重组与鉴定精选课件.ppt
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1、关于重组与鉴定关于重组与鉴定第一页,本课件共有85页第七章第七章 基因的重组与转移过程基因的重组与转移过程第二页,本课件共有85页切切接接转转增检检第三页,本课件共有85页一、DNA的体外重组(切与接)n n同种内切酶产生的粘性末端的连接同种内切酶产生的粘性末端的连接n n同尾酶生产的粘性末端的连接同尾酶生产的粘性末端的连接n n不同粘性末端的连接不同粘性末端的连接n n人工粘性末端的连接人工粘性末端的连接n n粘性末端的更换粘性末端的更换n n重组率重组率第四页,本课件共有85页(1)同种内切酶生产的粘性末端的连接5 5GAATTCCTTAAGGAATTCCTTAAGEcoREcoREcoR
2、I II5GCTTAAAATTCG5 5 GCTTAA 55 AATTCG5 退火退火退火退火退火退火GCTTAAAATTCG5 GCTTAA 5 AATTCGT4-DNA ligaseT4-DNA ligaseT4-DNA ligaseGAATTCCTTAAG5 5GAATTCCTTAAG第五页,本课件共有85页(2)同尾酶生产的粘性末端的连接BamHIBamHIBamHI5 5GGATCCCCTAGGGGATCCCCTAGGGCCTAGGATCCGTACTAG 55 GATCAT5 5 TGATCAACTAGT5 BclIBclIBclIGCCTAGGATCC5 TACTAG GATCA退
3、火退火退火退火退火退火T4-DNA ligaseT4-DNA ligaseT4-DNA ligaseTGATCCACTAGG5 5GGATCACCTAGT第六页,本课件共有85页(3)不同种酶产生的粘性末端的连接不同种酶产生的粘性末端的连接n n用两种限制性内切酶分别消化载体和外源DNA片段,使载体和外源目的基因的两端分别形成不同的粘性末端.将它们混合,在连接酶的作用下相同的粘性末端可退火形成重组DNA分子,实现DNA定向连接.第七页,本课件共有85页(4)不同粘性末端的连接BamHIBamHIBamHI5 5GGATCCCCTAGGGGATCCCCTAGGGCCTAGGATCCG5 5 CT
4、GCAG5 GACGTC3 T4-DNA ligaseT4-DNA ligaseT4-DNA ligaseCGATCCGCTAGG5 GGATCGCCTAGC5 CTGCAGGACGTC5 PstIPstIPstI3 T4-DNA polT4-DNA polT4-DNA pol切平切平切平切平切平切平5 CG5 GCKlenowKlenowKlenow补平补平补平补平补平补平5GGATCCCTAGGATCC5 CTAGG55第八页,本课件共有85页(5)人工粘性末端的连接 5突出末端5GCCTAGGATCCG5 5 GCTTAA 555 AATTCG5 5KlenowKlenowKlenow补
5、平补平补平补平补平补平KlenowKlenowKlenow补平补平补平补平补平补平GGATCCCTAGGATCCCTAGG5 GAATTCTTAA 555 AATTCTTAAGTdTTdTTdTTdTTdTTdTdGTPdGTPdGTPdCTPdCTPdCTPGAATTGGGGGGCTTAA AATTCGGGGGGTTAAGGGATCCCCCCCCCTAGGATCCCCCCCCCTAGGGAATTGGGGGGGATCCCTTAACCCCCCCTAGGGGATCCCCCCCAATTCCCTAGGGGGGGTTAAG退火退火退火退火退火退火BamH IBamH IBamH IBamH IBamH
