现在分子生物学(笔记)_朱玉贤_第三版gyyi.docx
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1、第一章 绪论分子生物物学的基基本含义义:分子生生物学是是研究核核酸、蛋蛋白质等等所有生生物大分分子的形形态、结结构特征征及其重重要性、规规律性和和相互关关系的科科学,是是人类从从分子水水平上真真正揭开开生物世世界的奥奥秘,由由被动地地适应自自然界转转向主动动地改造造和重组组自然界界的基础础学科。分子生物物学与其其它学科科的关系系分子生物物学是由由生物化化学、生生物物理理学、遗遗传学、微微生物学学、细胞胞学、以以至信息息科学等等多学科科相互渗渗透、综综合融会会而产生生并发展展起来的的,凝聚聚了不同同学科专专长的科科学家的的共同努努力。它它虽产生生于上述述各个学学科,但但已形成成它独特特的理论论体
2、系和和研究手手段,成成为一个个独立的的学科。生物化学学与分子子生物学学关系最最为密切切 :生物化学学是从化化学角度度研究生生命现象象的科学学,它着着重研究究生物体体内各种种生物分分子的结结构、转转变与新新陈代谢谢。传统统生物化化学的中中心内容容是代谢谢,包括括糖、脂脂类、氨氨基酸、核核苷酸、以以及能量量代谢等等与生理理功能的的联系。分子生物物学则着着重阐明明生命的的本质-主要研研究生物物大分子子核酸与与蛋白质质的结构构与功能能、生命命信息的的传递和和调控。细胞生物物学与分分子生物物学关系系也十分分密切:传统的细细胞生物物学主要要研究细细胞和亚亚细胞器器的形态态、结构构与功能能。探讨讨组成细细胞
3、的分分子结构构比单纯纯观察大大体结构构能更加加深入认认识细胞胞的结构构与功能能,因此此现代细细胞生物物学的发发展越来来越多地地应用分分子生物物学的理理论和方方法。分子生物物学则是是从研究究各个生生物大分分子的结结构入手手,但各各个分子子不能孤孤立发挥挥作用,生生命绝非非组成成成分的随随意加和和或混合合,分子子生物学学还需要要进一步步研究各各生物分分子间的的高层次次组织和和相互作作用,尤尤其是细细胞整体体反应的的分子机机理,这这在某种种程度上上是向细细胞生物物学的靠靠拢。第一章序序论18599年发表表了物物种起源源,用用事实证证明“物竞天天择,适适者生存存”的进化化论思想想。指出:物物种的变变异
4、是由由于大自自然的环环境和生生物群体体的生存存竞争造造成的,彻彻底否定定了“创世说说”。达尔尔文第一一个认识识到生物物世界的的不连续续性。意义:达达尔文关关于生物物进化的的学说及及其唯物物主义的的物种起起源理论论,是生生物科学学史上最最伟大的的创举之之一,具具有不可可磨灭的的贡献。细胞学说说细胞学学说的建建立及其其意义德国植物物学家施施莱登和和德国动动物学家家施旺共共同提出出:一切切植物、动动物都是是由细胞胞组成的的,细胞胞是一切切动植物物的基本本单位。经典遗传传学两条条基本规规律:统一律:当两种种不同植植物杂交交时,它它们的下下一代可可能与亲亲本之一一完全相相同;分离规律律:将不不同植物物品
5、种杂杂交后的的F1代代种子再再进行杂杂交或自自交时,下下一代就就会按照照一定的的比例分分离,因因而具有有不同的的形式。18655年发表表植物物杂交试试验,直直到19900年年才被人人们重新新发现。孟孟德尔被被公认为为经典遗遗传学的的奠基人人。现代遗传传学Morggan及及其助手手第一次次将代表表某一特特性的基基因同染染色体联联系起来来,使科科学界普普遍认识识了染色色体的重重要性并并接受了了孟德尔尔的遗传传学原理理。Morggan特特别指出出:种质质必须由由某些独独立的要要素组成成,我们们把这些些要素称称为遗传传因子或或基因。第二节 分子子生物学学发展简简史准备和酝酝酿阶段段(199世纪后后期到
