生物化学第一章-蛋白质化学.ppt
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1、 第第 一一 章章 蛋白质结构与功能蛋白质结构与功能Structure and Function of Protein一、什么是蛋白质?一、什么是蛋白质?蛋白质(蛋白质(Protein)是由是由19中中氨基酸和氨基酸和1种亚氨酸组成的、具有复种亚氨酸组成的、具有复杂结构和特定功能的杂结构和特定功能的大分子物质。二、蛋白质的生物学重要性二、蛋白质的生物学重要性1.蛋白质是生物体重要组成成分蛋白质是生物体重要组成成分分布广分布广含量高含量高第第 一一 节节 蛋白质的分子组成蛋白质的分子组成The Molecular Component of Protein碳碳(C)50%55%氢氢(H)6%8%氧
2、氧(O)19%24%氮氮(N)13%19%硫硫(S)0%4%少量的少量的磷磷(P)、铁、铁(Fe)、铜、铜(Cu)、锌、锌(Zn)和碘和碘(I)等等 组成蛋白质的元素:组成蛋白质的元素:主要元素组成:主要元素组成:蛋白质元素组成特点:蛋白质元素组成特点:各种蛋白质含氮量很接近,平均为各种蛋白质含氮量很接近,平均为1616故可根据以下公式推算出蛋白质的大致含量:故可根据以下公式推算出蛋白质的大致含量:样品中蛋白质的含量(样品中蛋白质的含量(g)每克样品含氮克数每克样品含氮克数6.251/16%H甘氨酸甘氨酸CH3丙氨酸丙氨酸L-L-氨基酸的通式氨基酸的通式R氨基酸氨基酸(amino acid)蛋
3、白质的基本构成单位蛋白质的基本构成单位构成蛋白质的构成蛋白质的20种氨基酸种氨基酸(aa)的的结构特点结构特点:1.均为均为L氨基酸,各种氨基酸,各种aa的的R侧链各不相同侧链各不相同2.碳原子上均连有一个氨基碳原子上均连有一个氨基(脯氨酸脯氨酸除外除外)3.-碳原子为不对称碳原子为不对称(手性手性)碳原子碳原子(甘氨酸甘氨酸除外)除外)(一)氨基酸的分类(一)氨基酸的分类根据氨基酸侧链基团根据氨基酸侧链基团()的结构和理化性的结构和理化性质,将其分为质,将其分为4类:类:1.非极性疏水性氨基酸非极性疏水性氨基酸2.极性中性氨基酸极性中性氨基酸3.酸性氨基酸酸性氨基酸4.碱性氨基酸碱性氨基酸1
4、.非极性疏水性氨基酸非极性疏水性氨基酸包括包括8个:个:色氨酸(色氨酸(Gly)、丙氨酸()、丙氨酸(Ala)、)、缬氨酸(缬氨酸(Val)、亮氨酸()、亮氨酸(Leu)、)、异亮氨酸(异亮氨酸(Ile)、苯丙氨酸()、苯丙氨酸(Phe)脯氨酸(脯氨酸(Pro)、)、蛋氨酸蛋氨酸(Met)2.极性中性氨基酸极性中性氨基酸R-基含有基含有极性基团;极性基团;酪氨酸酪氨酸(TyrTyr)生理生理pH条件下不解离。条件下不解离。甘氨酸甘氨酸(TrpTrp)、丝氨酸丝氨酸(SerSer)、半胱氨酸半胱氨酸(CysCys)、天冬酰胺天冬酰胺(AsnAsn)、谷氨酰胺谷氨酰胺(GlnGln)、苏氨酸苏氨酸
5、(ThrThr)包括包括7个:个:3.酸性氨基酸酸性氨基酸R-基有基有COOH(COO-)带负电荷带负电荷4.碱性氨基酸碱性氨基酸R-基有基有NH2(NH3+)赖氨酸赖氨酸(Lys)、精氨酸、精氨酸(Arg)、组氨酸、组氨酸(His)带正电荷带正电荷精氨酸(精氨酸(Arg)组氨酸(组氨酸(His)胍基胍基咪唑基咪唑基蛋白质的分类蛋白质的分类(一)按组成分类:(一)按组成分类:l单纯蛋白单纯蛋白l结合蛋白结合蛋白(二)按分子形状分类:(二)按分子形状分类:l球形蛋白质球形蛋白质l纤维状蛋白质纤维状蛋白质第第 二二 节节蛋白质的分子结构蛋白质的分子结构The Molecular structure
6、 of Protein(一)肽键(一)肽键(peptide bond)一、蛋白质的一级结构一、蛋白质的一级结构 肽键(肽键(peptide bond)是由一个氨基是由一个氨基酸的酸的-羧基羧基与另一个氨基酸的与另一个氨基酸的-氨基氨基脱去一分子水缩合而形成的化学键。脱去一分子水缩合而形成的化学键。+-HOH甘氨酰甘氨酸甘氨酰甘氨酸肽键在肽键中,与相连的氧原子和在肽键中,与相连的氧原子和氢原子呈反式构型氢原子呈反式构型(反式)(反式)(顺式)(顺式)CNOHCNOH肽键的特点:肽键的特点:肽键的特点:肽键的特点:CN单键为0.149nmC=N双键为0.127nm具有部分双键性质具有部分双键性质不