6、IBamH IEcoR IEcoR IEcoR IBamH IBamH IBamH I第九页,本课件共有85页(6)人工粘性末端的连接 3突出末端CTGCA 3 GG3 ACGTC5 GCATG 3C5C3 GTACGT4-DNA ligaseT4-DNA ligaseT4-DNA ligaseTdTTdTTdTTdTTdTTdTdCTPdCTPdCTPdGTPdGTPdGTPGCATGCCCCCC 3C退火退火退火退火退火退火Pst IPst IPst IPst IPst IPst IC3 CCCCCCGTACGCTGCAGGGGGG 3 GG3 GGGGGGACGTC5 5GCATGCCC
7、CCC GC GGGGGGACGTCCTGCAGGGGGG CG CCCCCCGTACG5 5GCATGCCCCCCTGCAGCGTACGGGGGGACGTCCTGCAGGGGGGCATGCGACGTCCCCCCGTACGKlenowKlenowKlenowPst IPst IPst ISph ISph ISph I第十页,本课件共有85页平末端DNA片段的连接n n同聚物加尾法同聚物加尾法n n衔接物加尾法衔接物加尾法n nDNADNA接头连接法接头连接法第十一页,本课件共有85页同聚物加尾法同聚物加尾法oo不需要模板不需要模板oo存在单一的脱氧核苷酸存在单一的脱氧核苷酸oo有带有带3-OH
8、3-OH的单链延伸末端的单链延伸末端ooTdTTdTa.a.用用55末端特异的核酸外切酶处末端特异的核酸外切酶处理片断理片断A A,BB。形成延伸的末端。形成延伸的末端b.b.分别加入分别加入d ATP,dTTPd ATP,dTTP及末端转及末端转移酶,各自形成多聚尾巴移酶,各自形成多聚尾巴c.c.退火;退火;d.d.转化大肠杆菌挑选重组子转化大肠杆菌挑选重组子第十二页,本课件共有85页衔接物加尾法衔接物加尾法衔接物衔接物(linker):(linker):用化学方法用化学方法合成的一段由合成的一段由10-1210-12个核苷个核苷酸组成酸组成,具有一个或数个限具有一个或数个限制酶识别位点的平
9、齐末端制酶识别位点的平齐末端的双链寡聚核苷酸片段的双链寡聚核苷酸片段.第十三页,本课件共有85页DNA接头连接法接头:人工合成的一头具有某种限制酶粘性末端另一头为平末端的特殊的双链寡核苷酸短片段第十四页,本课件共有85页第十五页,本课件共有85页PCR 产物的连接产物的连接n n引入酶切位点 在引物两端引入限制性内切酶位点在引物两端引入限制性内切酶位点,同时要加同时要加3-43-4个保护碱基个保护碱基,或突变碱基创造酶切位点或突变碱基创造酶切位点n nT/A克隆 目前使用最广泛的目前使用最广泛的PCRPCR产物克隆方法产物克隆方法n n平末端克隆第十六页,本课件共有85页5.载体和外源载体和外
10、源DNA插入片段的连接结果插入片段的连接结果n n载体自身环化连接(能存活)n n载体之间互相连接(能存活)n n 插入片段互相连接(不能存活)n n一个载体与1个插入片段重组(能存活)n n几个载体与一个插入片段重组(能存活)第十七页,本课件共有85页重组率n n重重组组率率 =含含含含有有有有外外外外源源源源DNADNA的的的的重重重重组组组组分分分分子子子子数数数数 /载载体体分分子子总总数数n n 在常规实验条件下,重组率一般为在常规实验条件下,重组率一般为25-75%n n 重重组组率率是是衡衡量量连连接接反反应应效效率率的的重重要要指指标标,较较高高的的重重组率可以大大简化组率可以
