分子对接与全局最优化方法精选课件.ppt

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1、关于分子对接与全局最优化方法第一页，本课件共有29页分子对接v配体受体的相互作用v结合自由能的理论计算v优化方法第二页，本课件共有29页配体与受体的相互作用v生理过程与其有关v生物大分子与大分子之间v小分子与生物大分子之间v蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间第三页，本课件共有29页结合自由能的理论计算v静电相互作用v氢键相互作用v范德华相互作用v疏水作用第四页，本课件共有29页结合自由能的理论计算v几何形状互补v静电相互作用互补v氢键作用互补v疏水作用互补第五页，本课件共有29页几种计算方法v分子动力学v自由能微扰方法(FEP)v经验计算方法第六页，本课件共有29页自由能的经验计算

2、方法(Autodock)第七页，本课件共有29页自由能的经验计算方法(Autodock)第八页，本课件共有29页网格能量(Grid Map)v近似计算v利用计算好的参数v三线性插值第九页，本课件共有29页现在的问题和今后的方向v溶剂化效应、水分子、柔性问题v精确的计算和计算时间的问题v表面计算v数据库第十页，本课件共有29页Autodock的处理vPdb文件的准备http:/www.rcsb.org/pdb/v小分子的准备第十一页，本课件共有29页分子处理v文件格式：pdb,mol2,mol,pdbqv优缺点v各种软件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hype

3、rchem等等第十二页，本课件共有29页babelv转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。v使用方法：babel ipdb 文件名-h/-d-omol2 文件名vWendows界面babelwin第十三页，本课件共有29页Chemofficev画小分子的三维结构(由分子式转化)v计算其最小能量构形v用PM3或者AM1计算原子电荷或者其他参数第十四页，本课件共有29页处理蛋白质程序weblab viewerv显示格式v加氢减氢v氨基酸显示v去水v除去小分子第十五页，本课件共有29页显示格式第十六页，本课件共有29页加氢减氢v利用play scriptvSetProperty Atom e

4、lement=Oxygen:select=onvSetProperty Atom element=Sulfur:select=onvSetProperty Atom element=Nitrogen:select=onvHydrogens Add第十七页，本课件共有29页多种显示模式vNew Hierarchy WindowvNew Data Window第十八页，本课件共有29页去水第十九页，本课件共有29页除去小分子第二十页，本课件共有29页全局优化方法vSAvGA-NGAvTabu-Search第二十一页，本课件共有29页Tabu-Search第二十二页，本课件共有29页新的发展vRea

5、ctive Tabu SearchvEnhanced Continuous Tabu SearchvContinuous Reactive Tabu Search第二十三页，本课件共有29页缺点v初始解具有较强的依赖性v单-单操作第二十四页，本课件共有29页与NGA的结合v现在的做法：在NGA计算到减少Scale的时候，把最好的值作Tabu Search，TS时sacle也是逐步减少，到一定步数时如果数值不见好的话，就跳回到最好的地方重新开始。v缺点第二十五页，本课件共有29页计算结果计算次数NGANGA-TS计算结果所用时间(s)计算结果所用时间(s)10.2305083392900.230

6、5083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963第二十六页，本课件共有29页第二十七页，本课件共有29页讨论重点v找到一个比较好的结合方法v初步的设想:作为局部搜索v不浪费计算时间又能逃出局部最优第二十八页，本课件共有29页感感谢谢大大家家观观看看08.12.2022第二十九页，本课件共有29页