分子生物学第二章DNA结构与复制.ppt
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1、2.2 DNA2.2 DNA的结构的结构核酸的结构及其功能核酸的结构及其功能 DNA-DNA-遗传的物质基础,基因是具有特定生遗传的物质基础,基因是具有特定生物功能的核苷酸序列,基因通过转录和翻译物功能的核苷酸序列,基因通过转录和翻译能够使亲代的性状准确地在子代表现出来。能够使亲代的性状准确地在子代表现出来。DNADNA的此种功能与其分子结构是密切相关。的此种功能与其分子结构是密切相关。2.2.1DNA的一级结构的一级结构1.DNA1.DNA的化学成分的化学成分2.DNA2.DNA和和RNARNA化学成分的比较化学成分的比较3.核苷酸的结构核苷酸的结构4.DNA的一级结构的一级结构(1 1)D
2、NADNA一级结构的表示法一级结构的表示法(2)DNA碱基组成的碱基组成的Chargaff规则(规则(1949)(3)DNA和和RNA一级结构的比较一级结构的比较2.2.2DNA的二级结构的二级结构 DNA DNA DNA DNA的二级结构是指两条多核苷酸链反向平行的二级结构是指两条多核苷酸链反向平行的二级结构是指两条多核苷酸链反向平行的二级结构是指两条多核苷酸链反向平行盘绕所形成的双螺旋结构。盘绕所形成的双螺旋结构。盘绕所形成的双螺旋结构。盘绕所形成的双螺旋结构。在在在在DNADNA二级结构与二级结构与二级结构与二级结构与高级结构间或高级结高级结构间或高级结高级结构间或高级结高级结构间或高级
3、结构的各种构象间存在构的各种构象间存在构的各种构象间存在构的各种构象间存在一个动力学平衡。一个动力学平衡。一个动力学平衡。一个动力学平衡。Z-DNAZ-DNA调控基因转录的两个模式调控基因转录的两个模式DNADNA的双螺旋结构的意义的双螺旋结构的意义 该该模模型型揭揭示示了了DNADNA作作为为遗遗传传物物质质的的稳稳定定性性特特征征,最最有有价价值值的的是是确确认认了了碱碱基基配配对对原原则则,这这是是DNADNA复复制制、转转录录和和反反转转录录的的分分子子基基础础,亦亦是是遗遗传传信信息息传传递递和和表表达达的的分子基础。分子基础。2.3DNA的复制的复制研究证明生命的遗传实际上是染色体
4、研究证明生命的遗传实际上是染色体DNA自我复制的结自我复制的结果。而果。而DNA自我复制主要是通过半保留复制来实现的,是一自我复制主要是通过半保留复制来实现的,是一个以亲代个以亲代DNA分子为模板合成子代分子为模板合成子代DNA链的过程。即细胞分链的过程。即细胞分裂时,通过裂时,通过DNA自我复制将亲代细胞所含有遗传信息传递到自我复制将亲代细胞所含有遗传信息传递到子代细胞。子代细胞。双链双链DNA的复制包括的复制包括复制的起始复制的起始、延伸延伸和和终止终止三个阶段,三个阶段,并需要拓扑异构酶、解链酶、单链结合蛋白、引物合成酶、并需要拓扑异构酶、解链酶、单链结合蛋白、引物合成酶、DNA聚合酶及
5、聚合酶及DNA连接酶等酶和蛋白质的参与。连接酶等酶和蛋白质的参与。2.3.1DNA2.3.1DNA的半保留复制的半保留复制的半保留复制的半保留复制 Watson和和Crick提出提出DNA双螺旋结构模型的同时对其复制双螺旋结构模型的同时对其复制过程进行了探讨。过程进行了探讨。DNA在复制过程中碱基间的氢键首先断开,每条链分别作在复制过程中碱基间的氢键首先断开,每条链分别作为模板合成新链,产生互补的两条链。为模板合成新链,产生互补的两条链。新合成新合成2条条DNA链的核苷酸序列和亲代链的核苷酸序列和亲代DNA链完全相同。链完全相同。因此,因此,每子代分子的一条链来自亲代每子代分子的一条链来自亲代
6、DNA,另一条链则是新合,另一条链则是新合成的,成的,DNA这种复制方式叫做这种复制方式叫做DNA的半保留复制。的半保留复制。氯化铯密度梯度离心法:氯化铯密度梯度离心法:由于由于15N-DNA分子的密度比普通分子的密度比普通DNA的密度大,在氯化铯密的密度大,在氯化铯密度梯度离心时,这两种度梯度离心时,这两种DNA分子形成位置不同的区带。分子形成位置不同的区带。结果证实:结果证实:无论原核还是真核生物无论原核还是真核生物DNADNA都是以半保留复制方式遗传的都是以半保留复制方式遗传的2.3.22.3.2复制的起点、方向和速度复制的起点、方向和速度复制的起点、方向和速度复制的起点、方向和速度DN