6、220世纪纪50年年代初)对生命本本质的认认识上的的两点重重大突破破:1确定定了蛋白白质是生生命的主主要基础础物质22确定定了生物物遗传的的物质基基础是DDNA现代分子子生物学学的建立立和发展展阶段(220世纪纪50年年代初到到70年年代初)这一阶段段以19953年年Wattsonn和Crrickk提出的的DNAA双螺旋旋结构模模型作为为现代分分子生物物学诞生生的里程程碑开创创了分子子遗传学学基本理理论建立立和发展展的黄金金时代。在在此期间间的主要要进展包包括:遗传信息息传递中中心法则则的建立立对蛋白白质结构构与功能能的进一一步认识识DNA双双螺旋发发现的意意义:确立了核核酸作为为信息分分子的
7、结结构基础础;提出出了碱基基配对是是核酸复复制、遗遗传信息息传递的的基本方方式;从从而最后后确定了了核酸是是遗传的的物质基基础,为为认识核核酸与蛋蛋白质的的关系及及其在生生命中的的作用打打下了最最重要的的基础。Cricck于119544年所提提出遗传传信息传传递的中中心法则则(Ceentrral Doggma ):初步认识识生命本本质并开开始改造造生命的的深入发发展阶段段(200世纪770年代代后至今今) 基因工工程技术术的出现现作为标标志。其其间的重重大成就就包括:重组DNNA技术术的建立立和发展展基因组组研究的的发展单单克隆抗抗体及基基因工程程抗体的的建立和和发展基因表达达调控机机理细胞胞
8、信号转转导机理理研究成成为新的的前沿领领域第三节 分子生生物学的的主要研研究内容容 一DDNA重重组技术术(reecommbinnantt DNNA ttechhnollogyy)定义:又又称为基基因工程程,根据据分子生生物学和和遗传学学的原理理,将一一种生物物的遗传传物质DDNA转转移到另另一生物物体中,使使后者获获得新的的遗传性性状或表表达出所所需要的的产物。DNA重重组技术术的应用用:利用微生生物基因因工程生生产重组组基因工工程药物物、转基因因植物和和动物体体细胞克克隆、基因表表达与调调控的基基础研究究二生物物大分子子的结构构功能研研究三基因因组、功功能基因因组与生生物信息息学的研研究基
9、因组、蛋蛋白质组组与生物物信息学学基因组(Gennomee):细细胞或生生物体一一条完整整单体的的全部染染色体遗遗传物质质的总和和。人类基因因组计划划(Huumann Geenomme PProjjectt, HHGP): 测定定出人基基因组全全部DNNA31109硷硷基对的的序列、确确定人类类约5-10万万个基因因的一级级结构 。基因组、蛋蛋白质组组与生物物信息学学蛋白组计计划(PProtteomme pprojjectt):又又称为后后基因组组计划或或功能基基因组计计划,用用于揭示示并阐明明细胞、组组织乃至至整个生生物个体体全部蛋蛋白质及及其功能能。生物信息息学(BBioiinfoorma
10、aticcs):是在生生命科学学的研究究中,以以计算机机为工具具对生物物信息进进行储存存、检索索和分析析的科学学。四基因因表达调调控研究究第二章 染色体体与DNNA本章内容容1. 染染色体2. DDNA的的结构3. DDNA的的复制4. 原原核生物物和真核核生物DDNA复复制特点点5. DDNA的的修复6. DDNA的的转座第一节 染色体体(chhrommosoome)概念:染色体(chrromoosomme):原指真真核生物物细胞分分裂中期期具有一一定形态态特征的的染色质质。现在在这一概概念已扩扩大为包包括原核核生物及及细胞器器在内的的基因载载体的总总称。染色质(chrromaatinn):
11、由由DNAA和蛋白白质构成成,在分分裂间期期染色体体结构疏疏松,称称为染色色质。其其实染色色质与染染色体只只是同一一物质在在不同细细胞周期期的表现现。常染色质质(euuchrromaatinn):是是进行活活跃转录录的部位位,呈疏疏松的环环状,电电镜下表表现为浅浅染,易易被核酸酸酶在一一些敏感感的位点点(hyyperrsennsittivee siitess)降解解。异染色质质(heeterrochhrommatiin):在间期期核中处处于凝缩缩状态,无无转录活活性,也也叫非活活动染色色质(iinacctivve cchroomattin),是遗遗传惰性性区。在在细胞周周期中表表现为晚晚复制,