7、能自由旋转不能自由旋转肽键中键长为肽键中键长为0.132nmCNOH肽单元(肽平面):肽单元(肽平面):肽键的肽键的6个原子个原子C1、C、N、O、H、C 2位位于同一平面,构成所谓的于同一平面,构成所谓的肽单元肽单元肽肽是由氨基酸通过肽键缩合而形成的化合物是由氨基酸通过肽键缩合而形成的化合物MetPhe二肽二肽LysMetPhe三肽三肽CysThrLysMetPhe五肽五肽二、肽(二、肽(peptide)寡肽寡肽(oligopeptide)由由10个个以内氨基酸连成的小肽以内氨基酸连成的小肽多肽多肽(polypeptide)由许多氨基酸连成的肽由许多氨基酸连成的肽多肽链(多肽链(polype
8、ptide chain)是指许多氨基酸之间是指许多氨基酸之间以肽键连接而成的一种结构。以肽键连接而成的一种结构。多肽链有两端:多肽链有两端:N末端末端:多肽链中有自由氨基的一端:多肽链中有自由氨基的一端 C末端末端:多肽链中有自由羧基的一端:多肽链中有自由羧基的一端CysMet Phe LysSer ThrValNH2COOH氨基末端氨基末端(端端)羧基末端羧基末端(C 端端)氨基酸残基氨基酸残基(amino acid residue)是指氨基是指氨基酸在形成肽链时丢失了一分子水,肽链中酸在形成肽链时丢失了一分子水,肽链中的氨基酸分子已不完整,故称的氨基酸分子已不完整,故称CysMet Phe
9、 LysSer Thr ValNH2COOH 氨基酸序列书写:氨基酸序列书写:以氨基末端开始以氨基末端开始羧基末端结束,依羧基末端结束,依次编次编1、2、3蛋白质与多肽的区别:蛋白质与多肽的区别:Peptide空间构象不稳定空间构象不稳定氨基酸残基数较少氨基酸残基数较少Protein空间构象相对稳定空间构象相对稳定 氨基酸残基数较多氨基酸残基数较多(二)生物活性肽(二)生物活性肽1.谷胱甘肽谷胱甘肽(glutathione,GSH)构成第一个肽键的羧基是谷氨酸的构成第一个肽键的羧基是谷氨酸的r羧基羧基由谷氨酸由谷氨酸(Glu)、半胱氨酸、半胱氨酸(Cys)和甘氨酸和甘氨酸(Gly)组成的三肽组
10、成的三肽GluCysGly(1)组成组成(2)功能功能GSH是体内重要的还原剂是体内重要的还原剂GSH过氧过氧化物酶化物酶H2O2 2GSH 2H2O GSSG GSH还原酶还原酶NADPH+H+NADP+一级结构(一级结构(primary structure)二级结构(二级结构(secondary structure)三级结构(三级结构(tertiary structure)四级结构(四级结构(quaternary structure)高级结构高级结构或或空间构象空间构象蛋白质分子结构包括蛋白质分子结构包括一、蛋白质的一级结构一、蛋白质的一级结构 定义:定义:蛋白质的一级结构指多肽链中蛋白质
11、的一级结构指多肽链中氨基酸氨基酸的排列顺序。的排列顺序。主要的化学键:主要的化学键:肽键肽键,有些蛋白质还包括,有些蛋白质还包括二硫键二硫键 各种蛋白质的根本差异在于一级结构的不同各种蛋白质的根本差异在于一级结构的不同二、蛋白质二级结构二、蛋白质二级结构氢键氢键疏水键疏水键是维持蛋白质三、四级机构最是维持蛋白质三、四级机构最主要的化学键。主要的化学键。盐键盐键二硫键二硫键范德华力范德华力氢键氢键负电性很强的原子(如氧或氮)负电性很强的原子(如氧或氮)和与氧或氮共价结合的氢原子相和与氧或氮共价结合的氢原子相互吸引,这种作用力称为氢键。互吸引,这种作用力称为氢键。疏水相互作用疏水相互作用由非极性由
12、非极性基团受到基团受到水分子排水分子排斥相互聚斥相互聚集在一起集在一起的作用力的作用力疏水作用示意图疏水作用示意图离子键离子键由异性电荷间的静电吸引形成的键。由异性电荷间的静电吸引形成的键。范德华力范德华力 这是一种普遍存在的作用力,是一个原子的原子这是一种普遍存在的作用力,是一个原子的原子核吸引另一个原子外围电子所产生的作用力。它是一核吸引另一个原子外围电子所产生的作用力。它是一种比较弱的、非特异性的作用力种比较弱的、非特异性的作用力二、蛋白质二级结构二、蛋白质二级结构定义:定义:多肽链多肽链主链骨架主链骨架中若干肽单位各自中若干肽单位各自沿着一定的轴盘旋或折叠,并以氢键沿着一定的轴盘旋或折
