化工行业合成生物学专题报告:革故鼎新_方兴未艾.docx
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1、化工行业合成生物学专题报告:革故鼎新_方兴未艾一、合成生物学:他山之石,方兴未艾1.1 合成生物学处于发展初期,近年来蓬勃发展合成生物学的思想最早出现在 1978 年波兰遗传学家希巴尔斯基的一篇文章中;1980 年, B.Hoborn 第一次使用“合成生物学”(Synthetic Biology)作为论文题目并发表于学术期 刊上,他用合成生物学描述通过重组基因组技术改造的细菌仍然能够正常存活这一现象。2000 年,库尔等学者在美国化学年会上再一次用“合成生物学”描述生物系统中非天然存在的功能性有机分子的合成,至此合成生物学的概念才被学术界公认并开始受到关注,但此时的合成生物学只是遗传工程的延续
2、,并未独立发展。当时很多人狭义地认为合成生物学就是“全合成生命”,即利用化学合成的方法从头合成一个具有生命活力的细胞 或病毒;而实际上现在的合成生物学中更多地是在使用已有的或改造过的基因模块通过工程学手段拼装、搭建一个自然界中根本没有的生命体系。因此,合成生物学是一门以工程 学思想为指导、多学科结合的新兴领域,通过一系列重新设计与技术改造生物体或细胞以 使其具有新的能力,在此过程中设计与构建一系列新的标准化的生物元件、组件与系统, 以实现理想的生物制造能力。利用合成生物学技术构建微生物细胞工厂,可实现廉价原料 到高价值化学品的高效生产,且生产过程清洁环保,具有巨大市场发展潜力。近年来合成 生物
3、学技术手段呈现爆发式的飞跃增长,给人工设计微生物细胞工厂带来极大便利,现已 在生产燃料化学品、大宗化学品、天然产物等方面取得较大突破。自 2000年至今合成生物学已走过 21 个年头,其技术进步在以下四方面尤为突出:1)基因编辑技术:DNA 从头合成、组装、测序等相关技术飞跃发展,即科学家们可以自 主设计需要的核苷酸序列,并进行重新组合,或对未知序列进行测序,为后续其他人工设计流程奠定了基础。其中最典型的为测序技术的发展。2005 年首代测序仪 Roche454 单次仅可产生 400MB 的基因序列文件,完成全基因组测序需花费11 年且 费用高达亿元。2010 年的第二代测序仪 Illumin
4、aHiseq2000 单次能产生 200GB 的基 因序列文件,不仅基因测序的速度在 5 年时间里提升了 500 倍,全基因组测序服务的 价格也降至 5 万美元。2017 年,全球基因测序龙头 Illumina 公司发布新一代测序仪 NovaSeq,声称“Novaseq 能让基因组测序进入 100 美元的时代”。此外测序仪生产商还有 ThermoFisher、罗氏等跨国巨头,以及国内基因测序行业头部公司如华大基因、 贝瑞基因等;2)基因元件的标准化:随着人们对生物元件、遗传信息的开发研究不断深入,生物序列 的不可见、已错配等问题给后续设计基因等操作带来较大不便。据此,麻省理工大学 的奈特教授提
5、出了“生物砖(BioBricks)”克隆技术,促进了标准化生物元件的装配, 简化了设计与创造生命系统的过程,使生物合成更加简易快捷。即如同传统的机械制造那样,这顶技术使得特定结构和功能的 DNA 序列可共用一个标准的接口,拼接起来可形成一个新的生命系统。将 DNA 看作元件进行改造或组装极大地促进了合成生物学的标准化、统一化;3)微生物底盘改造技术及“细胞工厂”:不管是天然产物生产、代谢工程增产还是植物中 的药物、高附加值化学品生产,都依赖细胞或微生物作为底盘应用的“工厂”。近年来 细胞或生物体基因(组)底盘改造技术的蓬勃发展,例如 CRISPR/Cas 系统可用于调 控基因表达强度、敲除基因
6、、定点突变等,动态调控技术可随细胞内重要代谢物或荧 光指标变化而随时自我调整,这些都加快了人工构建理想性状细胞的进程,进而已有 研究将该技术拓展到医疗相关(如遗传病改造、修复等)。随之涌现了大批公司尝试将合成生物学构建出的高产菌株开发落地,2005 年 Amyris 研发出了可以产生青蒿酸的 酵母菌株,随后又开发了天然零卡路里甜味剂、法尼烯、大麻二酚等。类似的国外还 有 Ginkgo、Zymergen、Novozymes 等,国内有凯赛生物、华恒生物等;4)人工智能和机器学习指导下的新突破:人工智能和机器学习系统可按照“设计-构建测试-学习(Design-Build-Test-Learn)”的
