蛋白质的空间结构精选PPT.ppt
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1、关于蛋白质的空间结构第1页,讲稿共115张,创作于星期三蛋白质分子中的结构层次蛋白质分子中的结构层次一级结构一级结构二级结构二级结构超二级结构超二级结构结构域结构域三级结构三级结构亚基亚基 四级结构四级结构第2页,讲稿共115张,创作于星期三定义定义蛋白质的一级结构指多肽链中蛋白质的一级结构指多肽链中氨基酸的排氨基酸的排列顺序列顺序。一、蛋白质的一级一、蛋白质的一级(共价共价)结构结构主要的化学键主要的化学键肽键肽键,有些蛋白质还包括,有些蛋白质还包括二硫键二硫键。第3页,讲稿共115张,创作于星期三N末端末端C末端末端牛核糖核酸酶牛核糖核酸酶第4页,讲稿共115张,创作于星期三一级结构是蛋白
2、质一级结构是蛋白质空间构象和特异生空间构象和特异生物学功能物学功能的的基础基础。第5页,讲稿共115张,创作于星期三胰岛素的一级结构胰岛素的一级结构 蛋白质的根本差异在于一级结构的不同蛋白质的根本差异在于一级结构的不同第6页,讲稿共115张,创作于星期三多肽链中氨基酸序列分析多肽链中氨基酸序列分析一级结构测定一级结构测定准备工作:准备工作:准备工作:准备工作:样品纯度样品纯度样品纯度样品纯度97%97%97%97%以上;以上;以上;以上;测定蛋白质的相对分子质量(允许误差测定蛋白质的相对分子质量(允许误差测定蛋白质的相对分子质量(允许误差测定蛋白质的相对分子质量(允许误差10%10%10%10
3、%左右)左右)测定肽的数目;测定肽的数目;测定肽的数目;测定肽的数目;测定氨基酸组成测定氨基酸组成测定氨基酸组成测定氨基酸组成第7页,讲稿共115张,创作于星期三 多肽链中氨基酸序列分析多肽链中氨基酸序列分析 分析已纯化蛋白质的氨基酸残基组成(纯度分析已纯化蛋白质的氨基酸残基组成(纯度97%97%以上)以上)测定多肽链的测定多肽链的氨基末端氨基末端与与羧基末端羧基末端为何种氨基酸残基为何种氨基酸残基 把肽链水解成片段,分别进行分析把肽链水解成片段,分别进行分析 测定各肽段的氨基酸排列顺序,一般采用测定各肽段的氨基酸排列顺序,一般采用EdmanEdman降解法降解法一般需用一般需用数种水解法数种
4、水解法,并分析出各肽段中的氨基酸顺序,然,并分析出各肽段中的氨基酸顺序,然后经过后经过组合排列对比组合排列对比,最终得出完整肽链中氨基酸顺序结果。,最终得出完整肽链中氨基酸顺序结果。第8页,讲稿共115张,创作于星期三胰蛋白酶:胰蛋白酶:水解水解赖氨酸赖氨酸和和精氨酸精氨酸的的羧基羧基形形成的肽键;成的肽键;糜蛋白酶(胰凝乳蛋白酶):糜蛋白酶(胰凝乳蛋白酶):水解芳香水解芳香族氨基酸族氨基酸【苯丙氨酸(苯丙氨酸(PhePhe)、酪氨酸()、酪氨酸(TyrTyr)、色氨酸()、色氨酸(TrpTrp)】等氨基酸残基的等氨基酸残基的羧基羧基形成的肽键。形成的肽键。胃蛋白酶:专一性较差,主要水解胃蛋白
5、酶:专一性较差,主要水解GluGlu、AspAsp或其他氨基酸的侧链。或其他氨基酸的侧链。第9页,讲稿共115张,创作于星期三则其氨基酸排列顺序为:则其氨基酸排列顺序为:ThrThr-Asn-Val-Lys-Ala-Trp-Gly-lys-Asn-Val-Lys-Ala-Trp-Gly-lys如测一个九肽如测一个九肽测得测得N N端氨基酸残基为端氨基酸残基为ThrThr又分别测得片段又分别测得片段:Ala-Ala-TrpAla-Ala-Trp-Gly-Lys-Gly-Lys Val-LysVal-Lys-Ala-Ala-TrpAla-Ala-TrpThrThr-Asn-Asn-Val-LysV
