浙江大学-刘振伟教授高级培训班-膜片钳技术数据处理与分析.ppt演示教学.ppt
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1、浙江大学-刘振伟教授高级培训班-膜片钳技术数据处理与分析.pptPatch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理一、基线的调零一、基线的调零二、坏点的去除二、坏点的去除三、滤波三、滤波四、数据文件内部四、数据文件内部/之间的数学运算之间的数学运算2Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理一、基线的调零一、基线的调零l 基线的确认基线的确认 全细胞记录基线易确认,单通道记录基线不易确认。单通道开放时间较长所记录的时间较短同时开放的通道数目较多且长
2、时间持续开放确定通道电流的方向:电流方向向上,最负向是基线位置,反之亦然。如何确定:膜片两侧液体、钳制电位单通道电流基线的确认单通道电流基线的确认如果通道开放时电流向上,则基线在最下面的位置基线通道开放3Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理4Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l 基线基线不在零点不在零点的的原因原因 封接电阻的改变:漏电流失调电位的存在:偏移、漂移噪声的干扰:交流干扰高通滤波的影响:对记录线的起始部位产生影响5
3、Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l 基线基线调零方法调零方法打开Analyze/Adjust/Baseline(1)Subtractmeanof(去除均值法):适用于去除直流偏移。(2)Subtractslopeof(去除斜率法):适合于去除持续线性漂移。(3)Subtractfixedvalue(去除固定值法):适用于去除直流偏移。数值有正负之分。(4)Adjustmanually(手工调零法):适合于单通道电流的基线或基线漂移无规律。6Patch clamp training classApr.23-2
4、5,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理坐标零点坐标零点EpochA段(1)Subtractmeanof(去除均值法)(2)Subtractslopeof(去除斜率法)7Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理(3)Subtractfixedvalue(去除固定值法)(4)Adjustmanually(手工调零法)8Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l 基线调零的注意事项基线调零的注意事项(1)有些只相对值(如电流幅度
5、的变化值),不需要将基线调零。但多数情况需要基线调零,建议都要进行基线调零。(2)对于基线变动复杂的数据,基线调零可能会用到上述的几种方法。(3)对于某些基线变动,Clampfit中的基线调零方法可能也无法准确调零。建议最好在采集数据时就设法调整好基线。9Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l Clampfit演示基线调零方法演示基线调零方法10Patch clamp training classApr.23-25,2014二二、坏点的去除坏点的去除l 坏点产生的原因坏点产生的原因 刺激伪迹:给标本施加刺激时产
6、生。电容瞬变电流:电容的充放电反应。瞬时脉冲干扰(Glitch):打开电源开关(日光灯、仪器设备开启时)手机来电:一过性高频。人手靠近记录探头:高幅、高频。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理11Patch clamp training classApr.23-25,2014l 坏点的赋值坏点的赋值 (1)Datavalueatcursor1:Cursor1的数值。(2)Meanbetweencursor1.2:Cursor1-2之间均值。(3)Meanbetweencursor3.4:Cursor3-4之间均值。(4)Straight-linefitbetweencursor1.2:Cu
7、rsor1-2之间的直线拟合值。(5)Fixedvalue(pA/mV):输入一个固定的数值。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理12Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l Clampfit演示去除坏点演示去除坏点13Patch clamp training classApr.23-25,2014l 注意事项注意事项 (1)坏点太多时,应在记录前予以去除。(2)坏点持续时间短,如果出现持续时间较长的坏点,则数据要废弃。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理14Patch clamp training cl
8、assApr.23-25,2014三三、滤波滤波l 信号采集前的滤波信号采集前的滤波 全细胞通道电流记录:1-2kHz全细胞突触活动记录:10kHz单通道电流记录:10kHz动作电位记录:10kHz膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理15Patch clamp training classApr.23-25,2014l 信号采集后的滤波信号采集后的滤波 膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理16Patch clamp training classApr.23-25,2014 Lowpass Highpass Bandpass Notch Electrical Interference l
