王镜岩生物化学知识点整理版.docx
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1、第一章蛋白质化学多半蛋白质含 Tyr 、Trp 残基,所以测定蛋白质溶液280nm 的光吸教课目的:最好的沉淀整理1. 掌握蛋白质的观点、重要性和分子构成。2. 掌握 - 氨基酸的构造通式和 20 种氨基酸的名称、符号、构造、分类;掌握氨基酸的重要性质;熟习肽和活性肽的观点。3. 掌握蛋白质的一、二、三、四级构造的特点及其重要化学键。收值,是剖析溶液中蛋白质含量的快速简易的方法。2两性解离和等电点( isoelectric point, pI)氨基酸在水溶液或晶体状态时以两性离子的形式存在,既可作为酸(质子供体) ,又可作为碱(质子受体)起作用,是两性电解质,其解离度与溶液的pH 有关。在某一
2、 pH 的溶液中,氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋向和4. 认识蛋白质构造与功能间的关系。程度相等,成为兼性离子,呈电中性,此时溶液的pH 称为该氨基5. 熟习蛋白质的重要性质和分类第一节蛋白质的分子构成一、蛋白质的元素(化学)构成主要有 C (50% 55% )、H( 6% 7% )、O( 19% 24% )、N(13% 酸的等电点。氨基酸的pI 是由 - 羧基和 - 氨基的解离常数的负对数 pK1 和 pK2 决定的。计算公式为:pI=1/2(pK1+ pK2)。若 1 个氨基酸有 3 个可解离基团, 写出它们电离式后取兼性离子两边的 pK 值的均匀值,即为此氨基酸的等电点(酸性氨基酸的等1
3、9% )、 S ( 0% 4% )。有些蛋白质还含微量的P 、Fe 、Cu 、Zn 、电点取两羧基的 pK 值的均匀值,碱性氨基酸的等电点取两氨基的 pKMn、值的均匀值)。Co 、 Mo、 I 等。各样蛋白质的含氮量很凑近,均匀为16% 。所以,能够用定氮法来计算样品中蛋白质的大概含量。每克样品含氮克数 100=100g 样品中蛋白质含量( g% )二、蛋白质的基本构成单位氨基酸蛋白质在酸、 碱或蛋白酶的作用下, 最后水解为游离氨基酸 (amino acid ),即蛋白质构成单体或构件分子。存在于自然界中的氨基酸第二节 蛋白质的分子构造蛋白质是生物大分子, 构造比较复杂, 人们用 4 个层次
4、来描绘,包含蛋白质的一级、二级、三级和四级构造。一级构造描绘的是蛋白质的线性(或一维)构造,即共价连结的氨基酸残基的序列,又称初级或化学构造。二级以上的构造称高级构造或构象有 300 余种,但合成蛋白质的氨基酸仅20 种(称编码氨基酸) ,最( conformation ) 。先发现的是天门冬氨酸 ( 1806 年),最后判定的是苏氨酸 ( 1938 年)。(三)氨基酸的重要理化性质一、蛋白质的一级构造(primary structure)1953 年,英国科学家 F. Sanger 第一测定了胰岛素 (insulin )1 一般物理性质的一级构造,有 51 个氨基酸残基,由一条A 链和一条
5、B 链构成, - 氨基酸为无色晶体,熔点一般在200 oC 以上。各样氨基酸分子中共有 3 个二硫键,此中两个在A、B 链之间,另一个在A 链内。在水中的溶解度差异很大(酪氨酸不溶于水)。一般溶解于稀酸或蛋白质的一级构造测定或称序列剖析常用的方法是Edman 降稀碱,但不可以溶解于有机溶剂, 往常酒精能把氨基酸从其溶液中沉淀析出。芬芳族氨基酸( Tyr 、 Trp 、 Phe )有共轭双键,在近紫外区有光汲取能力, Tyr 、 Trp 的汲取峰在 280nm , Phe 在 265 nm 。因为大解和重组 DNA 法。 Edman 降解是经典的化学方法,比较复杂。第一要纯化必定量的待测蛋白质,
