生物医学信息检索.ppt

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1、生物医学信息检索生物医学信息检索国外生物医学检索工具国外生物医学检索工具国外生物医学检索工具在生命科学领域中常用的检索刊有：美国医学索引(Index Medicus,IM)荷兰医学文摘(Excerpta Medica,EM)美国生物学文摘(Biological Abstracts,BA)美国化学文摘(Chemical Abstracts,CA)美国科学引文索引(Science Citation Index,SCI)检索工具的类型可以分为两大类：索引类和文摘类或者称为题录型和文摘型检索工具的主要内容概况及其特点结构编排著录格式检索途径与方法实例检索美国医学索引(Index Medicus，IM)

2、概况 创刊于18791879年，由美国国立医学图书馆编辑，自创刊以来，刊名、编排体例几经变化。到1960年，恢复其原刊名。每月出版一期，一年共12期，医学主题词表和收编期刊一览表随第一期单独出版。以题录形式报道医学期刊中论文、病例报告、综述、读者来信、通讯、会议文献等。收录80多个国家和地区、40多种语言文字出版3900多种医学期刊，其中70%为英文文献，75%带英文摘要。目前的出版形式有：印刷版、光盘版、国际联机数据库、网络版。美国医学索引(IM)特点：收录范围广，内容全面；编辑力量强，标引质量高；报道速度快，时差短；编制简单，查找方便。美国医学索引(IM)结构编排期索引 分为两个分册，Pa

3、rt、Part，分别编排主题索引(Subject Section)、著者索引(Author Section)、医学述评题录部分(Bibliography of Medical Reviews)。卷索引医学主题词表(Medical Subject Headings,MeSH)引用期刊一览表(List of Journals Indexed IN Index Medicus,LJI)美国医学索引(IM)期索引1.主题索引部分编排原则：(1)整个索引按主题词字顺排列；(2)同一主题词下按副主题词字顺排列；(3)同一副主题词下，按刊名缩写字顺排列；(4)同一主题词或副主题词下，先排英文文献，再排非英文

4、文献，并且非英文文献用 括起来；(5)归不到任何副主题词的，直接排在主题词下，并按刊名缩写字顺排列；(6)非英文文献先按文种缩写排列，同一文种下按刊名缩写字顺排列IMSubject Section美国医学索引(IM)2.著者索引编排原则：(1)仅在第一著者后列出全部文献题录内容(2)非第一著者只设参见条目,“see”(3)著者的姓在前用全称，名在后用首字母缩写；(4)匿名著者部分，按刊名缩写字顺排列。注意：姓氏前缀De、La、Van、Von与前缀一起提前，并且与姓氏间加空格；表示家族等级的后缀Jr、Sr、等放在姓氏的最后。IMAuthor SectionIMBibliography of Me

5、dical Reviews美国医学索引(IM)卷索引(Cumulative Index Medicus)期索引12期出齐后所做的累积，即按主题索引、著者索引、医学述评题录部分的分别累积，而形成的卷索引。作用是方便检索，省时省力。美国医学索引(IM)医学主题词表(Medical Subject Headings,MeSH)是对生物医学文献进行主题词分析和标引的权威性工具，也是指导使用自然词语言转化为规范化语言的辅助工具。它能够保证标引者和检索者在用词上的一致。美国医学索引(IM)-MeSH表 主题词变更表 字顺表 树状结构表 副主题词表二、作用 MeSH表的影响力是相当广泛的，它对其他中外文检索

6、工具都有一定的参考作用。它是指导我们使用规范化检索语言的工具，沟通检索者和标引者的桥梁。一、组成美国医学索引(IM)-MeSH表主题词变更表 由两个表反映主题词的变更情况。1.某年新增主题词表New Heading2.某年删除的主题词表Deleted Heading美国医学索引(IM)字顺表字顺表字顺表(Alphabetic List)将所有的主题词、副主题词和非主题词按照字顺排列而成的表，称为字顺表。主题词(headings)：直接、准确表达主题概念的词或词组。每个概念只能用一个主题词表达。副主题词(subheadings)：用于对主题词进一步限定的词或词组。主题词与副主题词之间的组配检索，

7、起到对主题词的限定作用，是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准确性。美国医学索引(IM)主题词的表达形式1.单词：neoplasms、heart、smoking、eye等；2.词组：liver neoplasms等3.代号：A-23187(卡西霉素 75-90)4.倒置主题词：abortion,induced abortion,threatened abortion,habitual abortion,eugenic anemia,aplastic anemia,hemolyticIMALPHABETIC LIST字顺表中词汇的类型1.主要叙词(Major Descripto