7、循环流程,通过从大型实验数据集学习系统 的行为模式,以预测复杂的细胞代谢、蛋白质结构,模拟分子间相互作用,优化启动 子等基因元件,大大节省了理性设计时间,加速合成生物学的井喷式发展。总体来看,目前合成生物学仍为一门较为年轻的学科,处于发展的初期阶段。它是一门多 学科交叉的学科,涉及生物化学、化学、物理、数学、计算机等多个领域,因此从学科基础来看,当这些领域均发展到一定高度后,合成生物学才有了近年来技术的进步和突破, 且它未来仍将在基础学科不断发展的基础上迎来快速的迭代和进步。从资本市场看,当前 合成生物学的国内外投资关注度很高,我们认为主要原因在于:1)基因测序、合成、编辑等底盘技术已实现突破
8、,并展现出良好的成本控制潜力,行业发展奇点已经来临,未来 合成生物学有望实现快速的技术迭代和发展;2)合成生物学在生产一些特殊及复杂产品 如天然化合物、手型化合物等方面具有明显优势,同时在一些低碳小分子化工品上也开始 逐渐展现竞争力,未来有望颠覆现有的石化生产路线;3)碳中和目标下使用可再生原料 替代不可再生能源是未来趋势,合成生物学是未来实现生物质能源高效利用的理想手段。1.2 合成生物学市场空间及应用领域广阔据 CB Insights 统计数据显示,全球合成生物学市场规模在 2019 年达到 53 亿美元,2020 年达到 68 亿美元,并预计到 2024 年合成生物学市场规模将增长至 1
9、89 亿美元,年复合 增长率达 29.1%。从当前市场分布看,占比最高的依次为医疗健康、科学研究和化学工业。在医疗医学领域,合成生物学的快速发展带来了新鲜血液与动力。1)合成生物学应用于 天然药物、抗生素等的人工合成潜力已经得到证明。化学法生产化学品大多集中于结构清 晰、简单的化学物质,而对于天然药物等大分子化合物大多只能来源于植物、动物、真菌 细菌等自然来源的提取。但由于其提取工艺能耗大、提取率低,目前大部分仅能通过全合 成或半合成的方式制得,这成为制约天然药物价格的重要原因之一。通过合成生物学手段, 将产生这些代谢产物的基因簇进行异源表达并利用发酵工程进行大规模制备,将成为解决药品供应和价
10、格昂贵问题的方法之一。目前,利用重组大肠杆菌细胞工厂合成体紫杉二烯, 重组酵母细胞工厂生产青蒿酸和人参皂苷等,都已经打通合成路线或即将达到产业化水平。 抗氧化作用显著的白藜芦醇(resveratrol)、具心血管保健作用的柚皮素(naringenin)、 抗病毒和凝血作用显著的咖啡酸(caffeic acid)等也有较长的研究历史,在酿酒酵母和大 肠杆菌中均已构建工程菌。2)合成生物学可提升疫苗研制效率。当前全球疫情仍在肆虐, 且病毒持续变异,给疫苗开发带来巨大难度。合成生物学则可使疫苗开发模块化,不同病 原微生物的保护性抗原对应可变模块,根据中和性抗体来设计并合成与之相对应的保护性 抗原,即
11、可快速制造适应新疫情的病毒疫苗。在疫情突发时,合成生物学技术可以根据病原基因组序列进行迅速分析,并快速人工合成保护性抗原基因,大大提升疫苗的研制效率。 3)此外,合成生物学在干细胞与再生医学、药物载体的靶向递送和治疗等领域均在发挥 重要作用。在化学工业领域,合成生物学有望助力解决化工原料及能源问题,并在部分化学品的生产上已体现出成本优势。例如某些经过合成生物学方法改造过的光合藻类富含大量的脂质, 被人们称为“生物柴油”,可以一定比例添加至汽柴油中使用,用以替代原有能源。此外, 微生物还能通过糖酵解等过程为我们提供丁醇、乳酸、甲烷等工业原料,进一步还可从中获取甘油、丙酮酸、氨基酸等具有工业价值的
12、原料,这一过程绕开了传统石油化工必需的 原油、烯烃等原材料,可最大限度的利用可再生的生物碳源替代不可再生的化石碳源。成 本方面,受益于规模效应,目前经由合成生物学手段可大规模生产的化学品如己二酸 (ADA)、1,4-丁二醇(BDO)、L-丙氨酸等已经可以达到低于石油基路径的生产成本。同时由于其不依赖于原油,故盈利水平相对较为稳定。具备成本优势的合成生物学途径化学 品可以以更低的价格切入市场,同时保持更高的利润水平。以华恒生物的生物法 L-丙氨酸 为例,其平均售价为 1.6 万元/吨,毛利率为 45%左右;对比本公司酶法生产的 L-丙氨酸, 平均售价为 2 万元/吨,毛利率在 10%-25%之间