6、 分别作分子量测定、 氨基酸构成剖析、N-尾端剖析、 C- 尾端剖析; 要应用不同的化学试剂或特异的蛋白内1 / 62切酶水解将蛋白质裂解成大小不同的肽段,测出它们的序列, 比较主链能够以特别多的构象出现。事实上, 肽链在构象上遇到很大限不同水解制成的两套肽段, 找出重叠片段, 最后推测蛋白质的完好序列。重组 DNA 法是鉴于分子克隆的分子生物学方法,比较简单而高效,不用先纯化该种蛋白质, 而是先要获取编码该种蛋白质的基因( DNA 片段),测定 DNA 中核苷酸的序列,再按三个核苷酸编码制,因为主链上有 1/3 不可以自由旋转的肽键, 此外主链上有好多侧链 R 的影响。蛋白质的主链骨架由很多
7、肽键平面连结而成。2. - 螺旋 ( -helix) - 螺旋是肽键平面经过- 碳原子的相对旋转形成的一种紧一个氨基酸的原则推测蛋白质的完好序列。证和增补。这两种方法能够相互印密螺旋环绕,是有周期的一种主链构象。其特点是: 螺旋每转一圈上涨个氨基酸残基,螺距约(每个残基上涨,旋当前,国际互联网蛋白质数据库已有3 千多种一级构造清楚。蛋白质一级构造是空间构造和特异生物学功能的基础。二、蛋白质的二级构造( secondary structure)转 100O )。 相邻的螺圈之间形成链内氢键,氢键的取向几乎与中心轴平行。典型 - 螺旋一对氢键 O 与 N 之间共有 13 个原子(),前后间隔 3蛋
8、白质的二级构造是指其分子中主链原子的局部空间摆列,是个残基。主链构象(不包含侧链 R 基团)。螺旋的走向绝大多半是右手螺旋,残基侧链伸向外侧。R 基团的构象是分子中原子的空间摆列, 但这些原子的摆列取决于它们绕键的旋转, 构象不同于构型, 一个蛋白质的构象在不损坏共价键大小、荷电状态及形状均对 3. - 折叠 ( -pleated sheet)- 螺旋的形成及稳固有影响。状况下是能够改变的。 可是蛋白质中任一氨基酸残基的本质构象自 - 折叠是一种肽链相当伸展的周期性构造。由度是特别有限的, 在生理条件下, 每种蛋白质仿佛是表现出称为相邻肽键平面间折叠成110O 角,呈锯齿状。天然构象的单调稳固
9、形状。两个以上具 - 折叠的肽链或同一肽链内不同肽段相互平行20 世纪 30 年月末, 和应用 X 射线衍射剖析测定了一些氨基酸和寡肽的晶体构造, 获取了一组标准键长和键角,提出了肽单元摆列,形成 - 折叠片层,其稳固要素是肽链间的氢键。逆向平行的片层构造比顺向平行的稳固。( peptide unit )的观点 , 还提出了两种主链原子的局部空间摆列的分子模型( - 螺旋)和( - 折叠)。1肽单位 - 螺旋和 - 折叠是蛋白质二级构造的主要形式。毛发中的- 角蛋白和蚕丝中的丝心蛋白是其典型,在很多球蛋白中也存在, 但所占比率不相同。肽键及其两头的 -C 共 6 个原子处于同一平面上,构成了肽
10、单位(所在的平面称肽键平面) 。肽键 CN 键长为,比相邻的单键()短,而较C=N 双键() 长,有部分双键的性质,不可以自由旋转。肽键平面上各原子呈顺反胶原蛋白中存在的螺旋构造不同于一般的 拥有左手螺旋的链相互环绕形成右手超螺旋分子。旋和超螺旋的反向环绕保持其稳固性。4. - 转角( -turn )- 螺旋,是由 3 条链间氢键以及螺异构关系,肽键平面上的 O 、H 以及 2 个 - 碳原子为反式构型 (trans为了牢牢折叠成球蛋白的密切形状,多肽链180O 回折成发夹configuration)。主链中的 C C 和 C N 单键能够旋转, 其旋转角 、 决或 - 转角。其处由 4 个连
