动物遗传学群体遗传学基础.ppt
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1、A 群体遗传学(群体遗传学(populationgenetics)是研究群体)是研究群体遗传结构及其变化规律的科学,是遗传学分支学遗传结构及其变化规律的科学,是遗传学分支学科。它是应用数学和统计学方法研究群体基因频科。它是应用数学和统计学方法研究群体基因频率和基因型频率及其变化的影响因素。率和基因型频率及其变化的影响因素。概述概述A 每个物种均具有相当稳定的遗传特性,新种的每个物种均具有相当稳定的遗传特性,新种的形成和发展有赖于遗传的变异。所以,群体遗传形成和发展有赖于遗传的变异。所以,群体遗传学是研究进化论问题的必要基础学是研究进化论问题的必要基础 群体遗传学的研究目的在于阐群体遗传学的研究
2、目的在于阐明生物进化的遗传机制。前面所涉明生物进化的遗传机制。前面所涉及的内容是在家系的基础上研究遗及的内容是在家系的基础上研究遗传现象和规律,即研究特定双亲与传现象和规律,即研究特定双亲与其后裔间的遗传关系,本部分是在其后裔间的遗传关系,本部分是在群体的基础上研究遗传现象及其规群体的基础上研究遗传现象及其规律。律。第一节基因频率与基因型频率群体(population)所谓群体,是指一个种、一个亚种、一个品种和一个其他同类生物类群的所有成员的总和。群体中最大的通常称为种族种族(races),人类有三个主要的种族:高加索人、黑人、亚细亚人。这些人种中又有许多遗传上的不同亚群。种与种之间、种与亚群
3、之间的主要差异的遗传基础是突变。孟德尔群体(孟德尔群体(Mendelianpopulation)在在群群体体遗遗传传学学中中,所所指指的的群群体体一一般般指指孟孟德德尔尔群群体体。所所谓谓孟孟德德尔尔群群体体,是是指指具具有有共共同同的的基基因因库库,并并由由有有性性过过程程(雌雌雄雄交交配配)实实现现繁繁殖殖的的群群体体。这这里里所所说说的的基基因因库库是是指指一一个个群群体体中中全全部部个体所共有的全部基因。个体所共有的全部基因。三、基因频率与基因型频率在在个个体体中中遗遗传传组组成成用用基基因因型型表表示示,而而在在群群体体中中遗遗传传组组成成用用基基因因频频率率和和基基因因型型频频率率
4、表表示示。所所以以,基基因因频频率率和和基基因因型型频频率率可可表表示示群群体体的的遗遗传传组组成成。不不同同群群体体的的同同一一基基因因往往往往有有不不同同频频率率,不不同同基基因因组组合合体体系系反反映了各群体性状的表现特点。映了各群体性状的表现特点。1.基因型频率(基因型频率(genotypefrequency)基基因因型型频频率率是是指指就就特特定定基基因因位位点点而而言言,群群体体中中某某种种基基因因型型个个体体占占群群体体总数的比率。总数的比率。例例如如:某某牛牛群群(N)的的有有角角和和无无角角由由一一对对等等位位基基因因P和和p控控制制,它它们们组组成成的的基基因因型型有有三三
5、种种:PP(n1),Pp(n2)和和pp(n3)。用用D、H、R分别表示三种基因型的频率。分别表示三种基因型的频率。则则DHR1。Dn1/N;Hn2/N;R=n3/N2.基因频率(基因频率(genefrequency)基基因因频频率率是是指指就就特特定定基基因因位位点点而而言言,群群体体中中某某一一基基因因占占其其全全部部等等位基因的比率。位基因的比率。基基因因频频率率=某某基基因因个个数数/群群体体中中同一位点基因总数同一位点基因总数.等等位位基基因因:占占据据同同源源染染色色体体相相同同位位点点,以以不不同同方方式式影影响响性性状状表表现现的的两两个基因(个基因(p、q)。一对等位基因p=
