DB23∕T 3168—2022 盐碱土壤嗜盐细菌与古菌资源分离与快速分类技术规程(黑龙江省).pdf

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1、ICS 65.020.20 CCS B 05 DB23 黑龙江省地方标准 DB23/T 31682022 盐碱土壤嗜盐细菌与古菌资源分离与快速分类技术规程 2022-05-09 发布 2022-06-08 实施 黑龙江省市场监督管理局 发 布 DB23/T 31682022 I 前 言 本文件依据 GB/T 1.1-2020标准化工作导则 第1部分：标准化文件的结构和起草规则的规定起草。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。本文件由黑龙江省农业农村厅提出。本文件起草单位：黑龙江省农业科学院土壤肥料与环境资源研究所。本文件主要起草人：王爽、孙磊、金品娇、李伟群

2、、陈雪丽、万书明、刘凯、李一丹、孙秀君。DB23/T 31682022 1 盐碱土壤嗜盐细菌与古菌资源分离与快速分类技术规程 1 范围 本文件规定了盐碱土壤嗜盐细菌与古菌资源分离与快速分类技术的术语和定义、原理、一般要求、分离方法和分类方法。本文件适用于盐碱土壤中嗜盐细菌和嗜盐古菌的分离与快速分类。2 规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T 19495.2 转基因产品检测 实验室技术要求 GB/T 19495.3 转基因产品检

3、测 核酸提取纯化方法 NY/T 1114-2006 微生物肥料实验用培养基技术条件 NT/T 1377 土壤pH的测定 NT/T 1121.16 土壤检测 第16部分：土壤水溶性盐总量的测定 NY/T 2066-2011 微生物肥料生产菌株的鉴别 聚合酶链式反应（PCR）法 NY/T 2321-2013 微生物肥料产品检验规程 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。3.1 嗜盐微生物（Halophiles）在盐环境中生长旺盛的一类喜盐的微生物，包括原核生物（细菌和古菌）和真核生物。根据它们对氯化钠的需求，可分为轻度（最适盐浓度0.2 mol/L0.5 mol/L）、中度（最适盐浓度0.5

4、 mol/L2.5 mol/L）和极端嗜盐菌（最适盐浓度2.5 mol/L5.2 mol/L）。3.2 嗜盐细菌（Halophilic bacteria）分类学上属于细菌域（Bacteria domain），在0.2 mol/L2.5 mol/L盐浓度范围内有最佳生长的一类嗜盐微生物，主要为轻度和中度嗜盐细菌。3.3 嗜盐古菌（Halophilic archaeon）分类学上属于古菌域（Archaea domain），在含2.5 mol/L5.2 mol/L盐浓度范围生长最好的一类极端嗜盐微生物。3.4 DB23/T 31682022 2 分类（classification）选择特定的引物，采

5、用聚合酶链式反应（PCR）法快速扩增嗜盐细菌和嗜盐古菌分离株的16S rRNA基因，在进一步测序的基础上进行16S rRNA基因序列的系统发育学分析来判定所属细菌或古菌的类别。4 原理 16S rRNA序列的系统发育学进化距离与表型特征及化学分类数据有非常好的相关性，但传统的微生物分类学方法比较繁琐费时，而PCR快速扩增嗜盐细菌和嗜盐古菌的16S rRNA基因相对简单快捷。本方法采用细菌和古菌的特异性引物对分离菌株的16S rRNA基因进行PCR扩增，对PCR产物进行电泳检测、纯化和测序，并将测得的分离菌株的16S rRNA基因序列和来自GenBank数据库中的序列进行比较和系统发育学分析，来

6、鉴定其为细菌还是古菌。5 一般要求 试验操作人员应具备良好的微生物学知识积累和分子生物学专业技能，操作熟练。实验室有毒、有害、废弃物质的处理及个人安全防护应符合GB/T 19495.2的要求。6 分离方法 6.1 工具 电子天平（万分之一），2 mm 孔径的筛子，往复式电动振荡机，锥形瓶，无菌大试管，无菌水，微量可调移液器（100 L1000 L），培养皿，玻璃刮铲，接种环，全自动高压灭菌锅，超净工作台，恒温培养箱。6.2 培养基的选择与培养基平板的制备 6.2.1 嗜盐细菌分离培养基的选择 营养琼脂培养基（NA），复合培养基（CM），TSA 培养基，培养基成分及配制要点见附录 A；R2A培养