13、叠,并以氢键为主要次级键而形成的有规则的构象。为主要次级键而形成的有规则的构象。主要的化学键主要的化学键:氢键氢键主链骨架由:主链骨架由:N(氨基氮氨基氮)-C -Co重复排列而重复排列而成成(二)蛋白质的二级结构类型(二)蛋白质的二级结构类型n螺旋结构螺旋结构n折叠结构折叠结构n-转角转角n无规则卷曲无规则卷曲螺旋螺旋 (helix)helix)由肽键平面盘旋由肽键平面盘旋形成的螺旋状构象形成的螺旋状构象1.概念概念2.2.螺旋的结构特征螺旋的结构特征(1)(1)以肽键平面为以肽键平面为单位单位,以以碳原碳原子为转折盘旋形成子为转折盘旋形成右手螺旋右手螺旋左手和右手螺旋左手和右手螺旋(2)每
14、每3.63.6个氨基酸残基个氨基酸残基 绕成一个螺圈绕成一个螺圈(360(3600 0)螺距为螺距为0.54nm0.54nm每个氨基酸上升每个氨基酸上升0.15nm0.15nm肽键平面与中心轴肽键平面与中心轴平行平行(3)(3)主链原子构成螺旋的主体主链原子构成螺旋的主体,侧链在其外部侧链在其外部(4)(4)肽键的肽键的COCO和和NHNH 都形成都形成氢键氢键是稳定螺旋的主是稳定螺旋的主要作用力要作用力氢键的方向与中氢键的方向与中心轴大致平行心轴大致平行,折叠折叠(pleated sheet)pleated sheet)-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的折叠是由两条或多条几乎完全伸展的肽链平
15、行排列,通过链间的肽链平行排列,通过链间的氢键氢键交联交联而形成的。肽链的主链呈而形成的。肽链的主链呈锯齿状锯齿状折叠折叠构象。构象。在在-折叠中,折叠中,-碳原子总是处于折叠的碳原子总是处于折叠的角上,氨基酸的角上,氨基酸的R R基团处于折叠的棱角基团处于折叠的棱角上并与棱角垂直上并与棱角垂直。折叠结构特点折叠结构特点()相邻肽键平面的夹角为相邻肽键平面的夹角为1100,呈锯齿状排列;,呈锯齿状排列;侧链基团交错地分布在片层平面的两侧。侧链基团交错地分布在片层平面的两侧。()由由氢键氢键维持稳定。其方向与折叠的维持稳定。其方向与折叠的 长轴接近垂直。长轴接近垂直。()条肽段平行排列构成,肽条
16、肽段平行排列构成,肽 段之间可段之间可顺向平行顺向平行(均从均从N-C),也可也可反向平行反向平行。-折叠的同向与反向平行折叠的同向与反向平行转角转角转角转角(turn)肽链出现肽链出现1800回折的转角处结构称为回折的转角处结构称为转角。转角。1.概念概念2.结构特征结构特征*第一个残基的第一个残基的C=O与第四个与第四个残基的残基的N-H形成形成氢键氢键.*常见于球状蛋白常见于球状蛋白质分子表面质分子表面.无规卷曲无规卷曲(random coil)概念概念没有确定规律性的肽键构象没有确定规律性的肽键构象常见于球状蛋白质分子中,在其常见于球状蛋白质分子中,在其它类型二级结构肽段之间起活节它类
17、型二级结构肽段之间起活节作用,有利于整条肽链盘曲折叠作用,有利于整条肽链盘曲折叠H2NCOOH三、蛋白质的三级结构三、蛋白质的三级结构(一)定义(一)定义 整条肽链中整条肽链中全部全部氨基酸残基的相对空间氨基酸残基的相对空间位置,也就是整条肽链位置,也就是整条肽链所有原子所有原子在三维空在三维空间的排布位置。间的排布位置。主要的化学键主要的化学键疏水键疏水键、离子键、氢键、范德华力等、离子键、氢键、范德华力等肌红蛋白(肌红蛋白(Mb)维系蛋白质结构的作用力维系蛋白质结构的作用力1.肽键肽键共价键共价键2.二硫键二硫键共价键共价键3.次级键次级键非共价键非共价键维系蛋白质空间结构维系蛋白质空间结
18、构维系蛋白质一级结构维系蛋白质一级结构维系蛋白质三级结构维系蛋白质三级结构次级键的种类:次级键的种类:氢键、疏水相互作用、离子键和范德华力氢键、疏水相互作用、离子键和范德华力 四、蛋白质的四级结构四、蛋白质的四级结构 (quaternary structure)蛋白质分子由蛋白质分子由两条两条或两条或两条以上以上肽链组肽链组成,每条肽链各自形成了独立的三级结成,每条肽链各自形成了独立的三级结构构,分子中的每一个具有独立三级结构分子中的每一个具有独立三级结构肽链肽链,称为称为亚基亚基(subunit)(subunit)。亚基间的空间排布、亚基间亚基间的空间排布、亚基间相互作用与接触部位的布局,不
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- 生物化学 第一章 蛋白质 化学
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