12、早早凝缩,即即异固缩缩现象(hetteroopyccnossis)。原核细胞胞与真核核细胞特特征分析析染色体特特性:分子结构构相对稳稳定能够自我我复制,使使亲、子子代之间间保持连连续性能够指导导蛋白质质的合成成,从而而控制整整个生命命过程能够产生生可遗传传的变异异真核细胞胞染色体体的组成成 DNAA 300%-40% 组蛋蛋白(hhisttonee) 30%-440% 非组组蛋白(NHPP) 变化很很大 少量量RNAA染色体中中的蛋白白质组蛋白(hisstonne):一类小小的带有有丰富正正电荷(富含LLys、AArg)的核蛋蛋白,与与DNAA有高亲亲和力。组蛋白是是染色体体的结构构蛋白,它它
13、与DNNA组成成核小体体。 组组蛋白分分为H11、H22A、HH2B、HH3及HH4。 非组蛋白白(noon-hhisttonee prroteein):是染染色体上上与特异异DNAA序列结结合的蛋蛋白质,所所以又称称为序列列特异性性DNAA结合蛋蛋白。组蛋白具具有如下下特性:1、进化化上的极极端保守守性。2、 无无组织特特异性。3、肽链链上氨基基酸分布布的不对对称性。4、组蛋蛋白的修修饰作用用。5、富含含赖氨酸酸的组蛋蛋白H55。非组蛋白白:非组蛋白白大约占占组蛋白白总量的的6070%,种类类很多。(1)HHMG蛋蛋白(hhighh moobillityy grroupp prroteein
14、) ,能能与DNNA结合合(不牢牢固),也也能与HH1作用用,可能能与DNNA的超超螺旋结结构有关关。(2)DDNA结结合蛋白白 :可可能是一一些与DDNA的的复制或或转录有有关的酶酶或调节节物质。(3)AA24非非组蛋白白 :与与H2AA差不多多,位于于核小体体内,功功能不祥祥。非组蛋白白的一般般特性: 11.非组组蛋白的的多样性性;非组蛋白白的量大大约是组组蛋白的的60%700%,但但它的种种类却很很多,约约在200-1000种之之间,其其中常见见的有115-220种。 22.非组组蛋白的的组织专专一性和和种属专专一性。DNAC值:通通常指一一种生物物单倍体体基因组组DNAA的总量量。C值
15、反常常现象:真核细细胞基因因组的最最大特点点是它含含有大量量的重复复序列,而而且功能能DNAA序列大大多被不不编码蛋蛋白质的的非功能能DNAA所隔开开,这就就是著名名的“C值反反常现象象”。染色体中中的DNNA根据DNNA的动动力学研研究,真真核细胞胞DNAA可分为为:高度重复复序列:几百几万 coppy。如如:卫星星DNAA和微卫卫星DNNA。中度重复复序列:10 几百 coppy。如如:各种种rDNNA、ttDNAA及组蛋蛋白基因因。低度重复复序列:2 10 coppy。如如:血红红蛋白。单拷贝序序列:大大多数编编码蛋白白质的结结构基因因和基因因间间隔隔序列。只只有一个个拷贝。如如:蛋清清
16、蛋白。染色体折折叠DNA核小体螺线管圆筒超螺旋(1)核核小体 染色质质纤维细细丝是许许多核小小体连成成的念珠珠状结构构。核小小体(nnuclleossomee):DDNA绕绕在组蛋蛋白八聚聚体(HH2A、HH2B、HH3、HH4各一一对)核核心外11.8周周(1446bpp),形形成核小小体核心心颗粒。(2)螺螺线管10nmm的染色色质细丝丝盘绕成成螺旋管管状的330nmm纤维粗粗丝,通称螺线线管(ssoleenoiid)。螺螺线管的的每一螺螺旋包含含6个核核小体,其其压缩比比为6。这这种螺线线管是分分裂间期期染色质质和分裂裂中期染染色体的的基本组组分。(3)上上述螺线线管可进进一步压压缩形成
17、成超螺旋旋。由330nmm螺线管管缠绕而而成一细细长、中中空的圆圆筒,直直径为44 0000nmm,压缩缩比是440。(4)超超螺旋进进一步压压缩1/5便成成为染色色体单体体,总压压缩比是是76405,将将近一万万倍。原核生物物基因组组特点:1、结构构简练2、存在在转录单单元 多多顺反子子mRNNA3、有重重叠基因因 Saangeer19977在在Naaturre上上发表了了X1774 DDNA的的全部核核苷酸序序列,正正式发现现了重叠叠基因。第二节 DNAA的结构构一、DNNA的一一级结构构 所谓DDNA的的一级结结构,就就是指44种核苷苷酸的连连接及其其排列顺顺序,表表示了该该DNAA分子
