具有多原则分类(polythetic class)特性的病毒。（22）当ICTV下属委员会不能肯

13、定某一个新种的分类地位，或不能将这一新种确定在已设定的属中时，新种会作为暂定种(tentative species)列在适当的属或科中，按一般分类而言，暂定种的名称不应该与已批准的名称重复，选择不相似或不相近于现在和不久前一直使用的名称。（23）种名由少数几个有实际意义的词组成，但不应该只是由宿主名加“virus”构成。（24）种名必须赋予种恰如其分的鉴别特征。（25）数字、字母或其组合已经广泛用作种的形容词，然而新指定的编号、字母或其组合不再单独作为种的形容词。现存的数字或字母名称仍可以继续保留。第13页，此课件共37页哦o（四）属的规则（26）属是一群具有某些共同特性的种。（27）属名的词

14、尾是“virus”。（28）一个承认的新属必须有一个同时被承认代表种(type species)。第14页，此课件共37页哦o（五）亚科的规则（29）亚科是一群具有某些共同特性的种。这一分类阶元只在需要解决复杂分类阶元问题时使用。（30）亚科名的词尾是“virinae”。第15页，此课件共37页哦o（六）科的规则（31）科是一群具有某些共同特征的属（无论这些属是否构成亚科）。（32）科名的词尾是“viride”。第16页，此课件共37页哦o（七）目的规则（33）目是一群具有某些共同特征的科。（34）目名的词尾是“virales”。第17页，此课件共37页哦o（八）亚病毒感染因子的规则（35）有

15、关病毒分类的规则也适用于类病毒（viroids）分类。（36）类病毒种的词尾是“viroid”，属的词尾为“-viroid”，亚科的词尾是“-viroinae”（只用于需要这一分类阶元时），科的词尾是“-viroidae”。（37）逆转座子（retrotransposons）在分类和命名中被考虑作为病毒。（38）卫星和朊病毒不是按病毒分类，而是采用任意分类（arbitrary classification），并且这种任意分类对专门领域的研究工作者是有用的。第18页，此课件共37页哦o（九）书写规则（39）在正式使用场合，病毒目、科、亚科、属的接受名（accepted name）一律用斜体打印，

16、名称的第一个字母要大写。（40）种名用斜体打印，第一个词的首字母要大写，除了是专有名词（proper noun）外，其他词首字母一律大写。（41）在正式使用场合，分类阶元名称应放在分类阶元术语前。如，各分类单元正式的描述是Reovirideae(科)，Phytoreovirus(属),wound tumor virus（种）等。第19页，此课件共37页哦病毒分类的原理病毒分类的原理:稳定性、实用性、认可性和灵活性。稳定性、实用性、认可性和灵活性。1.稳定性是指病毒名称及其隶属关系一旦确定下来，就稳定性是指病毒名称及其隶属关系一旦确定下来，就应该尽可能的保留。应该尽可能的保留。2.实用性是指病毒

17、分类体制应该对病毒学研究领域是有实用性是指病毒分类体制应该对病毒学研究领域是有用的。用的。3.认可性是指病毒分类阶元和名称应该为病毒学研究认可性是指病毒分类阶元和名称应该为病毒学研究者乐意接受和使用。者乐意接受和使用。4.灵活性是指病毒分类阶元可以依据某些新发现而灵活性是指病毒分类阶元可以依据某些新发现而进行重新修订和再确定。进行重新修订和再确定。第20页，此课件共37页哦o 依据：主要以病毒粒子特性、抗原性质和病毒生物学特性等作为依据。病毒粒子特性：病毒形态：如大小、形状、包膜和包膜突起的有无，衣壳结构及其对称性；病毒生理生化和物理性质：如分子量，沉降系数，浮力密度，病毒粒子在不同pH、温度

18、、Mg2+、Mn2+、变性剂、辐射中的稳定性；病毒基因组，如基因组结构、大小、核酸类型、单双链、线状或环状，正负链，G+C所占的比例、核苷酸序列等；病毒蛋白，如结构蛋白和非结构蛋白的数量，大小以及功能和活性，氨基酸序列等；病毒脂类含量和特性；碳水化合物含量和特性；病毒基因组组成和复制。病毒抗原性质：包括病毒血清学性质与其抗原的关系。病毒生物学特性：包括病毒天然的宿主范围；病毒在自然状态下的传播与媒介体的关系；病毒的地理分布，致病机理，组织嗜亲性，传播方式病毒引起的病理和组织病理学特点。第21页，此课件共37页哦已分类的目：o有尾噬菌体目o单分子负链RNA病毒目 博尔纳病毒科(Bornaviri

