生物化学第六章酶.ppt
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1、第六章 酶第六章 酶 第一节 酶是生物催化剂一、酶特点:酶的主要成分是蛋白质,极易受外界条件的影响,所以酶作用一般都要求比较温和的条件,如常温、常压、接近中性的酸碱度。酶的催化效应非常高,酶促反应比相应的非酶促反应要快1061012倍,如存在于血液中的碳酸酐酶,其催化效率是每个酶分子在一秒钟内可以使105个二氧化碳分子发生水合反应生成碳酸,比非酶促反应要快107倍。酶具有高度的专一性,即酶对催化的反应和所作用的物质有严格的选择性。一种酶往往只能催化一种或一类化学反应,作用于某一类或某一种特定的物质。酶作用的专一性是酶最重要的特点之一,也是和一般化学催化剂最主要的区别。酶的催化活性是受到调节和控
2、制的。它的调控方式很多,包括变构调节、抑制剂调节、共价修饰调节、酶原激活及激素控制等。酶可催化某些特异的化学反应,体内某些物质的合成只能由酶促反应完成。(一)酶促反应具有极高的效率(一)酶促反应具有极高的效率 二、酶促反应的特点二、酶促反应的特点酶的催化效率通常比非催化反应高酶的催化效率通常比非催化反应高10108 810102020倍,倍,比一般催化剂高比一般催化剂高10107 710101313倍。倍。酶的催化不需要较高的反应温度。酶的催化不需要较高的反应温度。酶和一般催化剂加速反应的机理都是降低反应酶和一般催化剂加速反应的机理都是降低反应的活化能的活化能(activation energ
3、y)(activation energy)。酶比一般催。酶比一般催化剂更有效地降低反应的活化能。化剂更有效地降低反应的活化能。一一种种酶酶仅仅作作用用于于一一种种或或一一类类化化合合物物,或或一一定定的的化化学学键键,催催化化一一定定的的化化学学反反应应并并生生成成一一定定的的产产物物。酶酶的的这这种种特性称为酶的特异性或专一性特性称为酶的特异性或专一性。n酶的特异性酶的特异性(specificity)(二)酶促反应具有高度的特异性(二)酶促反应具有高度的特异性n根据酶对其底物结构选择的严格程度不同,酶的特异性根据酶对其底物结构选择的严格程度不同,酶的特异性可大致分为以下可大致分为以下3种类型
4、:种类型:绝对特异性绝对特异性(absolute specificity):只能作用于特定结构:只能作用于特定结构的底物,进行一种专一的反应,生成一种特定结构的产的底物,进行一种专一的反应,生成一种特定结构的产物物。相对特异性相对特异性(relative specificity):作用于一类化合物或:作用于一类化合物或一种化学键。一种化学键。立体结构特异性立体结构特异性(stereospecificity):作用于立体异构体:作用于立体异构体中的一种。中的一种。(三)酶促反应的可调节性(三)酶促反应的可调节性酶促反应受多种因素的调控,以适应酶促反应受多种因素的调控,以适应机体对不断变化的内外环
5、境和生命活动的机体对不断变化的内外环境和生命活动的需要。需要。第三第三 节节 酶的命名与分类酶的命名与分类The Naming and Classification of Enzyme (一)酶可根据其催化的反应类型予以分类(一)酶可根据其催化的反应类型予以分类1.氧化还原酶类氧化还原酶类(oxidoreductases)2.转移酶类转移酶类(transferases)3.水解酶类水解酶类(hydrolases)4.裂解酶类裂解酶类(lyases)5.异构酶类异构酶类(isomerases)6.合成酶类合成酶类(synthetases,ligases)n根据酶反应的类型,酶可分为六大类,其排序