11、续的氨基酸残基构成,常有存在,稳固 - 转角的作使劲是第一个氨基酸残基羰基氧(Gly 和 Pro O)与第定了两个相邻的肽键平面相对关系。因为肽键平面的相对旋转,使四个氨基酸残基的氨基氢(H)之间形成的氢键。 - 转角常有于连2 / 62接反平行 - 折叠片的端头。5. 无规卷曲( random coil )构成四级构造的每条多肽链称为亚基(subunit),亚基独自存在时一般没有生物学功能,构成四级构造的几个亚基能够相同或不同。4 / 62多肽链的主链表现无确定规律的卷曲。肽链是这样的构象。 6超二级构造和构造域典型球蛋白大概一半多如血红蛋白 (hemoglobin,Hb) 成的四聚体( 2
12、 2 )。五、蛋白质分子中的化学键是由两个 - 亚基和两个 - 亚基形超二级构造和构造域是蛋白质二级至三级构造层次的一种过渡态构象。蛋白质的一级构造是由共价键形成的,如肽键和二硫键。 而维持空间构象稳固的是非共价的次级键。如氢键、盐键、疏水键、范超二级构造指蛋白质中两个或三个拥有二级构造的肽段在空德华引力等。间上相互凑近,形成一特别的组合体,又称为模体(有 , 等,比如钙联合蛋白质中的螺旋序及锌指构造。motif )。往常-环- 螺旋模第三节 蛋白质构造与功能的关系一、蛋白质一级构造与功能的关系(一)一级构造是空间构象的基础构造域是球状蛋白质的折叠单位,是在超二级构造基础长进一20 世纪 60
13、 年月初,美国科学家进行牛胰核糖核酸酶的变性和步绕波折叠有独到构象和部分生物学功能的构造。质分子或亚基, 构造域和三级构造是一个意思,对于较小的蛋白即这些蛋白质是单复性实验,提出了蛋白质一级构造决定空间构造的命题。核糖核酸酶由 124 个氨基酸残基构成, 有 4 对二硫键。 用尿素构造域的; 对于较大的蛋白质分子或亚基, 个以上的相对独立的构造域缔合成三级构造。三、蛋白质的三级构造( tertiary structure多肽链常常由两个或两)和 - 巯基乙醇办理该酶溶液,分别损坏次级键和二硫键,肽链完全伸展,变性的酶失掉催化活性;当用透析方法去除变性剂后,酶活性几乎完好恢复,理化性质也与天然的
14、酶相同。指一条多肽链中所有原子的整体排布,包含主链和侧链。 维系三级构造的作使劲主假如次级键 (疏水相互作用、 静电力、氢键等)。概率计算表示, 8 个半胱氨酸残基联合成4 对二硫键,可随机在序列中相隔较远的氨基酸疏水侧链相互凑近, 袋”状构造,联合蛋白质的辅基常常镶嵌其内,形成“洞窟”或“口形成功能活性部位,组合成 105 种配对方式, 而事实上只形成了天然酶的构象,这说明一级构造未损坏, 保持了氨基酸的摆列次序便可能答复到本来的三级构造,功能依旧存在。而亲水基团则在外,这也是球状蛋白质易溶于水的原由。1963 年(二)种属差异Kendrew 等从鲸肌红蛋白的 X 射线衍射图谱测定它的三级构
15、造 ( 153大批实验结果证明, 一级构造相像的多肽或蛋白质,其空间结个氨基酸残基和一个血红素辅基,相对分子质量为17800 )。由 A构和功能也相像, 不同种属的同源蛋白质有同源序列,反应其共同- H 8 段 - 螺旋环绕折叠成球状,氨基酸残基上的疏水侧链多半在分子内部形成一个袋形空穴,血红素居于此中, 富裕极性及电荷的则在分子表面形结婚水的球状蛋白。四、蛋白质的四级构造 (quaternary structure)有些蛋白质的分子量很大, 由 2 条或 2 条以上拥有独立三级结进化发源,经过比较能够揭露进化关系。比如哺乳动物的胰岛素,其一级构造仅个别氨基酸差异(A 链5、6、10 位, B
16、 链 30 位),它们对生物活性调理糖代谢的生理功能不起决定作用。构的多肽链经过非共价键相互联合而成,称为蛋白质的四级构造。从各样生物的细胞色素C(cytochrome c )的一级构造剖析,能够认识物种进化间的关系。进化中越凑近的生物, 它们的细胞色凝结等特点。 要认识和剖析蛋白质构造和功能的关系就要利用其特素 c 的一级构造越近似。殊的理化性质,采纳盐析、透析、电泳、层析及离心等不损害蛋白(三)分子病质空间构象的物理方法分别纯化蛋白质。分子病是指机体 DNA 分子上基因缺点惹起 mRNA 分子异样和蛋白质生物合成的异样, 从而致使机体某些功能和构造随之变异的遗一、蛋白质的高分子性质蛋白质的
