引物设计实例精品文稿.ppt

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1、引物设计实例引物设计实例第1页，本讲稿共14页SPBamHIpcDNA3.1NR1Plasmid 1:Plasmid 2GFP第2页，本讲稿共14页SPBamHI(GGATCC)pcDNA3.1NR1-1aGFP第3页，本讲稿共14页 121 ggggctccta gagaacccgg gggcgcttga ccgcgcgcgg gcggcccgcg ggtcgtacat 181 cgcgaggtcg tcgcactcgc gcaacccaga gccaggcccg ctgtgcccgg agctcatgag 241 caccatgcac ctgctgacat tcgccctgct ttttt

2、cctgc tccttcgcc c gcgcggatcc 301 cgaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgtt 361 ccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgc 421 cacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct 481 catctctagc caggtctacg ctatcctagt tagccacccg cctactccca ac

3、gaccactt 541 cactcccacc cctgtctcct acacagctgg cttctacaga atccctgtcc tgggactgac 601 tacccgaatg tccatctact ctgacaagag tatccacctg agtttccttc gcacggtgcc 661 gccctactcc caccagtcca gcgtctggtt tgagatgatg cgagtctaca actggaacca 721 catcatcctg ctggtcagcg acgaccacga gggacgggca gcgcagaagc gcttggagac 781 gttgctg

4、gag gaacgggagt ccaaggcaga gaaggtgctg cagtttgacc caggaaccaa NR1的编码序列(4000bp)红色为信号肽,蓝色为BamHI酶切位点,下划线标出酶切位点的阅读框 第4页，本讲稿共14页ATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCC ATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGC GAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CC

5、CGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC TTCGGCTACG GCCTGCAGTG CTTCGCCCGC TACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTC CAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAG TTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGAC GGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTA

6、CAACA GCCACAACGT CTATATCATG GCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCAAGGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCTAC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAAGTAAGFP序列(700b

7、p)第5页，本讲稿共14页引物要求PCR扩增GFPGFP两边添加BamHI酶切位点保证NR1的阅读框不改变第6页，本讲稿共14页5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 3 TACCACTCGTTCCCGCTCCTCGAGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5GFP序列5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 3 TACCACTCGTTCCCGCTCCTCGCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5Primer1:5ATGGTGA

8、GCAAGGGCGAGGAGC.AGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5 Primer2Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.Primer2:5 TTACTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.Primer2:5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.第一步：扩增GFP基本序列变性,引物复性除掉了第7页，本讲稿共14页第二步：GC比值；Tm值Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA.Primer2:5 CTTGTACAGCTCGTCCAT

9、GCCGAGA.Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA（GC:60%,Tm：64）Primer2:5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCC（GC:57%,Tm：66）除掉了第8页，本讲稿共14页第三步：酶切位点Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA（GC:60%,Tm：64）Primer2:5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCC（GC:57%,Tm：66）BamHI:ggatccPrimer1:5 ggatccATGGTGAGCAAGGGCGAGGA Primer2:5 ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCC 第9页，本

10、讲稿共14页第四步：阅读框atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct.Primer1:5 ggatccATGGT

11、GAGCAAGGGCGAGGANR1序列：Primer1:5 ggatccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGA增加了第10页，本讲稿共14页atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaac

12、gccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacctNR1序列：5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 GFP序列cgc gcg gat ccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAG?ggat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agc

13、tcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct插入GFP后的组合序列第11页，本讲稿共14页Primer2:5 ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCCPrimer2:5 gg atc cct CTTGTACAGCTCGTCCATGCC第12页，本讲稿共14页第五步 保护序列Primer1:5 GCGGggatccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGAPrimer2:5 GCGCggatccctCTTGTACAGCTCGTCCATGCC第13页，本讲稿共14页第14页，本讲稿共14页