6、如下根据酶反应的类型,酶可分为六大类,其排序如下:(二)每一种酶均有其系统名称和推荐名称(二)每一种酶均有其系统名称和推荐名称系统名称系统名称(systematic name)推荐名称推荐名称(recommended name)酶的分类酶的分类催化的化学反应举催化的化学反应举例例系统名称系统名称EC编号编号推荐名称推荐名称氧化还原酶类氧化还原酶类乙醛乙醛+NADH+H+乙醇:乙醇:NAD+氧化还原酶氧化还原酶EC 1.1.1.1乙醇脱氢酶乙醇脱氢酶转移酶类转移酶类草酰乙酸草酰乙酸+L-谷氨酸谷氨酸L-天冬氨酸:天冬氨酸:-酮戊二酸酮戊二酸 氨氨基转移酶基转移酶EC 2.6.1.1天冬氨酸转天冬
7、氨酸转氨酶氨酶水解酶类水解酶类 D-葡萄糖葡萄糖+H3PO4D-葡糖葡糖-6-磷酸水解酶磷酸水解酶EC 3.1.3.9葡糖葡糖6-磷酸酶磷酸酶 裂解酶类裂解酶类 磷酸二羟丙酮磷酸二羟丙酮+醛醛酮糖酮糖-1-磷酸裂解酶磷酸裂解酶EC 4.1.2.7醛缩酶醛缩酶 异构酶类异构酶类D-果糖果糖-6-磷酸磷酸D-葡糖葡糖-6-磷酸磷酸 酮酮-醇异构酶醇异构酶EC 5.3.1.9磷酸果糖异磷酸果糖异构酶构酶连接酶类连接酶类L-谷氨酰胺谷氨酰胺+ADP+磷酸磷酸L-谷氨酸:氨连接酶谷氨酸:氨连接酶EC 6.3.1.2谷氨酰胺合谷氨酰胺合成酶成酶一些酶的分类与命名一些酶的分类与命名第二节第二节 酶的化学本质
8、与结构酶的化学本质与结构一、酶的化学本质与分子组成一、酶的化学本质与分子组成蛋白质部分:酶蛋白蛋白质部分:酶蛋白 (apoenzyme)辅助因子辅助因子(cofactor)金属离子金属离子小分子有机化合物小分子有机化合物全酶全酶(holoenzyme)n结合酶结合酶(conjugated enzyme)n n单纯酶单纯酶单纯酶单纯酶 (simple enzyme)(simple enzyme)二、酶蛋白的结构二、酶蛋白的结构酶分子中氨基酸残基侧链的化学基团中酶分子中氨基酸残基侧链的化学基团中,一些与酶活性密切相关的化学基团一些与酶活性密切相关的化学基团。n必需基团必需基团(essential
9、group)指必需基团在空间结构上彼此靠近,组指必需基团在空间结构上彼此靠近,组成具有特定空间结构的区域,能与底物特异成具有特定空间结构的区域,能与底物特异结合并将底物转化为产物。结合并将底物转化为产物。n酶的活性中心酶的活性中心(active center)活性中心内的必需基团活性中心内的必需基团结合基团结合基团(binding groupbinding group)与底物相结合与底物相结合与底物相结合与底物相结合催化基团催化基团(catalytic group)(catalytic group)催化底物转变成产物催化底物转变成产物 位于活性中心以外,维持酶活性中心应有位于活性中心以外,维持
10、酶活性中心应有的空间构象和(或)作为调节剂的结合部位所的空间构象和(或)作为调节剂的结合部位所必需。必需。活性中心外的必需基团活性中心外的必需基团底底 物物 活性中心以外活性中心以外的必需基团的必需基团结合基团结合基团催化基团催化基团 活性中心活性中心 n溶菌酶的活性中心溶菌酶的活性中心溶溶菌菌酶酶的的活活性性中中心心是是一一裂裂隙隙,可可以以容容纳纳肽肽多多糖糖的的6个个单单糖糖基基(A,B,C,D,E,F),并并与与之之形形成成氢氢键和键和van derwaals力。力。催催化化基基团团是是35位位Glu,52位位Asp;101位位Asp和和108位位Trp是结合基团。是结合基团。金属酶金