6、(2n1+n2)/2N=D+1/2Hq=(2n3+n2)/2N=R+1/2H3.基因型频率与基因频率的性质基因型频率与基因频率的性质1)同同 一一 位位 点点 的的 各各 基基 因因 频频 率率 之之 和和 等等 于于 1 即:即:p+q=12)群群体体中中同同一一性性状状的的各各种种基基因因型型频频率率之和等于之和等于1即:即:DHR13)基基因因频频率率的的范范围围为为大大于于或或等等于于0,小小于或等于于或等于1,即:,即:0p(q)14)基因型频率的范围也为大于或等于基因型频率的范围也为大于或等于0,小于或等于,小于或等于1,即,即0D(H,R)14.实例说明实例说明1)人的)人的AB
7、O血型决定于三个复等位基因:血型决定于三个复等位基因:IA、IB和和i。据调查,中国人(昆明)中,。据调查,中国人(昆明)中,IA基因的频率为基因的频率为0.24,IB基因频率为基因频率为0.21,i基因的频率为基因的频率为0.55,三者之和为,三者之和为0.24+0.21+0.55=1。2)家兔毛色决定于三个复等位基因:)家兔毛色决定于三个复等位基因:C(灰色)、(灰色)、ch(八黑)和(八黑)和c(白化)(白化)。5.基因频率与基因型频率的关系基因频率与基因型频率的关系1)基因位于常染色体上)基因位于常染色体上 设有一对基因设有一对基因A、a,其基因频率,其基因频率分别为分别为p、q,可组
8、成可组成3 3种基因型种基因型AA、Aa、aa,基因型频率分别为,基因型频率分别为D、H、R,个,个体总数为体总数为N,AA个体为个体为n1,Aa个体数个体数为为n2,aa个体数为个体数为n3。从以上分析得知,从以上分析得知,D=n1/N;H=n2/N;R=n3/N;可以算出:可以算出:PD1/2H;qR1/2H2)基因位于性染色体上)基因位于性染色体上由由于于性性染染色色体体具具有有性性别别差差异异,在在XY型型的的动动物物中中:雌雌性性()为为XX,雄雄性性()为为XY;在在ZW型型的的动动物物中中,雌雌性性()为为ZW,雄雄性性()为为ZZ。所以,把雌雄看做两个群体分别计算。所以,把雌雄
9、看做两个群体分别计算。(1)同配性别群体)同配性别群体(XX,ZZ)与常染色体上基因频率和基因型与常染色体上基因频率和基因型频率的关系相同。频率的关系相同。PD1/2HqR1/2H(2)异配性别异配性别(XY,ZW)由由于于基基因因的的数数量量和和基基因因型型的的数数量量相相等等,因因此此基基因因频频率率等等于于基基因因型型频率也等于表型频率:频率也等于表型频率:即即P=D;q=R 只要是孟德尔群体,这种关系只要是孟德尔群体,这种关系在任何群体中都是适应的。在任何群体中都是适应的。第三节第三节基因平衡定律基因平衡定律 英国数学家哈代(英国数学家哈代(Hardy)和德)和德国医生温伯格(国医生温
10、伯格(Weinberg),经过各),经过各自独立的研究,于自独立的研究,于1908年同一年发表年同一年发表了有关基因频率和基因型频率的重要了有关基因频率和基因型频率的重要规律,现统称为哈代一温伯格定律。规律,现统称为哈代一温伯格定律。一、平衡群体的条件一、平衡群体的条件所所谓谓平平衡衡群群体体是是指指在在世世代代更更替替的的过过程程中中,遗遗传传组组成成(基基因因频频率率和和基基因因型型频频率率)不不变变的的群群体体。要要达到平衡群体必须具备以下条件:达到平衡群体必须具备以下条件:(1)群体非常大,不会由于任何基因型的传递而产生基因频率的随意、或者太大的波动。(2)群体中个体是随即交配,而不是
