B.1.617突变株及印度疫情.docx

《B.1.617突变株及印度疫情.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《B.1.617突变株及印度疫情.docx（7页珍藏版）》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。

1、正文目录突变株简介 3突变株结构分析 3传播能力5对疫苗效力的影响 6是否直接导致印度疫情高速增长7图表目录图表1： 突变株分国家数据3图表2： 突变株突变情况4图表3：刺突蛋白结构图5图表4：刺突蛋白上的酶切位点（用箭头标记）5图表5： 2020年以来印度已测序不同新冠突变病毒株的比例 6图表6：不同疫苗对各类突变株有效性对比6图表7：印度每日新发病例数及R值 7图表8：印度每日新增检测数及检测阳性率7图表9：印度疫苗接种情况8突变株简介突变株近期成为关注热点，但该变体已存在一段时间。最早的 7基因组测序结构于2020年10月5日从印度提交到全球共享流感数据 倡议组织（GISAID）数据库。

2、根据数据库信息，于2021年2月22日在 英国首次发现，2021年2月23日在美国首次发现。截至2021年4月19日， 已从21个国家提交的基因组数据中被确认。目前印度提交的B.1.617 基因组样本最多，其次是英国和美国。图表1 : 突变株分国家数据资料来源:GISAID, PANGO lineages,国家样本数（GISAID数据库）样本数（PANGO lineages 数据库）首次发现时间印度7867642020/10/5英国3342722021/2/22美国1131042021/2/23新加坡67672021/2/26澳大利亚30302021/3/16巴林22222021/4/5新西兰

3、11112021/3/9德国1592021/3/1以色列-2021/4/16全球（21国）14041272-突变株结构分析拥有共计13个突变，其中位于编码刺突蛋白的S基因上的突变共 计5个，需要重点关注的主要为484、452和681位点的变化。目前常见的 “双突变突变株，以及“三突变突变株，主要指代484、452位点或484、452 和681位点的突变，但该种说法并不准确，应当避免使用。图表2 : 突变株突变情况基因编码氨基酸实际核甘酸序列备注-C3457Tnsp3T1567IC4965Tnsp3:T749lorflabT3646AA11201Gnsp6:T77AM5753IG17523Tns

4、p13:M429lK6711RA20396Gnsp15:K259R-T21895CE154KG22022AS基因L452RT22917GE484QG23012CP681RC23604G0RF3aS26LC25469TORF7aV82AT27638CN基因R203MG28881T资料来源：英国公共卫生局（PHE）,I484位点：484位点此前已被发现存在于三个受到关注的突变株序列当中，分别为B.1.1.7 （英国）、B.1.351 （南非）以及P.1 （巴西）。此前 存在的突变为中为E484Q。根据C0VID-19基因组 学英国协会（COG-UK）报道，目前存在有限的证据显示E484Q可能 具有

5、一定的免疫逃逸特性，可以轻微地导致刺突蛋白与ACE2受体的 结合亲和力增加，部分自然感染过携带该突变位点SARS-CoV-2病毒 的患者的康复期血浆样本的中和作用降低。I452位点：452位点此前也存在于多个突变株序列中，包括B.1.427/429 （加利福尼亚），该突变也显示了有限的免疫逃逸特性， 并可能提高新冠病毒的传播能力。己感染SARS-CoV-2病毒的患者恢 复期血浆或实验室实验中的一些单克隆抗体对该突变株的中和作用存 在一定减弱。I 681位点：681位点突变也广泛存在于多个变体，包括B.1.1.7 （英 国）、B1.318、突变位于刺突蛋白Furin酶切位 点附近。刺突蛋白由两个

6、亚单位组成：N端S1亚单位，含有受体结合 域，与ACE2相互作用并诱导构象变化；而C端S2亚单位，含有融 合肽，负责融合病毒和人类细胞的膜。为了正常运作，刺突蛋白需 要被宿主蛋白酶裂解以分离两个亚单位，而S1/S2处的酶切会对刺突 蛋白的致病性产生影响，这可能意味着刺突蛋白的变化或其他变化。 但目前仍然需要更多的证据来了解中存在的特定突变组合所 导致的病毒变化。图表3:刺突蛋白结构图图表3:刺突蛋白结构图图表4 :刺突蛋白上的酶切位点（用箭头标记）资料来源：Stem Cell Research, Science Direct,资料来源：Stem Cell Research, Science D

7、irect,B1617传播能力考虑到L452R和E484Q的突变情况，突变株可能具有更强的传播 能力。但根据目前为止的数据，尚未有明确证据表明突变株传播能力 强于B.1.1.7 （英国）、B.1.351 （南非）以及P.1 （巴西）等突变株。7突变株的基因序列在印度提供的病毒序列中占比快速提升与印度新 一波疫情同时出现，但相同的上升趋势并不能直接说明突变株在多大程 度上推动了新一波疫情的传播。到目前为止，在新一波的近500万个病例 中，只有大约1000个来自印度的序列被公布，尽管占印度提交给 GISAID的基因组比例较高，但与感染病例总数相比仍然极小。且印度大多数测 序样本来自马哈拉施特拉邦和

