DNAstar软件包的使用.ppt

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1、DNAstarDNAstar软件包的使用软件包的使用第三军医大学微生物学教研室第三军医大学微生物学教研室朱军民朱军民OverviewOverviewDNASTAR develops and supports DNASTAR develops and supports the best sequence analysis the best sequence analysis software for life scientists in software for life scientists in Pharmaceutical,Biotechnology,Pharmaceutical,Biot

2、echnology,Academic and Government Academic and Government Organizations worldwide.Organizations worldwide.DNASTARDNASTAR软件包软件包EditSeq EditSeq GeneQuest GeneQuest MapDraw MapDraw MegAlign MegAlign PrimerSelect PrimerSelect Protean Protean SeqManSeqManEditSeqEditSeq1.1.Edit and import sequences and Ed

3、it and import sequences and annotations annotations Translate,back-translate and Translate,back-translate and reverse complement sequences reverse complement sequences Locate Locate ORFsORFs and create annotations and create annotations Cut/paste sequence with inclusive Cut/paste sequence with inclu

4、sive annotations annotations EditSeqEditSeq included with all systems included with all systemsGeneQuest GeneQuest 2.2.Discover and annotate genes Discover and annotate genes Predict coding regions and splice Predict coding regions and splice sites sites Locate repeats,patterns,or areas Locate repea

5、ts,patterns,or areas matching known sequence data matching known sequence data Simulate Simulate agaroseagarose gel gel electrophoresiselectrophoresisMapDraw MapDraw 3.3.Locate restriction sites Locate restriction sites Create six types of linear and Create six types of linear and circular maps circ

6、ular maps View all six reading frames with View all six reading frames with sites and featuressites and featuresMegAlign MegAlign 4.4.Align DNA and protein sequences Align DNA and protein sequences Perform Perform pairwisepairwise,multiple and,multiple and dotplotdotplot alignments alignments Create

7、 Create phylogeneticphylogenetic trees trees Generate Generate subalignments subalignments Customize alignment displaysCustomize alignment displaysPrimerSelect PrimerSelect 5.5.Design primers or compare your own Design primers or compare your own primers against a sequence primers against a sequence

8、 template template Analyze primers for hairpins and Analyze primers for hairpins and dimers dimers View the consequences of primer View the consequences of primer mutationsmutationsProtean Protean 6.6.Predict protein structures Predict protein structures View PAGE simulations View PAGE simulations A

9、nalyze Analyze physicophysico-chemical-chemical properties properties Display results graphicallyDisplay results graphicallySeqMan SeqMan 7.7.Assemble sequences Assemble sequences Trim poor data and remove vector Trim poor data and remove vector Manage and order Manage and order contigs contigs Loca

10、te potential Locate potential SNPs SNPs Visualize traces and compare two Visualize traces and compare two consensus callsconsensus calls一、一、EditSeqEditSeqEditSeq EditSeq 是能够迅速、正确地输入，并且是能够迅速、正确地输入，并且修改修改DNA DNA 或蛋白质序列工具。每个或蛋白质序列工具。每个EditSeq EditSeq 文件都可以分为三个可编辑的部文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一分，上边的一

11、部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。部分里是评论，底部是序列的注释。Sequence Entry and ExportSequence Entry and Export EditSeq EditSeq 能读取大部分的序列格式能读取大部分的序列格式包包括括FASTAFASTA，GenBankGenBank，ABIABI、GCG GCG 和和ASCII ASCII 格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得

12、到。经经Entrez Entrez 或或BLAST BLAST 检索得到的序列可以检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。载。Editing and AnalysisEditing and Analysis 序列被打开后，序列被打开后，EditSeq EditSeq 能使用标准或者能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外，外，EditSeqEditSeq能以能以GenBankGenBank，FASTA FASTA 和和GC

13、G GCG 格式输出序列。格式输出序列。1.1.打开已有序列打开已有序列在在WindowsWindows里打开里打开“tethis21.seq”tethis21.seq”。从文件菜单（从文件菜单（FILE MENUFILE MENU），），选择选择OpenOpen。打开文件夹单击选定序列打开文件夹单击选定序列“TETHIS21”TETHIS21”。当当EditSeqEditSeq窗口打开时，序列长度显示在右窗口打开时，序列长度显示在右上角。上角。2.2.寻找开放读框寻找开放读框在这一部分中，我们将确定序列中的在这一部分中，我们将确定序列中的在这一部分中，我们将确定序列中的在这一部分中，我们将确