9、 Clampfit滤波类型滤波类型 膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理17Patch clamp training classApr.23-25,2014l Lowpass 最为常用。Clampfit根据采样定理与Nyquist定理自动算出f-3dB范围并显示在该框底部。7种类型:(1)8-poleBessel:数据失真小,普遍用于时域数据。(2)Boxcar:数码滤波器,用于时域数据。当前数据点及其前后一些数据点(取决于Smoothingpoints,取3-99中的奇数)的平均值赋予当前数据点,完成滤波。Smoothingpoints值越大,数据幅度削减越大。(3)Gaussian:数
10、码滤波器,同Boxcar,但当前数据点在平均值中所占的比例较大。(4)RC(8-coincident-pole):用于时域数据。(5)RC(single-pole):用于时域数据。(6)8-poleButterworth:用于频域数据。(7)8-poleChebyshev:用于频域数据。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理18Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l Clampfit演示演示Lowpass滤波滤波19Patch clamp training classApr.23-25,2014l Highp
11、ass又称交流耦合(ACCoupling),可削弱低频信号而通过高频信号。Clampfit提供两种:8-poleBessel,单极RC采用-f-3dB,Clampfit自动计算出f-3dB范围并显示在该框底部。最常见的是在神经元上进行细胞内记录时使用高通滤波器,它可降低膜电位的低频振荡对突触电流的干扰。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理20Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l Clampfit演示演示Highpass滤波滤波21Patch clamp training classApr.23-25,20
12、14l Bandpass相当于低通滤波与高通滤波的交叉,需要同时设定高通滤波与低通滤波。高通滤波的f-3dB不能高于低通滤波的f-3dB。带通滤波用于欲记录的信号频率较为单一和固定时,对其它频率的噪声进行滤波。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理22Patch clamp training classApr.23-25,2014l Notch带阻滤波:削弱某一特定频率(如50Hz交流)信号。中心频率(Centerfrequency):10-3,000Hz。频率宽度(3dBwidth):频率宽度。-3dBwidth越窄,滤波需要的数据点越多,滤波效果越好。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的
13、处理23Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l Clampfit演示演示Notch滤波滤波24Patch clamp training classApr.23-25,2014l Electrical Interference(EI)电干扰滤波器(Electricalinterferencefilter,EI)为数码滤波器。可同时去除50Hz及其谐波(100Hz、150Hz等)的复杂交流噪声。Harmonicsfrom1to:用于设定欲去除的交流谐波的最高数目,最大数目为20(对应于1 kHz),一般去除第1-3
14、个就够了。Cyclestoaverage:数目越大,-3dB频率宽度越窄,滤波效果越好,但需时越长。Referencefrequency:选50Hz。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理25Patch clamp training classApr.23-25,2014EI所需最少数据点的计算举例所需最少数据点的计算举例滤波器所需最少数据点(采样频率/50 Hz)Cycles to average若采样频率 10 kHz,则一个50 Hz正弦波周期的采样点数 10 kHz/50 200 点若设定Cycles to average 10,则需要的最少采样点数 2,000点采样数据点不够的话,
15、将不能清除谐波干扰。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理26Patch clamp training classApr.23-25,2014四四、数据文件内部、数据文件内部/之间的数学运算之间的数学运算l Analyze/Average Traces平均文件内任意几条相同的Trace,获得平均后的一条Trace。要求:Clampex软件的Fixed-lengthevents、Episodicstimulation和High-speedoscilloscope模式。重复记录的信号,时程必须固定不变。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理27Patch clamp training clas
16、sApr.23-25,2014 降低信号噪声降低信号噪声信号频率谱与噪声频率谱一致或有重叠时,滤波不行。平均Trace的原理:设有N条Trace,则(见表):先累加所有N条Trace,此时信号幅度增大为原来的N倍,而噪声却只增大为原来的N倍。然后再除以Trace条数N,信号幅度不发生大的变化,而噪声幅度却降低为原来的1/N。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理28Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l Clampfit演示演示Average Traces功能功能29Patch clamp training
17、classApr.23-25,2014l Analyze/Segmented Average可对几个Trace中的某一相同时段(如EpochA)或Cursor1-2之间的时间段进行平均,平均后的文件通常用于Analyze/SubtractControl功能中的ControlFile。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理30Patch clamp training classApr.23-25,2014l Analyze/Arithmetic对文件内的任何Trace进行加减乘除等运算,使原来的Trace得到新值。如t3=t1+t2,t3=2t1+3t2Results窗口中的该功能可对不同Co