18、的的化学构构成。基本特点点DNAA分子是是由两条条互相平平行的脱脱氧核苷苷酸长链链盘绕而而成的。DNAA分子中中的脱氧氧核糖和和磷酸交交替连接接,排在在外侧,构构成基本本骨架,碱碱基排列列在内侧侧。两条链链上的碱碱基通过过氢键相相结合,形形成碱基基对,它它的组成成有一定定的规律律。这就就是嘌呤呤与嘧啶啶配对,而而且腺嘌嘌呤(AA)只能能与胸腺腺嘧啶(TT)配对对,鸟嘌嘌呤(GG)只能能与胞嘧嘧啶(CC)配对对。2、DNNA的二二级结构构DNA的的二级结结构是指指两条多多核苷酸酸链反向向平行盘盘绕所生生成的双双螺旋结结构。通常情况况下,DDNA的的二级结结构分两两大类:一类是是右手螺螺旋,如如A
19、-DDNA和和B-DDNA;另一类类是左手手螺旋,即即Z-DDNA。3、DNNA的高高级结构构 DDNA的的高级结结构是指指DNAA双螺旋旋进一步步扭曲盘盘绕所形形成的特特定空间间结构。超超螺旋结结构是DDNA高高级结构构的主要要形式,可可分为正正超螺旋旋与负超超螺旋两两大类。DNA分分子的超超螺旋化化可以用用一个数数学公式式来表示示:L=T+W其中中L为连连接数(llinkkingg nuumbeer),是是指环形形DNAA分子两两条链间间交叉的的次数。只只要不发发生链的的断裂,LL是个常常量。TT为双螺螺旋的盘盘绕数(ttwisstinng nnumbber),WW为超螺螺旋数(wwrit
20、thinng nnumbber),它它们是变变量。23DDNA的的复制2.3.1 DDNA的的半保留留复制机机理2.3.2 复复制的起起点、方方向和速速度2.3.3 复复制的几几种主要要方式一、DNNA的复复制1、DNNA的半半保留复复制 每个子子代分子子的一条条链来自自亲代DDNA,另另一条链链则是新新合成的的,所以以这种复复制方式式被称为为DNAA的半保保留复制制(seemicconsservvatiive reppliccatiion)。DDNA的的这种半半保留复复制保证证了DNNA在代代谢上的的稳定性性。2、复制制的起点点与方向向 一一般把生生物体的的复制单单位称为为复制子子(reep
21、liiconn)。一一个复制制子只含含一个复复制起点点。多复制子子:DNNA复制制时,原原核生物物一般只只有一个个起始位位点,而而真核生生物则有有多个起起始位点点,因而而在复制制时呈现现多复制制泡,也也称为多多复制子子。 DDNA的的复制主主要是从从固定的的起始点点以双向向等速复复制方式式进行的的(图22-188)。复复制叉以以DNAA分子上上某一特特定顺序序为起点点,向两两个方向向等速生生长前进进。拓扑异构构酶I 拓扑扑异构酶酶I解开开负超螺螺旋,并并与解链链酶共同同作用,在在复制起起点处解解开双链链。参与与解链的的除一组组解链酶酶外,还还有Dnna蛋白白等。DNA解解链酶(DDNA hel
22、licaase) DNNA解链链酶能通通过水解解ATPP获得能能量来解解开双链链DNAA。单链结合合蛋白(SSSB蛋蛋白 ) SSSB蛋蛋白的作作用是保保证被解解链酶解解开的单单链在复复制完成成前能保保持单链链结构,它它以四聚聚体形式式存在于于复制叉叉处,待待单链复复制后才才掉下,重重新循环环。所以以,SSSB蛋白白只保持持单链的的存在,并并不能起起解链的的作用。3、DNNA的半半不连续续复制 与冈崎崎片段DNA复复制时,短短时间内内合成的的约10000个个核苷酸酸左右的的小片段段,称之之为冈崎崎片段(Okaazakki ffraggmennt)DNA复复制过程程中至少少有一条条链首先先合成较
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