第一章生物化学绪论.ppt
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1、生物化学简明教程生物化学简明教程BiochemistryBiochemistry课程介绍课程介绍课程性质:生物专业基础课课程性质:生物专业基础课总学时总学时:72:72周学时:周学时:4 4考核方式考核方式:平时成绩平时成绩 30%30%(作业(作业+出勤)出勤)+期期中成绩中成绩20%+20%+期末成绩期末成绩 5050%教材:张丽萍等主编,高等教育出版社生物化学简明教程参考书:沈同、王镜岩主编生物化学上下册;赵文恩等编著生物化学化学工业出版社;刘志国主编新编生物化学中国轻国业出版社;郭勇编著现代生化技术科学出版社;王镜岩等编译生物化学科学出版社。生物化学的概念生物化学的概念 生生物物化化学
2、学是是研研究究生生物物体体分分子子组组成成及及其其变变化化规规律律的的基基础础学学科科,是是对对生生命命现现象象最最为为基基础础,最最为为深深入入的的分分子子水水平平的的机机制制探探讨讨。有有”生生命命的化学的化学”之称。之称。生物化学的研究内容生物化学的研究内容1.1.生生物物体体物物质质的的化化学学组组成成、结结构构、性性质质和功能和功能2.2.生物分子的分解与合成,反应过程中的生物分子的分解与合成,反应过程中的能量变化及新陈代谢的调节与控制能量变化及新陈代谢的调节与控制 3.3.生物体遗传信息的储存、传递和表达生物体遗传信息的储存、传递和表达生物化学的产生与发展生物化学的产生与发展十九世
3、纪末至十九世纪末至2020世纪初,生物化学世纪初,生物化学成为一门独立的学科。成为一门独立的学科。19031903年德国人年德国人NeubergNeuberg(纽伯格)提(纽伯格)提出了出了“Biochemistry”“Biochemistry”。生物化学发展史上的重大事件生物化学发展史上的重大事件1828维勒从氰酸铵中合成出尿素维勒从氰酸铵中合成出尿素1897Buchner 演示细胞提取物的发酵,活体外试验开始1926Sumner Sumner 分离出第一个酶的晶体脲酶分离出第一个酶的晶体脲酶.1944Avery,MacLeod,and McCarty 认为DNA是遗传物质.1953Wats
4、on and Crick Watson and Crick 提出提出DNADNA双螺旋结构模型双螺旋结构模型1959 Perutz 确定了血红蛋白的空间结构确定了血红蛋白的空间结构.1966遗传密码被破译遗传密码被破译.1937Krebs 提出三羧酸循环.1868Miescher 从脓细胞中分离出核素1925阐明了糖的酵解途径国内生物化学的发展国内生物化学的发展 生物化学家和营养学家吴宪:国际著名生物化学家、生物化学家和营养学家吴宪:国际著名生物化学家、中国近代生物化学事业的开拓者和奠基人。他一生共发中国近代生物化学事业的开拓者和奠基人。他一生共发表表163163篇研究论文,篇研究论文,3 3
5、部专著,在该学科的临床化学、气部专著,在该学科的临床化学、气体与电解质的平衡、蛋白质化学、免疫化学、营养学以体与电解质的平衡、蛋白质化学、免疫化学、营养学以及氨基酸代谢等及氨基酸代谢等6 6个领域的研究居当时国际前沿地位。个领域的研究居当时国际前沿地位。2020世纪世纪2020年代后期建立了制备血滤液的方法以及测定血年代后期建立了制备血滤液的方法以及测定血糖的方法(糖的方法(Folin-WuFolin-Wu法);法);2020世纪世纪3030年代,年代,19311931年蛋白年蛋白质变性理论质变性理论2 2项突出成果项突出成果 :19651965年合成了具有生物活性的年合成了具有生物活性的牛胰