11、大大简化DNA重组的后续操作重组的后续操作第十八页,本课件共有85页提高重组率的方法n n提高外源提高外源DNA片段与载体的分子比片段与载体的分子比:3 3:1-1-10:1n n载体载体DNADNA分子在连接前先除去磷酸基团:分子在连接前先除去磷酸基团:分子在连接前先除去磷酸基团:分子在连接前先除去磷酸基团:5 5GAATTCCTTAAGGAATTCCTTAAGEcoRIEcoRIEcoRI5GCTTAA pAATTCG5 pGCTTAA OH 55 AATTCG5 HO退火退火退火退火退火退火5 G-A-A-T-T-CC-T-T-A-A G5G A-A-T-T-CC-T-T-A-A-GOH
12、HOOHHO碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶碱性磷酸酶第十九页,本课件共有85页二、重组DNA分子的转化和扩增(转与增)n n转化n n转染n n感染第二十页,本课件共有85页n n转化:指 感受态的大肠杆菌细胞捕获和表达质粒载体DNA分子的生命过程。n n转染:专指感受态的大肠杆菌细胞捕获和表达噬菌体DNA分子的生命过程。第二十一页,本课件共有85页(一一)转化转化1 细菌常用的转化方法细菌常用的转化方法a.a.热激法转化感受态细胞热激法转化感受态细胞 b.b.PEG介导的原生质体转化介导的原生质体转化 c.c.高
13、压电穿孔法转化高压电穿孔法转化 d.d.显微注射法转化显微注射法转化e.e.接合转化接合转化f.f.噬菌体转染噬菌体转染第二十二页,本课件共有85页转转 化化 方方 法法转转 化化 效效 率率Ca Ca 诱诱 导导10107-87-8原生质体转化原生质体转化10105-65-6噬菌体转化噬菌体转化10107-87-8电电 穿穿 孔孔 法法10106-96-9(100Kb100Kb)结结 合合 转转 化化10104-54-5第二十三页,本课件共有85页1 1、CaCa2+2+诱导的完整细菌细胞的转化诱导的完整细菌细胞的转化诱导的完整细菌细胞的转化诱导的完整细菌细胞的转化CaCa2+2+诱导的完整
14、细胞的转化适用于革兰氏阴性细菌(如大肠杆诱导的完整细胞的转化适用于革兰氏阴性细菌(如大肠杆诱导的完整细胞的转化适用于革兰氏阴性细菌(如大肠杆诱导的完整细胞的转化适用于革兰氏阴性细菌(如大肠杆菌等),菌等),菌等),菌等),19701970年建立此技术,其原理是年建立此技术,其原理是年建立此技术,其原理是年建立此技术,其原理是CaCa2+2+与细菌外膜磷脂与细菌外膜磷脂与细菌外膜磷脂与细菌外膜磷脂在低温下形成液晶结构,后者经热脉冲发生收缩作用,使在低温下形成液晶结构,后者经热脉冲发生收缩作用,使在低温下形成液晶结构,后者经热脉冲发生收缩作用,使在低温下形成液晶结构,后者经热脉冲发生收缩作用,使细
15、胞膜出现空隙,细菌细胞此时的状态叫做感受态细胞膜出现空隙,细菌细胞此时的状态叫做感受态细胞膜出现空隙,细菌细胞此时的状态叫做感受态细胞膜出现空隙,细菌细胞此时的状态叫做感受态 n n感受态细胞感受态细胞感受态细胞感受态细胞(Competent cells):(Competent cells):就是处于能吸收外源就是处于能吸收外源就是处于能吸收外源就是处于能吸收外源DNA的生理状态的细胞的生理状态的细胞.第二十四页,本课件共有85页The binding and uptake of DNA by a competent bacterial cell第二十五页,本课件共有85页第二十六页,本课件共