11、有选择地交配。(3)没有自然选择,所有的基因型都具有同等生存能力。(4)没有突变发生。(5)没有个体的大规模迁移。遗传平衡的条件遗传平衡的条件理想群体理想群体二、哈代二、哈代温伯格定律的要点温伯格定律的要点1在在一一个个随随机机交交配配的的大大群群体体中中,若若没没有有其其它它因因素素(突突变变、迁迁移移、选选择择)的的影响,基因频率世代不变。影响,基因频率世代不变。即:即:P0=P1=Pn q0=q1=qn2任任何何一一个个大大群群体体,无无论论其其基基因因频频率率如何,只要经过一代随机交配,一如何,只要经过一代随机交配,一对对常常染染色色体体基基因因型型频频率率就就达达到到平平衡衡,若若没
12、没有有其其它它因因素素的的影影响响,一一直直进进行行随随机交配,这种平衡状态始终不变。机交配,这种平衡状态始终不变。即:即:D 0 D1=D2=Dn H 0 H1=H2=Hn R0 R1=R2=Rn3在在平平衡衡群群体体中中,基基因因频频率率和和基基因因型频率的关系为:型频率的关系为:D=P2 H=2pq R=q2设A的频率为p;a的频率为q,则pq=1展开二项式:(pq)2=1得到:p22pqq2=1AAD AaHaaR三、平衡群体的性质三、平衡群体的性质性质性质1:在二倍体基因平衡群体中,:在二倍体基因平衡群体中,杂合子(杂合子(Aa)的频率)的频率H2pq的值永的值永远不会超过远不会超过
13、0.5。利用这个性质可知,只要利用这个性质可知,只要H1/2,就绝对不是平衡群体。,就绝对不是平衡群体。性性质质2:杂杂合合子子频频率率是是两两个个纯纯合合子子频频率乘积平方根的二倍。率乘积平方根的二倍。H2(DR)0.5检测群体是否平衡的简便方法:两个性质检测群体是否平衡的简便方法:两个性质平衡定律的证明在一个牛群中,红色个体的比例为60,沙毛个体为40,白色为0,试计算各代的基因频率和基因型频率。四、基因频率的计算四、基因频率的计算如如前前所所述述,计计算算基基因因频频率率的的基基本本原原理理是是依依据据表表现现型型频频率率估估计计各各基基因因型型频频率率,然然后后依依基基因因型型频频率率
14、计计算算基基因因频频率率,由由于于基基因因作作用用的的方方式式不不同同,因因此此就必须按不同类型来计算。就必须按不同类型来计算。计算公式:计算公式:pD+H*1/2qRH*1/2D=p2H=2pqR=q2D+H+R=1;D+H+R=1;p+qp+q1 1(一)共显性或不完全显性(一)共显性或不完全显性 在共显性或不完全显性时,计算在共显性或不完全显性时,计算比较简单。因为基因型和表型一致,比较简单。因为基因型和表型一致,即由表型直接可以识别基因型,因此,即由表型直接可以识别基因型,因此,只要知道表现型比例,就可知道基因只要知道表现型比例,就可知道基因型频率,再通过基因型频率计算出基型频率,再通
15、过基因型频率计算出基因频率,所用公式为:因频率,所用公式为:PD1/2H;qR1/2H 举例说明举例说明 短角牛中有白色、红色和沙毛色,短角牛中有白色、红色和沙毛色,而沙毛色是红色、白色牛杂交的后代。而沙毛色是红色、白色牛杂交的后代。在牛群中白、沙、红三种毛色分别占在牛群中白、沙、红三种毛色分别占35,50和和15,于是基因频率分,于是基因频率分别为:别为:PD1/2H0.6qR1/2H0.4(二)完全显性时(二)完全显性时在在这这种种情情况况下下,一一对对基基因因有有三三种种基基因因型型,而而只只有有两两种种表表型型,显显性性纯纯合合了了和和杂杂合合子子表表型型相相同同,不不能能识识别别。所