7、基和海盐琼脂培养基（2216E）可于厂家购买。6.2.2 嗜盐古菌分离培养基的选择 稀释 10 倍的复合培养基（CM），改良高氏一号（Cause1）培养基，稀释 10 倍的改良 S-G 培养基，培养基成分及配制按附录 A。6.2.3 培养基平板的制备 培养基的配制按照 NY/T 1114-2006 中 6 的要求进行。培养基平板的制备应符合 NY/T 2321-2013中 5.1.4.1 的要求，对于培养古菌的固体培养基要稍厚一些，且制备好的培养基应放置无菌密封袋中于4 C 保存。6.3 土壤样品的预处理及土壤悬浮液的制备 新鲜土壤样品需进行过 2 mm 孔径筛的预处理，按照 NY/T 232

8、1-2013 中 5.1.4.2 的要求用系列稀释方法获得不同浓度的土壤悬浮液（菌悬液）。对于不能立即用于微生物分离的新鲜土样应暂存于 4 C冰箱中。DB23/T 31682022 3 6.4 土壤 pH 和水溶性盐总量的测定 土壤 pH 和水溶性盐总量的测定分别按照 NT/T 1377 和 NT/T 1121.16 的规定进行。6.5 菌悬液的加样及培养 6.3 中的土壤悬浮液按照 NY/T 2321-2013 中 5.1.4.3 的要求涂布在制备好的培养基平板上，在 30 C35 C 恒温静置培养箱中倒置培养。培养极端嗜盐古菌的平板需要放在大封口袋中，并在袋中放置盛一定量水的烧杯，培养时间

9、 7 d10 d。6.6 纯菌株的获得及耐盐性的判断 采用平板反复划线分离法获得纯菌株。挑取 6.5 中含有不同盐浓度的平板上长出的单菌落划线至新的、且具有同样盐浓度的平板上（确保每次划线都能有单菌落出现，且每次都挑取单菌落转移至下一个新平板），反复操作三次以上，直至在同一平板上长出的菌落大小、形状、颜色、质地、光泽等特征一致，则该菌株为可耐受该盐度的纯菌株。6.7 注意事项 分离古菌时的注意事项如下：a）分离古菌的培养基中不能含Difco Bacto-Peptone蛋白胨；b）分离古菌的培养基中琼脂要先清洗后再加入，具体的方法是：称取16.5 g琼脂至蒸馏水中，搅拌5 min，放置30 mi

10、n静置沉降琼脂，吸去上清，重复洗涤直到上清液变澄清，然后加水至50 mL，再搅拌加入培养液中；c）高盐浓度下琼脂容易沉积，而且比普通的培养基更不容易去除气泡，分离古菌的培养基应在灭菌后的较高温度下将琼脂缓慢摇匀再倒平板。7 分类方法 7.1 工具 小型离心机，微量可调移液器（2.5 L、10 L、100 L、1000 L）及对应的无菌 Tip 头，细菌基因组 DNA 提取试剂盒，超净工作台，PCR 仪，电泳仪及电泳槽，凝胶成像分析系统。7.2 模板DNA的提取及其浓度测定 微生物基因组DNA的提取、纯化及其浓度测定按照NY/T 2066-2011中5.4和GB/T 19495.3的要求进行。7

11、.3 引物的选择 细菌16S rRNA通用引物 27F：5-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3；1492R：5-AAGGAGGTGATCCAGCCGCA-3。古菌16S rRNA通用引物 21F：5-ATTCCGGTTGATCCTGCCGGA-3；1540R：5-AGGAGGTGATCCAGCCGCAG-3。7.4 PCR反应 以同一待测菌株的DNA为模板，分别用细菌引物和古菌引物扩增，扩增出目标片段，且片段大小在1.5 kb1.6 kb的为目标菌。反应体系和反应参数按附录B中的B.1和B.2的规定进行，PCR反应的质量控制按照NY/T 2006-2011中5.2规定的方法进行。DB

