生物信息数据库及生物信息分析软件应用.ppt
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1、实验一生物信息数据库及生物信息分析软件应用现代分子生物学大实验现代分子生物学大实验现代分子生物学大实验现代分子生物学大实验实验目的掌握生物信息学基本概念、原理及方掌握生物信息学基本概念、原理及方法法应用生物信息学的一些工具进行初步应用生物信息学的一些工具进行初步的生物信息分析的生物信息分析运用运用Primer Primier 5Primer Primier 5进行引物设计进行引物设计实验主要内容分子生物学数据库:掌握数据库的种类、分子生物学数据库:掌握数据库的种类、功能,文献查找方法功能,文献查找方法相似序列的数据库搜索:掌握相似序列的数据库搜索:掌握NCBINCBI中几种中几种基本局部序列比
2、对方法及几种单机软件的基本局部序列比对方法及几种单机软件的使用方法(使用方法(BlastnBlastn;BlastpBlastp;BlastxBlastx;tBlastntBlastn)。)。生物信息学单机软件介绍:生物信息学单机软件介绍:Primer Primier 5Primer Primier 5欧洲分子生物学实验室欧洲分子生物学实验室EMBL(European Molecular Biology Laboratory)EMBL(European Molecular Biology Laboratory)美国生物技术信息中心美国生物技术信息中心NCBI(National Center f
3、or Biotechnology Information NCBI(National Center for Biotechnology Information)日本遗传研究所日本遗传研究所DDBJ (DNA Data Bank of Japan)DDBJ (DNA Data Bank of Japan)国际权威数据库国际权威数据库蛋白质数据库蛋白质数据库 SWISS-PROT TrEMBL(translation of EMBL)PIR(Promoter information resource)PRF(Promoter research foundation)PDBSTR(Re-organi
4、zed Protein data Bank)Prosite 结构数据库结构数据库 PDB(Protein Data Bank)NDB(Nucleic Acid Database)DNA-bind Protein databaseswiss-3D IMAGE酶和代谢数据库酶和代谢数据库KEGG(Kyoto Eneyclopedin of genes&genemes)PKR(Protein Kinase Resource)文献数据库文献数据库PubMed OMIM Agricola常用数据库孟德尔人类遗传(OMIM),三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB),唯一人类基因序列集合(UniGene
5、),人类基因组基因图谱,分类学浏览器,同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划(CGAP)。Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列,定位,分类和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列,蛋白序列,大分子结构,全基因组,和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列,结构和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得,PubMed是一个网络搜索界面,可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问,包含了链接到参与的出版
6、商网络站点的全文文章。BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序,还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有:开放阅读框寻觅器(ORF Finder),电子PCR,和序列提交工具,Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器,提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。NCBI相关介绍核苷酸数据库核苷酸数据库dbESTdbEST EST来源于mRNA基因长度(300-400bp,数据长度足以分析编码的产物)或者全基因(已知)
7、5端或3端的cDNA序列(EST)300-400bp single-pass sequence(可能有误,如果要求2kb)dbSNPdbSNP 每100-300bp有一个SNPEPD EPD(Eukaryotic Promoter DatabaseEukaryotic Promoter Database)启动子数据库文献数据库文献数据库序列相关检索操作序列相关检索操作序列查询序列查询登录号(如登录号(如X58929X58929)序列名称(如序列名称(如SCARGCSCARGC)核酸同源性搜索核酸同源性搜索 BLASTBLAST分析分析浏览整个基因组浏览整个基因组直观显示各染色体,可以在染色体水
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