18、lumn的数据进行运算,得到新的Column的数值。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理31Patch clamp training classApr.23-25,2014l Analyze/Average Files对几个文件进行平均。例如在进行相同的实验时,需要将几个采样文件相应的每一个Trace进行平均。平均后的文件会自动生成,文件名为Average000-999.abf。仅适用于EpisodicStimulation、High-speedoscilloscope模式的数据;Protocol设置必须一致。同样具有降低噪声的作用。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理32Patch
19、clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l Clampfit演示演示Average Files功能功能33Patch clamp training classApr.23-25,2014l Analyze/Subtract Control两个文件中所有相应的Trace进行相减,可用于去除漏电流或分离某种通道电流。要求两个文件要采用相同的Protocol来采集(信号数目、Sweep数目与长短、信号单位、采样频率)。Testfile为“大”文件“被减数”,ControlFile为“小”文件“减数”。Multiplycontrolt
20、racesby:将ControlFile中的Trace乘以该倍数,然后再从Testfile中减除。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理34Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l Clampfit演示演示Subtract Control功能功能35Patch clamp training classApr.23-25,2014l 注:注:如需要,可用Analyze/DataReduction或Interpolation功能使采样频率变为一致。若Testfile中的Signal或Sweep数少于Controlf
21、ile,后者多余的Signal或Sweep将不被使用。反之,若Testfile中的Signal或Sweep数大于Controlfile,后者最后一个Signal或Sweep将被反复使用。若Testfile中的Sweep长度小于Controlfile,后者Sweep中多余的点将不被使用。反之,若Testfile中的Sweep长度大于Controlfile,后者Sweep中最后一个点将被反复使用。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理以Testfile为准36Patch clamp training classApr.23-25,2014l Analyze/Concatenate Files将在
22、同一条件下获得的数据文件并成一个文件。同一条件是指相同的采集模式/采样频率/采样时间/信号个数连接后的文件会自动生成:Concatenate000-999.abf。膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理37Patch clamp training classApr.23-25,2014膜片钳实验数据的处理膜片钳实验数据的处理l Clampfit演示演示Concatenate Files功能功能38Patch clamp training classApr.23-25,2014全细胞记录全细胞记录数据的数据的分析分析一、一、离子通道的激活曲线离子通道的激活曲线二、二、离子通道的离子通道的I-V
23、I-V曲线曲线三、三、离子通道的衰减离子通道的衰减四、四、离子通道的失活曲线离子通道的失活曲线五、量效曲线五、量效曲线39Patch clamp training classApr.23-25,2014l膜两侧电压差Vm改变,激活离子通道,用激活曲线描述。反映通道开启的速度速度及难易程度难易程度。全细胞记录全细胞记录数据的数据的分析分析一一、离子通道的激活曲线离子通道的激活曲线40Patch clamp training classApr.23-25,2014l给予细胞一系列脉冲电压来记录全细胞电流,作通道的激活曲线:X轴脉冲电压VmY轴全细胞通道电导g/gmaxBoltzmann方程拟合全细
24、胞记录全细胞记录数据的数据的分析分析41Patch clamp training classApr.23-25,2014g:全细胞通道激活电导gmax:全细胞通道最大激活电导Vm:不同的去极化(或超极化)脉冲电压V1/2:通道激活50%时的脉冲电压k:斜率因子(反映激活速度快慢,k越大,激活速度越慢)全细胞记录全细胞记录数据的数据的分析分析lBoltzmann方程42Patch clamp training classApr.23-25,2014设:f(V)=gImax=gmax=1Vmid=V1/2V=VmVc=kC=0则即为前述的激活曲线方程:全细胞记录全细胞记录数据的数据的分析分析lCl
25、ampfit中的Boltzmann方程:Boltzmann,charge-voltage方程43Patch clamp training classApr.23-25,2014先对数据进行处理(如基线调零、滤波、选择用于分析的Sweep数目等)。测量不同去极化脉冲电压下全细胞电流的峰值I(pA)。计算全细胞电导。gI/(VmVrev)对全细胞电导g进行标化:g/gmax,gmax=Imax/(Vm-Vrev)。作点图最后用激活曲线方程对散点图进行拟合全细胞记录全细胞记录数据的数据的分析分析l 离子通道激活曲线制作步骤离子通道激活曲线制作步骤44Patch clamp training clas
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