6、岛素牛胰岛素 19811981年合成了具有生物活性的年合成了具有生物活性的酵母丙氨酸酵母丙氨酸tRNAtRNA最近二、三十年生物工程最近二、三十年生物工程 目前已能用基因工程的方法生产许多产品如乙目前已能用基因工程的方法生产许多产品如乙型肝炎疫苗、型肝炎疫苗、SODSOD(超氧化物歧化酶)、人生(超氧化物歧化酶)、人生长激素、各种干扰素、各种白细胞介素等等。长激素、各种干扰素、各种白细胞介素等等。我国于我国于19931993年启动人类基因组计划(年启动人类基因组计划(HGP,HGP,1%1%)第二章第二章 蛋白质化学蛋白质化学什么是蛋白质(什么是蛋白质(ProteinProtein)?)?是由
7、许多不同的是由许多不同的-氨基酸氨基酸按一定的按一定的序序列列通过通过酰胺键酰胺键缩合而成的,具有较稳缩合而成的,具有较稳定的定的构象构象并具有一定并具有一定生物功能生物功能的生物的生物大分子。大分子。一、蛋白质的元素组成一、蛋白质的元素组成元素组成:所有蛋白质都含有 C、H、O、N 四种元素,大多数蛋白质还含有少量的 S,有些蛋白质还含有一些其它元素,如 P、Fe、Zn、Cu、Mo、I等。各种蛋白质的含氮量都很接近,都在16%左右。蛋白质含量(总氮含量-无机氮含量)6.25二、蛋白质的分类二、蛋白质的分类按形状分为三种:按形状分为三种:球状蛋白质球状蛋白质纤维状蛋白质纤维状蛋白质膜蛋白质膜蛋
8、白质纤维蛋白:结构有规律,分子极不对称,呈纤维蛋白:结构有规律,分子极不对称,呈纤维状,溶解性能差,主要起纤维状,溶解性能差,主要起保护、支持、保护、支持、结缔的功能结缔的功能。如角蛋白、胶原蛋白、各种纤。如角蛋白、胶原蛋白、各种纤维蛋白等。维蛋白等。球状蛋白:结构复杂,球形或椭圆形,如血球状蛋白:结构复杂,球形或椭圆形,如血红蛋白、肌红蛋白、清蛋白、球蛋白等。红蛋白、肌红蛋白、清蛋白、球蛋白等。膜蛋白:一般折叠成近球状,插入生物膜,膜蛋白:一般折叠成近球状,插入生物膜,或结合在生物膜的或结合在生物膜的 表面表面 纤维状蛋白的构象纤维状蛋白的构象 角蛋白(角蛋白(keratin)按分子组成:简
9、单蛋白:仅由肽链组成,不包含其他辅助成分的蛋白质结合蛋白:由简单蛋白和非蛋白组分两部分组成结合蛋白 由简单蛋白和非蛋白组分两部分组成,由简单蛋白和非蛋白组分两部分组成,非蛋白质部分称为辅基。根据辅基的不非蛋白质部分称为辅基。根据辅基的不同,结合蛋白可以分为同,结合蛋白可以分为5 5类:核蛋白、糖类:核蛋白、糖蛋白与蛋白聚糖、脂蛋白、色蛋白、磷蛋白与蛋白聚糖、脂蛋白、色蛋白、磷蛋白。蛋白。1.1.核蛋白(核蛋白(nucleoproteinnucleoprotein)由蛋白质和核酸(由蛋白质和核酸(DNADNA或或RNARNA)组成。存在于)组成。存在于所有细胞里,细胞核里的核蛋白(染色体)所有细
10、胞里,细胞核里的核蛋白(染色体)是由是由DNADNA和组蛋白(和组蛋白(HisHis)结合而成。)结合而成。细胞质中的核糖体(细胞质中的核糖体(ribosomeribosome)是由)是由RNARNA和和蛋白质组成的。蛋白质组成的。病毒(病毒(virusvirus)全部是核蛋白。)全部是核蛋白。2.糖蛋白(糖蛋白(glycoprotein)和聚糖蛋白)和聚糖蛋白由蛋白质和糖通过由蛋白质和糖通过共价键共价键相连而成。相连而成。连接方式:连接方式:O-O-连接和连接和N-N-连接。连接。功能:催化、运载、免疫、激素、保护、功能:催化、运载、免疫、激素、保护、信号传导。信号传导。生物膜上的糖蛋白生物
