基因诊断与基因治疗生物化学.ppt
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1、目目录录 基因诊断与基因治疗基因诊断与基因治疗Gene Diagnosis and Gene Therapy目目录录目目录录一、一、基因基因诊诊断的概念、特点及断的概念、特点及临临床意床意义义 定义:定义:利利用用分分子子生生物物学学技技术术,通通过过检检测测基基因因及及基基因因表表达达产产物物的的存存在在状状态态,对对人人体体疾疾病病作作出出诊诊断断的的方方法法。基基因因诊诊断断检检测测的的目目标标分分子子是是DNADNA、RNARNA,也可以是蛋白质或者多肽。,也可以是蛋白质或者多肽。目目录录目目录录诊断依据诊断依据(遗传物质改变遗传物质改变)lDNA、RNA或或蛋蛋白白质质水水平平变变化
2、化,如如病病毒毒基基因因及及其其转转录录产产物物在在体体内内从从无无到到有有、癌癌基基因因表表达达水水平平从低到高;从低到高;l基基因因结结构构变变化化,如如点点突突变变引引起起基基因因失失活活、染染色色体转位引起基因异常激活或灭活。体转位引起基因异常激活或灭活。目目录录目目录录基因诊断的特点基因诊断的特点高特异性高特异性高灵敏性高灵敏性早期诊断性早期诊断性应用广泛性应用广泛性目目录录目目录录二、基因诊断中常用的分子生物学技术二、基因诊断中常用的分子生物学技术n核酸分子杂交(核酸分子杂交(Nucleicacidhybridization)n聚合酶链式反应聚合酶链式反应(PCR)n单链构象多态性
3、(单链构象多态性(SSCP)n限制性片段长度多态性(限制性片段长度多态性(RFLP)nDNA序列测定(序列测定(DNAsequencing)n生物芯片(生物芯片(biochips)nWestern免疫印迹(免疫印迹(Westernblotting)n免疫组织化学诊断免疫组织化学诊断目目录录目目录录单链构象多态性分析单链构象多态性分析(single-strandconformationpolymorphism,SSCP)DNA的的突突变变造造成成DNA片片段段中中碱碱基基序序列列不不同同,变变性性为为单单链链后后在在中中性性聚聚丙丙烯烯酰酰胺胺凝凝胶胶中中的的构构象象不不同同(单单链链构构象象多
4、多态态性性),利利用用迁迁移移率率的的差别可使各种序列不同的单链分离开来。差别可使各种序列不同的单链分离开来。目目录录目目录录PCR-SSCP分析原理示意分析原理示意目目录录目目录录正常人正常人纯合突变纯合突变杂合突变杂合突变+PCR-SSCP分析分析 目目录录目目录录 限制性片段长度多态性分析限制性片段长度多态性分析 (restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)由由于于DNA变变异异产产生生新新的的酶酶切切位位点点或或原原有有的的酶酶切切位位点点消消失失,在在用用限限制制性性核核酸酸内内切切酶酶消消化化时时产产生生不不同同长度或不同数量的片段。长度
5、或不同数量的片段。可借助核酸分子杂交或可借助核酸分子杂交或PCR进行检测。进行检测。目目录录目目录录设设计计适适当当的的扩扩增增引引物物,使使扩扩增增片片段段包包括括某某一一个个或或数数个个限限制制性性内内切切酶酶识识别别序序列列,在在PCR扩扩增增后后用用该该限限制制酶酶切切割割PCR产产物物,根根据据电电泳泳后后酶酶切片段长度变化,即可作出诊断。切片段长度变化,即可作出诊断。PCR-RFLP目目录录目目录录ABCDEFGDEFBGCAGAATTCCTTAAGEFBG C+DAEcoR限制性内切酶位点的变化限制性内切酶位点的变化目目录录目目录录DNA序列测定序列测定(双脱氧末端终止法双脱氧末