14、定序列中的ORFORFORFORF，并翻译并翻译并翻译并翻译它。它。它。它。从从从从SEARCH MENU SEARCH MENU SEARCH MENU SEARCH MENU 找到找到找到找到ORFORFORFORF，点击打开会出现下边点击打开会出现下边点击打开会出现下边点击打开会出现下边的对话框。的对话框。的对话框。的对话框。单击单击单击单击Find Next Find Next Find Next Find Next 寻找第一个寻找第一个寻找第一个寻找第一个ORF ORF ORF ORF 的位置。的位置。的位置。的位置。继续点击继续点击继续点击继续点击Find Next Find Ne

15、xt Find Next Find Next 直到你把直到你把直到你把直到你把ORF ORF ORF ORF 的位置选定的位置选定的位置选定的位置选定在某一位置。在某一位置。在某一位置。在某一位置。ORFORFORFORF的坐标会出现在的坐标会出现在的坐标会出现在的坐标会出现在EditSeq EditSeq EditSeq EditSeq 窗口窗口窗口窗口的顶端附近。的顶端附近。的顶端附近。的顶端附近。3.3.DNA DNA 序列翻译序列翻译对对ORFORF进行翻译，当然任何序列中的读框内进行翻译，当然任何序列中的读框内部分（三联）都可以用下面的方法进行翻部分（三联）都可以用下面的方法进行翻译

16、。译。选定选定ORFORF，从从GOODIES MENU GOODIES MENU 菜单中选择翻菜单中选择翻译（译（TranslateTranslate）。）。翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如下图）。它是使用标准的遗传窗口中（如下图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。密码翻译的。4.4.序列的反向互补及反向转换序列的反向互补及反向转换下面的步骤可以用于反向测定的序列的正下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。确输入。选定序列。选定序列。从从GOODIES MENU GOODIES MENU 菜单，选反向互补序列菜单，选反向互补序列（Rever

17、se ComplementReverse Complement），），或者把序列颠或者把序列颠倒过来（倒过来（Reverse SequenceReverse Sequence）命令，则被命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。5.5.序列信息查看序列信息查看现在我们要使用现在我们要使用EditSeq EditSeq 菜单指令查看有菜单指令查看有关打开的关打开的TETHIS21.seqTETHIS21.seq 序列的信息。序列的信息。选定序列的一部分。如果你是希望全选序选定序列的一部分。如果你是希望全选序列，从列，从EDIT MENU EDIT MENU

18、 菜单，选择菜单，选择Select AllSelect All。从从GOODIES MENU GOODIES MENU 菜单，选菜单，选DNA DNA StatisticsStatistics，就会出现下面的窗口，显示就会出现下面的窗口，显示序列信息。序列信息。6.6.序列的保存与输出序列的保存与输出首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选NewNewNewNew中的中的中的中的New DNANew DNANew DNANew DNA，或者或者或者或者New Prot

19、einNew ProteinNew ProteinNew Protein。将序列写入出现的窗口。将序列写入出现的窗口。将序列写入出现的窗口。将序列写入出现的窗口。如果你输入非法字符，计算机会发出警告。如果你输入非法字符，计算机会发出警告。如果你输入非法字符，计算机会发出警告。如果你输入非法字符，计算机会发出警告。然后，我们将序列保存为然后，我们将序列保存为然后，我们将序列保存为然后，我们将序列保存为EditSeqEditSeqEditSeqEditSeq文件：文件：文件：文件：从文件菜单，选从文件菜单，选从文件菜单，选从文件菜单，选SaveSaveSaveSave。选定保存位置。选定保存位置。

20、选定保存位置。选定保存位置。给序列命名。给序列命名。给序列命名。给序列命名。单击保存则可。单击保存则可。单击保存则可。单击保存则可。以以GenBankGenBank或或GCGGCG格式保存序列：格式保存序列：从文件菜单，选从文件菜单，选ExportExport。选定保存位置。选定保存位置。为为sequence(s)sequence(s)选格式。选格式。给给sequence(s)sequence(s)命名。命名。单击保存则可。单击保存则可。以以以以FASTAFASTAFASTAFASTA格式保存序列：格式保存序列：格式保存序列：格式保存序列：从文件菜单，选从文件菜单，选从文件菜单，选从文件菜单，