11、膜上的糖蛋白3.3.脂蛋白(脂蛋白(lipoproteinlipoprotein)由蛋白质和脂质通过由蛋白质和脂质通过非共价键非共价键相连而成,存相连而成,存在于生物膜和动物血浆中。在于生物膜和动物血浆中。蛋白质部分称为脱辅基蛋白,又称载脂蛋白。蛋白质部分称为脱辅基蛋白,又称载脂蛋白。生物膜中的脂含量差异很大。血浆中的脂蛋生物膜中的脂含量差异很大。血浆中的脂蛋白的主要功能是经过血液循环在各器官间运白的主要功能是经过血液循环在各器官间运输不溶于水的脂类。输不溶于水的脂类。4.4.色蛋白(色蛋白(chromoproteinchromoprotein)由蛋白质和色素组成的色蛋白种类很多,其由蛋白质和
12、色素组成的色蛋白种类很多,其中含卟啉类的色蛋白最为重要。中含卟啉类的色蛋白最为重要。如血红蛋白、细胞色素如血红蛋白、细胞色素c c、过氧化氢酶都是、过氧化氢酶都是由蛋白质和铁卟啉组成的。由蛋白质和铁卟啉组成的。血红素是由一种原卟啉与一个亚铁原子构成血红素是由一种原卟啉与一个亚铁原子构成的化合物。的化合物。原卟啉(Protoporphyrin)血红素(血红素(hemeheme)5.5.磷蛋白(磷蛋白(phosphoproteinphosphoprotein)由蛋白质和磷酸组成,磷酸通常与Ser(丝)或Thr(苏)侧链的-OH结合。如胃蛋白酶,乳中的酪蛋白都含有许多Ser磷酸残基。按功能分类按功能
13、分类酶:具催化活性的蛋白质;酶:具催化活性的蛋白质;调节蛋白;调节蛋白;贮存蛋白;贮存蛋白;转运蛋白转运蛋白运动蛋白;运动蛋白;防疫蛋白和毒蛋白;防疫蛋白和毒蛋白;受体蛋白;受体蛋白;支架蛋白;支架蛋白;结构蛋白结构蛋白异常功能。异常功能。三、蛋白质的氨基酸组成三、蛋白质的氨基酸组成用酸、碱或酶将蛋白质彻底水解,用酸、碱或酶将蛋白质彻底水解,可以得到许多种氨基酸的混合物,可以得到许多种氨基酸的混合物,说明氨基酸是蛋白质的说明氨基酸是蛋白质的基本结构单基本结构单位位。(一)氨基酸的结构通式(一)氨基酸的结构通式除脯氨酸(除脯氨酸(ProPro)外,其他)外,其他1919种氨基酸均为种氨基酸均为-
14、氨基酸。而脯氨酸为氨基酸。而脯氨酸为-亚氨基酸。亚氨基酸。Pro构型(构型(configuration):组成蛋白质的氨):组成蛋白质的氨基酸除基酸除Gly以外都有手性碳原子,在三维以外都有手性碳原子,在三维空间上就有两种不同的排列方式,它们空间上就有两种不同的排列方式,它们互为镜影,这两种不同的构型分别称为互为镜影,这两种不同的构型分别称为D-型和型和L-型。型。立体异构(立体异构(enantiomers or stereoisomers)D,L systemL-(-)甘油醛L-glyceraldehydeD-(+)甘油醛D-glyceraldehyde参照物组成蛋白质的氨基酸除组成蛋白质的
15、氨基酸除GlyGly以外,都有手性以外,都有手性碳原子,碳原子,所以都有旋光性,能使偏振光的所以都有旋光性,能使偏振光的偏振面的向左或向右旋转,向左旋转的称偏振面的向左或向右旋转,向左旋转的称左旋,用左旋,用“(-)”号表示,向右旋转的称号表示,向右旋转的称右旋,用右旋,用“()()”号表示。号表示。外消旋外消旋内消旋内消旋消旋消旋氨基酸的立体异构与旋光异构没有直氨基酸的立体异构与旋光异构没有直接的对应关系。各种接的对应关系。各种-型氨基酸中型氨基酸中有左旋也有右旋的。有左旋也有右旋的。除甘氨酸以外,蛋白质水解的其他除甘氨酸以外,蛋白质水解的其他-氨基酸均为氨基酸均为-型。型。(二)氨基酸的分