6、al-Lys第10页,讲稿共115张,创作于星期三例例例例1 1 1 1:某五肽先经酸水解再经碱水解,得到摩尔数相等的五种氨某五肽先经酸水解再经碱水解,得到摩尔数相等的五种氨某五肽先经酸水解再经碱水解,得到摩尔数相等的五种氨某五肽先经酸水解再经碱水解,得到摩尔数相等的五种氨基酸(基酸(基酸(基酸(AlaAlaAlaAla、CysCysCysCys、LysLysLysLys、PhePhePhePhe和和和和SerSerSerSer)混合物,用)混合物,用)混合物,用)混合物,用EdmanEdmanEdmanEdman分析法进行分析法进行分析法进行分析法进行N NN N端端端端分析,获得分析,获得
7、分析,获得分析,获得PHT-SerPHT-SerPHT-SerPHT-Ser;经胰蛋白酶水解可得到一种;经胰蛋白酶水解可得到一种;经胰蛋白酶水解可得到一种;经胰蛋白酶水解可得到一种N NN N端为端为端为端为CysCysCysCys的三肽的三肽的三肽的三肽和另一种和另一种和另一种和另一种N NN N端为端为端为端为SerSerSerSer的二肽;用胰糜蛋白酶水解上述三肽,得到的二肽;用胰糜蛋白酶水解上述三肽,得到的二肽;用胰糜蛋白酶水解上述三肽,得到的二肽;用胰糜蛋白酶水解上述三肽,得到AlaAlaAlaAla和另一个二肽。问该五肽的氨基酸顺序怎样?和另一个二肽。问该五肽的氨基酸顺序怎样?和另
8、一个二肽。问该五肽的氨基酸顺序怎样?和另一个二肽。问该五肽的氨基酸顺序怎样?解答:解答:解答:解答:1 1 1 1、是一个、是一个、是一个、是一个N N N N端为端为端为端为SerSerSerSer的五肽;的五肽;的五肽;的五肽;2 2 2 2、胰蛋白酶的水解部位是、胰蛋白酶的水解部位是、胰蛋白酶的水解部位是、胰蛋白酶的水解部位是LysLysLysLys或或或或ArgArgArgArg的羧基端肽键,因为得到一种的羧基端肽键,因为得到一种的羧基端肽键,因为得到一种的羧基端肽键,因为得到一种N N N N端为端为端为端为SerSerSerSer的二肽,因此第二位为的二肽,因此第二位为的二肽,因此
9、第二位为的二肽,因此第二位为LysLysLysLys;3 3 3 3、经胰蛋白酶水解可得到一种、经胰蛋白酶水解可得到一种、经胰蛋白酶水解可得到一种、经胰蛋白酶水解可得到一种N N N N端为端为端为端为CysCysCysCys的三肽,所以第三位为的三肽,所以第三位为的三肽,所以第三位为的三肽,所以第三位为CysCysCysCys;4 4 4 4、因为胰糜蛋白酶只水解芳香族氨基酸的羧基端肽键,水解上述、因为胰糜蛋白酶只水解芳香族氨基酸的羧基端肽键,水解上述、因为胰糜蛋白酶只水解芳香族氨基酸的羧基端肽键,水解上述、因为胰糜蛋白酶只水解芳香族氨基酸的羧基端肽键,水解上述三肽,得到三肽,得到三肽,得到
10、三肽,得到AlaAlaAlaAla和另一个二肽,所以三肽为:和另一个二肽,所以三肽为:和另一个二肽,所以三肽为:和另一个二肽,所以三肽为:Cys-Phe-AlaCys-Phe-AlaCys-Phe-AlaCys-Phe-Ala5 5 5 5、整个五肽的顺序为、整个五肽的顺序为、整个五肽的顺序为、整个五肽的顺序为Ser-Lys-Cys-Phe-AlaSer-Lys-Cys-Phe-AlaSer-Lys-Cys-Phe-AlaSer-Lys-Cys-Phe-Ala。第11页,讲稿共115张,创作于星期三例例例例2 2 2 2:当一种4肽与FDNB反应后,用5.7mol/L HCl水解得到DNP-V