7、A复制时,双链复制时,双链DNA要解开成两股链分别进行,所以,要解开成两股链分别进行,所以,这个复制起始点呈现叉子的形式,被称为复制叉。这个复制起始点呈现叉子的形式,被称为复制叉。DNA的复的复制是由固定的起始位点开始的。制是由固定的起始位点开始的。复复制制子子是生物体是生物体DNA复制的基本单位,一个复制子只含复制的基本单位,一个复制子只含一个复制起始位点。一个复制起始位点。复制叉复制叉从复制起点开始沿着从复制起点开始沿着DNA链连续移动,起始点可以链连续移动,起始点可以启动单向复制或者双向复制,这主要取决于在复制起点形成一启动单向复制或者双向复制,这主要取决于在复制起点形成一个还是两个复制
8、叉。个还是两个复制叉。复制起始点的特点复制起始点的特点复制起始点的特点复制起始点的特点1.富含富含AT:测定细菌、酵母、线粒体和叶绿体:测定细菌、酵母、线粒体和叶绿体DNA中的复中的复制起始点核苷酸序列,发现复制起始点富含制起始点核苷酸序列,发现复制起始点富含AT序列,它可能序列,它可能有利于有利于DNA复制启动时双链的解开。复制启动时双链的解开。2.细菌、病毒和线粒体细菌、病毒和线粒体DNA分子只有一个复制起始点,即分子只有一个复制起始点,即只有一个复制子。只有一个复制子。3.真生物基因组真生物基因组DNA有多个复制起点,可以同时在多个复有多个复制起点,可以同时在多个复制起点上进行双向复制,
9、其大小为制起点上进行双向复制,其大小为40-100kb/个。个。复制叉移动方向复制叉移动方向复制叉移动方向复制叉移动方向放射性自显影法:对于大基因组内的放射性自显影法:对于大基因组内的不确定区域,两次连续的放射脉冲可以不确定区域,两次连续的放射脉冲可以用来标记复制的移动。如果一个脉冲比用来标记复制的移动。如果一个脉冲比另一个脉冲强,我们可以用相对的标记另一个脉冲强,我们可以用相对的标记强度来区分,这些可用放射自显影观察。强度来区分,这些可用放射自显影观察。单向复制:单向复制:在复制眼的一端,一种类型在复制眼的一端,一种类型的标记后紧跟着另一种标记;的标记后紧跟着另一种标记;双向复制:双向复制:
10、在复制眼的两端产生一种在复制眼的两端产生一种(对称的)模式。在真核生物中普遍存(对称的)模式。在真核生物中普遍存在。在。DNADNADNADNA链复制过程示意图链复制过程示意图链复制过程示意图链复制过程示意图2.2.3DNA复制的几种主要方式复制的几种主要方式生生物物体体内内DNA双双链链的的复复制制大大都都是是以以半半保保留留方方式式进进行行的的;但但是是不不同同生生物物DNA分分子子存存在在形形式式各各不不相相同同,如如大大小小、线线性性分分子子、环环状状分分子子、功功能能差差异异,因因而而反反映映在在复复制制方方式式上上的的差差异异。绝绝大大多多数数DNA复复制制是是以以复复制叉的形式进
11、行的。制叉的形式进行的。线性线性DNA双链的复制双链的复制研究表明研究表明DNA聚合酶还是聚合酶还是RNA聚合聚合酶都只从聚合聚合酶都只从5端向端向3端移动;体内端移动;体内DNA复制时,由一段复制时,由一段RNA引物起始引物起始DNA合成,合成,起始后起始后RNA引物被切除,使子链短于母链。切除后的引物被切除,使子链短于母链。切除后的5端缺端缺口如何合成?这就提出了线性口如何合成?这就提出了线性DNA末端复制的问题。末端复制的问题。寿命缩短?寿命缩短?线性线性DNA末端复制的特殊机制末端复制的特殊机制(1)线性复制子转变为环状或多聚分子:)线性复制子转变为环状或多聚分子:T4噬菌体噬菌体DN