21、选ExportExportExportExport（1 1 1 1个序列），或者个序列），或者个序列），或者个序列），或者Export All As OneExport All As OneExport All As OneExport All As One（多个序列）。当使用多个序列）。当使用多个序列）。当使用多个序列）。当使用Export All As OneExport All As OneExport All As OneExport All As One的时候，如果的时候，如果的时候，如果的时候，如果DNADNADNADNA和蛋白质和蛋白质和蛋白质和蛋白质文件同时存在，激活窗口的序列

22、类型与你保存文件同时存在，激活窗口的序列类型与你保存文件同时存在，激活窗口的序列类型与你保存文件同时存在，激活窗口的序列类型与你保存的类型是一致的。的类型是一致的。的类型是一致的。的类型是一致的。EditSeqEditSeqEditSeqEditSeq仅仅将写入的序列保仅仅将写入的序列保仅仅将写入的序列保仅仅将写入的序列保存为存为存为存为FASTAFASTAFASTAFASTA格式。格式。格式。格式。选定保存位置。选定保存位置。选定保存位置。选定保存位置。选选选选FASTAFASTAFASTAFASTA格式。格式。格式。格式。给给给给sequence(s)sequence(s)sequence

23、(s)sequence(s)命名。命名。命名。命名。单击保存则可。单击保存则可。单击保存则可。单击保存则可。二、二、GeneQuestGeneQuest GeneQuest GeneQuest可以帮助你发现和注释可以帮助你发现和注释DNADNA序列中序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNADNA的其他的其他featurefeature：包括包括ORFSORFS、拼接点连接，转录因子结合拼接点连接，转录因子结合位点、重复序列、限制性内切酶酶切位点等。通位点、重复序列、限制性内切酶酶切位点等。通过应用过应用“methods”methods”到序列，序列的到序

24、列，序列的featurefeature可以可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的何你发现的featurefeature。和其它的应用程序一样，和其它的应用程序一样，GeneQuestGeneQuest也提供整合的也提供整合的BLASTBLAST和和EntrezEntrez寻找功能。寻找功能。Sequence EntrySequence Entry GeneQuestGeneQuest能直接打开能直接打开DNASTARDNASTAR，ABIABI和和GenBankGenBank文件。其他格式的序列文件也可文件。其他格式的序列文件也可以使

25、用以使用EditSeqEditSeq改为改为DNASTARDNASTAR格式。如果你格式。如果你知道知道GenbankGenbank序列的登录号或名称，你可序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。另外，你还可以在以直接打开序列。另外，你还可以在EntrezEntrez数据库进行序列查找和输入。数据库进行序列查找和输入。GeneQuestGeneQuest的的DNADNA分析方法分析方法打开打开GeneQuestGeneQuest文件后，下一步是选择应文件后，下一步是选择应用方法。应用方法后，结果的图形显示可用方法。应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴趣的以帮助你了解序列上感兴趣的

26、featuresfeatures。打开序列后，你会发现只有几种方法应用打开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展示在窗口内。在这一部分中，后的结果展示在窗口内。在这一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。的分析。TitleTitle给文件取名。给文件取名。RulerRuler在文件中加入标尺。在文件中加入标尺。SequenceSequence显示文件中的序列。显示文件中的序列。Patterns-MatrixPatterns-Matrix方法的运算参数。方法的运算参数。Patterns-SignalPatterns-Signal转录因子结合位

27、点转录因子结合位点数据库。数据库。Patterns-Type-In PatternsPatterns-Type-In Patterns使用键使用键盘输入运算所需的盘输入运算所需的PatternPattern参数。参数。Repeats-Inverted RepeatsRepeats-Inverted RepeatsRepeats-Inverted RepeatsRepeats-Inverted Repeats寻找反向重复寻找反向重复寻找反向重复寻找反向重复序列。序列。序列。序列。Repeats-Dyad RepeatsRepeats-Dyad RepeatsRepeats-Dyad Repeat