11、al及3种其他氨基酸;当这4肽用胰蛋白酶水解时发现有两种碎片段,其中一片用LiBH4还原后再进行酸水解,水解液内有氨基乙醇和一种在有浓硫酸条件下能与已醛酸反应产生紫(红)色产物的氨基酸.试问这4肽的一级结构是由哪几种氨基酸。(LiBH4还原羧酸成为醇类,可使C-末端AA还原为相应的氨基醇。)1 1 1 1、分析:FDNB即2,4-二硝基氟苯,在弱碱性溶液中可与肽链N-末端的氨基酸生成黄色的二硝基苯氨基酸(DNP-AA)。盐酸水解可以打开所有的肽链,使蛋白质或者多肽变为游离的氨基酸。LiBH4还原羧酸成为醇类,可使C-末端AA还原为相应的氨基醇。胰蛋白酶可专一性水解由碱性氨基酸(lys,Arg)
12、羧基端形成的肽键。第12页,讲稿共115张,创作于星期三解题:解题:(1 1)四肽与)四肽与FDNBFDNB反应后,用反应后,用5.7mol/LHCl5.7mol/LHCl水解得到水解得到DNP-ValDNP-Val,证明证明N N端为端为ValVal;(2 2)LiBHLiBH4 4还原后再水解,水解液中有氨基乙醇,还原后再水解,水解液中有氨基乙醇,GlyGly是氨基乙是氨基乙酸,证明肽的酸,证明肽的C C端为端为GlyGly;(3 3)水解液中有在浓)水解液中有在浓H H2 2SOSO4 4条件下能与乙醛酸反应产生紫红色产条件下能与乙醛酸反应产生紫红色产物的氨基酸,说明此氨基酸为物的氨基酸
13、,说明此氨基酸为TrpTrp;(4 4)根据胰蛋白酶的专一性,得知此肽键)根据胰蛋白酶的专一性,得知此肽键-COOH-COOH末端是末端是LysLys或者或者ArgArg;根据以上结果可知道四肽的顺序:根据以上结果可知道四肽的顺序:ValLysTrpGlyValLysTrpGly或者或者ValArgTrpGlyValArgTrpGly。第13页,讲稿共115张,创作于星期三二、蛋白质的二级结构二、蛋白质的二级结构蛋蛋白白质质分分子子中中某某一一段段肽肽链链的的局局部部空空间间结结构构,即即该该段段肽肽链链主主链链骨骨架架原原子子的的相相对对空空间间位位置置,并不涉及氨基酸残基侧链的构象。,并不
14、涉及氨基酸残基侧链的构象。蛋白质多肽链本身的折叠盘绕方式。蛋白质多肽链本身的折叠盘绕方式。定义定义 主要的化学键:主要的化学键:氢键氢键、盐键、疏水键、范德华力盐键、疏水键、范德华力 第14页,讲稿共115张,创作于星期三(一)酰胺平面(一)酰胺平面参参参参与与与与形形形形成成成成肽肽肽肽键键键键的的的的4 4个个个个原原原原子子子子(C C、OO、N N、HH)和和和和与与与与之之之之相相相相连连连连的的的的2 2个个个个 -碳碳碳碳原原原原子子子子(C C 1 1、C C 2 2)共共共共处处处处于于于于同同同同一一一一平平平平面面面面上上上上,形形形形成成成成酰酰酰酰胺胺胺胺平平平平面面
15、面面,或或或或称称称称肽肽肽肽键键键键平平平平面面面面,肽肽肽肽平平平平面面面面,肽肽肽肽单单单单元元元元。C C 1 1和和和和C C 2 2在在在在平平平平面面面面上上上上所所所所处处处处的的的的位位位位置置置置为反式为反式为反式为反式(trans)(trans)构型。构型。构型。构型。第15页,讲稿共115张,创作于星期三它是蛋白质构象的它是蛋白质构象的基本结构单位基本结构单位第16页,讲稿共115张,创作于星期三 (二)蛋白质二级结构的主要形式(二)蛋白质二级结构的主要形式 -螺旋螺旋 (-helix)-折叠折叠 (-pleated sheet)-转角转角转角转角 (-turn)-tu
