第二章选择的群体遗传学原理.ppt
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1、第二章选择的群体遗传学原理现在学习的是第1页,共46页第一节第一节 概述概述一、一、一、一、Hardy-Weinberg定律定律定律定律 英国数学家哈代英国数学家哈代英国数学家哈代英国数学家哈代(Hardy)(Hardy)和德国医生温伯格和德国医生温伯格和德国医生温伯格和德国医生温伯格(Weingerg)(Weingerg)经过各自独立的研究,于经过各自独立的研究,于经过各自独立的研究,于经过各自独立的研究,于19081908年分别发表了有关基因频率与基因型频率的重要规律,现在公称为哈代年分别发表了有关基因频率与基因型频率的重要规律,现在公称为哈代年分别发表了有关基因频率与基因型频率的重要规律
2、,现在公称为哈代年分别发表了有关基因频率与基因型频率的重要规律,现在公称为哈代温伯格定律,或者叫温伯格定律,或者叫温伯格定律,或者叫温伯格定律,或者叫做基因平衡定律,或叫做遗传平衡法则,这个定律的要点是:做基因平衡定律,或叫做遗传平衡法则,这个定律的要点是:做基因平衡定律,或叫做遗传平衡法则,这个定律的要点是:做基因平衡定律,或叫做遗传平衡法则,这个定律的要点是:1 1、在一个随机交配的大群体中,若没有其它因素影响,基因频率和基、在一个随机交配的大群体中,若没有其它因素影响,基因频率和基、在一个随机交配的大群体中,若没有其它因素影响,基因频率和基、在一个随机交配的大群体中,若没有其它因素影响,
3、基因频率和基因型频率世代保持不变。因型频率世代保持不变。因型频率世代保持不变。因型频率世代保持不变。所谓其它因素指所谓其它因素指所谓其它因素指所谓其它因素指选择、突变、迁移、遗传漂变和交配制度选择、突变、迁移、遗传漂变和交配制度选择、突变、迁移、遗传漂变和交配制度选择、突变、迁移、遗传漂变和交配制度等改等改等改等改变基因频率的因素。变基因频率的因素。变基因频率的因素。变基因频率的因素。2 2、任何一个大群体,无论起始基因频率如何,只要经过一代随机交、任何一个大群体,无论起始基因频率如何,只要经过一代随机交、任何一个大群体,无论起始基因频率如何,只要经过一代随机交、任何一个大群体,无论起始基因频
4、率如何,只要经过一代随机交配,常染色体上基因型频率就达到平衡状态,若没有其它因素影响,配,常染色体上基因型频率就达到平衡状态,若没有其它因素影响,配,常染色体上基因型频率就达到平衡状态,若没有其它因素影响,配,常染色体上基因型频率就达到平衡状态,若没有其它因素影响,一直进行随机交配,这种平衡状态也将始终保存不变。一直进行随机交配,这种平衡状态也将始终保存不变。一直进行随机交配,这种平衡状态也将始终保存不变。一直进行随机交配,这种平衡状态也将始终保存不变。3 3、在平衡状态下,基因型频率与基因频率之间的关系是:、在平衡状态下,基因型频率与基因频率之间的关系是:、在平衡状态下,基因型频率与基因频率
5、之间的关系是:、在平衡状态下,基因型频率与基因频率之间的关系是:D=PD=P2 2 H=2Pq R=q H=2Pq R=q2 2 现在学习的是第2页,共46页二、平衡群体各基因型频率变化二、平衡群体各基因型频率变化现在学习的是第3页,共46页三、外来因素的干扰三、外来因素的干扰 从群体遗传学的角度,Halden J B 把导致种群发生遗传演变的各种因素归纳为系统过程和分散过程两类。现在学习的是第4页,共46页第二节第二节 系统过程系统过程一、概念一、概念 系统过程(Systematic processes):导致基因频率向特定方向变化的过程叫系统过程,导致这一演变过程的力量,称为系统压力(Sy
6、stematic pressureSystematic pressure)。)。导致系统过程的原因有迁移、突变和选择。系统过程是能够预见基因频率改变方向和数量的遗传改变,在任何规模的群体中都发挥作用。现在学习的是第5页,共46页二、迁移与分群二、迁移与分群(一)迁移所导致的基因频率变化(一)迁移所导致的基因频率变化 所谓迁移实际上是从一个种群的角度来观察混群现象。(迁入所谓迁移实际上是从一个种群的角度来观察混群现象。(迁入和迁出)。和迁出)。1.1.一般规律一般规律设:设:q q0 0某基因在原有群体的频率,某基因在原有群体的频率,q qmm同一基因在迁入群体中的频率,同一基因在迁入群体中的频
