生化·第3章·酶.ppt
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1、生化第3章酶 Still waters run deep.流静水深流静水深,人静心深人静心深 Where there is life,there is hope。有生命必有希望。有生命必有希望1掌掌握握酶酶的的化化学学本本质质及及酶酶促促反反应应的的特特点点;掌掌握握酶酶的的结结构构与与功功能能;掌掌握握酶酶促促反反应应动动力力学学的基本内容。的基本内容。2熟悉不可逆抑制作用,酶原激活的意义。熟悉不可逆抑制作用,酶原激活的意义。3了了解解酶酶在在生生命命活活动动中中的的重重要要意意义义,金金属属离离子子的的作作用用,酶酶促促反反应应的的机机制制,可可逆逆性性抑抑制制作作用用的的动动力力学学特特
2、点点及及激激活活剂剂的的影影响响,酶酶的的命命名、分类,酶与医学的关系。名、分类,酶与医学的关系。目的与要求目的与要求 酶酶:由由活活细细胞胞合合成成的的以以蛋蛋白白质质为主的大分子生物催化剂。为主的大分子生物催化剂。大多数为大多数为蛋白质蛋白质少数为少数为核酸核酸核酶核酶(RNA)脱氧核酶脱氧核酶(DNA)底物底物(S)酶酶(E)产物产物(P)单体酶:由一条肽链构成的酶(具有三级结单体酶:由一条肽链构成的酶(具有三级结构)构)寡聚酶:由多个相同或不同亚基以非共价键寡聚酶:由多个相同或不同亚基以非共价键相连的酶(具有四级结构)相连的酶(具有四级结构)多酶体系或多酶复合体:由几种不同功能的多酶体
3、系或多酶复合体:由几种不同功能的酶聚合形成的多酶复合物。酶聚合形成的多酶复合物。多功能酶或串联酶:具有多种不同催化功能多功能酶或串联酶:具有多种不同催化功能的一条多肽链(由于基团融合形成)的一条多肽链(由于基团融合形成)一个团体一个团体一个全能一个全能运动员运动员 第一节第一节 酶的分子结构与功能酶的分子结构与功能单纯酶:氨基酸单纯酶:氨基酸结合酶:结合酶:蛋白质部分蛋白质部分+非蛋白质部分非蛋白质部分 一一、酶的分子组成、酶的分子组成 酶蛋白酶蛋白 +辅助因子辅助因子(无催化活性)(无催化活性)(无催化活性)(无催化活性)全酶全酶 (有催化活性)(有催化活性)=决定催化反应的决定催化反应的特
4、异性特异性全全酶酶酶蛋白酶蛋白辅助因子辅助因子金属离子金属离子小分子有机小分子有机化合物化合物(辅辅酶酶和和辅基辅基)作作用用:作作作作为为为为酶酶酶酶活活活活性性性性中中中中心心心心的的的的催催催催化化化化基基基基团团团团参参参参与与与与反反反反应应应应,传传传传递递递递电电电电子子子子;稳稳稳稳定定定定酶酶酶酶的的的的构构构构象象象象;中中中中和和和和阴阴阴阴离离离离子子子子;作为桥梁等作为桥梁等作为桥梁等作为桥梁等作作用用:参参加加催催化化过过程程,在在反反应应中中起起载载体体的的作作用用,传传递递电电子子、质质子子或或其其它它基基团团。通常含有通常含有B族维生素族维生素决定催决定催化反
5、应化反应的的类型类型和性质和性质转移基团转移基团辅酶或辅酶或辅基辅基所含维生素所含维生素氢原子氢原子NAD+/NADP+(辅酶辅酶/辅酶辅酶)PPFMN、FADB2硫辛酸硫辛酸硫辛酸硫辛酸醛基醛基TPPB1酰基酰基CoASH(辅酶辅酶A)泛酸泛酸CO2生物素生物素生物素生物素氨基氨基磷酸吡哆醛磷酸吡哆醛B6一碳单位一碳单位FH4四氢叶酸四氢叶酸叶酸叶酸二二、酶的活性中心酶的活性中心 必需基团必需基团(essential groupessential group):酶分子):酶分子中与酶的活性密切相关的基团。中与酶的活性密切相关的基团。酶酶的的必必需需基基团团在在一一级级结结构构上上可可能能相相
6、距距很很远远,但但在在空空间间结结构构上上彼彼此此靠靠近近,组组成成具具有有特特定定空空间间结结构构的的区区域域,能能与与底底物物特特异异结结合合并并发发挥挥催催化化作作用用,将将底底物物转转变变为为产产物物的的部部位位称称为为酶酶的的活活性性中中心心(active center)或活性部位。)或活性部位。酶活性中心的示意图AB 必必需需基基团团分分类类结合结合基团基团活性中心活性中心内内必需基团必需基团活性中心活性中心外外必需基团必需基团催化催化基团基团有些必需基团可兼有结合和催化两种功能有些必需基团可兼有结合和催化两种功能不参与酶活性中心的构成,但却为维持酶的空间构象所必需结合底物催化底物