16、类(二)氨基酸的分类1.根据侧链的化学结构根据侧链的化学结构脂肪族氨基酸(脂肪族氨基酸(aliphatic Aa,15种)种)甘氨酸(甘氨酸(Gly)、丙氨酸()、丙氨酸(Ala)、缬氨酸(、缬氨酸(Val)、亮)、亮氨酸(氨酸(Leu)、异亮氨酸(、异亮氨酸(Ile)、甲硫氨酸(、甲硫氨酸(Met)、半胱氨酸(半胱氨酸(Cys)、丝氨酸(、丝氨酸(Ser)、苏氨酸(、苏氨酸(Thr)、谷氨酸(谷氨酸(Glu)、谷氨酰胺(、谷氨酰胺(Gln)、天冬氨酸(、天冬氨酸(Asp)、天冬酰氨(、天冬酰氨(Asn)、赖氨酸(、赖氨酸(Lys)、精氨酸(、精氨酸(Arg)。芳香族氨基酸(芳香族氨基酸(ar
17、omatic Aa)aromatic Aa)苯丙氨酸(苯丙氨酸(PhePhe)、酪氨酸()、酪氨酸(TyrTyr)杂环氨基酸(杂环氨基酸(heterocyclic Aaheterocyclic Aa)组氨酸(组氨酸(HisHis)、色氨酸()、色氨酸(TrpTrp)杂环亚氨基酸(杂环亚氨基酸(heterocyclic Aaheterocyclic Aa)脯氨酸(脯氨酸(ProPro)2.2.根据侧链根据侧链R R基团的极性基团的极性和在中性条件下带电的和在中性条件下带电的情况,分为极性和非极情况,分为极性和非极性两大类,四小类性两大类,四小类非极性氨基酸非极性氨基酸甘氨酸甘氨酸 丙氨酸丙氨酸
18、缬氨酸缬氨酸亮氨酸亮氨酸 甲硫氨酸甲硫氨酸 异亮氨酸异亮氨酸非极性氨基酸非极性氨基酸苯丙氨酸苯丙氨酸 脯氨酸脯氨酸 色氨酸色氨酸具有非极性或疏水性侧链的氨基酸,具有非极性或疏水性侧链的氨基酸,在水中的溶解度较极性氨基酸小,在水中的溶解度较极性氨基酸小,其疏水程度随着脂肪族侧链的长度其疏水程度随着脂肪族侧链的长度增加而增大增加而增大 。甘氨酸的特殊性甘氨酸的特殊性按理甘氨酸应属于极性氨基酸(侧按理甘氨酸应属于极性氨基酸(侧链为链为H H),介于极性和非极性之间,),介于极性和非极性之间,因此可以列为非极性氨基酸。因此可以列为非极性氨基酸。不带电荷的极性氨基酸不带电荷的极性氨基酸丝氨酸丝氨酸 苏氨
19、酸苏氨酸 半胱氨酸半胱氨酸酪氨酸酪氨酸 天冬酰胺天冬酰胺 谷氨酸谷氨酸极性基团(极性基团(R基)能够与水形成氢键。基)能够与水形成氢键。丝氨酸丝氨酸,苏氨酸苏氨酸和和酪氨酸酪氨酸的极性与它们的极性与它们所含的所含的羟基羟基有关,有关,天冬酰胺天冬酰胺,谷氨酰胺谷氨酰胺的极性同其的极性同其酰胺基酰胺基有关。而有关。而半胱氨酸半胱氨酸则则因含有因含有巯基巯基,所以属于极性氨基酸,所以属于极性氨基酸极性带正电荷的极性带正电荷的R氨基酸氨基酸赖氨酸赖氨酸 精氨酸精氨酸 组氨酸组氨酸带正电荷侧链(在带正电荷侧链(在pHpH接近中性时)的氨基酸包接近中性时)的氨基酸包括赖氨酸,精氨酸和组氨酸,它们分别具有
20、括赖氨酸,精氨酸和组氨酸,它们分别具有-NH-NH2 2,胍基和咪唑基(碱性)。这些基团的,胍基和咪唑基(碱性)。这些基团的存在是使它们带有电荷的原因,组氨酸的咪唑存在是使它们带有电荷的原因,组氨酸的咪唑基在基在pH7pH7时,有时,有10%10%被质子化,而被质子化,而 pH6 pH6时时50%50%质质子化。子化。极性带负电荷的极性带负电荷的R氨基酸氨基酸天冬氨酸天冬氨酸 谷氨酸谷氨酸带有负电荷侧链的氨基酸(带有负电荷侧链的氨基酸(pHpH接近中接近中性时)包括天冬氨酸和谷氨酸。由于性时)包括天冬氨酸和谷氨酸。由于侧链为羧基(酸性),在中性侧链为羧基(酸性),在中性pHpH条件条件下带一个