6、端终止法)目目录录目目录录左侧:正常;右侧突变左侧:正常;右侧突变 序列分析用于基因诊断研究序列分析用于基因诊断研究目目录录目目录录基因芯片杂交流程示意图基因芯片杂交流程示意图目目录录目目录录基因诊断中常用的分子生物学方法比较基因诊断中常用的分子生物学方法比较方法方法优点与问题优点与问题解决方案解决方案核酸分子杂交核酸分子杂交结果可靠但操作繁琐结果可靠但操作繁琐选择合适的探针选择合适的探针 PCRPCR灵敏度、特异性高灵敏度、特异性高设计合适的引物设计合适的引物 SSCPSSCP操作简便、检出率不高操作简便、检出率不高选择合适的片段选择合适的片段 RFLPRFLP结果可靠但限制较多结果可靠但限
7、制较多选择合适的限制酶选择合适的限制酶 DNADNA测序测序可自动化,但不适宜广泛使用可自动化,但不适宜广泛使用与与PCRPCR配合使用配合使用生物芯片生物芯片效率高,成本高,不适宜广泛效率高,成本高,不适宜广泛使用使用选择合适的芯片选择合适的芯片目目录录目目录录基因诊断技术路线与方法基因诊断技术路线与方法 n直接诊断:直接分析致病基因分子结构及表直接诊断:直接分析致病基因分子结构及表达是否异常达是否异常n间接诊断:利用多态性遗传标志与致病基因间接诊断:利用多态性遗传标志与致病基因进行连锁分析进行连锁分析 根据对致病基因或相关基因的了解程度决根据对致病基因或相关基因的了解程度决定基因诊断的技术
8、途径选择。定基因诊断的技术途径选择。目目录录目目录录(一)直接诊断途径(一)直接诊断途径 必要条件:必要条件:被检测基因变化与疾病发生有被检测基因变化与疾病发生有直接因果直接因果关系关系 被检被检基因正常分子结构已被确定基因正常分子结构已被确定 被检基因致病的被检基因致病的分子机制分子机制(突变位点或表达变(突变位点或表达变化)已知化)已知目目录录目目录录5/5/3/3/RFLP1.1.点突变的检测点突变的检测(1 1)有限制性内切酶位点改变)有限制性内切酶位点改变目目录录目目录录斑点杂交、反向斑点杂交斑点杂交、反向斑点杂交AS-PCR、PCR-SSCP、PCR-ASO、PCR产物直接测序产物
9、直接测序5/5/3/3/(2 2)无限制性酶切位点改变)无限制性酶切位点改变 目目录录目目录录在在DNA序序列列上上有有一一段段较较长长序序列列的的重重新新排排布布。包包括括数数十十个个碱碱基基到到数数千千个个碱碱基基的的丢丢失失、插插入入、替替换换、重重复复和和倒倒位位等等,以以及及染染色色体体突突变变或或畸畸变变,包包括括染染色色体体的的易易位位、缺缺失失或或染染色色三三体体(如如唐唐氏氏综综合合征)等。征)等。2.2.基因重排的检测基因重排的检测核酸分子探针杂交与核酸分子探针杂交与PCR目目录录目目录录BamHIBamHI212 10 kb14 kbprobe -珠蛋白生成障碍性贫血珠蛋
10、白生成障碍性贫血的直接基因诊断的直接基因诊断a-珠蛋白珠蛋白基因不同程度的缺失可引起基因不同程度的缺失可引起不同类型的不同类型的-珠蛋白生成障碍性贫血珠蛋白生成障碍性贫血目目录录目目录录 根据引物根据引物33端的互补与否,设计一对与正端的互补与否,设计一对与正常或突变模板配对的特异引物常或突变模板配对的特异引物等位基因特异等位基因特异PCRAS-PCR(allelespecificPCR)目目录录目目录录3.基因表达异常的检测基因表达异常的检测mRNA的相对定量分析的相对定量分析mRNA的绝对定量分析的绝对定量分析mRNA长度分析长度分析目目录录目目录录(二)间接诊断途径(二)间接诊断途径1.