16、有85页2、聚乙二醇聚乙二醇(PEG)介导的细菌原生质体的转化n n革兰氏阳性细菌(如枯草杆菌、链霉菌等)接纳外源革兰氏阳性细菌(如枯草杆菌、链霉菌等)接纳外源革兰氏阳性细菌(如枯草杆菌、链霉菌等)接纳外源革兰氏阳性细菌(如枯草杆菌、链霉菌等)接纳外源DNA的主要屏障是细胞壁,因而这类细菌通常采的主要屏障是细胞壁,因而这类细菌通常采用用原生质体原生质体(细胞去壁后的形态)转化的方法转移(细胞去壁后的形态)转化的方法转移质粒或重组质粒或重组DNADNA分子分子n n酵母菌、霉菌、植物细胞也可用酵母菌、霉菌、植物细胞也可用原生质体法进行转原生质体法进行转化化第二十七页,本课件共有85页细菌原生质体
17、细菌原生质体的制备的制备的制备的制备不同细菌的原生质体制备方法不尽相同,以链霉菌为例:不同细菌的原生质体制备方法不尽相同,以链霉菌为例:不同细菌的原生质体制备方法不尽相同,以链霉菌为例:不同细菌的原生质体制备方法不尽相同,以链霉菌为例:细菌需生长在高渗培养基中(如细菌需生长在高渗培养基中(如细菌需生长在高渗培养基中(如细菌需生长在高渗培养基中(如34%的蔗糖溶液,并的蔗糖溶液,并加入甘氨酸以增加细菌细胞壁对溶菌酶的敏感性。加入甘氨酸以增加细菌细胞壁对溶菌酶的敏感性。在制备过程中,菌体应始终悬浮在在制备过程中,菌体应始终悬浮在10.3%10.3%的蔗糖等渗的蔗糖等渗溶液中。与原生质体接触的所有器
18、皿应保持无水无去溶液中。与原生质体接触的所有器皿应保持无水无去污剂污剂 第二十八页,本课件共有85页细菌原生质体细菌原生质体的转化的转化n n取取0.2-1ml的原生质体悬浮液(的原生质体悬浮液(10108-10-10-10-109 9个原生质体),个原生质体),加入加入10-20 m m m ml DNA重组连接液,同时加入含有重组连接液,同时加入含有PEG1000和和CaCa2+的等渗溶液,混匀的等渗溶液,混匀 细菌原生质体细菌原生质体的再生的再生n n原生质体再生的主要目的是使细菌重新长出细胞原生质体再生的主要目的是使细菌重新长出细胞壁。再生在特殊的固体培养基上进行,内含脯氨壁。再生在特
19、殊的固体培养基上进行,内含脯氨酸和微量元素酸和微量元素第二十九页,本课件共有85页3 3、电穿孔转化电穿孔转化 将将将将待待待待转转转转化化化化的的的的质质质质粒粒粒粒或或或或DNADNA重重重重组组组组连连连连接接接接液液液液加加加加在在在在电电电电穿穿穿穿孔孔孔孔转转转转化化化化仪仪仪仪的的的的样样样样品品品品池池池池中中中中,两两两两极极极极施施施施加加加加高高高高压压压压电电电电场场场场。在在在在强强强强大大大大电电电电场场场场的的的的作作作作用用用用下下下下,细细细细菌菌菌菌细细细细胞胞胞胞壁壁壁壁和和和和细细细细胞胞胞胞膜膜膜膜产产产产生生生生缝缝缝缝隙隙隙隙,质质质质粒粒粒粒或或
20、或或DNADNA重重重重组组组组分分分分子子子子便便便便可可可可进进进进入入入入细细细细胞内胞内胞内胞内 电穿孔转化法操作简单,而且几乎对所有含细胞壁结构的受电穿孔转化法操作简单,而且几乎对所有含细胞壁结构的受电穿孔转化法操作简单,而且几乎对所有含细胞壁结构的受电穿孔转化法操作简单,而且几乎对所有含细胞壁结构的受体细胞均有效,但转化效率差别很大体细胞均有效,但转化效率差别很大体细胞均有效,但转化效率差别很大体细胞均有效,但转化效率差别很大第三十页,本课件共有85页4 4、结合转化法结合转化法n n通过细菌供体细胞同受体细胞间的直接接触而传递外源DNA的方法。尤其适用于那些难以采用前面一些方法进
