SNP分型技术简介教学提纲.ppt

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1、SNP分型技术简介SNP概念概念SNP（singlenucleotidepolymorphisms）单核苷酸多态性是指在基因组水平上由单个核苷酸的改变所引起的DNA序列序列多态性多态性。单单 个个？核苷酸核苷酸？多态性多态性？SNP的发生形式的发生形式转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP约占2/3可能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基C是人类基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶T。SNP的影响的影响编码区SNP有同义和非同义2种，非同义突变由于会导致氨基酸的变化，从而影响蛋白质的功能，特别是发生在结构功能区域的SNP尤其重要非

2、同义突变，虽然没有明显的功能的分子机制，但是在遗传学上可能因为与附近的其它致病基因的表达或者SNP连锁，因此在流行病学上形成阳性结果一般以此解释。SNP研究的优势研究的优势1.SNP在基因组中每每500-1000个碱基就有一个标记个碱基就有一个标记。无论是比较于RFLP还是SSR（6000一个标记），都要广泛得多；2.SNP在人群中是等位基因等位基因性的，在任何人群中其等位基因频率都可估计出来；3.与微卫星位点相比，SNP是高度稳定高度稳定的，尤其是处于编码区的SNP，而前者的高突变率容易引起对人群的遗传分析出现困难；4.部分位于基因内部的SNP可能会直接影响产物蛋白质的结构或基因表达水平，因

3、此，它们本身可能就是疾病遗传机制的候选位点候选位点；5.易于自动化、规模化分析自动化、规模化分析，缩短了研究时间。功能研究发展与方向功能研究发展与方向通过测序手段对SNP的存在及频率信息进行确定,对不同人群进行SNP的基因分型都需借助这些序列信息才能得以进行SNP连锁分析、单体型构建以及标签SNP寻找预测启动子SNP位点与转录因子结合的改变,编码区SNP对蛋白质的空间结构,生物功能的影响等SNP作为复杂性疾病的遗传标记的关联性研究（吸烟人群中患肺部疾病的相关连锁性）1.未知SNP位点寻找未知的SNP或确定某一未知SNP与某遗传病的关系研究方法：单链构象多态性(SSCP)高效液相色谱检测(HPL

4、C)限制性片段长度多态性(RFLP)随机扩增多态性DNA(RAPD)测序(SEQ)只能发现含有SNP确知SNP的位置和碱基SNP检测对象检测对象SNP检测对象检测对象2.已知SNP位点对不同群体SNP遗传多样性检测或在临床上对已知致病基因的遗传病进行基因诊断。研究方法：等位基因特异寡核苷酸片段分析(ASO)基因芯片技术(genechips)荧光定量PCR技术（RealTimePCR）-Taqman探针飞行质谱测序测序SNP研究方法研究方法DNA测序测序最终的确认标准最终的确认标准单链构象多态性单链构象多态性(SSCP)传统的酶切方法，资金少的实验室做，结果不准确，工作量大，需测序确认。TaqM

5、an实时荧光实时荧光PCR国内很少做，成本高MassARRAY飞行质谱飞行质谱SNP成本高限制性酶切片段长度多态性限制性酶切片段长度多态性(RFLP)基因芯片基因芯片大规模，成本高，某些流程还不成熟等位基因特异的寡聚核苷酸杂交等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO)测序法测序法项目项目案例案例 1已知已知SNP位点测序项目案例位点测序项目案例VKORC1基因-1639G/A位点测序项目简单了解VKORC1基因研究背景VKORC1基因：VitaminKepoxidereductasecomplexsubunit1，维生素K环氧化物还原酶复合物1查找SNP位点参考序列。公开的SNP数据库：1.htt

6、p:/www.ensembl.org/index.html2.http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/生产前准备生产前准备根据参考序列，在SNP位点附近设计引物，并检测引物效率。SNP位点位点引物名称引物名称引物序列引物序列产物大小产物大小rs9923231(-1639 G/A)VKORC1_1FACAGACGCCAGAGGAAGAG306bpVKORC1_1RCAGGGTTCAAGTGGTTCTC生产过程生产过程上机检测测序反应PCR产物纯化PCR反应测序模版质控电泳检测PCR扩增3730 xl测序峰图SNP位点分析生产后分析生产后分析Codoncode软件统计信息Sample

7、 namers9923231rs9934438rs7294P1-001TAGP1-002TAGP1-003TAGP1-004TAGP1-005YRRP1-006TAGP1-007TAGP1-008TAGP1-009YRR项目项目案例案例 2未知未知SNP位点测序项目案例位点测序项目案例CTSL基因Exon4中未知SNP位点测序项目简单了解CTSL基因背景CTSL基因：cathepsinL，组织蛋白酶L。查找CTSL基因Exon4参考序列。公开的数据库：1.http:/www.ensembl.org/index.html2.http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/生产前准备生产前准备根据参考序列，在Exon4区域设计引物，并检测引物效率。引物名称引物名称引物序列引物序列产物大小产物大小CTSL-4FACCAGTGGAAGGCAACTCAC492bpCTSL-4RACAGAGGAGAGGAGGCACAA生产过程生产过程上机检测测序反应PCR产物纯化PCR反应测序模版质控电泳检测PCR扩增3730 xl测序峰图检测到的SNP位点：A/GSNP位点分析生产后分析生产后分析Codoncode软件统计信息Sample nameExon 4GTGAACGTGGGTT14A/G15A/G16A/G17A/G18A19G20A21G