11、1.采用原因采用原因致病致病基因未知基因未知或基因结构不确定或基因结构不确定致病突变致病突变机制不清机制不清致病致病位点不便检测位点不便检测目目录录目目录录DNA多多态态性性:指指群群体体中中的的DNA分分子子存存在在至至少少两两种种不不同同的的类类型型,即即个个体体间间同同一一染染色色体体的的相相同同位位置置上上核核苷苷酸酸序序列列存存在在一一定定的的差差异异或变异。或变异。多多在在进进化化中中形形成成,本本身身并并不不致致病病,只只是是与某些遗传性致病基因有一定连锁关系。与某些遗传性致病基因有一定连锁关系。2.2.遗传标记遗传标记目目录录目目录录间接诊断:检测与致病基因连锁的遗传标记间接诊
12、断:检测与致病基因连锁的遗传标记三代遗传标记:三代遗传标记:RFLP(基于核酸分子杂交技术)(基于核酸分子杂交技术)VNTR(variablenumberoftandemrepeats);STR(shorttandemrepeats)SNP(singlenucleotidepolymorphism)目目录录目目录录7.6kb13kb患患者者正正常常HBS的间接基因诊断的间接基因诊断RFLP标记的连锁分析标记的连锁分析Hap7.6kb13kbSouthernSouthern印迹杂交印迹杂交N H PN N:正常;:正常;H H:杂合子;:杂合子;P P:患者(纯合子);黄色区域为探针:患者(纯合
13、子);黄色区域为探针目目录录目目录录 遗传病的基因诊断遗传病的基因诊断Gene Diagnosis of Hereditary Diseases目目录录目目录录一、血红蛋白病(一、血红蛋白病(hemoglobinopathy)(一)镰状细胞贫血病(一)镰状细胞贫血病(二)(二)-珠蛋白生成障碍性贫血症珠蛋白生成障碍性贫血症二、血友病(二、血友病(Hemophilia)甲型血友病基因诊断甲型血友病基因诊断三、脆性三、脆性X综合征综合征目目录录目目录录(一)镰状细胞贫血病(一)镰状细胞贫血病一、血红蛋白病一、血红蛋白病1.镰状红细胞贫血患者基因诊断镰状红细胞贫血患者基因诊断ASO杂交法杂交法2.H
14、BS的限制性内切酶谱分析的限制性内切酶谱分析3.HBS的的PCR-RFLP分析分析目目录录目目录录n正常正常的(的(N)的)的ASO探针:探针:5-ACTCCTGAGGAGAAGTCTGC-3n突变突变的(的(M)的)的ASO探针:探针:5-ACTCCTGTGGAGGAAGTCTGC-31.镰状红细胞贫血患者基因诊断镰状红细胞贫血患者基因诊断ASO杂交法杂交法目目录录目目录录斑点杂交结果斑点杂交结果 N N:正常;:正常;M M突变突变镰状红细胞贫血患者镰状红细胞贫血患者ASO杂交法检测杂交法检测N-ASOM-ASO正常正常 突变突变 突变突变纯合子纯合子 杂合子杂合子 纯合子纯合子53正常基
15、因正常基因1.15kb(CCT GAG G)53突变基因突变基因1.35kb(CCT GTG G)镰状红细胞贫病的限制性内切酶谱分析镰状红细胞贫病的限制性内切酶谱分析Mst酶切位点酶切位点(CCTNAGG)2.HBS的的限制性内切酶谱分析限制性内切酶谱分析目目录录0.2kb1.15kb1.35kb正常人正常人突变携带者突变携带者患者患者镰状红细胞贫血病的限制性内切酶谱分析镰状红细胞贫血病的限制性内切酶谱分析目目录录目目录录目目录录3.HBS的的PCR-RFLP分析分析 正常人的扩增产物经正常人的扩增产物经 MstMst 消化可生成消化可生成54bp54bp和和56bp56bp两个片段,而镰状细