11、属酶(metalloenzyme)金属离子与酶结合紧密,提取过程中不金属离子与酶结合紧密,提取过程中不易丢失。易丢失。金属激活酶金属激活酶(metal-activated enzyme)金属离子为酶的活性所必需,但与酶的金属离子为酶的活性所必需,但与酶的结合不甚紧密。结合不甚紧密。(一)金属离子是最多见的辅助因子(一)金属离子是最多见的辅助因子三、酶的辅助因子与功能三、酶的辅助因子与功能金属金属离子的作用:离子的作用:参与催化反应,传递电子;参与催化反应,传递电子;在酶与底物间起桥梁作用;在酶与底物间起桥梁作用;稳定酶的构象;稳定酶的构象;中和阴离子,降低反应中的静电斥力等。中和阴离子,降低反
12、应中的静电斥力等。(二)小分子有机化合物是一些化学稳定的小(二)小分子有机化合物是一些化学稳定的小分子物质,称为辅酶分子物质,称为辅酶(coenzyme)。其主要作用是参与酶的催化过程,在反应中其主要作用是参与酶的催化过程,在反应中传递电子、质子或一些基团。传递电子、质子或一些基团。辅酶的种类不多,且分子结构中常含有维生辅酶的种类不多,且分子结构中常含有维生素或维生素类物质。素或维生素类物质。转移的基团转移的基团小分子有机化合物(辅酶或辅基)小分子有机化合物(辅酶或辅基)名称名称所含的维生素所含的维生素氢原子(质子)氢原子(质子)NAD(尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸,(尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸,辅酶辅
13、酶I尼克酰胺(维生素尼克酰胺(维生素PP)之一)之一NADP(尼克酰胺腺嘌呤二核苷(尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸,辅酶酸磷酸,辅酶II尼克酰胺(维生素尼克酰胺(维生素PP)之一)之一FMN(黄素单核苷酸)(黄素单核苷酸)维生素维生素B2(核黄素)(核黄素)FAD(黄素腺嘌呤二核苷酸)(黄素腺嘌呤二核苷酸)维生素维生素B2(核黄素)(核黄素)醛基醛基TPP(焦磷酸硫胺素)(焦磷酸硫胺素)维生素维生素B1(硫胺素)(硫胺素)酰基酰基辅酶辅酶A(CoA)泛酸泛酸硫辛酸硫辛酸硫辛酸硫辛酸烷基烷基钴胺素辅酶类钴胺素辅酶类维生素维生素B12二氧化碳二氧化碳生物素生物素生物素生物素氨基氨基磷酸吡哆醛磷酸吡哆醛
14、吡哆醛(维生素吡哆醛(维生素B6之一)之一)甲基、甲烯基、甲炔基、甲基、甲烯基、甲炔基、甲酰基等一碳单位甲酰基等一碳单位四氢叶酸四氢叶酸叶酸叶酸某些辅酶(辅基)在催化中的作用某些辅酶(辅基)在催化中的作用n辅酶中与酶蛋白共价结合的辅酶又称为辅基辅酶中与酶蛋白共价结合的辅酶又称为辅基(prosthetic group)。n辅基和酶蛋白结合紧密,不能通过透析或超辅基和酶蛋白结合紧密,不能通过透析或超滤等方法将其除去,在反应中不能离开酶蛋滤等方法将其除去,在反应中不能离开酶蛋白,如白,如FAD、FMN、生物素等。、生物素等。(三)蛋白质类辅助因子(三)蛋白质类辅助因子某些蛋白质也可作为辅助因子,它们
15、自身不起催化作用,但为某些酶所必需。这些辅助因子称基团转移蛋白(group transfer proteins)或蛋白质类辅助因子(protein coenzyme),它们一般是较小的分子,而且比多数酶具有更高的热稳定性。蛋白质类辅助因子参与基团转移反应或氧化还原反应,主要是通过递氢或递电子而起作用 四、酶的结构与功能四、酶的结构与功能(一)酶的活性中心与酶作用的专一性酶作用的专一性主要取决于酶活性中心的结构特异性。(二)空间结构与催化活性酶的活性不仅与一级结构有关,并且与其空间构象紧密相关,在酶活性的表现上,有时空间构象比一级结构更为重要。有些酶在细胞内合成或初分泌时只是酶有些酶在细胞内合成