8、西孟加拉邦，数据可能会受到各地不均衡测序的 影响。此外，由于突变株在2020年10月首次被测序，其占比并未迅速 提升，且近期上升幅度并未明显高于其他突变株。假如印度新一轮疫情快速传 播由突变株推动，考虑到较长的间隔时间，突变株的传播性可 能仍然比B.1.1.7 （英国）突变株要低。图表5 ： 2020年以来印度已测序不同新冠突变病毒株的比例图表5 ： 2020年以来印度已测序不同新冠突变病毒株的比例100%-83%-63%-43%-2比- 将2020-Jar2 必向2020-Mar 2O2O*Ap， 2 版-面 202Jui2C20-J 2C20-Aug 2020-Sep 20X-Dct 20

9、20M/2020ez2C21-an2O21-eb2021-Mar2021-Afr资料来源：nextstrain.org,对疫苗效力的影响目前主要已上市品种对B.1.1.7 （英国）、B.1.351 （南非）、P.1 （巴西）变 种病毒基本有效。对（加州）的变种病毒保护效力降低相对较多， 不过鉴于该毒株流行度较低，我们认为整体影响有限。并且，即使对部分变种 保护效力降低，但疫苗对造成入院、需要补充氧气和死亡等重症仍然有较好保 护力。图表6 ：不同疫苗对各类突变株有效性对比资料来源:生产厂商ModernaBioNtech/辉瑞阿斯利康/ 牛津强生Novavax国药科兴疫苗类型mRNAmRNA腺病毒

10、载体腺病毒载体重组蛋白灭活灭活未变异毒株有效性94%95%76%72%95.60%79.34%50.7%B.1.1.7 （英国）突变株有 效性抗体滴度下降2 倍，仍然有效抗体滴度微降， 仍然有效-85%-B.1.351 （南非）突变株有效性抗体滴度下降6 倍，仍然有效抗体滴度下降， 仍然有效抗体滴度下降9倍64%60%-P.1 （巴西）突变株有效 性-抗体滴度下降3 倍，仍然有效抗体滴度下降 3倍，仍有效-一-B. 1.427/429 （加州）突变株有效性有效率减半有效率减半-目前已上市疫苗对突变株保护效力的研究较少。根据印度Bharat Biotech和印度医学研究理事会（ICMR）公布的数

11、据，印度产灭活新冠疫苗 COVAXIN在III期临床中显示了对于当前印度流行毒株的较好保护效力； COVAXIN III期临床合计入组25800人，保护效力78%,对重症保护效力达 100%o同时，印度医学研究理事会（ICMR）与Bharat Biotech于4月23日发布 论文，主要阐述了 COVAXIN疫苗接种者血清对突变株的中和效果。 这项研究发现突变株的中和能力下降，但几何平均滴度（GMT）的下 降仅限于1.95倍，与之相比，突变株几何平均滴度（GMT）的下降为 1.84倍，并且在对接种BioNTech/辉瑞BNT162b2疫苗接种者的血清中也观察 到了类似的结果。结果显示，现有疫苗很

12、可能对存在于相近的保护效力，防护效果仍然较好。7是否直接导致印度疫情爆发印度近期C0VID-19病例的明显激增。但新一波疫情是与突变株 还是与人类行为有关（如大型集会，缺乏包括洗手、戴口罩和保持社交距离等 预防措施），或者两者均相关，尚无直接证据。根据Our World In Data,印度目前疫情R值约为1.5,较3月相对上升。 印度3月初的每日新发病例数约为1.5万人，而4月25日-27日期间的每日新 增高达约32万人。假设潜伏期为5-7天，大约为8-11个潜伏期，这符合大约 1.5的R值（每个感染者在一个潜伏期后会产生1.5个新的感染者），与英国 2021年1月初的R值类似。图表7 :印

13、度每日新增病例数及R值资料来源：Our world in data,印度的检测阳性率很高，目前已超过20%,远高于世界卫生组织（WHO） 规定的10%,表明由于缺乏检测能力和及时报告，很多阳性病例被遗漏。图表8 :印度每日新增检测数及检测阳性率资料来源：Our world in data,疫苗注射方面，截止2021年4月27日，印度已经接种疫苗近1.4亿剂（大约每10人1剂），且这些疫苗接种者可能没有均匀分布，考虑到疫苗有效 率并不是100% （尤其针对是一些新的突变株），这样的接种进展难以冲淡总人 口中的易感者人数。印度国内人口仍然在很大程度上没有免疫力。即使纳入印 度国内已感染人数（截止4

14、月27日确诊1763万人），由于过高的检测阳性率（超过20%）,对已感染人数给予较高的估计值（最高不可超过3500万人）， 印度疫苗和自然免疫力的总体水平约为10-12%,表明约90%的人口仍然对该 病毒易感。图表9:印度疫苗接种情况资料来源：Our world in data,总体而言，印度病例数量目前的上升速度与英国今年1月的高峰期相近，R 值也类似，过度/过早开放社会活动、较低的疫苗接种率构成了印度当前疫情严 重的重要原因。但与英国不同，印度每天的新增COVID-19病例的绝对数量远高于2021年 1月的英国，且印度未实行封锁状态，疫苗接种计划进度缓慢，人均可用医疗资 源远低于英国，因此疫情对印度造成的社会后果要更加严重。