微生物的进化系统发育.ppt
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1、第九章第九章 微生物的进化、系统发育与分微生物的进化、系统发育与分类鉴定类鉴定了解微生物的分类鉴定方法类型了解微生物的分类鉴定方法类型了解作为进化时钟的测量指征了解作为进化时钟的测量指征了解了解rRNA序列测定与分析方法序列测定与分析方法熟悉细菌分类的常用类群术语熟悉细菌分类的常用类群术语熟悉微生物的快速鉴定和自动化分析技术熟悉微生物的快速鉴定和自动化分析技术1最早的生命形式最早的生命形式地地球球已已经经存存在在大大约约46亿亿年年,微微生生物物生生命命的的化化石石证证据据存存在在于于具具有有36亿亿年年历历史史和和不不到到36亿亿年年的岩石中。的岩石中。早早期期地地球球是是无无氧氧的的,并并
2、且且比比现现在在的的地地球球热热得得多多;最最早早的的生生化化化化合合物物是是通通过过无无氧氧合合成成产产生的,为生命的起源提供了可能。生的,为生命的起源提供了可能。最古老的微生物可能为最古老的微生物可能为厌氧光养微生物厌氧光养微生物。2 2进化的测量指征进化的测量指征 进进化化(evolutionevolution):生生物物在在与与其其生生存存环环境境相相互互作作用用过过程程中中,随随着着时时间间发发生生一一系系列列不不可可逆逆的的遗遗传传信信息息变变化化,导导致致其其表表型型改改变变和和对对生生存环境的相对适应。存环境的相对适应。进化时钟进化时钟(evolutionary clock)(
3、evolutionary clock)可可用用于于衡衡量量进进化化的的变变化化的的细细胞胞大大分分子子。两两个个种种间间的的进进化化距距离离可可以以用用两两个个种种同同源源大大分分子子的的核苷酸或氨基酸的序列差异进行衡量。核苷酸或氨基酸的序列差异进行衡量。1 1)做为进化时钟的大分子的条件)做为进化时钟的大分子的条件1)1)该分子广泛分布于用于研究的类群。该分子广泛分布于用于研究的类群。2)2)在在每每种种生生物物中中必必须须功功能能上上同同源源(功功能能上上不相关的分子不具有序列相似性)。不相关的分子不具有序列相似性)。3)3)分子序列能线性排列,有利于分析比较。分子序列能线性排列,有利于分
4、析比较。4)4)序列变化率与测得的进化距离相一致序列变化率与测得的进化距离相一致2 2)做为进化时钟的核糖体)做为进化时钟的核糖体RNARNA最最适适合合于于揭揭示示各各类类生生物物亲亲缘缘关关系系的的是是rRNA,rRNA,尤其是尤其是16SrRNA16SrRNA.优优点点:功功能能稳稳定定、分分布布广广泛泛、有有适适当当的的保守性及相对分子质量适中等。保守性及相对分子质量适中等。现在能从互联网上获得超过现在能从互联网上获得超过10 00010 000种的种的rRNArRNA序列序列(http:/)(http:/)的顺序和进化的顺序和进化 1 1)rRNArRNA序列测定和分析方法序列测定和
5、分析方法(1)1)寡核苷酸编目分析法寡核苷酸编目分析法 水解水解 电泳电泳 放射自显影放射自显影16S rRNA 16S rRNA 片段片段 片段分离片段分离 小片段分子序列确定小片段分子序列确定 相似性系数相似性系数 S SABAB=2N=2NABAB/(N/(NA A+N+NB B)核苷酸编目比较核苷酸编目比较 序列印迹法序列印迹法印印迹迹序序列列(signature signature sequencesequence):某某种种(群群)微微生生物物所所特特有有的的序序列列,出出现现在在某某一一特特定定系系统统发发育育群群的的全全部部成成员员或或绝绝大大多多数数成成员员中中,可可以以作作
6、为为该该系统发育群的标志。系统发育群的标志。(2)2)全序列分析法全序列分析法常用方法:常用方法:反转录酶和双脱氧序列分析反转录酶和双脱氧序列分析双脱氧核苷酸:双脱氧核苷酸:22,3-3-双脱氧核苷酸。双脱氧核苷酸。系统发育树(系统发育树(phylogenetic treephylogenetic tree)2)由)由rRNA测序提示的系统发育树测序提示的系统发育树 通过比较通过比较rRNA序列分析表明:一般祖先开始的进化最初只序列分析表明:一般祖先开始的进化最初只有两个方向:有两个方向:细菌谱系和古生菌细菌谱系和古生菌-真核生物谱系真核生物谱系,而后古生,而后古生菌和真核生物分化产生两个主要
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