12、23/T 31682022 4 7.5 PCR 产物检测 PCR扩增产物的电泳检测按照NY/T 2006-2011中附录A中的A.4.4的要求。7.6 结果判定 若待测菌株的PCR反应扩增出与目标片段的位置一致，且片段大小在1.5 kb1.6 kb，则判定待测菌株PCR扩增成功，检测方法按附录B中B.3的规定进行。DB23/T 31682022 5 附录A（规范性）培养基配方 A.1 营养琼脂（Nutrient Agar，NA）培养基 蛋白胨，10.0 g；牛肉粉，3.0 g；氯化钠，5.0 g；琼脂，15.0 g，H2O，1000 mL。A.2 复合培养基(Complete Medium，C

13、M)酪蛋白(casein)，7.5 g,酵母提取物（Yeast extract），10 g；柠檬酸钠（Trisodium citrate），3 g；MgSO4 7H2O，10 g；KCl，2 g；4.98%的 FeSO4，1 mL；琼脂，15.0 g，H2O，1000 mL。A.3 TAS 培养基 胰蛋白胨（Tryptone），15 g；大豆蛋白胨（Soya peptone），5 g；琼脂，15.0 g，H2O，1000 mL。A.4 改良高氏一号（Cause1）培养基 可溶性淀粉，20.0 g；KNO3，1.0 g；MgSO4 7H2O，0.5 g；K2HPO4，0.5 g；NaCl，180

14、 g300 g；微量盐，1 mL；琼脂，18 g20 g；H2O，1000 mL。注意：淀粉用少量冷水调成糊状，加热溶解后再加入到培养基中。A.5 改良 S-G 培养基 酵母提取物（Yeast extract），10.0 g；酪蛋白氨基酸（Casamino acid），7.5 g；柠檬酸钠（Trisodium citrate），3.0 g；KCl，2.0 g；MgSO4 7H2O，0.2 g；FeSO4 7H2O，0.036 g；NaCl，180 g300 g；琼脂，18 g20 g；H2O，1000 mL。A.6 培养基pH值的调节 对于嗜碱性的嗜盐细菌或古菌，可利用碳酸钠或碳酸氢钠来调节培

15、养基的pH值，碳酸钠溶液应用培养基总体积中的一小部分水来单独溶解，灭菌后与培养基其余成分混匀再倒平板。不同碳酸钠浓度对应的培养基pH值如下表A.1：表A.1 不同碳酸钠浓度对应的培养基pH值 NaCO3的质量体积比（w/v）对应培养基 pH 值 0.5%7.57.7 0.6%7.87.9 0.7%7.98.0 1.0%8.28.5 2.0%9.09.5 5.0%9.510.0 10.0%10.511.0 DB23/T 31682022 6 附录B（规范性）PCR反应体系及扩增程序 B.1 PCR反应体系 PCR反应总体积为30 L：10PCR buffer，3.0 L；dNTP（25 mM），

16、2.5L；正向引物，1.5L；反向引物，1.5 L；10 ng50 ng的DNA模板，1.0 L；IU Taq DNA聚合酶，0.3 L；加水至总体积30 L。B.2 PCR扩增程序 预变性，94 C 5 min；扩增循环，94 C 30 s；55 C 30 s，72 C 90 s；32个循环；72 C 10 min。其中扩增时的退火温度，根据不同情况有所变化。B.3 PCR产物的电泳检测 l%琼脂糖凝胶电泳，PCR产物上样量为5 L，电泳缓冲液使用0.5TBE，加适量EB（或Gel-Res、SYBR Green）核酸染料，120 v电压20 min30 min。紫外灯下观察结果，PCR产物大小约1.5 kb1.6 kb的电泳条带。B.4 16S rRNA基因序列分析 B.3中获得的PCR产物进行序列测定，