7、率,mm迁移率,即迁入个体占混合群的比例,迁移率,即迁入个体占混合群的比例,q q1 1混群后下一代的基因频混群后下一代的基因频率。那么,显然有率。那么,显然有 q q1 1=(1-m)q=(1-m)q0 0+mq+mqmm=q=q0 0+m(q+m(qmm-q-q0 0)基因频率的变化量是基因频率的变化量是 q=qq=q1 1-q-q0 0=mq=mqmm-q-q0 0 所以,迁移导致的基因频率变化决定于原群体与迁入群基因频率之所以,迁移导致的基因频率变化决定于原群体与迁入群基因频率之差和迁移率之乘积。差和迁移率之乘积。现在学习的是第6页,共46页2.两个特例(1 1)迁移率稳定的连续迁移)
8、迁移率稳定的连续迁移已知:已知:q q1 1=(1-m)q=(1-m)q0 0+mq+mqmm则:则:q qn n=(1-m)q=(1-m)qn-1n-1+mq+mqmm如果如果m m 值稳定,在连续迁移的情况下,群体原有基因频率的权,每代都值稳定,在连续迁移的情况下,群体原有基因频率的权,每代都要以(要以(1-m1-m)为比例下降,因而,)为比例下降,因而,n n代后的基因频率是:代后的基因频率是:q qn n=(1-m)=(1-m)n nq q0 0+1-(1-m)+1-(1-m)n nqqmmn n代间,基因频率的总改变量为:代间,基因频率的总改变量为:现在学习的是第7页,共46页 如果
9、m值较高,原有种群的基因会迅速被取代。这种情况在实践上是导致种群特性迅速消失的常见情形之一。一个典型事例是级进杂交,其迁移率m=0.5。级进杂交3代后,群体的基因频率为q3=0.53q0+(1-0.53)qm=0.125q0+0.875qm3代间基因频率总改变量为 虽然杂交决策者关注和强调的是原种群某些不利性状的逐代改进,但对任何位点而言,无论其等位基因是否有利,消失的相对速率都是一样的。现在学习的是第8页,共46页(二)分群所导致的基因频率变化(二)分群所导致的基因频率变化 分群,指孟德尔群体的再分划。一个孟德尔群体因某些自分群,指孟德尔群体的再分划。一个孟德尔群体因某些自分群,指孟德尔群体
10、的再分划。一个孟德尔群体因某些自分群,指孟德尔群体的再分划。一个孟德尔群体因某些自然或社会原因划分为若干个交配受到限制的亚群,这在家畜中然或社会原因划分为若干个交配受到限制的亚群,这在家畜中然或社会原因划分为若干个交配受到限制的亚群,这在家畜中然或社会原因划分为若干个交配受到限制的亚群,这在家畜中是常见现象。是常见现象。是常见现象。是常见现象。1.分群与漂变机制的比较分群与漂变机制的比较分群与漂变机制的比较分群与漂变机制的比较 两者之间存在类似性,和漂变一样,亚群对大种群基因两者之间存在类似性,和漂变一样,亚群对大种群基因两者之间存在类似性,和漂变一样,亚群对大种群基因两者之间存在类似性,和漂
11、变一样,亚群对大种群基因频率的偏差也没有确定方向;各亚群和漂变可能产生的各种频率的偏差也没有确定方向;各亚群和漂变可能产生的各种频率的偏差也没有确定方向;各亚群和漂变可能产生的各种频率的偏差也没有确定方向;各亚群和漂变可能产生的各种衍生群一样,基因频率以大种群固有的频率为均值。衍生群一样,基因频率以大种群固有的频率为均值。衍生群一样,基因频率以大种群固有的频率为均值。衍生群一样,基因频率以大种群固有的频率为均值。两者的区别是:亚群体基因频率的差别程度由不同的外部两者的区别是:亚群体基因频率的差别程度由不同的外部两者的区别是:亚群体基因频率的差别程度由不同的外部两者的区别是:亚群体基因频率的差别
12、程度由不同的外部原因决定,不存在一致性的定量规律;亚群也不是大种群的随原因决定,不存在一致性的定量规律;亚群也不是大种群的随原因决定,不存在一致性的定量规律;亚群也不是大种群的随原因决定,不存在一致性的定量规律;亚群也不是大种群的随机样本,而是对大种群典型特征有既定偏差的一个部分。机样本,而是对大种群典型特征有既定偏差的一个部分。机样本,而是对大种群典型特征有既定偏差的一个部分。机样本,而是对大种群典型特征有既定偏差的一个部分。现在学习的是第9页,共46页2.2.瓦隆(瓦隆(瓦隆(瓦隆(Whalund)定律)定律一个大种群划分为K个同等大小的随机交配的亚群,亚群内基因个同等大小的随机交配的亚群
13、,亚群内基因频率和基因型频率分布服从频率和基因型频率分布服从Hardy-Weinberg定律。定律。设:qi i第第i亚群中基因a的频率(的频率();pi i第i亚群中的基因亚群中的基因A的频率;的频率;大种群中大种群中a的频率()则:K个亚群基因频率之均数为个亚群基因频率之均数为K个亚群基因频率的方差为个亚群基因频率的方差为而左边是分群后而左边是分群后aa纯合子的亚群平均数,即平均隐性纯合子频率,代以R;现在学习的是第10页,共46页同样,同样,代以,代以DD于是分群后各类基因型的频率值分别为:于是分群后各类基因型的频率值分别为:这个比例关系称为瓦隆公式。显然,如果不分群,整个大种群可这个比