7、这这些些必必需需基基团团的的改改变变会会影影响响酶酶的的空空间间结结构构,或或影影响响酶酶活活性性中中心心的的形形成成,使使其其丧丧失催化活性。失催化活性。酶活性中心的示意图酶促反应的速率一般用单位时间内酶促反应的速率一般用单位时间内底物底物的消耗量的消耗量或或产物的生成量产物的生成量表示。表示。酶活性单位:酶活性单位:国际单位(国际单位(IU)开特(开特(Kat)第二节第二节 酶的命名与分类酶的命名与分类Cysteine proteinase一一.酶的分类酶的分类国国际际生生物物化化学学与与分分子子生生物物学学会会酶酶学学委委员员会会根根据据酶催化的反应类型,将酶分为六大类:酶催化的反应类型
8、,将酶分为六大类:1.氧化还原酶类(氧化还原酶类(oxidoreductases)2.转移酶类(转移酶类(transferase)3.水解酶类(水解酶类(hydrolases)4.裂解酶类(裂解酶类(lyases)5.异构酶类(异构酶类(isomerases)6.合成酶类(或连接酶类合成酶类(或连接酶类 ligases)二、酶的命名二、酶的命名(一)酶的习惯命名法(一)酶的习惯命名法 绝绝大大多多数数的的酶酶是是依依据据其其所所催催化化的的底底物物命命名名,在在底底物物的的英英文文名名词词上上加加尾尾缀缀ase作作为为酶酶的的名名称称,如如水水解解脂脂肪的酶为脂肪酶肪的酶为脂肪酶(Lipase
9、)。某某些些酶酶根根据据其其所所催催化化的的反反应应类类型型或或方方式式命命名名,例例如如将将氨氨基基从从一一个个化化合合物物转转移移到到另另一一个个化化合合物物的的转转氨氨酶,催化脱氢的称为脱氢酶。酶,催化脱氢的称为脱氢酶。有有的的酶酶是是综综合合上上述述两两个个原原则则命命名名,如如乳乳酸酸脱脱氢氢酶酶,谷丙转氨酶等。谷丙转氨酶等。在在上上述述命命名名基基础础上上再再加加上上酶酶的的来来源源和和酶酶的的其其它它特特点,例如胃蛋白酶,碱性磷酸酶和酸性磷酸酶。点,例如胃蛋白酶,碱性磷酸酶和酸性磷酸酶。(二)酶的系统命名法二)酶的系统命名法国际生物化学会酶学委员会提出的系统命名国际生物化学会酶学
10、委员会提出的系统命名法的原则是以酶催化的整体反应为基础的。法的原则是以酶催化的整体反应为基础的。命名时应明确每种酶的底物及催化反应的性命名时应明确每种酶的底物及催化反应的性质(表质(表5-8),若有多个底物都要写明,其间),若有多个底物都要写明,其间用冒号(用冒号()隔开。)隔开。第三节第三节酶促反应特点与机制酶促反应特点与机制一、酶促反应的特点一、酶促反应的特点 它遵守一般催化剂的共同性质:它遵守一般催化剂的共同性质:1.在化学反应前后都没有质和量的改变;在化学反应前后都没有质和量的改变;2.只能促进热力学上允许进行的反应;只能促进热力学上允许进行的反应;3.能等效加速正、反两相反应,而不能
11、改变反应的平能等效加速正、反两相反应,而不能改变反应的平衡点,即不改变反应的平衡常数。衡点,即不改变反应的平衡常数。4.酶和一般催化剂都是通过酶和一般催化剂都是通过降低反应活化能降低反应活化能而使反应而使反应速率加快。速率加快。酶不同于一般催化剂的特点:酶不同于一般催化剂的特点:(一)(一)酶的催化效率极高酶的催化效率极高 酶酶的的催催化化效效率率通通常常比比非非催催化化反反应应高高1081012倍,倍,比一般催化剂高比一般催化剂高 1071013倍。倍。因为酶能大幅度的因为酶能大幅度的降低反应的活化能降低反应的活化能 活化分子:在任何一种热力学允许的活化分子:在任何一种热力学允许的反应体系中