17、相对分子质量在1 万100 万,其颗粒均匀直径约为传病。在 1904 年,发现镰刀状红细胞贫血病。大概化费了40 多年nm(胶粒范围是 1100nm )。正确靠谱的测定方法是超离心法,蛋才清楚生病原由, 患者的血红蛋白 (HbS )与正常人的 ( HbA)对比,白质的相对分子质量可用沉降系数(S)表示。仅 - 链的第 6 位上, Val 取代了正常的 Glu。当前全球已发现有在球状蛋白质三级构造形成时,亲水基团位于分子表面, 在水异样血红蛋白 400 种以上。溶液中与水起水合作用, 所以,蛋白质的水溶液拥有亲水胶体的性二、蛋白质空间构造与功能的关系质。颗粒表面的水化膜和电荷是其稳固的要素,调理
18、pH 至 pI 、加蛋白质的空间构造是其生物活性的基础,空间构造变化, 其功入脱水剂等,蛋白质即可从溶液中积淀出来。能也随之改变。肌红蛋白(Mb)和血红蛋白( Hb)是典型的例子。透析法是利用蛋白质不可以透过半透膜的性质,去掉小分子物肌红蛋白( Mb)和血红蛋白( Hb)都能与氧进行可逆的联合,质,达到纯化的目的。氧联合在血红素辅基上。但是Hb 是四聚体分子,能够转运氧;Mb大小不同的蛋白质分子能够经过凝胶过滤分开。又称分子筛层是单体,能够储藏氧,并且能够使氧在肌肉内很简单地扩散。它们析。的氧合曲线不同, Mb 为一条双曲线, Hb 是一条 S 型曲线。在低 p(O2)二、蛋白质的两性解离下,
19、肌红蛋白比血红蛋白对氧亲和性高好多,p(O2) 为 (1torr 时,蛋白质和氨基酸相同是两性电解质,在溶液中的荷电状态受肌红蛋白处于半饱和状态。 在高 p(O2) 下,如在肺部(大概 100torr )pH 值影响。当蛋白质溶液处于某一pH 时,蛋白质解离成正、负离时,二者几乎都被饱和。 其差异形成一个有效的将氧从肺转运到肌子的趋向相等,即成为兼性离子,净电荷为零,此时溶液的pH 称肉的氧转运系统。为该蛋白质的等电点。 pH pI时,该蛋白质颗粒带负电荷,反之Hb 未与氧联合时,其亚基处于一种空间构造密切的构象(紧张态, T 型),与氧的亲和力小。只需有一个亚基与氧联合,就能则带正电荷。在人
20、体体液中多半蛋白质的等电点凑近pH5 ,所以在生理环境下, 多半蛋白质解离成阴离子。 少许蛋白质, 如鱼精蛋白、使 4 个亚基间的盐键断裂,变为废弛的构象(废弛态,R 型)。T 型组蛋白的 pI 偏于碱性,称碱性蛋白质,而胃蛋白酶和丝蛋白为酸和 R 型的相互变换对换节 Hb 运氧的功能有重要作用。一个亚基与性蛋白。其配体联合后能促进另一亚基与配体的联合是正共同效应, 其理论解说是 Hb 是别构蛋白,有别构效应。三、蛋白质的变性、积淀和凝结蛋白质在某些理化要素的作用下,空间构造被损坏, 致使理化性质改变,生物学活性丧失,称为蛋白质的变性(第四节蛋白质的理化性质denaturation)。蛋白质的
21、理化性质和氨基酸相像,有两性解离及等电点、 紫外蛋白质变性的本质是多肽链从卷曲到伸展的过程,不波及一级汲取和呈色反响。作为生物大分子,还有胶体性质、积淀、变性和构造的改变(如加热损坏氢键,酸碱损坏盐键等)。变性作用可是于强烈,是一种可逆反响,去除变性要素,有些蛋白质原有的构象和功能可恢复或部分恢复,称为复性(denaturation)。蛋白质变性的主要表现是失掉生物学活性,如酶失掉催化能力、血红蛋白失掉运输氧的功能、胰岛素失掉调理血糖的生理功能等。变性蛋白溶解度降低, 易形成积淀析出; 易被蛋白水解酶消化。蛋白质变性拥有重要的本质意义。蛋白质自溶液中析出的现象,称为蛋白质的积淀。盐析、有机 溶
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