8、rs)：包括正式主题词、地理主题词、特征词和非主题词。2.次要叙词(Minor Descriptors)3.款目词(Entry Terms)：主题词的同义词或近义词。4.副主题词(Subheadings)IMALPHABETIC LIST在字顺表中有三种注释：1.树状结构号注释：反映该词在学科体系中的位置，表示主题词之间的族性关系，每个词至少有一个树状结构号，由于有些词具有多重属性，就有多个树状结构号。2.参照注释：反映词与词之间的关系。3.历史注释：注明某主题词使用年代的变化情况，帮助检索者进行回溯检索时，选择准确的主题词。IMALPHABETIC LISTIMALPHABETIC LIST

9、参照系统1.用代参照：用see和X表示，款目词参见正式主题词，具有等同关系、近义关系，格式为：Cancer see Neoplasms或者 Neoplasms X Cancer2.相关参照：用see related和XR表示，用以处理两个或两个以上主题词在概念上彼此之间有某种联系或依赖的相关关系。其作用是扩大检索范围。例：Neoplasms，Hormone-Dependent see related Antineoplastic Agents，Hormonal或者Antineoplastic Agents，Hormonal XR Neoplasms，Hormone-Dependent3.属分参

10、照：用see under和XU表示。用以表示上下位词之间的包含、属与种、整体与部分的等级关系。次主题词和主主题词之间的关系。例：Abortion，eugenic see under Abortion，induced或者Abortion，induced XU Abortion，eugenicIM Tree Structure树状结构表 它将字顺表中所有的主题词和非主题词按学科性质、词义范围的上下隶属关系，将字顺表中收录的词归属在15个大类下。15个大类依次用A-N、Z代表。它是字顺表中的辅助索引。帮助了解每个主题词在医学分类体系中的位置。它将字顺表中互不联系的主题词通过主题词所属学科体系和逻辑关

11、系，加上一些必要的非主题词组成树状等级结构。IM Tree Structure树状结构表的等级关系 在每个大类中主题词和非主题词按照等级隶属关系逐级排列，从上位词到下位词，用逐级缩排的方式表达等级隶属关系，就象大树的干、枝、叶一样，是同类主题词成族展示它们之间并列、隶属等级概念的相互关系。主题词展开的等级数量关系多可达9级，每一级用“.”相隔，同一级的词按字顺并齐排列。如下图所示。IM Tree StructureIM Tree Structure树状结构表的作用1.帮助从学科体系中选择主题词：如查找兔唇的有关文献。首先找该词的主题词，如果没有，那么就从该词所属的学科分类中找。在Tree中找疾

12、病C大类，它的下位类找到Neonateol Diseases and Abnormalities C16，逐级往下找Mouth Abnormalities，ClieftLip(唇裂)。2.帮助进行扩大和缩小检索范围：如查找有关微量元素与健康的文献。根据课题的需要来确定检索范围。3.帮助确定词的专业范围：查找比较新的名词，例Leptin在未被列为正式主题词前，查找有关信息，可以使用树状结构表(提示2000年以前的文献，用Proteins进行查找)。美国医学索引(IM)-MeSH表字顺表与树状结构表的关系 字顺表反映主题词之间的横向关系，字顺表反映主题词之间的横向关系，树状结构表揭示词和词之间的纵

13、向隶属树状结构表揭示词和词之间的纵向隶属关系。两者是关系。两者是MeSH的重要组成部分，它的重要组成部分，它们并不是两个孤立的部分。将两者结合们并不是两个孤立的部分。将两者结合起来使用，才能保证文献的查全率和查起来使用，才能保证文献的查全率和查准率。准率。美国医学索引(IM)-MeSH表何时使用字顺表?所使用的检索词是否为规范主题词。当用专指词检索所需特定文献时，需要查字顺表中的直接上位词进行检索扩大检索某课题研究范围。进行族性检索。美国医学索引(IM)-MeSH表何时使用树状结构表?字顺表中查不到相应的主题词，在主题索引中又查不到所需的文献。当所选择的课题为一个广义概念时。IMSUBHEAD

14、INGS副主题词表 到目前为止，MeSH表共收录82个副主题词。但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类目。副主题词也具有动态性，经常随着主题词表的修订再版也不断变化。手检时，副主题词不能单独使用，必须和主题词配合使用；机检时，副主题词可以单独使用。IMList of Journals Indexed IN Index Medicus，LJI美国医学索引(IM)检索途径与方法1.主题途径：利用主题索引查找文献。基本步骤如下：分析检索课题 确定主题概念 转换为主题词 主题词与副主题词组配 查找文献题录 查找原文。2.著者途径

15、：利用著者索引查找文献。美国医学索引(IM)主题途径美国医学索引(IM)该篇文献的题录内容详见IM 2003；31(7)：1915-1922 A novel method of peritoneal resuscitation improves organ perfusion after hemorrhagic shock.Zakaria el R,Hurt RT,Matheson PJ,Garrison RN.Am J Surg.2003 Nov;186(5):443-8荷兰医学文摘(Excerpt Medica,EM)概况 创刊于1947年，月刊。由荷兰的Elsevier Science