21、行重组质粒DNA分子直接转化的受体菌。转化过程是由接合型质粒完成。第三十一页,本课件共有85页(二)感染(二)感染n n将以l l噬菌体为载体的噬菌体为载体的DNA分子包装成病分子包装成病毒颗粒,使其感染受体菌的过程称为感毒颗粒,使其感染受体菌的过程称为感染。染。第三十二页,本课件共有85页(三)三)转染转染 以以以以噬菌体为载体,但不经过蛋白包装成病毒颗粒,而是用噬菌体为载体,但不经过蛋白包装成病毒颗粒,而是用噬菌体为载体,但不经过蛋白包装成病毒颗粒,而是用噬菌体为载体,但不经过蛋白包装成病毒颗粒,而是用DNADNA连接酶使连接酶使连接酶使连接酶使噬菌体噬菌体噬菌体噬菌体DNADNA环化,再
22、通过质粒转化方式导入受体菌的过程环化,再通过质粒转化方式导入受体菌的过程环化,再通过质粒转化方式导入受体菌的过程环化,再通过质粒转化方式导入受体菌的过程。感受态细胞的培养:感受态细胞的培养:感受态细胞的培养:感受态细胞的培养:将将将将大大大大肠肠肠肠杆杆杆杆菌菌菌菌在在在在含含含含有有有有麦麦麦麦芽芽芽芽糖糖糖糖(不不不不含含含含葡葡葡葡萄萄萄萄糖糖糖糖)和和和和MgClMgCl2 2的的的的培培培培养养养养基基基基中中中中培培培培养养养养至至至至ODOD600 600=0.5=0.5吸附吸附吸附吸附:加入经体外包装好的重组噬菌体悬浮液,加入经体外包装好的重组噬菌体悬浮液,加入经体外包装好的重
23、组噬菌体悬浮液,加入经体外包装好的重组噬菌体悬浮液,30303030保温保温保温保温10101010分钟分钟分钟分钟转转转转染染染染裂裂裂裂解解解解:加加加加入入入入20202020倍倍倍倍体体体体积积积积的的的的新新新新鲜鲜鲜鲜培培培培养养养养基基基基,30303030培培培培养养养养2 2 2 2小小小小时时时时,直直直直至至至至培培培培养养养养液液液液中中中中菌菌菌菌体体体体裂裂裂裂解,培养液澄清度增加,然后涂板筛选解,培养液澄清度增加,然后涂板筛选解,培养液澄清度增加,然后涂板筛选解,培养液澄清度增加,然后涂板筛选第三十三页,本课件共有85页(四四)、重组、重组DNA导入真核细胞的方法
24、导入真核细胞的方法1、重组DNA导入酵母菌细胞n n原生质体转化法n n碱金属离子介导的酵母菌完整细胞转化n nPEG转化法n n电击法第三十四页,本课件共有85页(1)酵母菌原生质体转化法酵母菌原生质体转化法酵母菌原生质体转化法酵母菌原生质体转化法n n早期酵母菌的转化都采用在等渗缓冲液中稳定的原生质体转早期酵母菌的转化都采用在等渗缓冲液中稳定的原生质体转早期酵母菌的转化都采用在等渗缓冲液中稳定的原生质体转早期酵母菌的转化都采用在等渗缓冲液中稳定的原生质体转化法,在化法,在化法,在化法,在CaCa2+2+和和和和PEGPEG的存在下,转化细胞可达原生质体总数的的存在下,转化细胞可达原生质体总
25、数的的存在下,转化细胞可达原生质体总数的的存在下,转化细胞可达原生质体总数的1-1-2%2%。但该程序操作周期长,而且转化效率受到原生质再生率的严。但该程序操作周期长,而且转化效率受到原生质再生率的严。但该程序操作周期长,而且转化效率受到原生质再生率的严。但该程序操作周期长,而且转化效率受到原生质再生率的严重制约重制约重制约重制约n n原生质体转化法的一个显著特点是,一个受体细胞可同时接原生质体转化法的一个显著特点是,一个受体细胞可同时接原生质体转化法的一个显著特点是,一个受体细胞可同时接原生质体转化法的一个显著特点是,一个受体细胞可同时接纳多个质粒分子,而且这种共转化的原生质体占转化子总数纳
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