21、净负电荷。下带一个净负电荷。(三)氨基酸的重要理化性质(三)氨基酸的重要理化性质1.1.一般物理性质一般物理性质-氨基酸为晶体,熔点一般在氨基酸为晶体,熔点一般在200200以上。以上。不同氨基酸的味道有所不同。不同氨基酸的味道有所不同。溶解度差别很大,溶于稀酸、碱,不溶于溶解度差别很大,溶于稀酸、碱,不溶于有机溶剂(可以用酒精沉淀分离)。有机溶剂(可以用酒精沉淀分离)。2.2.两性解离和等电点两性解离和等电点氨基酸是两性离子(氨基酸是两性离子(ZwitterionZwitterion),存在能),存在能够释放质子的够释放质子的-NH-NH3 3+和接受质子的和接受质子的-COO-COO-。不
22、同不同pHpH时氨基酸以不同的离子化形式存在:时氨基酸以不同的离子化形式存在:正离子正离子两性离子两性离子负离子负离子 氨基酸所带静电荷为氨基酸所带静电荷为0 0时,溶液的时,溶液的pHpH值称为该氨值称为该氨基酸的等电点(基酸的等电点(isoelectric pointisoelectric point),以),以pIpI表示。表示。此时,溶解度最小,容易沉淀(等电点沉淀)。此时,溶解度最小,容易沉淀(等电点沉淀)。当溶液的当溶液的pH=pIpH=pI时,氨基酸主要从两性离时,氨基酸主要从两性离子形式存在。子形式存在。pHpIpHpIpHpI时,氨基酸主要以负离子形式存在。时,氨基酸主要以负
23、离子形式存在。等电点的计算等电点的计算 中性氨基酸:以中性氨基酸:以GlyGly为例为例 pI=2pK1 +pK2酸性氨基酸,以酸性氨基酸,以AspAsp为例:为例:碱性氨基酸,以碱性氨基酸,以LysLys为例:为例:氨氨基基酸酸的的pIpI值值等等于于该该氨氨基基酸酸的的两两性性离离子子状状态态两两侧侧的的基团基团pKpK值之和的二分之一。值之和的二分之一。pI=2pK1+pK2中性氨基酸中性氨基酸的等电的等电点计算:点计算:pI=2pK2+pK3碱性氨基酸碱性氨基酸的等电的等电点计算:点计算:pI=2pK1+pK2酸性氨基酸酸性氨基酸的等电的等电点计算:点计算:羧基的解离度大于氨基(羧基的
24、解离度大于氨基(-羧基最大)羧基最大),所以中性氨基酸的,所以中性氨基酸的pIpI在在pH6.0pH6.0左右,左右,碱性氨基酸碱性氨基酸pIpI较大,酸性氨基酸较小。较大,酸性氨基酸较小。PI(PI(碱性碱性 中性中性 酸性)酸性)3.3.氨基酸的化学性质氨基酸的化学性质氨基酸的氨基酸的-氨基、氨基、-羧基以及侧链均羧基以及侧链均可参加反应。可参加反应。(1 1)与水合茚三酮的反应)与水合茚三酮的反应除除ProPro以外,其他氨基酸与茚三酮反应均生成以外,其他氨基酸与茚三酮反应均生成蓝紫色蓝紫色产物(产物(570nm570nm),),ProPro生成的产物为生成的产物为黄色黄色(440nm4
25、40nm)。茚三酮反应非常灵敏,可以用于。茚三酮反应非常灵敏,可以用于氨基酸的氨基酸的定性和定量定性和定量测定。测定。多肽和蛋白质也可反应,但灵敏度差。多肽和蛋白质也可反应,但灵敏度差。此反应是此反应是-氨基和氨基和-羧基共同参与的反应。羧基共同参与的反应。(2 2)与甲醛的反应()与甲醛的反应(-氨基)氨基)羟羟甲甲基基氨氨基基酸酸二二羟羟甲甲基基氨氨基基酸酸氨基酸的甲醛滴定氨基酸的甲醛滴定酚酞作指示剂,酚酞作指示剂,NaOHNaOH滴定,终点为滴定,终点为紫色。紫色。可以测定蛋白质的水解或合成进度。可以测定蛋白质的水解或合成进度。(3 3)与)与2,4-2,4-二硝基氟苯的反应二硝基氟苯的
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