12、底物分子平均能量较低,反应体系中底物分子平均能量较低,只有那些能量较高、达到或超过一定只有那些能量较高、达到或超过一定能量水平的分子才有可能发生化学反能量水平的分子才有可能发生化学反应,这些分子称为活化分子。应,这些分子称为活化分子。活化分子所具有的高出平均水平的能活化分子所具有的高出平均水平的能量称为活化能量称为活化能酶促反应活化能的改变酶促反应活化能的改变反应过程反应过程能能量量非催化反非催化反应活化能应活化能酶促反应酶促反应底物底物一般催化剂催一般催化剂催化反应活化能化反应活化能反应总能量改变反应总能量改变产物产物活化能活化能催化剂催化剂每摩尔需活化能每摩尔需活化能无无18 000J18
13、 000J胶态钯胶态钯11 700J11 700J过氧化氢酶过氧化氢酶2 000J2 000J过氧化氢分解反应所需活化能过氧化氢分解反应所需活化能(二)(二)酶具有高度特异性酶具有高度特异性 酶酶对对所所催催化化的的底底物物具具有有严严格格的的选选择择性性,既既一一种种酶酶只只作作用用于于一一种种或或一一类类化化合合物物,或或一一种种化化学学键键,催催化化一一定定的的化化学学反反应应并并产产生生一一定定结结构构的的产产物物,这这种种现现象象称称为为酶的特异性或专一性酶的特异性或专一性。根根据据各各种种酶酶对对其其底底物物结结构构要要求求的的程程度度不不同同,酶酶的的特特异异性性可可大大致致分分
14、为为以以下下三三种种:1、绝对特异性绝对特异性:有的酶只能作用于:有的酶只能作用于特定结构特定结构的的底物,进行一种专一的反应生成特定结构的产底物,进行一种专一的反应生成特定结构的产物,称之为绝对特异性(物,称之为绝对特异性(absolute specificity)。)。图图5-9 5-9 蔗糖酶的水解作用蔗糖酶的水解作用2、相对特异性相对特异性:大多数酶作用于:大多数酶作用于一类化合物或一类化合物或一种化学键一种化学键,这种不太严格的选择性称为相对,这种不太严格的选择性称为相对特异性(特异性(relative specificity)。)。3立体异构特异性立体异构特异性:一些酶仅能催化:一
15、些酶仅能催化一种立体异一种立体异构体构体进行反应,或其催化的结果只产生一种立体异进行反应,或其催化的结果只产生一种立体异构体,酶对立体异构物的选择性称为立体异构特异构体,酶对立体异构物的选择性称为立体异构特异性(性(stereospecificity)。)。图图5-11 5-11 乳酸脱氢酶的立体异构特异性乳酸脱氢酶的立体异构特异性(三)敏感性强(三)敏感性强酶的本质是蛋白质,所以酶的本质是蛋白质,所以不耐热,易于变性不耐热,易于变性酶活性的调节酶活性的调节(四)(四)酶活性的可调节性酶活性的可调节性 酶活性的调节酶活性的调节变构调节变构调节共价修饰共价修饰快速调节快速调节酶含量的调节酶含量的
16、调节酶蛋白合成的诱导酶蛋白合成的诱导酶蛋白合成的阻遏酶蛋白合成的阻遏 酶蛋白降解酶蛋白降解 慢调节慢调节酶原的激活酶原的激活原则:底物促进,产物抑制原则:底物促进,产物抑制 二、酶与底物的结合有利于形成过渡态二、酶与底物的结合有利于形成过渡态 S P中间产物学说:中间产物学说:E+S ES E+P不稳定不稳定E 酶酶底底物物复复合合物物的的形形成成和和诱诱导导契契合合学学说说:酶酶和和底底物物的的结结构构能能相相互互诱诱导导,并并导导致致相相互互变变形形,相相互互适适应应,进进而而二二者者达达到到紧紧密密结结合合,这这种种酶酶与与底底物物相相互互诱诱导导结结合合过过程程,称称为为诱诱导导契契合
17、合学学说说(induced-fit hypothesis)酶与底物结合的诱导契合学说示意图酶与底物结合的诱导契合学说示意图 第四节第四节 酶动力学酶动力学 S 初速度 v0VmaxKm1/2Vmax_ 图5-14 底物浓度对酶促反应速度的影响bca 酶促反应动力学是研究酶促反应的速酶促反应动力学是研究酶促反应的速率及其影响因素的科学。率及其影响因素的科学。S P E研究酶促反应动力学速率时前提:研究酶促反应动力学速率时前提:1、采采用用反反应应的的初初速速率率(不不考考虑虑逆逆反反应应)2、SE 酶应被完全饱和酶应被完全饱和 影响酶促反应速率的因素有影响酶促反应速率的因素有底物浓度、酶浓度、底