16、rn)无规卷曲无规卷曲无规卷曲无规卷曲 (random coil)(random coil)第17页,讲稿共115张,创作于星期三1、-螺旋螺旋结构要点结构要点:从从N端为起点,多肽链主链围绕中心轴形成端为起点,多肽链主链围绕中心轴形成右手螺旋右手螺旋,侧链侧链伸向伸向螺旋外侧。螺旋外侧。第18页,讲稿共115张,创作于星期三 第19页,讲稿共115张,创作于星期三 多个肽键平面通过多个肽键平面通过多个肽键平面通过多个肽键平面通过-碳原子旋转,相互之间紧密盘碳原子旋转,相互之间紧密盘碳原子旋转,相互之间紧密盘碳原子旋转,相互之间紧密盘曲成稳固的曲成稳固的曲成稳固的曲成稳固的右手右手右手右手螺旋
17、。螺旋。螺旋。螺旋。每个肽键的亚氨氢和第四个肽键的羰基氧形成的每个肽键的亚氨氢和第四个肽键的羰基氧形成的每个肽键的亚氨氢和第四个肽键的羰基氧形成的每个肽键的亚氨氢和第四个肽键的羰基氧形成的氢键氢键氢键氢键保保保保持螺旋稳定(持螺旋稳定(持螺旋稳定(持螺旋稳定(氢键是稳定螺旋的主要键),氢键与螺旋氢键与螺旋氢键与螺旋氢键与螺旋长轴基本平行。长轴基本平行。长轴基本平行。长轴基本平行。主链呈螺旋上升,主链呈螺旋上升,主链呈螺旋上升,主链呈螺旋上升,每个氨基酸残基沿轴上升每个氨基酸残基沿轴上升每个氨基酸残基沿轴上升每个氨基酸残基沿轴上升0.15nm0.15nm0.15nm0.15nm,沿轴旋转沿轴旋转
18、沿轴旋转沿轴旋转1001001001000 0 0 0,每每每每3.63.63.63.6个氨基酸残基上升一圈个氨基酸残基上升一圈个氨基酸残基上升一圈个氨基酸残基上升一圈,相当于上,相当于上,相当于上,相当于上升高度升高度升高度升高度(螺距螺距螺距螺距)0.54nm0.54nm0.54nm0.54nm,螺旋的直径约为螺旋的直径约为螺旋的直径约为螺旋的直径约为0.5nm 0.5nm 0.5nm 0.5nm。螺旋的结构特点第20页,讲稿共115张,创作于星期三例题:一个螺旋片段含有180个氨基酸残基,该片段中有多少圈螺旋?计算该-螺旋片段的轴长。解答:180/3.6=50圈,500.54=27nm,
19、该片段中含有50圈螺旋,其轴长为27nm。例题:一个含有78个氨基酸残基的螺旋的轴长是多少?此多肽的螺旋完全伸展时多长?解答:780.15=11.7nm 螺旋每圈螺旋占3.6个氨基酸残基,故该螺旋圈数为:783.6圈;螺旋的直径约为0.5nm,故每圈轴长为0.5nm。完全伸展的螺旋长度约为:0.5(783.6)34.01nm第21页,讲稿共115张,创作于星期三第22页,讲稿共115张,创作于星期三多肽链充分伸展,相邻肽单元之间折叠成锯齿状结构,多肽链充分伸展,相邻肽单元之间折叠成锯齿状结构,侧链位于锯齿结构的上下方。侧链位于锯齿结构的上下方。2 2、-折叠折叠第23页,讲稿共115张,创作于
20、星期三-折叠折叠 -折叠结构的肽链几乎是完全伸展的,折叠结构的肽链几乎是完全伸展的,折叠结构的肽链几乎是完全伸展的,折叠结构的肽链几乎是完全伸展的,两段以上的两段以上的-折叠结构平折叠结构平行排列,两链间可顺向平行,也可反向平行,反平行结构更为稳行排列,两链间可顺向平行,也可反向平行,反平行结构更为稳定定 。两链间的肽键之间形成两链间的肽键之间形成氢键氢键,以稳固,以稳固-折叠结构。氢键与螺折叠结构。氢键与螺旋长轴旋长轴垂直垂直。第24页,讲稿共115张,创作于星期三反平行反平行第25页,讲稿共115张,创作于星期三平行平行第26页,讲稿共115张,创作于星期三3、-转角转角蛋白质多肽链经常出