16、或初分泌时只是酶有些酶在细胞内合成或初分泌时只是酶有些酶在细胞内合成或初分泌时只是酶的无活性前体,此前体物质称为酶原。的无活性前体,此前体物质称为酶原。的无活性前体,此前体物质称为酶原。的无活性前体,此前体物质称为酶原。在一定条件下,酶原向有活性酶转化的过程。在一定条件下,酶原向有活性酶转化的过程。在一定条件下,酶原向有活性酶转化的过程。在一定条件下,酶原向有活性酶转化的过程。(三)酶原的激活使无活性的酶原转变(三)酶原的激活使无活性的酶原转变成有催化活性的酶成有催化活性的酶n酶原酶原(zymogen)n酶原的激活酶原的激活n酶原激活的机理酶原激活的机理酶酶 原原分子构象发生改变分子构象发生改
17、变形成或暴露出酶的活性中心形成或暴露出酶的活性中心 一个或几个特定的肽键断裂,水解一个或几个特定的肽键断裂,水解掉一个或几个短肽掉一个或几个短肽在特定条件下在特定条件下赖赖缬缬天天天天天天天天甘甘异异赖赖缬缬天天天天天天天天缬缬组组丝丝S SS SS SS S464618183 3甘甘异异缬缬组组丝丝S SS SS SS S肠激酶肠激酶肠激酶肠激酶胰蛋白酶胰蛋白酶胰蛋白酶胰蛋白酶活性中心活性中心活性中心活性中心胰蛋白酶原的激活过程胰蛋白酶原的激活过程n 酶原激活的生理意义酶原激活的生理意义避免细胞产生的酶对细胞进行自身消化,避免细胞产生的酶对细胞进行自身消化,并使酶在特定的部位和环境中发挥作用
18、,保证并使酶在特定的部位和环境中发挥作用,保证体内代谢正常进行。体内代谢正常进行。有的酶原可以视为酶的储存形式。在需要有的酶原可以视为酶的储存形式。在需要时,酶原适时地转变成有活性的酶,发挥其催时,酶原适时地转变成有活性的酶,发挥其催化作用。化作用。第三节 酶的作用机制(一)酶比一般催化剂更有效地降低反应活化能(一)酶比一般催化剂更有效地降低反应活化能酶和一般催化剂一样,加速反应的作酶和一般催化剂一样,加速反应的作用都是通过降低反应的活化能用都是通过降低反应的活化能(activation energy)实现的。实现的。活化能:底物分子从初态转变到活化活化能:底物分子从初态转变到活化态所需的能量
19、。态所需的能量。反应总能量改变反应总能量改变 非催化反应活化能非催化反应活化能 酶促反应酶促反应 活化能活化能 一般催化剂催一般催化剂催化反应的活化能化反应的活化能 能能量量反反 应应 过过 程程 底物底物 产物产物 酶促反应活化能的改变酶促反应活化能的改变 (二)酶(二)酶-底物复合物的形成有利于底物转变成底物复合物的形成有利于底物转变成过渡态过渡态 酶底物复合物酶底物复合物E+SE+PES(过渡态过渡态过渡态过渡态)1.诱导契合作用使酶与底物密切结合诱导契合作用使酶与底物密切结合酶与底物相互接近时,其结构相互诱导、相互酶与底物相互接近时,其结构相互诱导、相互变形和相互适应,进而相互结合。这
20、一过程变形和相互适应,进而相互结合。这一过程称为酶称为酶-底物结合的底物结合的诱导契合诱导契合(induced-fit)。2.邻近效应与定向排列使诸底物正确定位于邻近效应与定向排列使诸底物正确定位于酶的活性中心酶的活性中心 酶在反应中将诸底物结合到酶的活性中心,使它酶在反应中将诸底物结合到酶的活性中心,使它们相互接近并形成有利于反应的正确定向关系。们相互接近并形成有利于反应的正确定向关系。这种邻近效应这种邻近效应(proximity effect)与定向排列与定向排列(orientation arrange)实际上是将分子间的反应变实际上是将分子间的反应变成类似于分子内的反应,从而提高反应速率