12、A通过通过其末端的简并性使不同链的其末端的简并性使不同链的3端因互补而结合。端因互补而结合。DNA聚合酶作聚合酶作用填满其缺口,再经用填满其缺口,再经DNA连接酶作用生成二联体。连接酶作用生成二联体。(2)DNA末端形成发夹式结构,是该分子没有游离的末端。末端形成发夹式结构,是该分子没有游离的末端。如草履虫线粒体如草履虫线粒体DNA。(3 3)某种蛋白启动复制)某种蛋白启动复制)某种蛋白启动复制)某种蛋白启动复制腺病毒腺病毒腺病毒腺病毒DNADNA分别在分子两端分别在分子两端分别在分子两端分别在分子两端启动复制,并通过链取代法使之启动复制,并通过链取代法使之启动复制,并通过链取代法使之启动复制
13、,并通过链取代法使之延伸。延伸。延伸。延伸。末端蛋白的作用下,在真正的末端蛋白的作用下,在真正的末端蛋白的作用下,在真正的末端蛋白的作用下,在真正的末端上启动复制。末端上启动复制。末端上启动复制。末端上启动复制。(1)-复制复制(2)滚环复制滚环复制(3)D-环复制环复制2.2.环状环状DNADNA的复制的复制(1)-复制复制E.coli基基因因组组的的复复制制原原点点位位于于天天冬冬酰酰胺胺合合酶酶和和ATP合合酶酶操操纵纵子子之之间间,全全长长=45bp,称称为为oriC。OriC富富含含AT,并并含含有有多多个个短短的的重重复复序序列列,能能够够被被复复制制起起始始点点结结合合蛋蛋白白所
14、所识识别别。复复制制的的起起始始:涉涉及及DNA双双链链的的解解旋旋和和松松开开,形形成成两两个个方方向向相相反反的的复复制制叉叉。前前导导链链还还是是复复制制前前,复复制制原原点点的的核核酸酸序列被转录生成短的序列被转录生成短的RNA链,作为起始链,作为起始DNA复制的引物。复制的引物。(2)滚环复制()滚环复制(replicationbyrollingcyclesstructure)这这是是单单向向复复制制的的一一种种特特殊殊形形式式。X174噬噬菌菌体体由由一一个个单单链链环环状状DNA组组成成,这这条条链链称称为为正正(+)链链;合合成成的的互互补补链链称称为为负负(-)链。双链体的复
15、制以滚环复制方式进行。)链。双链体的复制以滚环复制方式进行。(3)D-环型(环型(D-loop):):这也是一种单向复制的特殊方式。这种方式首先在动物线粒体这也是一种单向复制的特殊方式。这种方式首先在动物线粒体DNA的的复制中被发现。双链环在固定点解开进行复制。但两条链的合成是高度复制中被发现。双链环在固定点解开进行复制。但两条链的合成是高度不对称的,一条链上迅速合成出互补链,另一条链则成为游离的单链环不对称的,一条链上迅速合成出互补链,另一条链则成为游离的单链环(即(即D-环)。环)。2.4DNA2.4DNA复制的特点复制的特点复制的特点复制的特点2.4.12.4.1原核生物原核生物原核生物
16、原核生物E.coliE.coli DNADNA复制的特点复制的特点复制的特点复制的特点基因组基因组DNA是双链环状;复制起始区位于其遗传图的是双链环状;复制起始区位于其遗传图的84min附近;附近;OriC含有含有3个个13bp和和4个个9bp的两个保守序列。复制起始后形成的两个复制叉沿着的两个保守序列。复制起始后形成的两个复制叉沿着整个基因组双向等速移动,整个基因组双向等速移动,DNA复制中间产物呈一个复制中间产物呈一个。1.DNA1.DNA双螺旋的解旋双螺旋的解旋双螺旋的解旋双螺旋的解旋研究证实多种蛋白质及酶参与研究证实多种蛋白质及酶参与DNA双链的解开过程。如拓双链的解开过程。如拓扑异构
17、酶扑异构酶I、DNA解链酶及解链酶及SSB蛋白等。蛋白等。(1 1)DNADNA解链酶解链酶解链酶解链酶DNAhelicase是经水解是经水解ATP获得能量来解开双链获得能量来解开双链DNA,大大部分部分DNAhelicase沿着随后链模板沿着随后链模板53方向及沿着复制叉的方向及沿着复制叉的前进而移动。前进而移动。研究证明:研究证明:Rep蛋白和特定的蛋白和特定的DNA解链酶分别在解链酶分别在DNA两条链两条链上协调作用,以解开双链上协调作用,以解开双链DNA。(2 2)单链结合蛋白)单链结合蛋白)单链结合蛋白)单链结合蛋白(SSB(SSB蛋白)蛋白)蛋白)蛋白)发现噬菌体发现噬菌体T4的的