19、dae)弹状病毒科（Rhabdoviridae）丝状病毒科(Filoviridae)副粘病毒科(Paramyxoviridae)o套病毒目 冠状病毒科(Coronaviridae)动脉炎病毒科(Arteriviridae)杆状套病毒科(Roniviridae)类微RNA病毒超级科http:/www.phene.cpmc.columbia.edu/index.htm.第22页，此课件共37页哦第23页，此课件共37页哦第24页，此课件共37页哦第25页，此课件共37页哦第26页，此课件共37页哦第27页，此课件共37页哦亚病毒传染因子：o类病毒o卫星核酸o朊毒第28页，此课件共37页哦第29页，

20、此课件共37页哦第30页，此课件共37页哦第31页，此课件共37页哦第32页，此课件共37页哦第33页，此课件共37页哦第34页，此课件共37页哦复习题：o病毒分类及命名的国际机构是什么？英文全称及缩写？o最新的一次病毒分类报告是什么时候提出的，现有的病毒种类约多少种？o病毒按照基因组成分可以划分为哪几类？第35页，此课件共37页哦o病毒的分类和命名病毒的分类和命名 o介绍图示自从1898年贝杰林克（Beijerinck）首次提出“病毒”的概念以来，已经过去100多年时间。病毒的种类由最初的几十种、几百种，发展到今天的4000多种，为了使如此多的病毒种类能够得到科学的命名和分类，国际病毒分类委

21、员会(International Comittee on Taxonomy of Viruses,ICTV)已提出和多次修订了病毒的命名和分类原则，并且建立了由目、科（亚科）、属和种分类阶元构成的病毒分类系统。目前病毒分类学这一门重要的基础学科已开始走向完善和逐渐成熟起来。一、病毒的命名与分类系统进展概况一、病毒的命名与分类系统进展概况病毒分类学是随着病毒学尤其是分子病毒学的发展而建立起来的，并逐渐走向成熟。病毒的分类和命名大事记1937年 Levaditi和Lepine就曾根据病毒对组织的亲和性进行分类。1948年 Holmes提出根据病毒所引起的宿主症状的分类方案。1950年 第五届国际微

22、生物学会提出了有关病毒分类的8项原则。1963年 国际微生物命名委员会病毒分会根据安德鲁斯(Andrewes)提出的分类建议提出了新的8项分类原则：核酸的类型、结构和分子量；病毒粒子的形状和大小；病毒粒子的结构；病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性；血清学性质和抗原关系；病毒在细胞培养上的繁殖特性；对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性；流行病学的特征。1966年 在莫斯科举行的第九届国际微生物学会上成立了国际病毒命名委员会（International Committee on Nomenclature of Viruses,ICNV），并通过了上述 新的8项分类原则。1971年 ICNV公布了关于

23、病毒分类和命名的第一次报告，将当时了解得比较清楚的500多种病毒分为RNA和DNA病毒两大类，并且分为43个病毒属。1973年 ICNV正式更名为国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)。1976年 ICTV公布了病毒分类和命名的第二次报告，将病毒已建立的属（组）按宿主分为五大类。第36页，此课件共37页哦o1979年 公布了病毒分类和命名第三次报告，并根据病毒核酸类型，包膜有无将病毒分为7大类，总共有53个科（组或群）。1982年 公布了病毒分类和命名第四次报告，将7大类病毒分为54个科（组）和5个可能的科。

24、同时还提出了22条病毒命名的规则和新的病毒分类方案。病毒总数为1372种。1991年 ICTV公布了病毒和命名第五次报告，将2430种病毒分类73个科（组），比第四次报告增加了19个科（组），并且首次公布了比科更为高级的分类阶元，即单分子负链RNA病毒目。1995年 ICTV公布了病毒分类和命名第六次报告，将现在所知约4000多种病毒分为49科，11个亚科，164个属（包括：22个未定科的属），其中植物病毒分类不再采用组、亚组，而统一使用科、属、种分类阶元。1996年 在耶路撒冷第10届国际病毒大会期间，ICTV对第六次报告作了修改和补充，确定了38条新的病毒分类和命名准则。1997年 ICT

25、V在法国斯特拉斯堡召开常务会议，正式批准病毒分类系统有2个目，55个科，189个属（有23个属的分科未定）。1998年 ICTV在美国加州San Diego召开了第27次常务会议，会上又增设了1个目，6个科，26个属。同时批准了41条新的分类和命名规则。1999年 根据“Virus taxanomy-1999”、病毒分类系统达到了3个目，62个科。另外亚病毒感染因子（Subviral agent）下设卫星、类病毒和朊病毒，其中类病毒分类新设立了2个科，7个属。2000年 ICTV公布第七个国际病毒分类报告，植物病毒的分类有了非常大的进展，列出15个植物病毒科、73个植物病毒属，其中已归科的属有49个，未归到科的属有24个。第37页，此课件共37页哦