21、现蛋白质多肽链经常出现180180的回折,这种肽链回的回折,这种肽链回折处的称为折处的称为-转角(转角(-tern-tern)或)或-bend-bend,或称发夹结构,或称发夹结构(hairpin structurehairpin structure)。第27页,讲稿共115张,创作于星期三 一般由四个连续的氨基酸残基组成一般由四个连续的氨基酸残基组成,第一第一个氨基酸残基与第四个形成个氨基酸残基与第四个形成氢键氢键。第28页,讲稿共115张,创作于星期三4 4、环环环多存环多存在于球状蛋白质分子中,形状像在于球状蛋白质分子中,形状像“”,称为,称为环(环(looploop)。由由6-166-
22、16个氨基酸残基组成个氨基酸残基组成第29页,讲稿共115张,创作于星期三5 5、无规卷曲(自由回转)、无规卷曲(自由回转)是用来阐述没有确定规律性的那部分肽链结构。是用来阐述没有确定规律性的那部分肽链结构。酶的功能部位常位于这种构象区域酶的功能部位常位于这种构象区域H H2 2N NCOOHCOOH第30页,讲稿共115张,创作于星期三氨基酸残基的侧链对二级结构形成的影响氨基酸残基的侧链对二级结构形成的影响蛋白质二级结构是以一级结构为基础的。一段肽蛋白质二级结构是以一级结构为基础的。一段肽链的氨基酸残基的侧链适合形成链的氨基酸残基的侧链适合形成-螺旋或螺旋或-折叠时,它折叠时,它就会出现相应
23、的二级结构。就会出现相应的二级结构。第31页,讲稿共115张,创作于星期三1 1、超二级结构、超二级结构(Supersecondary structure)在蛋白质分子中,由若干相邻的二级结构单元组合在在蛋白质分子中,由若干相邻的二级结构单元组合在一起,彼此相互作用,形成有规则的、在空间上能辨认的一起,彼此相互作用,形成有规则的、在空间上能辨认的二级结构组合体。二级结构组合体。几种类型的超二级结构几种类型的超二级结构:(三)(三)二、三级过渡态二、三级过渡态 蛋白质的超二级结构和结构域蛋白质的超二级结构和结构域第32页,讲稿共115张,创作于星期三2、结构域、结构域多肽链在超二级结构基础上进一
24、步绕曲折多肽链在超二级结构基础上进一步绕曲折叠成叠成较为紧密较为紧密较为紧密较为紧密的的近似球状近似球状或纤维状或纤维状或纤维状或纤维状、具有部分生物具有部分生物功能功能的结构,的结构,称为结构域称为结构域称为结构域称为结构域(domain)(domain)大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或数个球状或纤维状的区域,折叠得较为紧密,数个球状或纤维状的区域,折叠得较为紧密,数个球状或纤维状的区域,折叠得较为紧密,数个球状或纤维状的区域,折叠得较为紧密,各各各各行使其功能行使其功能行
25、使其功能行使其功能,称为结构域,称为结构域,称为结构域,称为结构域(domain)(domain)。第33页,讲稿共115张,创作于星期三纤连蛋白分子的结构域纤连蛋白分子的结构域 丙糖磷酸异构酶丙糖磷酸异构酶第34页,讲稿共115张,创作于星期三三、蛋白质的三级结构三、蛋白质的三级结构(二)主要的化学键(二)主要的化学键非共价键非共价键:疏水键疏水键疏水键疏水键:多肽链上疏水性较强的氨基酸的非极性侧链多肽链上疏水性较强的氨基酸的非极性侧链多肽链上疏水性较强的氨基酸的非极性侧链多肽链上疏水性较强的氨基酸的非极性侧链避开水相自相粘附聚集在一起,形成空穴。避开水相自相粘附聚集在一起,形成空穴。避开水
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