28、sRepeats-Dyad Repeats寻找寻找寻找寻找DyadDyadDyadDyad重复和重复和重复和重复和palindromespalindromespalindromespalindromes。Repeats-Direct RepeatsRepeats-Direct RepeatsRepeats-Direct RepeatsRepeats-Direct Repeats寻找正向重复序寻找正向重复序寻找正向重复序寻找正向重复序列。列。列。列。Gene Finding-DNA FinderGene Finding-DNA FinderGene Finding-DNA FinderGene

29、Finding-DNA Finder在打开的在打开的在打开的在打开的DNADNADNADNA序列中寻找指定序列中寻找指定序列中寻找指定序列中寻找指定DNADNADNADNA序列。分别显示正义链序列。分别显示正义链序列。分别显示正义链序列。分别显示正义链和反义链的寻找结果。和反义链的寻找结果。和反义链的寻找结果。和反义链的寻找结果。Gene Finding-Protein FinderGene Finding-Protein FinderGene Finding-Protein FinderGene Finding-Protein Finder在打开的在打开的在打开的在打开的蛋白质序列中寻找指定

30、蛋白质序列中寻找指定蛋白质序列中寻找指定蛋白质序列中寻找指定DNADNADNADNA序列的翻译序列。显序列的翻译序列。显序列的翻译序列。显序列的翻译序列。显示结果为全部示结果为全部示结果为全部示结果为全部6 6 6 6个读框。个读框。个读框。个读框。Enzymes-Restriction MapEnzymes-Restriction MapEnzymes-Restriction MapEnzymes-Restriction Map用用用用DNASTARDNASTARDNASTARDNASTAR酶目酶目酶目酶目录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。录

31、中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。Coding Prediction-BorodovskyCoding Prediction-BorodovskyCoding Prediction-BorodovskyCoding Prediction-Borodovsky用用用用Borodovskys MarkovBorodovskys MarkovBorodovskys MarkovBorodovskys Markov方法来识别潜在的基因方法来识别潜在的基因方法来识别潜在的基因方法来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。编码区，并以图形方式展示。编码区，并

32、以图形方式展示。编码区，并以图形方式展示。Coding Prediction-Starts Stops ORFsCoding Prediction-Starts Stops ORFsCoding Prediction-Starts Stops ORFsCoding Prediction-Starts Stops ORFs根据指定的根据指定的根据指定的根据指定的ORFsORFsORFsORFs的最小长度，寻找可能的开放的最小长度，寻找可能的开放的最小长度，寻找可能的开放的最小长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的读框，可以选择是否需要

33、起始密码子。读框的读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。启始和中止点分别展示。启始和中止点分别展示。启始和中止点分别展示。Coding PredictionLocal Compositional Coding PredictionLocal Compositional Coding PredictionLocal Compositional Coding PredictionLocal Compositional ComplexityComplexityComplexityComplexity根据根据根据根据ShannonShannonShannonShannon信息学

34、原理寻找有信息学原理寻找有信息学原理寻找有信息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。基因编码提示信息的区域。基因编码提示信息的区域。基因编码提示信息的区域。Base Contents-Base DistributionBase Contents-Base DistributionBase Contents-Base DistributionBase Contents-Base Distribution序列上序列上序列上序列上4 4 4 4种碱基、种碱基、种碱基、种碱基、A+TA+TA+TA+T和和和和G+CG+CG+CG+C的频率、分布，以及的频率、分布，以及的频率、分布，以及的频率、分布，以及

35、ATATATAT和和和和gcgcgcgc分布区域。分布区域。分布区域。分布区域。Bent DNA-Bending IndexDNABent DNA-Bending IndexDNABent DNA-Bending IndexDNABent DNA-Bending IndexDNA折叠预测。折叠预测。折叠预测。折叠预测。1.1.用分析方法操作用分析方法操作调用新的调用新的调用新的调用新的GeneQuestGeneQuestGeneQuestGeneQuest方法的步骤是：从方法的步骤是：从方法的步骤是：从方法的步骤是：从More More More More MethodsMethodsMeth

36、odsMethods中选择方法，加入方法帘（中选择方法，加入方法帘（中选择方法，加入方法帘（中选择方法，加入方法帘（method method method method curtaincurtaincurtaincurtain），），），），待方法运行完毕后，选择性的拖取待方法运行完毕后，选择性的拖取待方法运行完毕后，选择性的拖取待方法运行完毕后，选择性的拖取结果放入分析界面（结果放入分析界面（结果放入分析界面（结果放入分析界面（assay surfaceassay surfaceassay surfaceassay surface）即可（见即可（见即可（见即可（见下图）。在本节中，我们使用

