(2.2.11)--知识点_9_Matlab编程_建立密排六方晶体结构.pdf

《(2.2.11)--知识点_9_Matlab编程_建立密排六方晶体结构.pdf》由会员分享，可在线阅读，更多相关《(2.2.11)--知识点_9_Matlab编程_建立密排六方晶体结构.pdf（9页珍藏版）》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。

1、Matlab编程-建立密排六方晶体结构密排六方（HCP）晶体结构a0c0a0（0001）密排六方（HCP）晶体结构基元原子210 3 a0 a34上一层基元原子底层基元原子xyatom1=0.0,0.0,0.0atom2=a0/2,a0/2,0.0 3ux=a0uy=a0 uz=c0 3atom3=0.0,a0/2,c0/2atom4=-a0/2,a0/2,c0/2/332/33-Matlab 编程-建立 HCP 晶体结构Type=HCP;%晶格类型HCP晶体结构element=Mg ;%元素类型a0=3.184;%晶格常数 a0c0=3.184*1.628;%晶格常数 c0mass =24.

2、312;%原子质量atom1=0.0*a0,0.0*a0,0.0*c0;%基元原子坐标atom2=0.5*a0,sqrt(3.0)*0.5*a0,0.0*c0;atom3=0.0*a0,2.0/3.0*sqrt(3.0)*0.5*a0,0.5*c0;atom4=-0.5*a0,-1.0/3.0*sqrt(3.0)*0.5*a0,0.5*c0;ux=a0;uy=sqrt(3.0)*a0;uz=c0;%沿三个方向平移的步长atom1=0.0,0.0,0.0atom2=a0/2,a0/2,0.0 3atom3=0.0,a0/2,c0/2atom4=-a0/2,a0/2,c0/2/332/33-Mat

3、lab 编程-建立 HCP 晶体结构ID=0;%原子序号if(Type=HCP)for i=-10:1:10%沿 x 方向平移，建立20个晶格for j=-10:1:10%沿 y 方向平移，建立20个晶格for k=-10:1:10%沿 z 方向平移，建立20个晶格ID=ID+1;data(ID,1:3)=atom1+ux*i,uy*j,uz*k;data(ID,4)=1;%不同的基元原子，用不同颜色显示ID=ID+1;data(ID,1:3)=atom4+ux*i,uy*j,uz*k;data(ID,4)=4;endendendenddata(ID,1)=atom1(1)+ux*i data

4、(ID,2)=atom1(2)+uy*j data(ID,3)=atom1(3)+uz*k Matlab 编程 生成 HCP 晶体结构的 PDB 文件fileID=fopen(Mg_lattice.pdb,w);num=0;formatSpec=%6s%5d%1s%4s%6s%4d%4s%8.3f%8.3f%8.3fn;for ID=1:1:ntif(abs(data(ID,1)=10)&(abs(data(ID,2)=10)&(abs(data(ID,3)=10)num=num+1;if(data(ID,4)=1)element=Mg ;fprintf(fileID,formatSpec,ATOM ,num,element,.,1,data(ID,1),data(ID,2),data(ID,3);elseif(data(ID,4)=2)element=Cu ;elseif(data(ID,4)=4)element=N ;fprintf(fileID,formatSpec,ATOM ,num,element,.,1,data(ID,1),data(ID,2),data(ID,3);endendendRasMol 预览 HCP-Mg 晶体结构注：此处在Mg晶体结构PDB中赋予了不同元素，只为实现不同颜色显示。