16、B.V出版社编辑出版。EM按医学专科划分编辑，以分册形式出版，每个分册有数字代号和分册名。EM文摘由医学专家撰写，质量较高。EM收录世界上110多个国家和地区的生物医学和医学相关的期刊5400余种，内容涉及临床医学、药物和制药学、基础生物医学以及卫生学等方面(不包括牙科、护理、兽医)。目前，有42个分册，各分册根据文献量多少，每年出版1-4卷不等，每卷多为10期，也有6期、8期或12期。时差为半年或更长。现在的出版形式：印刷版、光盘版(EMBASE)、网络版(EMBASE.com)。section 1section 2section 3section 4section 5section 6se

17、ction 7 section8section 9section 10section 11section 12section 13section 14section 15section 16section 17section 18section 19section 20section 21section 22section 23section 24section 25section 26section 27section 28section 29section 30section 31section 32section 33section 35section 36section 38secti

18、on 40section 46section 48section 49section 50section 52解剖学、人类学、胚胎学与组织学生理学内分泌学微生物学、细菌学、真菌学、寄生虫学普通病理学与病理解剖学内科学儿科与小儿外科学神经病学与神经外科外科学妇产科学耳鼻喉科学眼科学皮肤病与性病学放射学胸部疾病、胸外科学与结核癌症公共卫生学、社会医学与流行病学心血管疾病与心血管外科学康复与理疗学老年学与老年病学发育生物学与畸形学人类遗传学核医学麻醉学血液学免疫学、血清学与移植生物物理、生物工程与医学仪器泌尿学与肾病学临床和实验生物化学临床和实验药理学关节炎与风湿病神经病学矫形外科学职业卫生与工业卫

19、生卫生政策、经济与管理药物不良反应药物依赖性、酒精滥用与酒精中毒环境卫生与污染控制胃肠病学法医学文摘癫痫文摘毒理学EM各分册的名称EM第16分册的封面分类目次荷兰医学文摘(EM)结构编排 各分册每期内容编排如下：分类目次；文摘著录格式说明；文摘正文；主题索引；著者索引。荷兰医学文摘(EM)-著录格式荷兰医学文摘(EM)-主题索引EM的主题词概念和IM、中目一样，但它有以下几个特点：主题词多，有19.5000个，而IM只有16000个，所以说它的规范化程度不高，虽然也有一个类似MESH表的“医学标引词汇总表”（MALIMET），但一般不使用。EM主题词是自然语序，没有倒装词组多见EM主题索引的主

20、题词按字顺排，编排采用主题词轮排。EM主题词是检索用主题词，这些词合起来可构成一个简要的文献内容提要，帮助你了解内容，决定取舍。荷兰医学文摘(EM)-主题索引Calcium,calcium channel blocking agent,mibefradil,pharmacokinetics,pharmacology,1559-essential hypertension,magnesium,1744-osteoporosis,vitamin d,1552.“-”代替Calcium。EM为了方便，检索入口多，从多个词可以查到同一篇文献，这就是主题词轮排。以Calcium下第三篇为例，按主题词字顺

21、找到osteoporosis也可找到1552，-calcium,vitamin d,1552荷兰医学文摘(EM)-作者索引 著者索引的构成很简单，凡EM收载的文献，全部著者都纳入索引，按姓名字顺排，名缩写，后跟文摘号。荷兰医学文摘(EM)-检索途径分类途径分类目次主题途径主题索引著者途径著者索引 检索实例1 查找癌胚抗原查找癌胚抗原(CEA)与乳腺癌的关系研究与乳腺癌的关系研究的文献。的文献。(1)分析课题分析课题:癌胚抗原、癌胚抗原、乳腺癌乳腺癌(2)选择检索途径：选择检索途径：分类途径分类途径(3)根据分类途径，找到相应的类目进行检根据分类途径，找到相应的类目进行检索，索，页码页码(4)根

22、据页码找到文摘正文，逐项浏览相应根据页码找到文摘正文，逐项浏览相应的文摘内容。的文摘内容。(5)根据文献出处，查找全文。根据文献出处，查找全文。荷兰医学文摘(EM)-分类目次荷兰医学文摘(EM)-分类途径 检索实例2查找乳腺增生方面的文献。查找乳腺增生方面的文献。(1)分析课题分析课题:乳腺增生乳腺增生(2)选择检索途径：选择检索途径：主题途径主题途径(3)根据主题词，找到相应的文摘号进行查找根据主题词，找到相应的文摘号进行查找(4)再根据文摘号，浏览相应的文摘内容。再根据文摘号，浏览相应的文摘内容。(5)根据文献出处，查找全文。根据文献出处，查找全文。荷兰医学文摘(EM)-主题索引荷兰医学文摘(EM)-主题索引