生物化学第十章酶的作用机制和酶的调节.ppt
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1、第十章第十章 酶的作用机制和酶的调节酶的作用机制和酶的调节一、酶的活性部位一、酶的活性部位二、酶催化反应的独特性质二、酶催化反应的独特性质三、影响酶催化效率的有关因素三、影响酶催化效率的有关因素四、酶催化反应机制的实例四、酶催化反应机制的实例五、酶活性的调节控制五、酶活性的调节控制六、同工酶六、同工酶2006-1-7一、酶的活性部位一、酶的活性部位活活性性中中心心:酶酶分分子子中中结结合合底底物物并并起起催催化化作作用用的的少少数数氨氨基基酸酸残残基基,包包括括底底物物结结合合部部位位(决决定定酶酶的的专专一一性性)、催催化化部位(决定酶所催化反应的性质)。部位(决定酶所催化反应的性质)。频频
2、率率最最高高的的活活性性中中心心的的氨氨基基酸酸残残基基:SerSer、HisHis、CysCys、TyrTyr、AspAsp、GluGlu、LysLys。不不需需要要辅辅酶酶的的酶酶:活活性性中中心心是是酶酶分分子子在在三三维维结结构构上上比比较较靠近的少数几个氨基酸残基或是这些残基的某些基团。靠近的少数几个氨基酸残基或是这些残基的某些基团。需需要要辅辅酶酶的的酶酶:辅辅酶酶分分子子或或辅辅酶酶分分子子的的某某一一部部分分结结构构往往往就是活性中心的组成部分。往就是活性中心的组成部分。(一)酶活性部位的特点(一)酶活性部位的特点2006-1-7接接触触残残基基:R1、R2、R6、R8、R9、
3、R163辅辅助助残残基基:R3、R4、R5、R164、R165结结 构构 残残 基基:R10、R162、R169非贡献残基:其它非贡献残基:其它2006-1-7酶蛋白酶蛋白必需残基必需残基非必需残基非必需残基活性中心活性中心活性中心外活性中心外接触残基接触残基辅助残基辅助残基结构残基结构残基结合残基结合残基催化基团催化基团(1 1)接触残基:)接触残基:结合基团,催化基团。结合基团,催化基团。(2 2)辅辅助助残残基基:不不与与底底物物接接触触,辅辅助助酶酶与与底底物物结结合合,协协助助接触残基。接触残基。上述两类残基构成上述两类残基构成酶活性中心酶活性中心。(3 3)结结构构残残基基:维维持
4、持酶酶分分子子三三维维构构象象,与与酶酶活活性性相相关关,但但不在酶活性中心范围内,属于酶活性中心以外的必需残基。不在酶活性中心范围内,属于酶活性中心以外的必需残基。上述三类残基统称酶的上述三类残基统称酶的必需基团必需基团(4 4)非贡献残基(非必需基团)非贡献残基(非必需基团)可可能能在在免免疫疫,酶酶活活性性调调节节,运运输输转转移移,防防止止降降解解等等方方面面起起作作用。用。2006-1-7酶活性部位的特点:酶活性部位的特点:(1 1)活活性性部部位位在在酶酶分分子子的的总总体体中中只只占占相相当当小小的的部部分分,往往只占整个酶分子体积的往往只占整个酶分子体积的1%-2%1%-2%;
5、(2 2)酶酶的的活活性性部部位位是是一一个个三三维维实实体体,具具有有三三维维空空间间结结构构。活活性性中中心心的的空空间间构构象象不不是是刚刚性性的的,在在与与底底物物接接触触时时表表现现出出一一定定的的柔柔性性和和运运动动性性。(邹邹承承鲁鲁研研究究酶酶变变性性的的工作)工作)(3 3)通过诱导契合酶和底物结合;)通过诱导契合酶和底物结合;(4 4)酶酶的的活活性性部部位位是是位位于于酶酶表表面面的的一一个个裂裂隙隙内内,裂裂隙隙内是一个相当疏水的环境,从而有利于同底物的结合内是一个相当疏水的环境,从而有利于同底物的结合;(5 5)底物通过次级键较弱的力结合到酶上。)底物通过次级键较弱的
6、力结合到酶上。2006-1-7(二)研究酶活性部位的方法(二)研究酶活性部位的方法(1 1)通通过过酶酶的的专专一一性性:研研究究酶酶的的专专一一性性底底物物的的结结构构特特点、酶的竞争性抑制剂结构特点等。点、酶的竞争性抑制剂结构特点等。(2 2)酶酶的的化化学学修修饰饰法法:例例如如1.1.用用共共价价修修饰饰的的试试剂剂作作用用于于酶酶,查查明明保保持持酶酶活活力力的的必必需需基基团团;2.2.亲亲和和标标记记(合合成成底物类似物);底物类似物);3.SH3.SH保护剂的使用。保护剂的使用。(3 3)X X射线晶体衍射法射线晶体衍射法(4 4)分子生物学的方法)分子生物学的方法2006-1