16、所以以,我我们们只只能能得得到到隐隐性性纯纯合合子子的的基基因因型型频频率率和和显显性性类类型型(显显性性纯纯合合子子、杂杂合合子子)频频率率。因因此此,无无法法用用上上述述方方法法计算基因频率。计算基因频率。如如果果是是一一个个随随机机交交配配的的大大群群体体,根根据据哈哈代代一一温温伯伯格格定定律律,基基因因频频率率应应处处于于平平衡衡状状态态,于于是是,根根据据隐隐性性纯纯合合子子的的基基因因型型频频率率和和隐隐性性基基因因频频率率的的关关系系,R=q2,可可以以得得到到q=R0.5,从从而而得得到到p=1q。举例说明举例说明一一个个随随机机交交配配的的牛牛群群中中,黑黑色色对对红红色色
17、为为显显性性,黑黑牛牛(BBBb)占占96,红牛(,红牛(bb)占)占4,求基因频率。,求基因频率。解:根据解:根据R=q2,所以,所以q0.2 p=1q=10.2=0.8(三)复等位基因(三)复等位基因1.等显性的复等位基因等显性的复等位基因计计算算的的基基本本原原则则为为:某某一一基基因因的的频频率率是是该该基基因因纯纯合合体体的的频频率率加加上上含含有有该基因全部杂合体频率的该基因全部杂合体频率的12。例例如如,某某品品种种牛牛血血红红蛋蛋白白的的基基因因有有三三个个等等位位基基因因A、B、C,可可组组成成6种种基基因因型,各基因型及频率见下表:型,各基因型及频率见下表:基因基因型型AA
18、BBCCABACBC 总总计计测定测定头数头数2461293660基因基因型频型频率率0.400.100.200.150.050.11.0设设A、B、C三个基因频率分别为三个基因频率分别为p、q、r;AB、AC、BC的频率为的频率为H1、H2、H3;AA、BB、CC的频率为的频率为D1、D2、D3。A基因频率基因频率pD1(H1H2)/20.40(0.150.05)/20.50B基因频率基因频率qqD2(H1H3)/20.10(0.150.10)/20.225C基因频率基因频率rrD3(H2H3)/20.20(0.050.10)/20.2752.等等显显性性及及有有显显隐隐性性等等级级的的复复
19、等等位位基因基因 人的人的ABO血型是受三个复等位血型是受三个复等位基因基因IA、IB、i控制的,控制的,IA和和IB为等为等显性,在杂合状态下均可以得到表显性,在杂合状态下均可以得到表现,现,i对对IA和和IB均为隐性。设均为隐性。设A、B、O血型的比率分别为血型的比率分别为IA,IB,ip,q,r,那么随机交配下一代的,那么随机交配下一代的基因型及频率如下。基因型及频率如下。由表现型频率推知基因频率:由表现型频率推知基因频率:首首先先从从隐隐性性个个体体频频率率计计算算i基基因因的的频频率:率:Or2,rO0.5先计算出先计算出i频率。频率。A+O=p22prr2=(pr)2 =(1q)2
20、,1q=(A+O)0.5 q=1(A+O)0.5 p=1qr影响频率变化的因素有:迁影响频率变化的因素有:迁移,移,突变,选择,突变,选择,遗传漂变遗传漂变和随机交配的偏移。和随机交配的偏移。第三节第三节影响群体哈温平衡的主要因素影响群体哈温平衡的主要因素一突变mutation突变变异遗传重组基因突变染色体畸变结构变异染色体数目变异突变是进化的原动力;可以形成新基因,为选择提供原材料;可以改变基因频率315在群体中,突变往往分为正、反突变,即:Aauv设起始频率为p、q,如果突变频率分别为u、v,则A基因的减少量为pu或u(1-q),a基因的减少量为qv当正突变和反突变相等时puqv,u(1-