14、例关系称为瓦隆公式。显然,如果不分群,整个大种群可以随机分配,上述三种基因型的频率(相应以以随机分配,上述三种基因型的频率(相应以DD、HH、R R代表)应吻合代表)应吻合于平衡公式,两种情况造成的差值为于平衡公式,两种情况造成的差值为现在学习的是第11页,共46页那么,如果亚群的规模不等,又会如何?那么,如果亚群的规模不等,又会如何?再设:再设:WWi i为各亚群规模的权,即各亚群分别在大种群中占的比例;为各亚群规模的权,即各亚群分别在大种群中占的比例;那么,平均基因频率应当为:那么,平均基因频率应当为:基因频率的方差则为基因频率的方差则为全群总计,全群总计,aaaa纯合子频率为纯合子频率为
15、 其值仍然比不分群高其值仍然比不分群高 2 2q q。说明瓦隆公式普遍适用。这个公式已从许多模拟。说明瓦隆公式普遍适用。这个公式已从许多模拟试验中获得支持。据此,小结如下:试验中获得支持。据此,小结如下:当种群被划分为若干个随机交配的亚群时,就种群全体而言,各当种群被划分为若干个随机交配的亚群时,就种群全体而言,各种纯合子的频率将以各亚群间基因频率的方差为比例而增加,杂合子种纯合子的频率将以各亚群间基因频率的方差为比例而增加,杂合子频率相应下降。这就是频率相应下降。这就是瓦隆定律瓦隆定律。所以,群体再划分虽然对基因频率和各位点上等位基因的种类都没有影响,所以,群体再划分虽然对基因频率和各位点上
16、等位基因的种类都没有影响,但存在导致纯合化、减少群体杂合性的效应。但存在导致纯合化、减少群体杂合性的效应。现在学习的是第12页,共46页亚群piqipi22piqiqi210.90.10.810.180.0120.80.20.640.320.0430.70.30.490.420.0940.50.50.250.50.2550.10.90.010.180.81种群平均0.60.40.440.320.24不分群0.60.40.360.480.16分群差异00+0.08-0.16+0.08瓦隆定律是遗传资源多样性保护的重要依据,例如瓦隆定律是遗传资源多样性保护的重要依据,例如瓦隆定律是遗传资源多样性保
17、护的重要依据,例如瓦隆定律是遗传资源多样性保护的重要依据,例如分群的间接效应:不利于保种。分群的间接效应:不利于保种。分群的间接效应:不利于保种。分群的间接效应:不利于保种。现在学习的是第13页,共46页3.亚群间的迁移亚群间的迁移 设原大群体的基因频率为设原大群体的基因频率为设原大群体的基因频率为设原大群体的基因频率为 ,每个亚群每个世代与大群体的某,每个亚群每个世代与大群体的某,每个亚群每个世代与大群体的某,每个亚群每个世代与大群体的某随机样本交换比例为随机样本交换比例为随机样本交换比例为随机样本交换比例为mm,亚群一次交换后的基因频率由,亚群一次交换后的基因频率由,亚群一次交换后的基因频
18、率由,亚群一次交换后的基因频率由q q变为变为变为变为qq,那么,那么,那么,那么 亚群间迁移导致基因频率变化,与亚群和大群体的频率离差成正比。亚群间迁移导致基因频率变化,与亚群和大群体的频率离差成正比。亚群间迁移导致基因频率变化,与亚群和大群体的频率离差成正比。亚群间迁移导致基因频率变化,与亚群和大群体的频率离差成正比。若每代连续迁移,导致群体一致;如无反向作用,则导致群体若每代连续迁移,导致群体一致;如无反向作用,则导致群体若每代连续迁移,导致群体一致;如无反向作用,则导致群体若每代连续迁移,导致群体一致;如无反向作用,则导致群体一致化。变化情况:一致化。变化情况:一致化。变化情况:一致化
19、。变化情况:起始群体起始群体起始群体起始群体下一代下一代下一代下一代 方差 现在学习的是第14页,共46页 如果只有亚群间迁移,没有其他压力作用,如果只有亚群间迁移,没有其他压力作用,总群体的基因频率保持不变,总群体内部异质性标志的亚群间方差将趋于缩小,总群体的纯总群体的纯合子频率下降,杂合子频率上升。合子频率下降,杂合子频率上升。亚群间迁移的效应与分群相反亚群间迁移的效应与分群相反,不利于保不利于保持纯系,有利于保种。持纯系,有利于保种。现在学习的是第15页,共46页 突变(突变(mutationmutation)包括基因突变和染色体突变包括基因突变和染色体突变。但后者导致群体遗传。但后者导