7、-7二、酶催化反应的独特性质二、酶催化反应的独特性质(1 1)酶酶反反应应分分为为两两类类:仅仅涉涉及及电电子子转转移移和和涉涉及及电电子子和和质子两者或者其他基团的转移质子两者或者其他基团的转移。(2 2)催催化化作作用用是是以以氨氨基基酸酸侧侧链链上上的的功功能能基基团团和和辅辅酶酶为为媒介。媒介。(3 3)酶催化反应的最适)酶催化反应的最适pHpH范围通常狭小。范围通常狭小。(4 4)酶酶分分子子很很大大,而而活活性性部部位位通通常常只只比比底底物物稍稍大大一一些些,一个巨大的酶结构对稳定活性部位的构象是必要的。一个巨大的酶结构对稳定活性部位的构象是必要的。(5 5)酶具有复杂的折叠结构
8、。)酶具有复杂的折叠结构。2006-1-7三、影响酶催化效率的有关因素三、影响酶催化效率的有关因素(一)底物和酶的(一)底物和酶的邻近效应与定向效应邻近效应与定向效应邻邻近近效效应应:酶酶与与底底物物形形成成中中间间复复合合物物后后使使底底物物之之间间、酶酶的的催催化化基基团团与与底底物物之之间间相相互互靠靠近近,提提高高了了反反应应基基团团的的有有效浓度。效浓度。定定向向效效应应:由由于于酶酶的的构构象象作作用用,底底物物的的反反应应基基团团之之间间、酶与底物的反应基团之间正确取向的效应。酶与底物的反应基团之间正确取向的效应。酶酶把把底底物物分分子子从从溶溶液液中中富富集集出出来来,使使它它
9、们们固固定定在在活活性性中中心心附附近近,反反应应基基团团相相互互邻邻近近,同同时时使使反反应应基基团团的的分分子子轨轨道以正确方位相互交叠,反应易于发生。道以正确方位相互交叠,反应易于发生。2006-1-7邻近效应与定向效应对反应速度的影响:邻近效应与定向效应对反应速度的影响:使底物浓度在活性中心附近很高使底物浓度在活性中心附近很高 酶对底物分子的电子轨道具有导向作用酶对底物分子的电子轨道具有导向作用 酶使分子间反应转变成分子内反应酶使分子间反应转变成分子内反应邻近效应和定向效应对底物起固定作用邻近效应和定向效应对底物起固定作用 2006-1-72006-1-7(二)底物的形变和诱导契合(二
10、)底物的形变和诱导契合酶酶中中某某些些基基团团可可使使底底物物分分子子的的敏敏感感键键中中某某些些基基团团的的电电子子云云密度变化,产生电子张力,降低了底物的活化能。密度变化,产生电子张力,降低了底物的活化能。酶酶从从低低活活性性形形式式转转变变为为高高活性形式,利于催化。活性形式,利于催化。底底物物形形变变,利利于于形形成成ESES复复合物。合物。底底物物构构象象变变化化,过过度度态态结结构,大大降低活化能。构,大大降低活化能。2006-1-7ZnZnGlu270Tyr248Arg145底物底物 羧羧羧羧肽肽肽肽酶酶酶酶结结结结合合合合底底底底物物物物前前前前后后后后构构构构象象象象变变变变
11、化化化化2006-1-7(三)(三)酸碱催化酸碱催化酶分子的一些功能基团起瞬时质子供体或质子受体的作用。酶分子的一些功能基团起瞬时质子供体或质子受体的作用。影影响响酸酸碱碱催催化化反反应应速速度度的两个因素的两个因素酸酸碱碱强强度度(pK(pK值值)。组组氨氨酸酸咪咪唑唑基基的的解解离离常常数数为为6 6,在在pH6pH6附附近近给给出出质质子子和和结结合合质质子子能能力力相相同同,是是最最活活泼泼的的催催化化基基团团。给给出出质质子子或或结结合合质质子子的的速速度度。咪咪唑唑基基最最快快,半寿期小于半寿期小于1010-10-10秒秒2006-1-7(四)共价催化(四)共价催化酶作为亲核基团或
12、亲电基团,与底物形成一个反应活性酶作为亲核基团或亲电基团,与底物形成一个反应活性很高的共价中间物。很高的共价中间物。酶酶亲亲核核基基团团:Ser-OHSer-OH,Cys-SHCys-SH,His-NHis-N、Asp-COOHAsp-COOH;底底物物亲亲电电中中心心:磷磷酰酰基基(-P=O-P=O),酰酰基基(-C=O-C=O),糖糖基基(Glu-C-Glu-C-OHOH)某某些些辅辅酶酶,如如焦焦磷磷酸酸硫硫胺胺素素和和磷磷酸酸吡吡哆哆醛醛等等也也可可以以参参与与共共价价催催化化作用。作用。催催化化剂剂通通过过与与底底物物形形成成反反应应活活性性很很高高的的共共价价过过渡渡产产物物,使使