16、两个片段,而镰状细胞贫血症患者的胞贫血症患者的DNADNA片段不被酶切,仍为片段不被酶切,仍为110bp110bp,杂合子可见三条带,杂合子可见三条带正常人正常人杂合体杂合体患者患者Marker目目录录目目录录1.PCR-RFLP分析分析-珠蛋白生成障碍性贫血症基因密码子珠蛋白生成障碍性贫血症基因密码子17突变的检测突变的检测M:pBR322DNA/MspI;1:未酶解片段;未酶解片段;2:bA/bA;3:bA/bT;4:bT/bT注:由于注:由于54 bp、114bp、72bp片段及分子量标准中低于片段及分子量标准中低于200bp的片段太小,在的片段太小,在0.8的琼脂糖凝胶中不易被观察到的
17、琼脂糖凝胶中不易被观察到(二)(二)-珠蛋白生成障碍性贫血症珠蛋白生成障碍性贫血症目目录录目目录录-珠蛋白生成障碍性贫血症的反向斑点杂交分析珠蛋白生成障碍性贫血症的反向斑点杂交分析2.2.反向斑点杂交反向斑点杂交目目录录目目录录二、血友病(二、血友病(Hemophilia)n甲甲 型型 血血 友友 病病 是是 由由 于于 血血 浆浆 凝凝 血血 因因 子子VIII(FVIII)缺陷造成。)缺陷造成。n甲甲型型血血友友病病的的基基因因突突变变类类型型已已有有300余余种种,其其中中点点突突变变占占174种种;另另有有部部分分患患者者是是由由于于缺失或插入突变或内含子缺失或插入突变或内含子22的基
18、因倒位所致。的基因倒位所致。目目录录目目录录1.FVIII基因倒位的基因倒位的DNA印迹分析印迹分析将将基基因因组组DNA用用NcoI,DraI或或BclI等等内内切切酶酶(酶酶切切位位点点位位于于交交换换点点两两侧侧)消消化化,用用特特异异探探针针进进行行杂杂交交分分析析,正正常常人人表表现现为为21.5kb、14kb和和16kb三三种种类类型型。I型型倒倒位位患患者者表表现现为为20、17.5和和14kb三三种种类类型型;型型倒倒位位患患者者表表现现为为20、16和和15.5kb三三种种带带型型。在在一一些重型甲型血友病家系中还有其他异常带型出现。些重型甲型血友病家系中还有其他异常带型出现
19、。目目录录目目录录2.FVIII基因突变的检测基因突变的检测(1)依赖于)依赖于FVIII基因内或旁侧的多态性标记基因内或旁侧的多态性标记的连锁分析的连锁分析(2)RFLP连锁分析连锁分析(3)VNTR分析分析(4)短串联重复序列()短串联重复序列(STR)的连锁分析)的连锁分析目目录录目目录录三、脆性三、脆性X综合征综合征n脆性脆性X智力低下基因智力低下基因1(FMR1)5非翻译区遗传不稳非翻译区遗传不稳定的定的(CGG)n三核苷酸重复序列的异常扩增以及相邻三核苷酸重复序列的异常扩增以及相邻CpG岛的异常甲基化。岛的异常甲基化。n正常人中约为正常人中约为850拷贝。拷贝。n男性和女性携带者增
20、多到男性和女性携带者增多到52200拷贝,相邻的拷贝,相邻的CpG岛岛未被甲基化,称为前突变(未被甲基化,称为前突变(premutation)。)。n男性患者和脆性部位高表达的女性中,达到男性患者和脆性部位高表达的女性中,达到2001000拷贝,相邻的拷贝,相邻的CpG岛也被甲基化,称为全突变(岛也被甲基化,称为全突变(fullmutation)。)。n全突变可关闭相邻全突变可关闭相邻FMR1基因的表达,基因的表达,FMR1mRNA在在几乎所有患者不表达或只有低表达,从而出现临床症状。几乎所有患者不表达或只有低表达,从而出现临床症状。目目录录目目录录脆性脆性X综合征常用基因诊断方法综合征常用基