21、q)qv,u-uqqv则突变后代的基因频率为:结论:在没有其他因素干扰时,平衡群体的基因频率由正反突变频率的大小决定。给定一对等位基因的正反突变频率,就可以计算平衡状态时的基因频率。例:u=110-6,v=510-7 p=33%,q=67%;u=v=110-6 p=q=50%由于大多数基因突变频率很低(10-410-7),因此突变压对基因频率的改变要经过很多世代。时间的长短则与世代周期长短密切相关。二选择selection选择时引起群体基因频率发生方向性变化的重要因素。在家畜育种中,选择是选种的重要手段,通过选择,把合乎人类要求的性状选留下来,使特定性状的基因频率逐渐升高。不合要求的性状逐渐淘
22、汰。适合度W:在选择中,某一基因型个体在下一代中平均保留后代数的比率,又称适应度。选择指数s:某一个体在下一代中淘汰的的个体数占总后代的比率,又称淘汰率。s=1W选择的作用破坏群体的基因平衡,定向地改变群体的基因频率;增加有利基因或有益基因的频率,从而改变物种类型。适合度:在选择中,某一基因型个体在下一代中平均保 留后代数的比率,又称适应度。是指某一基因 型与其它基因型比较时,能够成活和繁殖后代的 相对能力,记为W选择指数s:某一个体在下一代中淘汰的的个体数占总 后代的比率,又称淘汰率。在选择的作用下降 低的适合度。s=1W(一)选择显性基因AAAaaa(二)选择隐性基因设:0世代p、qD1p
23、2H12pqR1q2aa完全淘汰q1=pq/(q2+2pq)=(1-q)q/(1-q2)=(1-q)q/(1-q)(1+q)=q/(1+q)qn:N代后的隐性基因频率q0:0代隐性基因频率n:由q0qn选择的代数三三 遗传漂移:遗传漂移:v遗传漂变(genetic drift):指因抽样误差造成基因频率的随机波动。群体遗传平衡的前提条件是随机交配的大群体。小群体相当于大群体的一个样本,样本容量越小,样本与总体间存在 的 偏差就越大,从而造成样本(小群体)与总体(大群体)基因频率的差异。漂变发生在基因频率为01的群体中,群体越小,漂变的可能性就越大。遗传漂变没有确定的方向,世代群体间基因频率变化
24、是随机的,因此又称为随机遗传漂变(random genetic drift)。遗传漂变可以解释中性突变(无适应能力差异的突变)频率在不同世代群体间的变化。四 迁移设一群体的基因频率为 ,若从另一群体(基因频率为 )迁入若干个体,迁入个体所占比例(迁入率)为m,则迁入后新群体的基因频率为:迁移(migration):指群体间个体的流动或基因的交流。如果迁入个体中基因频率与原群体不同,将改变群体基因频率。遗传多样性遗传多样性遗遗传传多多样样性性在在广广义义上上是是指指种种内内或或种种间间表表现现在在分分子子、细细胞胞、个个体体三三个个水水平平的的遗遗传传变变异异程程度度;狭狭义义上上则则主主要要指
25、指种种内内不不同同群群体体和和个个体体间间的的遗遗传传变变异程度。异程度。家畜遗传多样性的保护策略1保护与改良相结合,有选择的保护2发掘、保护、评估和利用相结合2系统保种与目标保种相结合原地保护迁地保护中国湖北神农架 第五节第五节分子进化分子进化进化论发展历程进化论发展历程1.1.拉马克的进化观点拉马克的进化观点 2.2.达尔文的进化学说达尔文的进化学说 3.3.分子钟理论分子钟理论 4.4.中性学说中性学说 1.生物进化论生物进化论生物进化论(Thetheoryofevolution):是关于生物界历史发展一般规律的科学。进化(evolution):这个概念指的是事物的演化或发展。它的含义极
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