13、反反应应活活化化能能降降低低,从从而而提提高高反反应应速速度度的的过过程程,称称为为共共价催化价催化。2006-1-7(五)(五)金属离子催化金属离子催化金金属属酶酶(metalloenzyme):metalloenzyme):含含紧紧密密结结合合的的金金属属离离子子,FeFe2+2+、CuCu2+2+、ZnZn2+2+、MnMn2+2+、CoCo3+3+。金属金属-激活酶(激活酶(metal-activatedenzyme):metal-activatedenzyme):含松散结合的含松散结合的金属离子,金属离子,NaNa+、K K+、MgMg2+2+、CaCa2+2+。金属离子参加的四种主
14、要催化途径金属离子参加的四种主要催化途径(1 1)通过结合底物为反应定向)通过结合底物为反应定向(2 2)通过自身价数的改变参加氧化还原反应)通过自身价数的改变参加氧化还原反应(3 3)屏蔽底物或酶活性中心的负电荷)屏蔽底物或酶活性中心的负电荷(4 4)金属离子通过水的离子化促进亲核催化。)金属离子通过水的离子化促进亲核催化。2006-1-7(六)多元催化和协同效应(六)多元催化和协同效应在酶催化反应中,常常是几个基元催化反应配合在一在酶催化反应中,常常是几个基元催化反应配合在一起共同起作用。起共同起作用。2006-1-7(七)活性部位微环境的影响(七)活性部位微环境的影响疏水环境疏水环境介电
15、常数低,加强极性基团间的作用。介电常数低,加强极性基团间的作用。电荷环境电荷环境在酶活性中心附近,往往有一电荷离子,可稳定过渡在酶活性中心附近,往往有一电荷离子,可稳定过渡态的离子态的离子 2006-1-7四、酶催化反应机制的实例四、酶催化反应机制的实例(一)溶菌酶(一)溶菌酶(lysozymelysozyme)NAG:N-乙酰氨基葡萄糖乙酰氨基葡萄糖NAM:N-乙酰氨基葡萄糖乳酸乙酰氨基葡萄糖乳酸2006-1-7 溶菌酶溶菌酶-底物复合物底物复合物酶切位点酶切位点2006-1-7溶菌酶活性中心与底物结合示意图溶菌酶活性中心与底物结合示意图Asp52Glu35(极性区)(极性区)(非极性区)(
16、非极性区)2006-1-7溶菌酶催化反应机理溶菌酶催化反应机理C1+非极性区非极性区极性区极性区HO-E环环H2O(广义酸碱催化)(广义酸碱催化)2006-1-7(二)(二)RNaseARNaseA RNase-RNase-底物复合物底物复合物底物复合物底物复合物2006-1-7RNase活性中心的酸碱催化机理活性中心的酸碱催化机理2006-1-7核糖核酸链受核糖核酸链受Rnase水解的位点水解的位点2006-1-7(三)羧肽酶(三)羧肽酶AA 羧肽酶活性中心羧肽酶活性中心羧肽酶活性中心羧肽酶活性中心ZnZnZnZn2+2+2+2+的中心作用的中心作用的中心作用的中心作用2006-1-7羧肽酶
17、活性中心必需基团与底物羧肽酶活性中心必需基团与底物羧肽酶活性中心必需基团与底物羧肽酶活性中心必需基团与底物间的结合间的结合间的结合间的结合2006-1-7ZnZn羧羧羧羧肽肽肽肽酶酶酶酶结结结结合合合合底底底底物物物物前前前前后后后后构构构构象象象象变变变变化化化化2006-1-7羧肽酶活性中心的共价催化机理羧肽酶活性中心的共价催化机理羧肽酶活性中心的共价催化机理羧肽酶活性中心的共价催化机理 1452006-1-7(四)丝氨酸蛋白酶(胰凝乳蛋白酶)(四)丝氨酸蛋白酶(胰凝乳蛋白酶)胰凝乳蛋白酶分子中催胰凝乳蛋白酶分子中催胰凝乳蛋白酶分子中催胰凝乳蛋白酶分子中催化三联体构象化三联体构象化三联体构
18、象化三联体构象His57Asp102Ser195Asp102His57Ser195His57102AspSer195A.酶分子中的电荷中继网酶分子中的电荷中继网B.加上底物后,从加上底物后,从Ser转移一个质子给转移一个质子给His,带正电荷的咪唑基通过带负电荷的带正电荷的咪唑基通过带负电荷的Asp静电静电相互作用被稳定相互作用被稳定Ser195102AspHis57底物底物2006-1-7氢键体系氢键体系-电荷中继网电荷中继网2006-1-7胰凝乳蛋白酶反应的详细机制(胰凝乳蛋白酶反应的详细机制(1)结合底物结合底物His57 质子供体质子供体形成共价形成共价ES复合物复合物C-N键断裂键断
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- 生物化学 第十 作用 机制 调节
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