21、因诊断方法1PCR-ASO2DNA连锁分析连锁分析3Souhern印迹杂交法印迹杂交法4PCR扩增扩增感染病的基因诊断感染病的基因诊断 Gene Diagnosis of Infectious Diseases目目录录 一、病毒性疾病一、病毒性疾病n甲型肝炎病毒(甲型肝炎病毒(HAV)HAV系系RNA病病毒毒,利利用用RT-PCR技技术术可可从从粪粪便便中检测出甲型肝炎病毒的基因组中检测出甲型肝炎病毒的基因组RNA。n乙型肝炎病毒(乙型肝炎病毒(HBV)设设计计保保守守区区序序列列引引物物,扩扩增增各各型型HBVDNA片片段段;设设计计位位于于可可变变区区的的引引物物扩扩增增某某一一亚亚型型H
22、BVDNA,以便分型。,以便分型。n丙型肝炎病毒(丙型肝炎病毒(HCV)HCV为为正正链链RNA病病毒毒,先先反反转转录录成成cDNA,再再进行巢式进行巢式PCR检测检测HCV。目目录录目目录录目目录录二、细菌引起的疾病二、细菌引起的疾病n结核分枝杆菌结核分枝杆菌先先设设计计一一对对特特异异性性引引物物,用用PCR技技术术扩扩增增出出一一383bp序序列列,再再用用探探针针杂交,灵敏度可达到杂交,灵敏度可达到100个细菌水平。个细菌水平。n幽门螺杆菌(幽门螺杆菌(HP)主主要要采采用用PCR技技术术:检检测测HP染染色色体体DNA特特异异片片段段;检检测测HP尿尿素素酶酶A基因;基因;用用PC
23、R-RFLP鉴别鉴别HP菌株。菌株。目目录录目目录录三、寄生虫及衣原体感染三、寄生虫及衣原体感染n疟原虫疟原虫n卡氏肺孢子虫卡氏肺孢子虫n衣原体感染衣原体感染诊断方法:核酸杂交和诊断方法:核酸杂交和PCR技术技术目目录录目目录录肿瘤的基因诊断肿瘤的基因诊断Gene Diagnosis of Malignant Tumors目目录录目目录录一、原癌基因与抑癌基因的检测一、原癌基因与抑癌基因的检测 二、常见肿瘤的基因诊断二、常见肿瘤的基因诊断 乳腺癌乳腺癌 结肠癌结肠癌 目目录录目目录录一、原癌基因与抑癌基因的检测一、原癌基因与抑癌基因的检测1原癌基因的检测原癌基因的检测ras基基因因家家族族由由
24、H-ras、K-ras和和N-ras组组成成。最最常常见见的突变是第的突变是第12、13、59或第或第61位密码子的位密码子的点突变点突变。胰胰腺腺癌癌、结结肠肠癌癌、肺肺癌癌以以K-ras突突变变为为主主,如如第第12位位密密码码子子突突变变,由由编编码码甘甘氨氨酸酸的的GGT突突变变为为TGT、GTT或或GAT,少数突变为,少数突变为GCT。急性淋巴细胞白血病急性淋巴细胞白血病,慢性淋巴细胞白血病等以,慢性淋巴细胞白血病等以N-ras突变为主;突变为主;泌尿系统肿瘤泌尿系统肿瘤则以则以H-ras突变为主。突变为主。目目录录目目录录PCR及及PCR-SSCP分分析析:扩扩增增ras 基基因因
25、第第12位位密密码码子子点点突突变变部部位位,再再用用SSCP技技术术进进行行分分析析,或或者者直直接接测测序序确确定定患患者者ras原原癌癌基基因因的的点点突突变。变。核苷酸杂交技术(如核苷酸杂交技术(如ASO):):检测检测ras基因基因第第12位密码子点突变。位密码子点突变。2.ras原癌基因突变常用的检测方法原癌基因突变常用的检测方法目目录录目目录录3抑癌基因抑癌基因p53的检测的检测np53的基因诊断方法有的基因诊断方法有(1)PCR-SSCP分析技术分析技术(2)DNA序列分析序列分析(3)PCR-RFLP分析分析基因诊断在法医学上的应用基因诊断在法医学上的应用Applicatio
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- 基因 诊断 基因治疗 生物化学
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