第十二章表观遗传学.ppt
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1、第十二章表观遗传学现在学习的是第1页,共50页遗传信息的传递:中心法则1.DNA自身通过复制传递遗传信息;2.DNA转录成RNA;3.RNA自身能够复制(RNA病毒);4.RNA能够逆转录成DNA;5.RNA翻译成蛋白质。现在学习的是第2页,共50页现在学习的是第3页,共50页1939年年,生生 物物 学学 家家 Conrad Hal Waddington首首先先在在现现代代遗遗传传学学导导论论中提出了中提出了epigenetics这一术语,这一术语,表观基因型(表观基因型(epigenotype)并并于于1942年年定定义义表表观观遗遗传传学学为为“生生物物学学的的分支,研究基因型产生表型的
2、过程分支,研究基因型产生表型的过程”。现在学习的是第4页,共50页19871987年年,Hollidy Hollidy R R 对对表表观观遗遗传传学学进进行行了了较较为系统的描述。为系统的描述。他他认认为为表表观观遗遗传传学学是是研研究究不不涉涉及及DNADNA序序列列改改变变的的基基因因表表达达和和调调控控的的可可遗遗传传变变化化的的学学科科,或或者者说说是是研研究究从从基基因因型型演演绎绎为为表表型型的的过过程程中中规规律和机制的一门新兴的遗传学分支。律和机制的一门新兴的遗传学分支。概概念念:基基因因的的DNADNA序序列列不不发发生生改改变变的的情情况况下下,基基因因的的表表达达水水平
3、平与与功功能能发发生生改改变变,并并产产生生可可遗传的表型。遗传的表型。现在学习的是第5页,共50页遗遗传传与与表表观观遗遗传传基因序列发生改变基因序列发生改变基因序列未发生改变;可遗传基因序列未发生改变;可遗传现在学习的是第6页,共50页表观遗传学的特点:1 1、可遗传的,即这类改变通过有丝分裂或、可遗传的,即这类改变通过有丝分裂或减数分裂,能在细胞或个体世代间遗传。减数分裂,能在细胞或个体世代间遗传。2 2、基因表达的可变性。、基因表达的可变性。3 3、没有、没有DNADNA序列的改变或不能用序列的改变或不能用DNADNA序列变化序列变化来解释。来解释。现在学习的是第7页,共50页第一节第
4、一节 表观遗传学的分子机制表观遗传学的分子机制1.1.遗传编码信息:提供生命必需蛋白质的编码模遗传编码信息:提供生命必需蛋白质的编码模板。板。2.2.表观遗传学信息:何时、何地、以何种方式去应用表观遗传学信息:何时、何地、以何种方式去应用遗传编码信息。遗传编码信息。DNADNA和染色质上的表观遗传修饰:和染色质上的表观遗传修饰:DNADNA甲基化;组蛋白修饰;甲基化;组蛋白修饰;RNARNA相关沉默(非编码相关沉默(非编码RNARNA);染色质重塑。);染色质重塑。现在学习的是第8页,共50页一、一、DNADNA甲基化机制甲基化机制DNADNA甲基化甲基化(DNAmethylation)(DN
5、Amethylation)是研究得是研究得最清楚、也是最重要的表最清楚、也是最重要的表观遗传观遗传修修饰饰形式,形式,主要是基因主要是基因组组DNADNA上的胞上的胞嘧啶嘧啶第第5 5位碳原子和位碳原子和甲基甲基间间的共价的共价结结合,胞合,胞嘧啶嘧啶由此被修由此被修饰为饰为5 5甲甲基胞基胞嘧啶嘧啶(5-methylcytosine(5-methylcytosine,5mC)5mC)。DNADNA甲基转移酶:甲基转移酶:DNA methyltransferases,DNMTsDNA methyltransferases,DNMTs DNMT1 DNMT1;DNMT2DNMT2;DNMT3A;
6、DNMT3BDNMT3A;DNMT3BS-S-腺苷甲硫氨酸腺苷甲硫氨酸:S-adenosylmethionine,SAM:S-adenosylmethionine,SAMS-S-腺苷同型半胱氨酸腺苷同型半胱氨酸:S-adenosylhomocysteine:S-adenosylhomocysteine,SAHSAH现在学习的是第9页,共50页现在学习的是第10页,共50页在结构基因的在结构基因的55端调控区域端调控区域,CpG CpG二连核苷常常以成二连核苷常常以成簇串联形式排列,这种富含簇串联形式排列,这种富含CpGCpG二连核苷的区域称为二连核苷的区域称为CpGCpG岛岛(CpG isla