18、物浓度、酶浓度、pH、温度、温度、抑制剂抑制剂及及激活剂激活剂等等。研究某一因素对酶促反应速研究某一因素对酶促反应速率的影响时,其他因素应保持不率的影响时,其他因素应保持不变,不然会有干扰。变,不然会有干扰。一一.底物浓度对酶促反应速率的影响底物浓度对酶促反应速率的影响 呈矩形双曲线呈矩形双曲线 S 初初速速度度 v0Vm axKm1/2Vm ax_ 图图5-14 底底物物浓浓度度对对酶酶促促反反应应速速度度的的影影响响bca S 初初速速度度 v0VmaxKm1/2Vmax_ 图图5-14 底底物物浓浓度度对对酶酶促促反反应应速速度度的的影影响响bca在低底物浓度时,反应速率随底物浓度的增在
19、低底物浓度时,反应速率随底物浓度的增加而呈直线上升,这种反应速率与底物浓度加而呈直线上升,这种反应速率与底物浓度呈正比的反应为呈正比的反应为一级反应一级反应(a段)段)。当底物浓度继续增加,反应体系中酶分当底物浓度继续增加,反应体系中酶分子大部分与底物结合时,反应速率的增子大部分与底物结合时,反应速率的增高则渐渐变缓,即反应的第二阶段为混高则渐渐变缓,即反应的第二阶段为混合级反应合级反应(b段段)。S 初初速速度度 v0VmaxKm1/2Vmax_ 图图5-14 底底物物浓浓度度对对酶酶促促反反应应速速度度的的影影响响bca如底物浓度继续增加,所有的酶分子均如底物浓度继续增加,所有的酶分子均被
20、底物饱和,反应速率不再增加,此时被底物饱和,反应速率不再增加,此时反应速率与底物浓度的增加无关反应速率与底物浓度的增加无关,反应为反应为零级反应零级反应(c),曲线出现平坦。,曲线出现平坦。S 初初速速度度 v0VmaxKm1/2Vmax_ 图图 5-14 底底 物物 浓浓 度度 对对 酶酶 促促 反反 应应 速速 度度 的的 影影 响响bca Vmax 为最大反应速率(为最大反应速率(maximum velocity)S 为底物浓度为底物浓度 Km 为米氏常数(为米氏常数(Michaelis constant)V 为不同为不同S时的反应速率时的反应速率 VmaxSKm+SV=(一)米氏方程式
21、(一)米氏方程式反映底物浓度与反映底物浓度与反应速率的关系反应速率的关系 S 初初速速度度 v0VmaxKm1/2Vmax_ 图图5-14 底底物物浓浓度度对对酶酶促促反反应应速速度度的的影影响响bca当底物浓度很低时(当底物浓度很低时(SKm),分母),分母中的中的S可忽略不计,此时可忽略不计,此时VmaxSKm+SV=VmaxSKm V=反应速率与反应速率与S呈正比,呈正比,成一级反应成一级反应 S 初初速速度度 v0VmaxKm1/2Vmax_ 图图 5-14 底底 物物 浓浓 度度 对对 酶酶 促促 反反 应应 速速 度度 的的 影影 响响bca当底物浓度很高时(当底物浓度很高时(SK
22、m),),Km可可忽略不计,此时忽略不计,此时VmaxSKm+SV=VVmax反应速率不再反应速率不再增加,反应呈增加,反应呈零级反应零级反应(二)(二)Km和和Vmax的意义的意义1.当当反反应应速速率率为为最最大大速速率率一一半半时时,米米氏氏方方程为:程为:Km=S这表示这表示Km值等于酶促反应速率为最大速率值等于酶促反应速率为最大速率 一半时的底物浓度一半时的底物浓度。当当 时时2.Km可表示酶和底物的亲和力可表示酶和底物的亲和力 Vmax1/2VmaxKmKmSKm值愈值愈小小,E和和S的亲和力愈的亲和力愈大大Km值愈值愈大大,E和和S的亲和力愈的亲和力愈小小VmaxSKm+SV=3
23、.K Km m值值是是酶酶的的特特征征性性常常数数,它它与与酶酶结结构构,酶酶所所催催化化的的底底物物和和反反应应环环境境如如温温度度、pHpH、离离子子强强度度等等有有关关,而而与与酶浓度无关酶浓度无关。不同种类的酶的不同种类的酶的Km值不同值不同 如如果果一一种种酶酶有有多多个个底底物物,则则酶酶对对每每一一种种底底物物都都有有其其各各自自特特定定的的Km,而而其其中中Km值值最最小小的的底底物物称称为为该该酶酶的的最最适底物或天然底物适底物或天然底物某些酶的某些酶的Km值值 酶名称酶名称 底物底物 Km(mmol/L)过氧化氢酶过氧化氢酶 H2O2 25碳酸酐酶碳酸酐酶 H2CO3 9胰
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