21、。成类似于分子内的反应,从而提高反应速率。n邻近效应与定向排列:邻近效应与定向排列:酶的活性中心多是酶分子内部的疏水酶的活性中心多是酶分子内部的疏水“口袋口袋”,酶反应在此疏水环境中进行,使底物分子脱溶剂酶反应在此疏水环境中进行,使底物分子脱溶剂化化(desolvation),排除周围大量水分子对酶和底,排除周围大量水分子对酶和底物分子中功能基团的干扰性吸引和排斥,防止水物分子中功能基团的干扰性吸引和排斥,防止水化膜的形成,利于底物与酶分子的密切接触和结化膜的形成,利于底物与酶分子的密切接触和结合。这种现象称为表面效应合。这种现象称为表面效应(surface effect)。3.表面效应使底物
22、分子去溶剂化表面效应使底物分子去溶剂化(三)酶的催化机制呈多元催化作用(三)酶的催化机制呈多元催化作用1.一般酸一般酸-碱催化作用碱催化作用(general acid-base catalysis)2.共价催化作用共价催化作用(covalent catalysis)3.亲核催化作用亲核催化作用(nucleophilic catalysis)第四节第四节 酶促反应的动力学酶促反应的动力学Kinetics of Enzyme-Catalyzed Reaction n酶促反应动力学:酶促反应动力学:研究各种因素对酶促反应研究各种因素对酶促反应速率的影响,并加以定量的阐述。速率的影响,并加以定量的阐述
23、。n影响因素包括:影响因素包括:酶浓度、底物浓度、酶浓度、底物浓度、pH、温、温度、抑制剂、激活剂等。度、抑制剂、激活剂等。一、底物浓度对反应速率影响的作一、底物浓度对反应速率影响的作图呈矩形双曲线图呈矩形双曲线在其他因素不在其他因素不变的情况下,底物变的情况下,底物浓度对反应速率的浓度对反应速率的影响呈矩形双曲线影响呈矩形双曲线关系。关系。SSV V单底物、单产物反应;单底物、单产物反应;酶酶促促反反应应速速率率一一般般在在规规定定的的反反应应条条件件下下,用用单单位位时时间间内内底底物物的的消消耗耗量量和和产产物物的的生生成成量量来来表示;表示;反反应应速速率率取取其其初初速速率率,即即底
24、底物物的的消消耗耗量量很很小小(一般在(一般在5以内)时的反应速率以内)时的反应速率底物浓度远远大于酶浓度。底物浓度远远大于酶浓度。n研究前提:研究前提:当底物浓度较低时:当底物浓度较低时:反应速率与底物浓度成正比;反应为反应速率与底物浓度成正比;反应为一级反应。一级反应。SSV VV Vmaxmax随着底物浓度的增高:随着底物浓度的增高:反应速率不再成正比例加速;反应为反应速率不再成正比例加速;反应为混合级反应。混合级反应。SSV VV Vmaxmax当底物浓度高达一定程度:当底物浓度高达一定程度:反应速率不再增加,达最大速率;反反应速率不再增加,达最大速率;反应为零级反应应为零级反应SSV
25、 VV Vmaxmax中间产物中间产物解释酶促反应中底物浓度和反应速率关系的解释酶促反应中底物浓度和反应速率关系的最合理学说是中间产物学说:最合理学说是中间产物学说:E+S k1k2k3ESE+P(一)米曼氏方程式揭示单底物反应的(一)米曼氏方程式揭示单底物反应的动力学特性动力学特性1913年年Michaelis和和Menten提提出出反反应应速速率率与与底底物物浓浓度度关关系系的的数数学学方方程程式式,即即米米曼曼氏氏方方程程式式,简简称米氏方程式称米氏方程式(Michaelis equation)。S:底物浓度:底物浓度V:不同:不同S时的反应速率时的反应速率Vmax:最大反应速率:最大反
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