7、ndsCpG islands),其大小为,其大小为500-1000bp500-1000bp,约,约56%56%的的编码基因含该结构。编码基因含该结构。基因调控元件基因调控元件(如启动子如启动子)所含所含CpGCpG岛中的岛中的5mC5mC会阻碍转会阻碍转录因子复合体与录因子复合体与DNADNA的结合。的结合。lDNADNA甲基化一般与基因沉默相关联;甲基化一般与基因沉默相关联;l非甲基化一般与基因的活化相关联;非甲基化一般与基因的活化相关联;l而去甲基化往往与一个沉默基因的重新激活相而去甲基化往往与一个沉默基因的重新激活相关联关联。现在学习的是第11页,共50页DNADNA甲基化对基因表达的时
8、空调控甲基化对基因表达的时空调控DNADNA甲基化状态的保持甲基化状态的保持DNADNA主动去甲基化主动去甲基化DNADNA全新甲基化全新甲基化现在学习的是第12页,共50页(一)(一)DNMTs(DNA methyltransferases)DNMTs(DNA methyltransferases)DNA DNA甲基转移酶甲基转移酶 结构特点:结构特点:-NH2 -NH2末端调节结构域,介导胞核定位,调节与其他蛋白末端调节结构域,介导胞核定位,调节与其他蛋白相互作用。相互作用。DNMT2DNMT2无。无。-COOH -COOH末端催化结构域,参与末端催化结构域,参与DNADNA甲基转移反应。
9、甲基转移反应。1.DNMT1 1.DNMT1 维持甲基化。位于维持甲基化。位于DNADNA复制叉中,主要复制时维持新生复制叉中,主要复制时维持新生链的甲基化,也有重新甲基化作用。链的甲基化,也有重新甲基化作用。现在学习的是第13页,共50页2.DNMT3 2.DNMT3(DNMT3A;DNMT3BDNMT3A;DNMT3B;调控因子;调控因子DNMT3LDNMT3L)重新(重头)甲基化。维持甲基化也有作用,重新(重头)甲基化。维持甲基化也有作用,重复序列甲基化。重复序列甲基化。DNMT3LDNMT3L缺乏缺乏-COOH-COOH末端催化结构域。末端催化结构域。(二)(二)DNMTsDNMTs与
10、细胞增殖和分化与细胞增殖和分化 DNMTs DNMTs参与大规模去甲基化、再甲基化实现胚胎发育中参与大规模去甲基化、再甲基化实现胚胎发育中基因表达的重新编程,可遗传。基因表达的重新编程,可遗传。DNA DNA甲基化异常:甲基化增强、甲基化降低。甲基化异常:甲基化增强、甲基化降低。与细胞增殖和分化有关的基因表达异常相关。与细胞增殖和分化有关的基因表达异常相关。(三)(三)DNADNA去甲基化作用(不讲)去甲基化作用(不讲)现在学习的是第14页,共50页二、组蛋白修饰现在学习的是第15页,共50页现在学习的是第16页,共50页v组蛋白密码组蛋白密码v组蛋白中被修饰氨基酸的种类、位置和修饰类组蛋白中
11、被修饰氨基酸的种类、位置和修饰类型被称为组蛋白密码(型被称为组蛋白密码(histone code)。)。v组蛋白通过乙酰化、甲基化和磷酸化等共价修组蛋白通过乙酰化、甲基化和磷酸化等共价修饰,使染色质处于转录活性状态或非转录活性饰,使染色质处于转录活性状态或非转录活性状态,为其他蛋白与状态,为其他蛋白与DNA的结合产生协同或的结合产生协同或拮抗效应,属于一种动态的转录调控成分。拮抗效应,属于一种动态的转录调控成分。v类型:类型:乙酰化,甲基化,磷酸化,泛素化,乙酰化,甲基化,磷酸化,泛素化,SUMOSUMO化,化,ADPADP核糖化,脱氨基化,脯氨酸异构化。核糖化,脱氨基化,脯氨酸异构化。现在学
12、习的是第17页,共50页(一)组蛋白乙酰化作用一)组蛋白乙酰化作用 组蛋白组蛋白N N末端末端 Lys Lys 上,组蛋白乙酰化能选择性上,组蛋白乙酰化能选择性的使某些染色质区域的结构从紧密变得松散,的使某些染色质区域的结构从紧密变得松散,开放某些基因的转录,增强其表达水平开放某些基因的转录,增强其表达水平 。组蛋白乙酰化转移酶组蛋白乙酰化转移酶(histone acetyltransferase,HAThistone acetyltransferase,HAT)组蛋白去乙酰化酶(组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAChistone deacetylase,HDAC