18、基因基因32蛋白蛋白可以在远低于解链温度时使可以在远低于解链温度时使双链双链DNA分开,并牢牢地结合在单链分开,并牢牢地结合在单链DNA上,后来发现许多上,后来发现许多生物中都有这类蛋白。生物中都有这类蛋白。原核生物:原核生物:SSB蛋白与蛋白与DNA结合时还表现协同效应,如第结合时还表现协同效应,如第1个个SSB蛋白结合蛋白结合DNA的能力为的能力为1,第,第2个个SSB蛋白的结合力可蛋白的结合力可达达103。真核生物。真核生物SSB蛋白与单链蛋白与单链DNA结合时,不表现协同效结合时,不表现协同效应。应。SSB蛋白蛋白:保证被解链酶解开的保证被解链酶解开的ssDNA在复制完成之前能在复制完
19、成之前能保持单链结构,保持单链结构,SSB蛋白以四聚体形式存在于复制叉处,他蛋白以四聚体形式存在于复制叉处,他没有解链作用。没有解链作用。(3 3)DNADNA拓扑异构酶(拓扑异构酶(拓扑异构酶(拓扑异构酶(DNAtopoisomeraseDNAtopoisomerase)DNA复制过程中,随着复制过程中,随着DNA解旋,双螺旋的盘绕数解旋,双螺旋的盘绕数T减减少,而超螺旋数少,而超螺旋数W增加,使正超螺旋增加,未解链部分的缠增加,使正超螺旋增加,未解链部分的缠绕更加紧密,形成的压力使解链不能继续进行。绕更加紧密,形成的压力使解链不能继续进行。DNA拓扑异构酶作用拓扑异构酶作用它能够消除解链造
20、成的正超螺旋堆积,消除阻碍解链继它能够消除解链造成的正超螺旋堆积,消除阻碍解链继续进行的此种压力,使续进行的此种压力,使DNA复制得以延伸。复制得以延伸。2.DNA2.DNA复制的引发复制的引发复制的引发复制的引发研究发现:研究发现:所有所有DNA复制是由一个固定的起始位点开始;复制是由一个固定的起始位点开始;DNA聚合酶都只能延长已存在的聚合酶都只能延长已存在的DNA链,而不能从头链,而不能从头合成合成DNA链。链。问题:一个新链问题:一个新链DNA的复制怎样开始的呢?的复制怎样开始的呢?研研研研究究究究发发发发现现现现:所所有有DNA聚聚合合酶酶都都从从脱脱氧氧核核苷苷酸酸3-OH端端起起
21、始始DNA合合成成,所所以以,DNA复复制制时时,由由引引发发酶酶(特特殊殊RNA聚聚合合酶酶)在在DNA模模板板上上合合成成一一段段RNA链链,它它提提供供引引发发末末端端(引引物物),接接着着由由DNA聚聚合合酶酶从从RNA引引物物的的3-OH端端开开始始合合成成新新的的DNA链链。无无论论前前导导链链还是后随链开始还是后随链开始DNA合成时,都需要合成时,都需要RNA引物。引物。参与参与参与参与DNADNA复制的蛋白质:复制的蛋白质:复制的蛋白质:复制的蛋白质:后随链的引发由引发体来完成。引发体由后随链的引发由引发体来完成。引发体由后随链的引发由引发体来完成。引发体由后随链的引发由引发体
22、来完成。引发体由n n,n n,n n,DnaBDnaB、C C和和和和I I等等等等6 6种蛋白质共同组成。种蛋白质共同组成。种蛋白质共同组成。种蛋白质共同组成。DnaADnaA:结合:结合:结合:结合OriOri区,具区,具区,具区,具ATPATP酶活性,促进酶活性,促进酶活性,促进酶活性,促进DnaBDnaB形成起始复合物形成起始复合物形成起始复合物形成起始复合物DnaBDnaB:DNADNA解链酶,有解旋和解链作用解链酶,有解旋和解链作用解链酶,有解旋和解链作用解链酶,有解旋和解链作用DnaCDnaC:形成起始复合物,运输:形成起始复合物,运输:形成起始复合物,运输:形成起始复合物,运
23、输DnaBDnaBDnaGDnaG:DNADNA引发酶由引发酶由引发酶由引发酶由dnaGdnaG基因编码,在特定环境下发挥作用基因编码,在特定环境下发挥作用基因编码,在特定环境下发挥作用基因编码,在特定环境下发挥作用 的的的的RNARNA聚合酶聚合酶聚合酶聚合酶HuHu:促进起始复合物形成促进起始复合物形成促进起始复合物形成促进起始复合物形成回旋酶:松驰正超螺旋,促进单链回旋酶:松驰正超螺旋,促进单链回旋酶:松驰正超螺旋,促进单链回旋酶:松驰正超螺旋,促进单链DANDAN产生产生产生产生SSBSSB:促进促进促进促进DNADNA解链,稳定单链解链,稳定单链解链,稳定单链解链,稳定单链DNADN
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