37、下图）。在本节中，我们使用下图）。在本节中，我们使用下图）。在本节中，我们使用Bent DNA-Bent DNA-Bent DNA-Bent DNA-Bending IndexBending IndexBending IndexBending Index方法进行分析。方法进行分析。方法进行分析。方法进行分析。从从从从ANALYSIS MENUANALYSIS MENUANALYSIS MENUANALYSIS MENU选择选择选择选择Show Available Show Available Show Available Show Available MethodsMethodsMethods

38、Methods可以打开方法帘，也可以通过拖动分析可以打开方法帘，也可以通过拖动分析可以打开方法帘，也可以通过拖动分析可以打开方法帘，也可以通过拖动分析界面左上角的小环打开方法帘。方法帘中包括界面左上角的小环打开方法帘。方法帘中包括界面左上角的小环打开方法帘。方法帘中包括界面左上角的小环打开方法帘。方法帘中包括已经用于分析的全部方法。已经用于分析的全部方法。已经用于分析的全部方法。已经用于分析的全部方法。你将注意到方法帘没有你将注意到方法帘没有你将注意到方法帘没有你将注意到方法帘没有Bent DNA-Bending Bent DNA-Bending Bent DNA-Bending Bent D

39、NA-Bending Index methodIndex methodIndex methodIndex method。在方法帘的顶端，点击在方法帘的顶端，点击在方法帘的顶端，点击在方法帘的顶端，点击More More More More MethodsMethodsMethodsMethods打开一个下拉菜单，其中有可以用于分打开一个下拉菜单，其中有可以用于分打开一个下拉菜单，其中有可以用于分打开一个下拉菜单，其中有可以用于分析的所有方法，点击析的所有方法，点击析的所有方法，点击析的所有方法，点击Bent DNA-Bending Bent DNA-Bending Bent DNA-Bendi

40、ng Bent DNA-Bending Index methodIndex methodIndex methodIndex method，该方法就进入了方法帘。该方法就进入了方法帘。该方法就进入了方法帘。该方法就进入了方法帘。若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击其右边的三角形。如果图标前有数字表明该方其右边的三角形。如果图标前有数字表明该方其右边的三角形。如果图标前有数字表明该方其右边的三角形。如果图标前有数字表明该方法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们法已经使用，数

41、字表示应用的次数。因为我们法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们还没有应用还没有应用还没有应用还没有应用Bent DNA-Bending IndexBent DNA-Bending IndexBent DNA-Bending IndexBent DNA-Bending Index，所以所以所以所以点击三角形，会发现图标前没有数字。点击三角形，会发现图标前没有数字。点击三角形，会发现图标前没有数字。点击三角形，会发现图标前没有数字。点击白颜色的位置去除对图标的选择。点击白颜色的位置去除对图标的选择。点击白颜色的位置去除对图标的选择。点击白颜色的位置去除对

42、图标的选择。单击选定单击选定单击选定单击选定“Bend Region,”Bend Region,”Bend Region,”Bend Region,”，将其拖到分析界将其拖到分析界将其拖到分析界将其拖到分析界面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会以小盒子的形式显示出来。以小盒子的形式显示出来。以小盒子的形式显示出来。以小盒子的形式显示出来。2.2.以以RNARNA折叠形式查看序列的一折叠形式查看序列的一部分部分选定目的序列，在选定目的序列，在ANALYSIS MENURNA

43、ANALYSIS MENURNA菜单菜单中选择中选择Fold as RNAFold as RNA命令。命令。3.3.序列酶切，模仿序列酶切，模仿agaroseagarose凝胶凝胶电泳判定大小电泳判定大小打开方法帘（打开方法帘（method curtainmethod curtain）。）。从从More MethodsMore Methods中选择中选择Enzymes-Enzymes-Restriction Map Restriction Map 加入方法帘。加入方法帘。单击图标左边的蓝色三角形，打开内切酶单击图标左边的蓝色三角形，打开内切酶一览表。注意方法帘仅仅显示那些最少切一览表。注意方法