20、致群体遗传演化的情况一般可归纳于前者之中。纯粹由突变引起的群体演化很缓慢,演化的情况一般可归纳于前者之中。纯粹由突变引起的群体演化很缓慢,但突变是一切遗传变异的根源。但突变是一切遗传变异的根源。(一)非频发突变(一)非频发突变 偶然在某一代发生的突变称为偶然在某一代发生的突变称为非频发突变非频发突变。假设某个孟德尔群体某位点原来完全由假设某个孟德尔群体某位点原来完全由AAAA基因组成,在某个世代突变基因组成,在某个世代突变产生了一个新基因产生了一个新基因a a。于是群体中就有了一个。于是群体中就有了一个AaAa杂合子,如果它有机会生杂合子,如果它有机会生殖,由于交配对象只有殖,由于交配对象只有
21、AAAA一种基因型,所以其后代有一种基因型,所以其后代有AAAA和和AaAa两种可两种可能的基因型,两者的概率相等。如果它在群中留种数为能的基因型,两者的概率相等。如果它在群中留种数为K K,那么,突,那么,突变基因在下一代消失的概率为变基因在下一代消失的概率为 。而而K K,可能是,可能是0 0、1 1、2 2、3 3。据。据Fisher.R.A.Fisher.R.A.证明,其分布近似于普哇松证明,其分布近似于普哇松分布(分布(poisson distributionpoisson distribution)。)。二、突变二、突变现在学习的是第16页,共46页 如果假定群体规模不变,各家系平
22、均留种数 ,那么,根据普哇松分布概率,留种数K为各情况的家系之概率为Pk=e-uk/K!=e-22k/K!因此,留种数K、留种数为K的家系之概率Pk,在这家系中新基因消失的概率Lk对应如下:K0 01 12 23 3K KPke e-2-22e2e-2-22 22 2/2/2!e e-2-22 23 3/3/3!e e-2-22 2k k/K/K!e e-2-2Lk1 11/21/2(1/2)(1/2)2 2(1/2)(1/2)3 3(1/2)(1/2)KK所以,新基因所以,新基因a a在其出现后在其出现后第一代消失的概率第一代消失的概率为为现在学习的是第17页,共46页 在突变出现后第一代得
23、到在突变出现后第一代得到保留的概率保留的概率为为1-0.367879=0.6321211-0.367879=0.632121。然后,。然后,由于同样的原因,在第一代得到保留的新基因,在第二代又有由于同样的原因,在第一代得到保留的新基因,在第二代又有随机消失随机消失的危险的危险,其,其概率概率是是 e e-0.632121-0.632121=0.531464=0.531464。也就是说,在群体规模不扩大的情况下,非频发突变基因中一多半也就是说,在群体规模不扩大的情况下,非频发突变基因中一多半将在其产生的第二代随机消失。即使第二代幸存,以后每经一个世代都将在其产生的第二代随机消失。即使第二代幸存,
24、以后每经一个世代都有一个消失危险的关口,实可谓有一个消失危险的关口,实可谓“躲得过初一,躲不过十五躲得过初一,躲不过十五”。第。第n n代后代后消失的概率为消失的概率为I In+1n+1=e-=e-(1-In)(1-In)。Fisher Fisher 从理论上证明过,从理论上证明过,88.7%88.7%的非频发突变必将在其产生后的的非频发突变必将在其产生后的1515代之内代之内随机消失。这上点后来也得到生物学验证。因此,在现存的产业体制下随机消失。这上点后来也得到生物学验证。因此,在现存的产业体制下随机保随机保存有利的非频发突变是不可能的存有利的非频发突变是不可能的。现在学习的是第18页,共4
25、6页(二)单向频发突变(二)单向频发突变 单向频发突变是指某些可能重复发生并在相同内外环境中有稳定频率,单向频发突变是指某些可能重复发生并在相同内外环境中有稳定频率,而且不存在回原(而且不存在回原(back mutationback mutation)的突变。)的突变。设:突变方向是设:突变方向是A aA a,突变率为,突变率为;n n代表世代;基因代表世代;基因A A和和a a在第在第n n代的频代的频率为率为p pn n和和q qn n;那么,由于突变,下一代基因那么,由于突变,下一代基因a a的频率是的频率是q qn+1n+1=q=qn n+up+upn n=q=qn n+u(1-q+u
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- 第二 选择 群体 遗传学 原理
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