13、波动。1.3 合成生物学企业的分类按照产业链所处位置,可将合成生物学产业按上、中、下游进行分拆。其中,上游主要开 发使能技术,包括 DNA/RNA 合成、测序与组学,以及数据相关的技术、产品和服务等。 中游主要是平台型公司,提供技术赋能、构建平台型生物,涉及对生物系统和生物体进行 设计、开发和改造等。下游企业主要涉及实际应用和产品的落地,渗透到健康和保健、食 品和农业、化学品和日用品等众多领域。按照不同的研发和应用方向,我们将涉及合成生物学的企业分为以下五类:1)提供平台 化服务类公司;2)生产人造生物组件,如生产蛋白类物质的公司;3)“细胞工厂”类公 司,利用微生物改造生产化合物产品;4)医
14、疗诊断类公司;5)应用于农业环境及能源等 领域的公司。具体来看:1)平台化公司:通常与 DNA 相关,如 DNA 测序、合成等,属于合成生物学领域的最最 底层技术。目前 DNA 测序和合成成本已经有了明显下降,但还有很多可以改进的地 方。DNA 测序技术如新一代的牛津纳米孔测序(Oxford Nanopore),其开拓了新的应 用场景和方向。DNA 合成技术方面代表者有如 Twist 公司的超高通量芯片合成 DNA, 以及酶法合成 DNA,可一次性合成更长的 DNA 序列,走在前面的有 GenScript 公司。 此外,平台型公司还包括涉及菌株改造和生产技术的公司,例如 Ginkgo 公司(G
15、inkgo Bioworks)可高通量、自动化地对菌株进行改造,其不参与下游生产而是专门做菌株 的设计和筛选。国内也有很多类似公司,知名的如恩和生物(Bota Bio)等。2)生产蛋白类物质的公司:如诺维信,可生产大宗蛋白酶类。此外,酶催化公司拥有大 量的酶库,可替代化学合成来催化合成相应化合物,如合成医药相关中间体,代表性公司包括弈柯莱等。3)“细胞工厂”型公司:这是目前和化工产业关系最为密切的,也是产业化最成熟的公 司。其通过改造微生物生产具体化学品,可替代传统化工生产过程,如凯赛生物生产 的生物尼龙、金丹科技生产的 PLA、蓝晶生物生产的 PHA 等,此外还有如华恒生物、 梅花生物生产的
16、大宗化学品如氨基酸类等物质。其他还有与食品行业相关的产品,代 表性的如 Impossible Foods 公司通过酵母生产血红素,添加到植物大豆蛋白中生产人 造肉等。4)医疗诊断类公司:此类公司利用 CRISPR 基因编辑技术,改造微生物进行免疫疗法开 发,致力于攻克癌症和一些特殊疾病等。例如 Synlogic 公司改造微生物治疗苯丙酮尿 症,此外代表性公司还有 Editas、CRISPR Therapeutics 等海外公司,国内的博雅辑 因等。5)农业、能源及环境应用相关公司:此类目前以国外公司为主,涉及领域如生物固氮、 食品保存、CRIPSR 育种、提升农作物光合效率等。二、技术的发展与
17、迭代驱动行业螺旋式上升2.1 方法论:从随机走向理性,研发效率得以提升微生物/菌种是生物法生产化学品的核心,在 20 世纪 90 年代之前,目标产物高产菌株主 要通过天然微生物的筛选和非理性诱变育种技术获得。这种将随机突变和定向筛选相结合 的策略在工业菌株的开发上已经有诸多经典成功案例。然而,由于突变过程的随机性,这 种随机诱变策略往往花费时间长、工作量大,是一种典型的“以时间/人力换效果”的策 略。尽管如此,由于其具有操作简单、适用范围广、属于非转基因操作等优势,至今仍是 微生物育种的常用平台技术。随着 DNA 合成技术的发展,基于芯片的高通量、高保真 DNA 合成技术显著降低了合成 时间、
18、合成成本和错误率。同时,单个酶的大量合成和高通量筛选相结合,能有效解决外源基因的表达和翻译问题。而标准化的结构元件和调控元件文库,如启动子、核糖体结合 位点和信使 RNA 稳定区文库,为合成途径的创建提供了坚实的物质基础。基因编辑方面, CRISPR/Cas ( Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/ CRISPR-associated proteins)系统是近年发展起来的一种重要基因组定向编辑手段,该 系统可以特异性定位目标 DNA 序列,可用于调控基因表达强度、敲除基因、定点突变等。目前 CRISPR/Cas