44、帘仅仅显示那些最少切割一次割一次DNADNA序列的酶。刚打开酶一览表时，序列的酶。刚打开酶一览表时，所有的酶都被选中了，在空白处单击一下所有的酶都被选中了，在空白处单击一下去除选定。去除选定。选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看见该酶的酶切位点在序列上的位置。见该酶的酶切位点在序列上的位置。从从SITES&FEATURES MENUSITES&FEATURES MENU菜单选择菜单选择Agarose Gel SimulationAgarose Gel Simulation。新窗口即显示酶切片段在新窗口即显示酶切片段在electrophoreticelectr

45、ophoretic的分离情况（如图）。的分离情况（如图）。4.4.保存分析文件保存分析文件从文件菜单，选保存。从文件菜单，选保存。选定文件的保存位置，给文件命名。选定文件的保存位置，给文件命名。单击保存。单击保存。你所应用和展示的所有信息都会被保存。你所应用和展示的所有信息都会被保存。三、三、MapDrawMapDraw根据实验设计，分析和实验结果的展示需根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，要的不同，MapDrawMapDraw可以制作可以制作6 6种类的酶切种类的酶切图。从简单的线性图到有注释的环形图，图。从简单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切位点的同时，还可以同在展示限

46、制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列的时展示序列的featurefeature，六个读框及其翻六个读框及其翻译结果。译结果。MapDrawMapDraw也以自动展示从也以自动展示从GenBankGenBank输入序列的输入序列的featuresfeatures。你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外，你可以用手工选任何酶切位点的位点。另外，你可以用手工选任何酶切位点的位点。另外，你可以用手工选任何酶切位点的位点。另外，你可以用手工选任何酶切位点的结合。酶切位点过

47、滤器（结合。酶切位点过滤器（结合。酶切位点过滤器（结合。酶切位点过滤器（filtersfiltersfiltersfilters）也可以使用也可以使用也可以使用也可以使用Boolean operatorsBoolean operatorsBoolean operatorsBoolean operators联合使用。联合使用。联合使用。联合使用。MapDrawMapDrawMapDrawMapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实验，工具能使你规划酶切位点和克隆实验，工具能使你规划酶切位点和克隆实验，工具能使你规划酶切位点和克隆实验，产生详细，充分地结果概括。和其他应用程序产生详细，充分地结果概

48、括。和其他应用程序产生详细，充分地结果概括。和其他应用程序产生详细，充分地结果概括。和其他应用程序一样，一样，一样，一样，MapDrawMapDrawMapDrawMapDraw也提供整合的也提供整合的也提供整合的也提供整合的BLASTBLASTBLASTBLAST查找功能。查找功能。查找功能。查找功能。1.1.新酶切图制作新酶切图制作我们以一段我们以一段DNADNA序列序列Demo Sequences.”Demo Sequences.”文文件夹下的件夹下的“tethis21.seq”tethis21.seq”为例。首先为例。首先我们寻找能够切割其序列的酶切位点。我们寻找能够切割其序列的酶切位

49、点。从文件菜单选择从文件菜单选择NewNew打开右边的对话框。打开右边的对话框。打开打开“Demo Sequences”Demo Sequences”文件夹。文件夹。双击打开双击打开TETHIS21.seqTETHIS21.seq（见下）。见下）。2.2.过滤器类型过滤器类型过滤器（过滤器（过滤器（过滤器（filterfilterfilterfilter）是你定义的可以使用的酶切位是你定义的可以使用的酶切位是你定义的可以使用的酶切位是你定义的可以使用的酶切位点的集合。在你自定义过滤器之前，所有酶切点的集合。在你自定义过滤器之前，所有酶切点的集合。在你自定义过滤器之前，所有酶切点的集合。在你自定

50、义过滤器之前，所有酶切位点都会用于序列分析。你可以用和或来组位点都会用于序列分析。你可以用和或来组位点都会用于序列分析。你可以用和或来组位点都会用于序列分析。你可以用和或来组合过滤器。合过滤器。合过滤器。合过滤器。MapDrawMapDrawMapDrawMapDraw内置的过滤器如下：内置的过滤器如下：内置的过滤器如下：内置的过滤器如下：OverhangOverhangOverhangOverhang过滤器是根据一套你定义的过滤器是根据一套你定义的过滤器是根据一套你定义的过滤器是根据一套你定义的OverhangOverhangOverhangOverhang准则归类的酶切位点。这些准则包括准