13、)HATHAT促进基因的转录,松散的常染色质状态;促进基因的转录,松散的常染色质状态;HDACHDAC抑制基因的转录,凝缩的异染色质状态。抑制基因的转录,凝缩的异染色质状态。现在学习的是第18页,共50页(二)组蛋白甲基化作用(二)组蛋白甲基化作用发生在发生在H3H3、H4H4的的 Lys Lys 和和 Arg Arg 残基上,精氨酸残基上存残基上,精氨酸残基上存在单甲基化、双甲基化;赖氨酸残基上的甲基化存在单在单甲基化、双甲基化;赖氨酸残基上的甲基化存在单甲基化、双甲基化和三甲基化甲基化、双甲基化和三甲基化3 3种状态。种状态。组蛋白甲基转移酶组蛋白甲基转移酶(histone methylt
14、ransferasehistone methyltransferase,HMTHMT)赖氨酸特异性赖氨酸特异性SETSET结构域结构域HMTHMT:H3K4;H3K9;H3K27;H4K20H3K4;H3K9;H3K27;H4K20非非SETSET结构域结构域HMTHMT:H3K79H3K79精氨酸甲基化酶:精氨酸甲基化酶:H3R2;H3R17;H3R26;H4R3H3R2;H3R17;H3R26;H4R3组蛋白去甲基转移酶:组蛋白去甲基转移酶:H3K4;H3K9H3K4;H3K9(LSD1,LSD1,第一个发现的第一个发现的 组蛋白去甲基转移酶)。组蛋白去甲基转移酶)。现在学习的是第19页,
15、共50页组蛋白甲基化可以与基因抑制有关,也可以与基因的组蛋白甲基化可以与基因抑制有关,也可以与基因的激活相关,这往往取决于被修饰氨基酸的位置和程度,激活相关,这往往取决于被修饰氨基酸的位置和程度,引发不同的效应。引发不同的效应。转录始动及延伸:转录始动及延伸:H3K4me1;H3K4me2;H3K4me3;H3K4me1;H3K4me2;H3K4me3;H3K4 H3K4甲基化存在活性基因启动子区域,位于松散常染色质。甲基化存在活性基因启动子区域,位于松散常染色质。转录延伸:转录延伸:HK36me2/me3HK36me2/me3转录抑制:转录抑制:H3K9;H3K27;H4K20H3K9;H3
16、K27;H4K20。H3K9 H3K9甲基化位于凝缩异染色质甲基化位于凝缩异染色质中心粒;端粒;中心粒;端粒;失活失活X X染色体,沉默基因启动子。染色体,沉默基因启动子。现在学习的是第20页,共50页H3-K9转录抑制;H3-K4转录活化现在学习的是第21页,共50页三、其他表观遗传过程三、其他表观遗传过程(一)非编码(一)非编码RNARNA的表观遗传学的表观遗传学非编码非编码RNARNA(non-protein-coding RNA,ncRNA)non-protein-coding RNA,ncRNA)tRNA,rRNA;tRNA,rRNA;短链非编码短链非编码RNA,RNA,长链非编码长
17、链非编码RNARNA。1.1.短链非编码短链非编码RNARNA短链短链RNA(RNA(又称小又称小RNA)RNA),小干涉,小干涉RNA(short interfering RNA RNA(short interfering RNA,siRNA,siRNA双链双链)和和 微小微小RNA(microRNA,miRNARNA(microRNA,miRNA单链单链)。RNA RNA干扰(干扰(RNAiRNAi):是通过小):是通过小RNARNA分子在分子在mRNAmRNA水平上介导水平上介导mRNAmRNA的降解诱导特异性序列基因沉默的过程。的降解诱导特异性序列基因沉默的过程。诱导染色质结构的改变诱
18、导染色质结构的改变,决定着细胞的分化命运决定着细胞的分化命运,还对外源还对外源的核酸序列有降解作用以保护本身的基因组。的核酸序列有降解作用以保护本身的基因组。现在学习的是第22页,共50页2.2.长链非编码长链非编码RNA RNA(long noncoding RNA,lncRNA)(long noncoding RNA,lncRNA)长度超过长度超过200bp200bp;Xist Xist基因基因17kb17kb非编码RNA在在DNADNA甲基化和组蛋白修饰的参与下共甲基化和组蛋白修饰的参与下共同导致并维持同导致并维持X X染色体的失活;染色体的失活;其他长链非编码其他长链非编码RNARNA
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