19、技术已成功应用于大肠杆菌、谷氨酸棒杆菌、酿酒酵母等模式生物, 可用于生产脂肪酸、维生素、氨基酸、聚羟基脂肪酸酯(PHA)等多种化学品,是最主要 的基因组编辑手段之一。在此基础上科学家们通过人工设计 DNA 片段或途径引入合适的 底盘细胞,摆脱了非理性诱变筛选的局限性,可更有针对性地设计出理想性状的微生物细 胞工厂,研发效率大幅提升。未来,随着 DNA 大片段、多拷贝快速组装技术的进一步发展,微生物细胞工厂理性改造的效率将进一步显著提升。那么技术发展的未来及上限在哪里呢?自基因工程出现以来,人类对现有生物体加以人工修饰的技术一直都在飞速发展。通过合成生物学技术,我们可以按照自己的想法对基因序 列
20、进行插入、删除和修饰,从而启动生物体内新的通路,产生新的表型和代谢产物或者对 其计算机模拟计算。这些技术可以以前所未有的速度与效率,帮助我们对基因组内的基因 排列及所处环境进行研究,在我们已经掌握的遗传中心法则的基础上,为我们提供大量的 上帝视角并促使我们加以新的探索。但目前也存在着一些瓶颈,例如理性改造的成功率有 限、存在一定的逃逸几率等。此外,由于人类认知的有限,许多真正关键的改造靶点还尚 未被发现,因此现阶段的设计改造可能仍无法突破瓶颈。但随着生物信息学和各种组学技 术的快速发展,基因组范围内大量的未知功能基因位点逐渐被人们所认知,包括潜在的别 构调节区域、复杂的转录调节网络等。这些未知
21、功能区域实际上在整个细胞内发挥着举足 轻重的作用。高通量基因编辑技术和表型筛选技术的发展有可能为未来微生物细胞工厂的 构建范式带来革命性的变革。在此基础上科学家们有希望构建定制化的全基因组水平的细 胞工厂,解决单凭理性设计带来的全局限制。尽管如此,目前我们仍无法对随机诱变和理性设计哪个更好下定明确结论,因两者通常要紧密结合。随机诱变跟高通量筛选和硬件设备的提升有关,理性设计则与对机制的认识和软件有关。相信未来随着对微生物认知的提升及数据量增加,普适性的理性设计会越来越多,同时随机诱变或定向进化将作为辅助。2.2 底层技术及设备:迭代进步,为高通量测序、DNA合成和菌株筛选奠定基础DNA 测序技
22、术进步,测序成本快速下降,加速“读取”生物遗传密码。(1)测序技术的 发明。1977 年 Sanger 发明双脱氧链终止法 (Sanger 测序法)、Maxam 和 Gilbert 发明 化学降解法测序技术。随后第一代基因测序技术代表的 ABI3700 荧光标记自动核酸分析 仪(Sanger 测序法)的发明将基因测序带入自动化时代。2000年人类基因组计划完成, 当时使用的测序方法是通量较低的荧光标记毛细管电泳的 Sanger 测序方法。尽管 Sanger 测序有着测序读长长(500600bp)、错误率低(0.001%)的特点,但是其测序通量太 低、耗时太长(单次反应 10 小时),一个 96
23、 孔板 24 小时仅能测出 115kbp 的序列。也正 是由于当时测序技术的限制,人类基因组计划耗时近 8 年斥资近 30亿美元才测得大部分 的人类基因组。在资本和政策的刺激下,测序技术的研发和迭代迅速铺展开来。(2)下一 代测序 (Next Generation Sequencing,NGS)技术的出现。NGS 技术又称大规模平行测序或深度测序,包括第二代、第三代和第四代测序技术。具代表性的第二代测序平台有瑞士 Roche 公司的 454 测序技术,美国 Illumina 公司的基因组测序仪(Genome Analyzer,GA)、 HiSeq 2000 和 MiSeq,美国 ABI 公司的
24、寡聚物连接检测测序 (Sequencing by Oligo Ligation Detection,SOLiD)5500XL 等。第三代测序平台有美国 HelicosBiosciences 公司的 HeliScope 遗传分析系统和 Pacific Biosciences 公司的单分 子实时 (Single Molecule Real Time,SMRT) 测序技术。第四代测序技术有英国 Oxford Nanopore Technologies 公司的纳米孔测序技术。2019 年 3 月,市场调研机构 Grand View Research 预测,在未来几年新一代测序技术(NGS)的市场将以
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